倔犟的陈独秀没有屈服，没有惊慌，更没有像日后瞿秋白、李立三等人那样违心地反复认罪。他坚信自己没有背离马克思主义。
然而，彼时的中国共产党人，有几个能知道陈独秀的悲剧正是苏共党内斗争在中国的延续呢？
旁观者清啊！名记者斯诺的顶头上司鲍威尔先生就曾直截了当地说过：
外国人知道中共的背后，存在着俄国人的影响，但很少有人知道发生在中国的斗争，不过是列宁逝世以后，斯大林和托洛茨基在俄国国内所作的生死斗争的一部分。
在被自己手创的党开除后的第二十五天，无所顾忌的陈独秀发表了披肝沥胆的《告全党同志书》，痛陈斯大林主义对中国革命的危害和党内的宗派主义等种种错误。五天之后，陈独秀又领衔八十一人发表了《我们的政治意见书》，公开打出“中国共产党左派反对派”的旗帜。民国二十四年（1935年）1月，陈独秀和他的同志们聚会，将党名改为“中国共产主义同盟”，继续向国民党政权和斯大林主义同时进行战斗。
陈独秀接受托洛茨基思想，是必然的。陈独秀与托洛茨基应该没见过面。1921年秋，陈独秀曾奉召去莫斯科，没有得到任何一位苏俄党要人的接见。那会儿，苏俄人没看得上中国共产党。陈独秀执政晚期，莫斯科派回来的中共党人，不光有博古、张闻天和王明那样的斯大林的盲目崇拜者，也有“反党集团头子”托洛茨基的同情者。这些年轻干部把托氏关于中国革命的理论带回来，让陈独秀从切身经历和本党同志被屠戮的残酷现实中，蓦然认清了打着马克思主义旗号的斯大林主义的本质，于是便非常自然地成了托洛茨基在中国的同志。
辞职前的陈独秀已经悟出，托氏关于中国革命的论断，与他自己痛苦思索的结果极为相似，即大革命的失败，标志着中国资产阶级对于帝国主义和封建势力已经取得了胜利，它对人民的统治已趋稳定，中国社会已是资本主义占优势并将成为和平发展的社会。因此，中国资产阶级民主革命已经完结，中国无产阶级只有待到将来再去举行社会主义革命。
资本主义是不可逾越的——这个半个世纪后方被证实为正确的陈独秀思想，在当时却被冠以“取消革命”的恶名大受批判，陈独秀由此成为与托洛茨基齐名的“托陈取消派”首领。因“世界无产阶级的伟大领袖”斯大林的态度，中共理应比国民党更为痛恨托派的中国领导人，所以创立了中共的陈独秀就成了中共党史上最长久的蒙难者。
民国二十一年（1932年）10月15日，正在卧床疗养胃溃疡的陈独秀突遭逮捕。同日，多名中国“托派”重要干部入狱。
国民党人兴高采烈，满以为这一下便将“共匪”头子这一心腹之患彻底解决了。蒋介石无疑是最开心的一个，对各地“苏区”的一次次用兵已令他疲惫不堪。倭寇已占据东三省，华北也日益告危，大敌当前，他太想先“安内”再“攘外”了！正在汉口督战“剿共”的他，顾不上回南京，电令将本案起获的重要文件迅速送到汉口，他要亲自审阅。紧接着，他又电令将已经开口与政府合作的“中共秘书长”谢德盘押至汉口审讯。看完，问完，他才弄明白，陈独秀已经不是中共的当家人，而是中共“左派反对派”的首领，谢某人只是陈独秀那个小组织的秘书长。但他仍不明白陈独秀与正在对垒的中共的红军到底是什么关系，遂令国府军政部长何应钦当面询问之。
于是，民国二十一年（1932年）10月27日的《大公报》，刊出了两天前何应钦与军法司长王振南对陈独秀的“传讯”：
（何氏）询以赣、鄂等省共党暴动行为，或知其详否？陈答：各处共匪行为，均由干部派指挥，与余毫无关系。又询以抗日问题。陈侃侃申述，谓依国际形势观察，仍须联俄方为有利，英美及国联均不能有助于我国。
陈独秀自不会称中共为“共匪”，尽管他已经被从苏联回来的那帮人（他称为“干部派”）开除出党。从被捕到上法庭，他一直宣称自己信仰共产主义，依然要推翻国民党政府，显然，“共匪”这一说法是当时的报纸屈从政府的规定强加在他头上的。陈独秀襟怀坦荡，实话实说。而且，尽管他憎恶苏俄，但为国家命运计，他还是希望国民党政府“联俄”。
临别时，何应钦客气地向陈独秀求字存念——陈的书法是很有功底也很有名气的。
何上将客气，但陈独秀不客气，他饱蘸浓墨，不假思索地疾书一纸条幅：
三军可夺帅，匹夫不可夺志也。
天日昭昭，此心可鉴。即令政治死敌，也不可能不对陈独秀的节操表示钦敬。
蒋介石遂采纳了胡适、翁文灏等国民党内文职高官的建议，下令将陈案转到了地方法院公开审判。如依军界多数高官和地方党部的多数意见，将陈案移送军法审判，则陈独秀被“明正典刑”的结果自不可免。
民国二十二年（1933年）4月14日上午9点30分，陈独秀和彭述之、濮清泉等十名同案被告被押至江苏省江宁地方法院审判厅，那位谁都得让其三分的老友章士钊大律师自告奋勇自北方赶来为被告辩护。
自从陈离开北大后，两人即没了交往，相反的，性情无羁的他还曾十分无礼地公开著文骂附从军阀政府的章先生是“放屁狗”、“狗放屁”、“放狗屁”。章先生不计前嫌，毅然接受委托，一时颇受称颂。
检察官朱隽依《危害民国紧急治罪法》提起公诉。之后，彭述之等九被告暂退审室，首审陈独秀。
审判长胡善偁例行公事地问完姓名、年岁、籍贯后，开始从头问起：
问：以前做何事？
答：在教育界做事。
问：在何处？
答：在北京。
问：在北京何校？
答：在北京大学当教授。
……
问也简明，答也简明。
问：退职后往何处？
答：到上海。
问：做何事？
答：未做事。
……
问：共党活动，是否受莫斯科指挥？
答：是。
……
问：当时共党之活动，第三国际态度如何？是否满意？
答：无所谓满意不满意。
问：共党书记是否总秘书长？
答：是。
问：何时被开除？
答：记不清，大约在民国十七年、十八年。
问：为何被开除？
答：因意见不同。
问：被开除后做何事？
答：未做事。
问：共产党分几派？
答：分托洛茨基派与史他林（即斯大林）两派。
……
这边“胡问”，步步紧逼；那边“陈述”，直言不讳。一问一答，如同一部传奇，章节越来越引人入胜。
问：中国共产党反对派即“托派”最终目的如何？
答：世界革命。在中国需要解放民众，提高劳动者生活，关于夺取政权，乃当然的目的。
……
问：与皖湘闽赣等省共党不能合作，是否因政策不同？
答：是。
……
问：被捕十人中，有几人认得？
答：以政治犯资格，不能详细报告，作政府侦探，只能将个人情形报告。
陈独秀真乃幽默大师，估计说完这句话，胡问的法官怕也忍俊不禁了。但人家正在扮演正义的化身，遂压抑住笑意，貌似生气地发问：“何以要打倒国民政府？”
这下可正中下怀！陈独秀遂慷慨陈词：
这是事实，不否认。至于理由，可分三点，简单说明之：
一、现在国民党政治是刺刀政治，人民既无发言权，即党员恐亦无发言权，不合民主政治原则。
二、中国人已穷至极点，军阀官僚只知集中金钱，存放于帝国主义银行，人民则困苦到无饭吃，此为高丽亡国时的现象。
三、全国人民主张抗日，政府则步步退让。十九路军在上海抵抗，政府不接济。至所谓“长期抵抗”，只是“长期抵抗”四个字，始终还是不抵抗。
根据以上三点，人民即有反抗此违背民主主义与无民权实质政府之义务。
4月20日上午第三次开庭时，前来观赏陈独秀精彩表演的观众爆满——“旁听席上，已无地可容”。看客盈门，陈独秀格外来劲，这一次，他对强加在头上的“危害民国”罪名，抗辩得最有道理：
谓我“危害民国”，因为我要推翻国民党和国民政府。但是我只承认反对国民党和国民政府，却不承认“危害民国”。因为政府并非国家，反对政府并非危害国家。例如满清政府，曾自认朝廷即国家，北洋政府亦自认代表国家，但是孙中山、黄兴等，曾推翻满清，推倒北洋政府。如谓推倒政府就是危害民国，那末国民党岂非已叛国两次？……
肃穆的法庭上终于爆响了会心的笑声！人们差一点要为这位被告的抗辩喝彩了！害得胡审判长连忙制止，场面才没失控。
法院审了三天，陈独秀的精彩答辩也让旁听者大叫过瘾了三天，而辩护律师章士钊的辩护词亦十分精彩。两位老友的辩护词竟成了经典的法律教材！而最幽默的是，陈独秀竟然在头头是道地阐明为何反对国民党政权而不是反对国家之后，不仅要求法庭宣告自己无罪，而且还要求赔偿自己“在押期间之经济上、健康上的损失”！
不过，南京政府不比北京政府，“司法独立”已经成了一党专政时期的蒙人幌子。因此，陈独秀还是被判有期徒刑十三年，经上诉后改为八年。曾从莫斯科跑到土耳其见过托洛茨基的彭述之，与他同刑期，其他同案犯各领刑五年和两年六个月。
就在陈独秀服刑期间，在大西南的遵义城内的一幢黔省军阀的弃楼里，被苏联人指派担当中共领袖的那几个从莫斯科回国的后生们，已经被毛泽东联络张闻天、王稼样等人轰下台来，中国共产党自此开始走上了陈独秀所向往的独立自主的道路。
连苏联人都不知道中共核心层发生了如此之大的变故，更遑论狱中的陈独秀！