民国二十六年（1937年）“七七事变”后，抗日战争全面爆发。大敌当前，国共二度合作，中共提议“释放一切政治犯”。尽管中共代表周恩来在庐山上向蒋先生提交的释放本党在押者的名单上并无陈独秀及“托派”诸人，但谁都知道，陈先生才是全国最大的政治犯，理应在释放之列。经旧友胡适、张伯苓的积极活动，蒙汪精卫说情，蒋介石终于同意开释陈独秀。
然而，要把一个重量级人物提前释放，国民政府总得给自己台阶下呀！于是，狱方便通知陈写个悔过书。
兴许陈独秀想起当年在北洋政府警察厅里写过的“悔过书”，顿时暴怒道：“我宁愿炸死狱中，实无过可悔！”陈独秀说这句后的数日，日军飞机果真夜袭南京，大肆轰炸，监狱也挨了炸弹！
不悔也罢，反正要放人。8月21日，司法院院长居正向国民政府主席林森呈递了《请将陈独秀减刑》的公文：
查陈独秀前因危害民国案件，经最高法院于民国二十三年六月三十日终审判决，处有期徒刑八年，在江苏第一监狱执行。
该犯入监以来，已愈三载。近以时局严重，爱国情殷，深自悔悟，似宜宥其既往，藉策将来。拟请钧府依法宣告该犯陈独秀原处刑期减为执行有期徒刑三年，以示宽大。
因为陈独秀从被捕至眼下，已经被囚近五年矣，将其刑期减为三年，就等于无条件放人。
非常时期，当局“依法”办事的速度也突然非常地快了——国民政府当天就发出指令：
呈悉。应予照准。
第二天，“国府明令”即在《中央日报》等各大报上刊出。
第三天，陈独秀这个令国民党和共产党都深感恐惧的思想巨兽便从笼中踱了出来。
迎接他出狱的，除了潘兰珍与陈松年两位亲人之外，还有国民党中央统计局的处长丁默邨。数年后成为汪伪政权大特务的丁处长，奉命请陈先生住到国民党中央党部招待所，以示国民党对前友党一把手的善意。但陈独秀不愿再与国民党有染，他宁可住进原北大学生领袖、时任中央研究院总干事傅斯年的家中。
到底是斗士，陈独秀出狱后的头一件事，就给《申报》写了一纸声明：
鄙人辛苦狱中于今三载，兹读政府明令，谓我“爱国情殷，深自悔悟”。“爱国”诚未敢自夸，“悔悟”则不知所指。
前此法院科我之罪，诬以“叛国”。夫叛国之罪有明文，外患罪与内乱罪是也。通敌之嫌，至今未闻有人加诸鄙人之身者，是外患罪之当然不能构成。迩年以来，国内称兵据地或企图称兵据地之行为，每役均于鄙人无与，是内乱罪亦无由周内。无罪而科以刑，是谓冤狱。
我本无罪，悔悟失其对象；罗织冤狱，悔悟应属他人。
铜头钢牙，决不言败，还是那个倔犟不屈的陈独秀！
出狱后的陈独秀，突然又成了香饽饽。
于国民党来说，此人乃一代青年领袖，独立于中共之外的思想巨子，坚决反对斯大林的民族主义者，而且只是一代青年的精神领袖，不是暴力斗争的鼓吹者，故出狱后可供奉高位以招揽人心。蒋介石遂通过陈的学生辈的政府高官周佛海、朱家骅、段锡朋等出面，有意聘请陈独秀出任新成立的国防参议会议员，甚至属意由他出任国府劳工部部长。
在党国要员们为他举行的宴席上，陈独秀闻此美差，非但不识抬举，反倒正色回答：
蒋介石杀了我许多同志，还杀了我两个儿子，我和他不共戴天！现在大敌当前，国共两次合作，既然国家需要他合作抗日，我不反对他就是了。
客人铿锵一席话，满座高官莫敢答。陈仲甫，伟丈夫！
于共产党来说，此翁乃本党创建人、早期的领袖，还是张闻天、毛泽东、周恩来等中共领导群体的思想导师，况且其坚持反对国民党政权，故敦促其回归党内，于公于私，都更为有利。所以，陈出狱后，叶剑英、博古就衔命登门造访。之后，叶剑英还曾同陈独秀单独会谈。远在陕北的张闻天、毛泽东联名发来电报，提出允许陈独秀回到党内的三个条件，其主要内容即陈要承认加入“托派”的错误。
倔犟的陈独秀，此时已抵武汉，他对前来催问结果的中共驻国统区二号人物董必武说：
回党工作，固我所愿，惟书面检查，碍难遵命。
中共党内，凡在陈独秀手下工作过的人，谁都知道“老先生”的执拗。所以，此事只得作罢。
国内“托派”组织当然更来找他。服刑期间，“托派”与他的联系就没有中断，胆大心细的潘兰珍女士充当了秘密信使。但他已经厌倦了国内各“托派”组织的无休无止的宗派纷争，复函正式回绝了小团体的邀请：“我已不隶属任何党派。”
旧友胡适为他联系好到美国写传记，还有朋友劝他去香港定居，以摆脱国民党的监视。然而，他都没答应，理由很简单，也很感人：“既然我拥护国民党领导全民抗战建国，就不能离开内陆。”若用现在的话说，就是要与灾难中的祖国同呼吸、共命运。
为此，他孤傲地留在了“国统区”。
随着战局的恶化，国民政府由南京退到武汉，又由武汉退进四川，长江三峡成了天然屏障。陈独秀带着叔母谢氏（陈衍庶的第二任夫人）及潘兰珍先在“陪都”重庆落下脚，后又退到距重庆百余里水路的江津县定居。彼时，国民政府将各省公立学校都迁到了巴山蜀水，安徽流亡学校被安排在江津复课。为此，陈松年也在江津的学校里找了份工作，与父亲隔江而居，经常探看。潘女士则始终与陈先生同居一处。
民国三十一年（1942年）5月25日上午，也许是个日照江花红胜火的时辰，住在距江津县城二十华里外的鹤山坪石墙院“杨氏山庄”的陈独秀，却如深秋之落叶，摇摇欲坠。患高血压和胃溃疡多年的他，自知生命之旅将终结，便艰难地喘息着，把松年、潘氏及追随自己多年的北大学生何之瑜、邓纯以及专程从广东赶来的包惠僧召到病榻前，分别作了遗嘱。
他告诉松年的是，日后将其棺木带回故土。
两天后，斯人长逝矣！江津故交将其安葬在了长江边的康庄墓园。
五年之后，陈松年将亡父的灵柩起出，雇船顺长江而下，漂泊几天几夜后，在安庆怀宁城郊的亡母墓旁，将父母埋在了一起。尽管陈独秀一生漂泊，四海为家，直至病逝他乡，但他还是魂归故土了。此为民国三十六年（1947年）6月的事。
让人深感庆幸的是，经历了漫长的动荡岁月，尤其是经历过“文化大革命”滔天浊浪的冲决，这座“无名”的名人之墓竟然保存下来了！