朱元璋是在马背上得到的天下，所以他一向很重视对军权的掌握。开国以后，朱元璋陆续剥夺了许多旧将的兵权，让自己的几个儿子直接掌握。对那些在外带兵打仗的将领，朱元璋则把他们的妻儿家眷接到京城。名义上是保护这些将领的家眷，实际上则是把他们扣留在京城当做人质。
其实在完成对开国老将的“清理”之后，该死的已经都死了，活着的也都知趣地躲得远远的，对朝廷已经构不成威胁。可是有一人却始终让朱元璋不能放心，这个人就是蓝玉。他带兵多年，在军中威望甚高，而且现在拥有兵权。
在开国以前，蓝玉就已经战功赫赫，开国以后更是南征北战，几经生死。蓝玉的军队纪律严明、作战勇敢、所向披靡，敌人只要听说是蓝玉的部队到了，都不战先怯，有的甚至望风而逃。蓝玉也从当初的侯爵变成了如今的凉国公。蓝玉性格豪爽，喜欢结交朋友，光干儿子就有几百个，具体有多少连他自己也记不清了。
树大则必然招风，本来蓝玉带兵多年，朱元璋就对其不放心，圣恩之下蓝玉又昏了头脑，变得飞扬跋扈起来。朱元璋每想起徐达临死之前那个生日上蓝玉的表现，就火冒三丈，还没有谁敢对他朱元璋如此无礼过。
这一日，刑部递上来一道折子。说定远有一人当街行凶，官府派人前去捉拿，没想到那人竟派来家丁抵抗，打死官府数十名兵士。朱元璋看完了折子很是纳闷，于是便招来刑部侍郎询问。
“你说说看，我大明律法如此严格，却为何还有这般刁民如此霸道？”朱元璋实在不解。
“皇上，臣之所以把这案子呈上圣裁，就是因为他太棘手了。”吏部侍郎说道。
“这是为何啊？”朱元璋更加不明白了，这案子虽说性质恶劣，但极为好判，确实用不着呈给我啊。
“皇上您注意到没？这件案子发生在定远，定远是凉国公蓝玉的家乡，这案件中行凶之人正是蓝玉的义子。蓝玉维护手下义子是出了名的，臣怕处理不当会引起凉国公的不满，所以才交给皇上裁决。”刑部侍郎说道。
“蓝玉好大的胆子。他的义子犯案你们都不敢办，那要是他蓝玉自己犯案呢？朕令你把蓝玉这个义子缉拿归案，斩立决。蓝玉要是敢横加阻拦，你就让他来找咱。”朱元璋道。
刑部办案效率还真高，不几日便擒获蓝玉那个行凶的义子。但他们并没有按皇上说的那样斩立决，而是擒获后立即差人通知了蓝玉，并告诉蓝玉要求情得去皇上那里。
蓝玉是个极讲义气之人，得知后立即前去向皇上求情。
“皇上，末将请求皇上放了我这义子。”蓝玉开门见山。
“蓝玉，你好大的胆子。你这义子行凶伤人，还打伤官兵。我还没追究你管教不严之罪，如今你却还敢来替他求情！”皇上激动地说道。这蓝玉胆子也真是大。
“皇上，我这义子虽然行凶伤了人，但他在战场上可是勇猛无比。攻打云南时，我因不慎被敌箭所伤，是他杀出一条血路把我救回军中，攻打北元时他更是失去一臂。他可是为大明江山立下大功的人啊。”
朱元璋越听越生气，就算你有了功劳，你就可以胡作非为了？义子尚且如此，你蓝玉还不知道猖狂到什么程度。本想下令立即处决蓝玉这义子，可转身一看却看到了蓝玉那双坚毅的眼睛。朱元璋很快想到，对付蓝玉这种骄兵悍将绝不能以暴制暴，得动点心思。
于是朱元璋立即变得和颜悦色起来，对蓝玉说道：“蓝玉啊，咱念在你陪咱多年南征北战的分儿上，今天就答应了你的要求。但你以后可要好好管教你的这些义子，下次再犯，定斩不饶。”
蓝玉立即跪地谢恩，说道：“多谢皇上，我就知道皇上不会杀了他的。”
“咱的义子才十几个，蓝玉你收了多少义子啊？”朱元璋笑着问道。
“禀皇上，末将也不知道，大概有几百个吧。他们个个都是以一敌百的悍将啊。末将能打这么多胜仗，绝少不了他们的功劳。”蓝玉喜道。
“都说你蓝玉带兵百战百胜，你可有什么秘密啊？”朱元璋继续问道。
蓝玉有点得意忘形，便完全放松了对皇上的警惕。“皇上，末将带兵之所以攻无不克、战无不胜，主要是因为末将的军队纪律严明，将士们绝对服从命令。”
“呵呵，你说你战无不胜，现在如果把你的军队平分我一半，你认为我们谁会赢啊？”朱元璋开玩笑似的说道。
“皇上，不是末将夸口，如果真如你所说，那败的那个人肯定是皇上。”蓝玉极为自信。“是吗？还没打，你怎么就那么自信你一定能赢？”朱元璋不解地问道。
“皇上有所不知，末将的军队只会听从末将的调遣。皇上你的命令，恐怕他们也未必肯听。”蓝玉自豪地说道。
“是吗？那我真要好好见识一下。”朱元璋将信将疑，同时蓝玉的话也勾起了他的好胜心。他决定要亲眼看看蓝玉的军队到底有多厉害。
第二天一早，在蓝玉的陪同下，朱元璋早早便来到了点将台。台下早已集结了若干士兵，他们一字排开，个个精神抖擞，枪明戟亮。一阵鼓声之后，蓝玉高居点将台挥动手中军旗。再看台下的那些士兵，无论怎样左右游走，前冲后突，阵形丝毫不乱。朱元璋看了心中不禁暗叹，怪不得蓝玉的军队谁见谁怕。蓝玉带兵果然不同凡响，自己亲自训练也不过如此而已。
操练完毕，蓝玉又领着二十多人来见朱元璋。“皇上，这几个都是咱蓝玉的义子。看看不错吧？上了战场，他们个个可都是骁勇无比啊。”蓝玉笑道。
朱元璋忽然想起昨天蓝玉曾说起，他蓝玉的军队只听蓝玉的命令，今天刚好见证一下这话的真假。于是对蓝玉的义子们说道：“诸位将军都是好样的，你们为咱大明的江山出血流汗，咱不会亏待你们的。你们先退下，我和蓝将军还有些话说。”
等朱元璋说完，再看蓝玉的义子们却丝毫没有动静。蓝玉也觉察出了不对，连忙大声说道：“退下！”
众义子得令，赶忙退到一旁。蓝玉赶紧向皇上说道：“皇上莫怪，这些将士听惯了末将的命令，一时不慎，还请皇上恕罪。”
“哈哈，看来咱如果分你一半军队，果真和你交起手来，那咱必败无疑啊！”朱元璋假装笑道，心中却是暗惊。这蓝玉的军队果然只听从他蓝玉的命令，有朝一日蓝玉若反，那可是太危险了。于是暗暗下定决心除掉蓝玉。
洪武二十六年（1393年），锦衣卫指挥蒋献告蓝玉“谋反”，说他与景川侯曹震等公侯企图趁朱元璋出宫举行“藉田”仪式时，发动兵变。
于是，刑部在朱元璋的暗示下开始网罗蓝玉的“罪证”。当初乡里的一个染匠张仁孙供到，他们出征回家，前去拜见蓝玉。蓝玉对他们说，要举兵反明，让张仁孙等备好兵器，准备接应，如日后事成，都封他们大官。
给蓝玉家打鱼的蒋富招供，说蓝玉打仗回来，请他喝酒，其间，蓝玉对他说：“你跟随了我这么多年，我有句话想和你说，但你千万不可泄露了消息。如今我要领兵反明，已与朝中各位大臣都商量好了。你回去到家打听着，若我们成功了，你就来找我，我封你个官当当。”
一时墙倒众人推，状告蓝玉谋反者每天都络绎不绝。
在如山的“事实”和大刑面前，蓝玉不得不承认准备伙同景川侯曹震、鹤庆侯张翼、吏部尚书詹徽等，准备在皇上举行“藉田”仪式时发动兵变，刺杀皇上，趁机谋反。
“我冤啊，我要见皇上。皇上最清楚我了，是你们私用大刑我才不得不招的。”蓝玉在狱中一直不停地在喊。
“不要再喊了，还是歇歇吧。留点力气在去刑场的路上喊，那里人多，在这里喊谁能听到啊？”景川侯曹震道。
吏部尚书詹徽喃喃自语道：“古往今来，冤死的人比活着的还要多。欲加之罪，何患无辞。君要臣死，臣不敢不死，只可惜我们临死才能真正明白这个道理啊。”
“朱元璋，你这个小人！咱出生入死替你打天下，如今你坐稳了天下，就把咱送进这大牢里来。老天不公啊！”蓝玉喊道。
朱元璋怕在行刑的路上出现差错，命人在狱中处死蓝玉，并灭其九族。
蓝玉一案牵涉一公、十三侯、二伯，连坐、族诛达一万五千人，几乎杀光了所有能威胁到朝廷的人，朱元璋牢牢掌握了朝廷的军政大权。为了彰显君威，震慑世人，朱元璋特地下手诏，颁布了《逆臣录》，这一年朱元璋六十六岁。
蓝玉案结束后一年，颖国公傅友德被诛。朱元璋终于完成了诛杀开国功臣、清淮西勋贵、整治吏治、收回兵权等一系列使命，成为集军事、政治权力于一身的君王。朱元璋希望经过他半生的努力，可以交给后世之君一个可以万世长存的大明王朝。
五年后，即洪武三十一年（1398年）六月二十四日，七十一岁的朱元璋病逝于西宫。