彭德怀率领红五军上了井冈山与朱毛红军会合的消息，很快传至南京总统府。蒋介石气得要命，撤换了朱培德，委任何键为“湘赣剿匪总指挥部”代总指挥，向红军和井冈山革命根据地发动了第三次“会剿”。
湘赣两省敌军对红军和根据地的第三次“会剿”计划蓄谋已久。自7月中旬第二次“会剿”破产后，11月上旬，即开始了策划第三次“会剿”的准备。这在1928年11月10日的《申报》上曾有披露。《申报》是这样记载的：“最近鲁涤平何键又致电朱培德，磋商第三次会剿计划。朱氏已派雷屏周为代表，于日前来湘叩鲁，将一切会剿办法，详切规定，携回南昌。许得朱氏同意，并由朱氏领衔，呈请中央特派何键为湘赣会剿临时指挥官，所有两省会剿部队统归指挥，会剿经费两省各自担任。此次会剿计划，对于信号旗帜路线动作规定甚详，大致如下：（甲）会剿部队，赣省为4旅，湘省为6团。赣省部队，已经朱培德派定第五师十四旅周泽源、第十五旅刘士毅、第七师第二十一旅杨池生（此处有误，应为李文彬——引者注）、第十二师第三十五旅韦杵；湘省部队，经鲁涤平派定何键部2团、吴尚部3团、第二军1团。总共湘赣两省会剿兵力为4旅6团，人数在3万以上。（乙）会剿计划：刘士毅、杨池生两旅由遂川向大小五井进剿，韦杵、周泽源两旅由宁冈向井冈山进剿，何键部两团由桂东向江西大小五井进剿，吴尚部3团由茶、攸向江西井冈山进剿，第二军之1团由醴陵向攸县推进，为吴尚部预备队。（丙）会剿日期：由何键临时规定，惟各会剿部队统限于11月10日以前集中完竣，听候定期同时动员。”
11月下旬，朱培德委任第七师师长王均、第十二师师长金汉鼎为江西“剿匪”正、副指挥官，调集十四、十五、十九、二十一、三十四、三十五等旅，从吉安分路向宁冈、永新、莲花进攻。结果，因湘敌鲁涤平积极性不高，未按原定计划步骤出动，赣军历次进剿均为朱毛所败，心虚胆怯，不敢贸然深入，故11月拟定的会剿计划未能实现。
12月下旬，鲁涤平就任湘赣“会剿”总指挥、国民党江西省政府主席。于是，即派唐希汴为代表，赴湘敦促何键就任湘赣“剿共”总指挥部代总指挥，迅速出师“会剿”。何键接到蒋介石电令后，喜忧参半。喜的是蒋介石把他摆在朱培德之上，湘赣两省“会剿”军统归他指挥；忧的是朱毛红军本来就难于对付，现在又多了个彭德怀，担心朱培德不诚心配合，难以收场。但碍于赣方多次“敦促”，于是，半推半就，从12月26日始，着手组织总部。一时，南昌、长沙、衡阳、萍乡之间，电报频传，气焰日炽。
1929年1月1日，元旦伊始，湘赣“会剿”总部在江西萍乡成立，何键宣誓就职。在一片喧嚣声中，何键出任代总指挥，金汉鼎为副总指挥，刘晴初为参谋长，刘鹏年为秘书长，何志超为副官处长，周安汉为军法处长，易书竹为抚绥处长。1928年12月28日《申报》。
经湘赣两省策划确定：调集两省共6个旅计18个团，分五路向井冈山革命根据地发动“会剿”。其兵力部署是：第一路为赣敌李文彬的第二十一旅和刘士毅的十五旅，分别驻遂川和赣州，李文彬为司令；第二路为张兴仁的第三十五旅和周浑元的第三十四旅，驻泰和、永新一线，张兴仁为司令；第三路为湖南王捷俊部3个团，驻江西的莲花，王捷俊为司令；第四路为吴尚部1个旅，驻酃县、茶陵，吴尚为司令；第五路为刘建绪部，驻湖南的桂东，刘建绪为司令。何键命令各路部队于1月10日前进入指定地点，准备采取层层包围，步步进逼，最后合击的战术，企图一举消灭红军，血洗井冈山。根据杨克敏《关于湘赣边苏区情况的综合报告》及敌伪资料、《湖南民国报》、《申报》及有关电报综合而成。
一时，井冈山根据地四周，黑雾弥漫，杀气腾腾。湘赣两省敌人的第三次“会剿”布置就绪，发动在即。
敌人“会剿”井冈山的消息，很快传到了边界红军总部。毛泽东、朱德、陈毅、彭德怀、滕代远等都感到事态的严重。敌6个旅18个团之众即将扑来，而我红军充其量只不过4个团，兵力悬殊太大了。红军的领导者们无不镇静地思虑着破敌之策。
这时，中共中央“六大”决议等许多重要文件送至边界。为此，毛泽东与朱德、陈毅、彭德怀等商议，决定：立即召开军队与地方党的联席会议，传达“六大”决议，研究迎战方略。
1929年1月4日，“由前委召集四、五军军委、CP、CY特委常委及宁冈、永新、遂川、酃县、莲花县委、茶陵特别区委及四军二十八团、三十一团、三十二团二营及五军五个大队的代表”的联席会议在宁冈县柏路村横店召开。毛泽东、朱德、陈毅、彭德怀、滕代远、袁文才、王佐、何长工、谭震林、陈正人等60多人出席了会议。会议由前委书记毛泽东主持。
会议的主要议程是：1.传达党的第六次全国代表大会的有关决议；2.通过前委给中央的报告（即《井冈山的斗争》）；3.讨论在强敌压境的情况下，如何迎击敌人的“会剿”。
在讨论如何迎击敌人的“会剿”时，与会人员发生了激烈的争论。主要分歧意见有：有的主张凭险死守，有的主张到湘鄂赣去，有的主张到湘南去，有的主张到赣南去。
毛泽东在会上发了言。他冷静地分析了当时的形势，指出：在当前敌我力量悬殊的情况下，凭险死守不利于我，且敌来势汹汹，表现出下了极大的决心，加上寒冬季节已到，我军物资菲薄，虽有群众援助，但难以取胜。但是，井冈山革命根据地又不能放弃。要保住经营年余的井冈山根据地这块红色政权，不能死守，必须采取积极的行动，钻敌人的空子。敌人从这边打来，我们就从那边打出去，迂回敌后，使敌人穷于应付，求得在外线消灭敌人的有生力量，打破敌人的“会剿”；实行“围魏救赵”的策略计划，影响边界，以解井冈山之危。
毛泽东的主张获得了大多数人的赞成。会议既否定了据险死守而不能解决经济困难的消极防御观点，又反对了主张全部转移而不要根据地的逃跑主义，一致赞同毛泽东提出的内线作战与外线作战相结合的策略方针，实行“围魏救赵”。
会议决定：红四军和红五军进行混合编制，五军三纵队编为四军三十团。彭德怀任红四军副军长兼三十团团长，滕代远任红四军副党代表兼三十团党代表。由彭德怀率领红三十团和红三十二团防守井冈山；红四军大部出击赣南，吸引敌人，返身从敌后打来，共同“破围”。
为什么决定红四军出击赣南呢？考虑到湘鄂赣边界距大城市较近，位于武汉、长沙和南昌中间，东有赣江和南浔铁路，西有湘江和粤汉铁路，北有长江天险，南有株萍铁路，敌人运动方便，地区狭小，红军不宜前去。湘南敌人兵力强，易于聚集，群众斗争尚未恢复，因此也不宜前去。而赣南却比较适宜，一是山区路近；二是物资丰富，有足够的经济给养力；三是距大城市较远，敌人聚集困难；四是赣敌战斗力较弱，外省军队地形人情不熟；五是赣东北有方志敏领导的红军，吉安东固一带有江西红军二、四独立团，可以相互配合和策应；六是中央6月4日来信中，亦有向赣南发展的指示。于是，会议在认真讨论分析的基础上，认为去赣南最为适宜。“访问陈伯钧记录”，1962年4月28日，内部馆藏资料。
柏路会议于1月7日结束。会议期间，毛泽东还召集朱德、陈毅、彭德怀、谭震林、王怀、龙超清等人开了一个小范围的会议，就“六大”决议案中关于“杀戮土匪首领”问题（因袁文才、王佐在场，毛泽东省去未念，说：“休息一下”），对袁、王的具体情况进行了讨论。会上，王怀、龙超清主张杀袁、王。毛泽东提出了具体情况具体分析、不能机械执行上级指示的意见，认为袁文才在大革命中就是党员，不属“土匪”之列；王佐参加红军后，表现积极，也在斗争中加入了党的组织，因此袁、王都不能杀。到会的大部分同志都赞同毛泽东意见。毛泽东“做了许多工作”。“最后，会议决定不杀袁、王。”陈正人：《毛主席创建井冈山根据地的伟大实践》。
柏路会议后，边界各县党组织，在群众中进行广泛动员，会同部队再次加固了工事和挑粮上山，为保卫井冈山革命根据地，作了充分的思想和物资准备。
柏路会议采取“攻势的防御”战略，是积极的策略，也是切合当时实际的策略。后来的事实证明，假如红四军不主动撤出，后果是难以想像的。虽然红四军出击赣南后，由于情况的变化，未能实现“围魏救赵”的计划，但红四军在赣南闽西一带，经过多次战斗和艰苦工作，逐渐开创了中央革命根据地。因此说，柏路会议是土地革命时期的一个重要会议。当然，当时柏路会议采取这一策略，主要目的是为了解决经济给养和打破敌人的“会剿”，以解井冈之危。
有人说：“上山伟大，下山也伟大。”此话不无道理。从另一角度说，上山是创新，下山也是创新。红四军下山出击赣南，寻求更大的发展空间，开创了一个新的更大的革命根据地。
柏路会议后，前委和毛泽东等进行了一系列的紧张工作：向红五军官兵通报敌情，统一思想，作好迎战准备；将永新、宁冈、莲花、茶陵四县的地方赤卫大队、暴动队组成边界赤卫总队，由鄢辉任总队长，刘作述任党代表，统一调配，坚守九陇山军事根据地，与井冈山军事根据地互为犄角；进行了一些必要的人事调整，为适应战事需要，根据杨开明长期患病不能工作的实际情况，改组了边界特委，以邓乾元为书记，邓乾元、滕代远、陈正人、宛希先、朱昌偕五人为常委，统筹边界群众反“会剿”的战事准备和动员组织工作；原特委书记谭震林调任前委职工运动委员会书记，专做军队职工运动工作；将袁文才调任红四军参谋长，宁冈县委宣传部长刘辉霄调任前委秘书长，一同随红四军出征；为进一步加强守山部队的力量，1月13日，毛泽东又在下庄召开了前委会议，根据红五军和三十二团的请求，从红四军中抽调一批得力干部，充实守山部队领导，任命张子清为红五军参谋长，陈伯钧、陈毅安为红五军参谋，李克如、游雪臣、徐彦刚等都留下担任相应职务；何长工担任宁冈中心县委书记兼三十二团党代表。
1929年1月10日起，红四军主力部队开始在茨坪、小行洲集结，毛泽东、朱德对他们进行了政治动员，组织军事训练，布置出击路线、序列等事宜。
1月14日，红四军主力3600余人，在毛泽东、朱德率领下，兵分两路向赣南出击。一路经下庄、小行洲、黄坳，一路走荆竹山，进入遂川境内，合为一路。
红四军下山的那天，红五军、三十二团的指战员及山上“山下的群众数百人”纷纷冒雪前来为红四军主力部队送行。战士们相互紧拉着手，久久舍不得分开，说不尽衷肠话语。送行的群众纷纷将带来的熟蛋、布鞋、烟叶等，一一往红四军战士们荷包里塞。红四军指战员们想到即将离开养育、经营了一年多的红色根据地，也都别情依依。一时，告别声、宽慰声、勉励声、哭泣声嘤嘤四起，场面异常悲壮感人。
红四军主力冒雪行进。行军途中，部队张贴了毛泽东起草的《红军第四军司令部布告》。这一著名的四言体布告指出红军的宗旨是：民权革命，打倒列强，打倒军阀，统一中华。布告还宣传了中国共产党在民主革命时期的各项政策主张，号召全国工农为完成民主革命的任务努力奋斗。行军途中，部队还散发了根据党的“六大”精神而编写的《共产党宣言》，提出了共产党领导的工农红军所要实现的民主革命“十大政纲”，如推翻帝国主义在中国的统治；没收外国资本；统一中国；推翻军阀国民党政府；工人实行八小时工作制，增加工资；没收一切地主阶级的田地，分给无田或少田的农民等。同时，红四军还向沿途群众散发了油印的数百份“六大”决议案，广泛宣传党的路线、方针、政策。
红四军主力下山后，面临着一场场艰苦的恶战。
红四军主力下山后，何键即令进至遂川的第一路李文彬的第二十一旅、进至资兴的第五路刘建绪部，会同赣州的刘士毅第十五旅，向赣南追击红四军主力。同时，命令进至永新一线的第二路张兴仁第三十五旅、周浑元第三十四旅，进至莲花的第三路王捷俊部一个团，进至酃县、茶陵一线的第四路吴尚部一个旅，向井冈山逼近，紧缩包围圈。
面对敌人的步步进逼，留守井冈山的彭德怀、滕代远和中共湘赣边界特委，对坚守井冈山的斗争作了周密的部署。
首先，向守山的部队作了艰苦细致的思想工作，统一对守山的认识。可以说，在前委考虑让红五军挑起守山的任务时，红五军的部分将领对这一艰巨的任务是不太理解的。在这一问题上，彭德怀、滕代远是顾全大局、勇挑重担的，这一精神难能可贵。对此，彭德怀在《往事回忆》中亦直言不讳。他记载道：“我当时接受了这个任务。但在红五军军委讨论时，意见是不一致的，多数同志是不同意五军固守井冈山的。他们的理由是：平江起义推迟了湘赣两省敌军对井冈山的‘会剿’，现在，湘赣两省白军主力对井冈山‘会剿’而对湘鄂赣边区的反动势力减弱，我们红五军部队已经完成了同红四军取得联络的任务了，就应当迅速北返，扩大湘鄂赣苏区根据地，传达六次大会的决议案，对井冈山根据地的坚持，只有配合作用，而不应承担固守井冈山的任务。井冈山虽然地势险要，周围约近二三百里，弹缺兵力也少，是守不住的。但是，我和代远同志为了照顾全局，并且准备必要的牺牲，因而坚决执行了四军前委的决定。”
在统一了全军将士的思想后，彭德怀、滕代远对坚守井冈山作了具体的部署：以李灿率第一大队（实际上仅相当于1个连）、徐彦刚带领的三十二团一连防守黄洋界，抗击湘敌王捷俊部；贺国中率第八大队和宁冈赤卫大队一部防守桐木岭的白泥湖阵地；黄云桥率第九大队扼守桐木岭的犁坪，抗击赣敌周浑元第三十四旅和张兴仁第三十五旅之一部；彭包才率第十大队和教导队一部扼守八面山，抗击湘敌第八军吴尚部；黄龙率第十二大队及酃县赤卫大队、遂川赤卫大队一部把守双马石哨口和荆竹山一线；王佐率三十二团二连和遂川赤卫大队一部担任朱砂冲哨口的防守任务，抗击李文彬第二十一旅之一部和反动地方武装。同时，动员山上军民在上述五大哨口加固工事，在哨口前筑起一道道竹钉阵，筹集粮食，运送弹药，抢护伤员，为保卫井冈山军事根据地作好军事和物资上的各项准备。
彭德怀将红五军指挥部设在茨坪。命令永新、宁冈、茶陵、莲花四县赤卫大队，由刘作述、鄢辉领导坚守九陇山军事根据地。何长工率三十二团一营部在山下开展游击斗争，袭扰敌人。
敌人的“会剿”气氛日高。守山部队在彭德怀的领导下，工作也紧张扎实地进行着。
面对着十余倍于我的强敌进攻，守山部队总指挥、红五军军长彭德怀及边界特委，一面积极做好坚守井冈山的各项准备工作，一面认真研究可能出现的意外情况及应急措施。为此，召开了多次的会议。
柏路会议以后，彭德怀、滕代远首先召开了红五军军委扩大会议。扩大会传达了柏路会议的精神。会上，部分同志根据红五军上山不久，对地形不熟、对群众不熟的实况，提出了不愿意守山的意见。彭、滕反复地说明了前委的意图及守山的重要性，但效果不佳。于是，前委曾于1月上旬又先后召开了茨坪会议和下庄会议，留下了红四军中的一些骨干，调整了边界特委和宁冈县委。
红四军主力下山后，红五军毅然承担了保卫井冈山的艰巨任务。彭德怀、滕代远深知这场战斗的分量，因之与边界特委又在山上召开了一次联席会议。会议的内容是：继续坚定守山军民的思想，号召大家团结一心，下定与井冈山共存亡的决心；进一步研究落实参战军民的兵力及部署，组织好战斗服务工作；研究了应急措施，决定：“在军事方面，如五井被敌人攻破，五军冲出五井取道敌人薄弱的地方往赣南与四军取得联络。各县地方武装则尽可能埋藏于各县。在党方面，特委和县委均须留边界指挥工作，党不能离开群众。”
这一系列会议的召开，对作好第三次反“会剿”斗争的准备起了重要的作用。特别是红四军下山后的红五军军委与边界特委的联席会议，对后来红五军能及时冲出重围，保存有生力量，起了决策性的关键作用。这次会议后，红五军军委和特委领导及时地向所属作了传达，使守山军民同仇敌忾，作了迎战的充分准备。
1月25日，彭德怀、滕代远又在茨坪召开了守山部队及参战群众的誓师大会。红五军将士、红四军三十二团官兵，宁冈、遂川、酃县赤卫大队和边界群众2000余人，屹立在漫漫风雪之中，听彭德怀作慷慨激昂的动员讲话。会上，提出了“誓死保卫井冈山！”“与敌人血战到底”“与井冈山共存亡！”等口号，充分表明了守山军民“均有死守五井的决心”。
誓师大会后，各路队伍均按原定计划，向五大哨口出发，拉开了第三次反“会剿”的帷幕。
1929年1月26日，何键率总部从萍乡移至莲花，亲自督战。27日，湘、赣两省各路“会剿”军队共10余团的兵力，采取“四面围攻”的战术，以湖南方面为主攻，凭借优势兵力，向黄洋界、八面山、桐木岭三大哨口发起了猛攻。
黑云压城，大雪纷飞。井冈山革命根据地面临着一场严峻的考验。
敌人的主攻方向是黄洋界、八面山和桐木岭哨口的白银湖。
进攻黄洋界、八面山哨口的敌军是湘敌吴尚第八军的两个旅，每处用3个团。这次，敌人吸取了以往的教训，深知靠单兵力和轻武器是很难战胜红军、占领险要哨口的，因而搬来了许多重武器，在山下架起山炮，猛轰哨口工事。密集的炮弹像雨点一样落在山头上、丛林中，卷起沙石，弥天盖地。
在敌人大军压境轮番进攻的严重情况下，红五军指战员不畏艰险，不怕牺牲，英勇抗击，打退了敌人一次又一次的进攻。由于敌人的重炮轰击，工事被打塌了，红军战士只得冒着严寒通宵达旦地加以修复。时值寒冬，气温在零下几度，战士们干脆在修好的工事上浇上水，使工事冻成一道道坚厚的冰墙。
在三天三夜的鏖战中，红五军指战员和参战的地方赤卫队员，在风雪交加的日日夜夜，得不到片刻休息，饿了吃点炒米、炒黄豆，渴了吃把雪，夜间便睡在稻草中，表现出坚忍不拔的革命精神。
在艰苦的激战中，彭德怀、滕代远、王佐、邓乾元等不分昼夜地来回奔波于各个哨口之间，察看敌情，鼓舞士气，指挥战斗，给指战员极大的鼓励。山上的群众冒着危险为红军抬水送饭，抬运伤员；山下的地方武装在何长工等指挥下，也不断地利用熟悉的地形地物，给敌人以打击，使敌人吃睡难安，有力地减轻了五大哨口的压力。
对这场严酷的恶战，彭德怀在1929年4月4日给中共中央的信中记叙道：“四军于1月14日出发，湘敌即于16日迫近根据地，至26日午前湘赣敌军围攻井冈山，他们猛攻了一昼夜，值那天大雪严寒的时候，亦决心极力的挣扎。”1929年3月17日《湘赣边界特委给江西省委的信》也记述：“1月25日，敌人遂开始向五井攻击，以湘敌作主攻。敌人兵力勇敢，猛烈冲锋，我方士兵因据险为守，亦十分沉着，官兵均有死守五井的决心。此时敌人采（取）四面围攻战术，但其主攻，是接近湖南的一方面。敌人力量还是很薄弱，其主要战略，在于牵制我守山部队。我们对敌人的战术，是攻守防御政策。可惜山上部队太少，不能将敌人弱小的地方击破，以解此包围。”
尽管如此，守山部队在彭德怀、滕代远、王佐、邓乾元等人的指挥下，从27日至29日，浴血奋战了三昼夜，击退了敌人的多次进攻，表现得极其顽强，守住了阵地。
在八面山哨口，彭包才率领的第十大队和教导队一部，仅100多人。他们英勇抗击了敌吴尚部3个团的敌人。力量悬殊之大，武器装备悬殊之大，为空前少见。敌人仗着山炮、机枪的掩护，几次冲进我方阵地。守山指战员与敌人展开了殊死的搏斗，击退了敌人多次进攻。最后，子弹打光了，工事全部被炸塌了，100多名红军指战员，几乎全部壮烈牺牲。
在桐木岭哨口，贺国中率领第八大队和宁冈赤卫大队驻守在白泥湖阵地，黄云桥率第九大队扼守在犁坪阵地，与敌人进行了殊死的搏斗。李聚奎回忆说：“敌人进攻白银湖的战斗是异常紧张的。我们在犁坪的山上，就听到白银湖那边的机关枪‘扑噜扑噜’地响，像煮稀饭一样，一直不停。敌人白天猛打，晚上偷袭。贺国中同志亲自带着八大队坚守。那几天，雨雪交加，工事里泥泞有半尺来深，坐不能坐，睡不能睡，就在这样十分困难的情况下，整整坚持了4天4夜。”最后，白银湖阵地被敌人突破。敌人占领桐木岭后，直逼茨坪。
在黄洋界哨口，守山部队在李灿的指挥下，凭借着黄洋界哨口天险，与敌鏖战了三昼夜，哨口始终在我军手中。未料狡猾的敌人，见正面难以突破，便设法从侧面偷袭。1月28日，敌人在黄洋界下的斜沅村，用金钱收买了当地的一个游民陈开恩。29日晚，由陈开恩带领700余名“敢死队”敌兵，沿着他平时捉“石拐”（即石蛙）的一条小溪，在山中转了一夜，摸进了棍子坳，翻过金狮面，由通往黄洋界背后的深山幽谷钻出，插进了小井村。于是，黄洋界腹背受敌！在此危急之际，“奋斗在黄洋界哨口的200多名红军战士，处境非常危险，前面受到敌人正面攻击，后面上来的大量偷袭的敌人，截断了退路，左右两边是危崖陡壁，下面是万丈深谷。在这危急时，大队长李灿、党代表张纯清和三十二团的徐彦刚同志指挥部队一面抗击前后夹击的敌人，一面解下绑腿，结成长绳，攀崖而上，撤出战斗”。30日，黄洋界失守了。彭德怀在茨坪总部闻讯，迅速率领教导队之一部和轻伤员130余人，前往救援，然终因敌众我寡，未能奏效。
敌人攻破黄洋界、八面山、桐木岭哨口后，三路重兵直逼茨坪。红军总部十分危险！为保存有生力量，彭德怀与滕代远等紧急商议，决定马上收拢队伍，突围出去，实行红五军军委和边界特委联席会议决定的应急措施，撤离井冈山。随即，红五军八、九大队，特务大队，十大队余部，以及遂川赤卫队，迅即在荆竹山集结。彭德怀向部队作了简短的讲话后，即经遂川方向，向南突围。据1929年3月17日的《湘赣边特委信》记载：“当时，冲出五井部队有五军四五百人，遂川赤卫队与留山赤军教导团及伤病兵徒手千余人。因此时天气寒冷，山路崎岖，行动非常迟缓，兼之残败之余，指挥难于统一，等到五军冲到遂川大汾地方时，敌人已布置堵截，结果大汾一段，五军虽无大多损失，而遂川武装及伤兵老小徒手，均被敌人击散。”在大汾战斗中，留任红五军副参谋长（原红四军二十八团参谋长）的王展程不幸被捕，被敌人杀害于遂川戴家铺。
敌人占领井冈山军事根据地后，2月又调集赣敌第五师第十四旅、第十二师三十五旅计4个团的兵力，向九陇山军事根据地发动了猛烈攻击。坚守在九陇山的永新、莲花、茶陵县赤卫大队，在刘作述、鄢辉等指挥下，凭险抵抗，英勇战斗，然终因寡不敌众，丢守阵地。至此，第三次反“会剿”失败，井冈山根据地沦陷敌手。
井冈山失守后，1月29日，敌人从黄洋界的金狮面，插入了小井村。当时，小井红军医院的轻伤员和工作人员都往山上突围了，只有100余名重伤员没有办法突围出去。敌人进村后抓获了这些重伤员，进行严刑拷打和审讯，妄图得到红军情报。英勇的红军伤病员没有被敌人的凶残所吓倒。他们面对着敌人的屠刀，忍受着饥饿、疼痛，咬紧牙关，拒绝回答敌人的提问。敌人毫无办法，把100余名重伤病员押到小溪边的一块稻田里，在对面的小桥上架起机枪以死来威胁他们。在敌人的枪口面前，红军伤病员们泰然自若，视死如归，表现出崇高的革命节操。他们一个个怒目而视，振臂高呼：“打倒国民党反动派！”“中国共产党万岁！”“红军万岁！”红军伤病员的英雄气概，使敌人气急败坏。敌人立即下令开枪。在机枪的扫射下，100多名红军伤病员倒在血泊之中，鲜血把小井溪中的水都染红了。
对这场灾难，当年的红军医院工作人员、目击者董青云回忆道：“1929年1月，毛委员率领部队离开井冈山，向赣南、闽西进军。敌人来袭击井冈山的小井时，红军医院有200多伤病员，十几个工作人员。其中有医生资影、徐鸽、谢秋月、伍海泉、伍久奎，还有护理人员，名字我都记不清楚了。200多伤病员中，我记得有：李新华（湖南耒阳人，红军副班长）、徐新（湖南耒阳人，红军战士）、李玉发（湖南耒阳人，红军战士）、邓颖发（湖南耒阳人，红军战士）、汤民新（湖南安仁人，红军战士）、朱娥龙（江西永新人，红军战士）、吴鸿录（江西宁冈人，红军排长）、彭振辉（湖南湘西人，国民党班长）、吴凤图（北方人，国民党班长）、王梅朵（湖北人，国民党班长）、徐子龙（湖北人，国民党班长）。其他人的名字记不清了。敌人袭击红军医院时，轻伤员和工作人员都往山上突围了，只有100多重伤病员没有办法突围。当天，国民党军队就把他们全部拖在一块田里用机枪扫死。我躲在对面山上树丛里看得很清楚，先是一个个地拳打脚踢，打躺在田里，然后开枪。我流下了眼泪。”
小井遇难的100多名红军伤病员，他们有的甚至连姓名也没有留下。他们牺牲后，井冈山人民冒着生命危险，偷偷地掩埋了他们的遗体；尔后，带着对敌人的无比仇恨，投入了新的战斗。
对于井冈山革命根据地的失守，第三次反“会剿”的失败，时中共湘赣边界特委在1929年3月总结说：“根据我们的观察，三次反‘会剿’失败的原因有如下几点：（一）因为中国目前资产阶级统治暂时稳定，敌人能集中力量打我们。（二）主观力量太薄弱，边界群众不能用大力去扰乱敌人后方，以牵制敌人。（三）守山部队太少，应付敌人不来，以致在军事上陷于失败的地位。（四）敌兵运动没有实际去做，宣传不深入，没有动摇敌军兵士。（五）全国各地无大的暴动响应，使边界斗争陷于孤立。”
彭德怀1929年4月4日在瑞金写给中共中央的信总结说：“井冈山失败的缺点：部队复杂，指挥不统一，兵力单薄（1与20比），昼夜出兵，得不到休息，子弹缺乏。然敌此次会剿有决心，有计划，悬重赏。比如得到我们一支枪30元。其兵前仆后继的攻击。虽然如此，敌人没有缴一支枪去。”
敌人占领井冈山后，对根据地实行了惨无人道的“三光政策”。然而，我转入深山的红军和地方部队，不断地袭扰敌人，加之天寒地冻，大雪封山，给养困难，使敌人处于四面楚歌之中。因而，敌人不到10天即被迫退出大小五井。3月，蒋桂战争爆发，大部分“会剿”军被调往前线，只留下1团兵力驻防永新。这时，我红军赤卫队连连出击，恢复了根据地。对此，陈毅在《关于朱毛军的历史及其状况的报告》中说：“所谓三省（应是湘赣两省——引者注）会剿实际只到井冈山游了一次，除红军因战略引退而外，所谓三省大兵对成千整万之赤色群众只有一个‘莫可如何’，所以不到一个礼拜即行撤退，边界区域仍然在赤色群众之掌握中。”
井冈山军民第三次反“会剿”虽然失败了，但彭德怀、滕代远等领导指挥下的守山部队在战斗中表现出来顽强不屈的精神，是可歌可泣的。同时，由于红五军等守山部队在坚守井冈山的过程中，钳制和拖住了敌人，从而为红四军出击赣南赢得了时间，创造了条件。