姚苌出生于一个羌族贵族世家，长期跟随哥哥姚襄转战南北。升平元年（公元357年），姚襄被杀害，姚苌率领兵众投降了前秦。姚苌很能干，也肯动脑筋，很快得到了苻坚的信任和器重，先后当上了杨武将军，左卫将军，陇东、汲郡、河东、武都、武威、巴西、扶风太守，宁、幽、兖三州刺史。南征北战，战功卓著。
太元八年（公元383年），苻坚调动全国兵力向东晋大举进攻。出师之前，苻坚对姚苌说：“你也知道，我本来以龙骧将军建立功业，所以从不轻易把龙骧名称送人，现在特封你为龙骧将军，益州、梁州的军事就托付给你了，希望你好自为之。”姚苌听后激动万分。没有想到淝水之战苻坚被东晋打得一败涂地。次年三月，慕容泓背叛苻坚，苻坚派儿子苻叡讨伐慕容泓，出师不利，叡死于战场。姚苌当时任司马，协助苻叡参加了这次战斗，他感到苻叡之死，自己也有责任，于是便派长史赵都去向苻坚请罪。苻坚由于儿子被杀，情绪正坏到极点，听说赵都来请罪，立刻便把赵都杀了。
赵都被杀使姚苌大吃一惊，他马上意识到这是苻坚要向自己开刀的危险信号，为了避免杀身之祸，姚苌一口气逃到渭北，然后又跑到马牧。西州豪族尹详、赵曜、狄广、张乾等从自身利益考虑，主动说服了羌族5万多家归附姚苌，推姚苌为盟主。太元九年（公元384年），姚苌自称大将军、大单于、万年秦王，建元白雀，封尹详、庞演为左、右长史，姚晃、尹纬为左、右司马。不久，姚苌向北地进军，北地、新平、安定的10多万羌胡纷纷投奔姚苌，姚苌在此厉兵秣马，以观时局的发展趋势。同年十月，姚苌见西燕慕容冲围攻长安，便召集大臣讨论下一步行动计划。大臣们都认为应先夺取长安，建立根据地，然后经营后方。姚苌却认为，西燕并不会在关中久留，应当把军队暂时拉到岭北，等前秦灭亡，西燕撤兵，就可以不费吹灰之力占领长安。于是他让儿子姚兴留守北地，自己率领军队攻克新平，夺取了岭北诸城。次年五月，苻坚在西燕的追逼下逃进了五将山中，姚苌趁火打劫，派强骑将军吴忠包围五将山，抓获苻坚。姚苌向苻坚索取玉玺，遭到苻坚的拒绝；又要求苻坚禅让，遭到苻坚的痛骂。姚苌恼羞成怒，派人把苻坚勒死在新平佛寺内。
姚苌对局势的判断十分正确。西燕不久便撤离长安东去，姚苌乘机进入长安。太元十一年，姚苌自称皇帝，改元建初，国号大奉，史称后秦。
姚苌虽在战场上所向无敌，捷报频传，但和前秦皇帝苻登作战，却总是占不到便宜，便以为是符坚的鬼魂在作祟。他在军中为苻坚立了一个神像，对着神像祈祷说：“我兄姚襄被前秦所杀，他临死时让我为他复仇，所以我奉命对前秦用兵，苻登是你比较远的亲属，还想为你复仇，我又怎敢忘记亲兄的嘱托！现在为你立神像，希望你在天之灵不要对我过多计较。”谁知立了神像后，后秦军队还是经常失利，士兵在深夜经常无故受惊，姚苌又以为是苻坚亡灵不肯原谅他，气得把苻坚像的头砍下送给苻登。姚苌还嫌不狠，又把苻坚的尸体从坟墓中挖出来，用鞭子肆意抽打，然后把苻坚尸身剥光衣服，埋进土坑中。
建初四年（公元389年），苻登攻克后秦的平凉，向安定逼进。后秦大将都劝姚苌与苻登决战，姚苌却决定用计取胜。他让尚书令姚旻留守安定，自己率领3万人在深夜袭击苻登在大界的辎重，俘虏了前秦的几十位名将和五万多人。
建初七年（公元392年），姚苌在长安患病。他把尚书令姚旻、仆射尹纬、姚晃、将军姚大目、尚书狄伯支叫到禁中，受遗诏辅政。又对姚兴说：“不管有什么谗言诋毁这几位大臣，都一定不要听信，你对待骨肉兄弟要讲情义，接待大臣要讲礼仪，与人交往要讲信用，对待百姓要讲仁义。这四样若都能做到，我就没有什么担心的了。”姚晃流着泪问姚苌如何消灭苻登，姚苌生气地说：“姚兴的才智足以消灭苻登，还问我干什么？”建初八年（公元393年）十二月，姚苌死于长安。时年64岁，葬于原陵，谥号“武昭皇帝”，庙号“太祖”。