勋贵们的问题属于潜在的问题，这些问题关系着大明王朝的将来，所以朱元璋不念旧情，不顾异议，坚决处置了大批老将和功臣。朱元璋明白，他的王朝依然还有很多问题，经过近二十年励精图治，大明王朝的发展渐趋稳定，稳定的环境下，官员们最容易犯的错误就是玩忽职守，贪污腐化。而此前，朱元璋忙于清理对朝廷有威胁的功臣老将，现在他以为是严惩官吏的时候了，大明王朝刚刚建立，要能承续千秋万代，必须在他这里对文武百官严加要求，树立典范，以警后世。
农民出身的朱元璋，一心替农民着想，因为他一直奉行着得民心者得天下的警言，才取得如今的大业，所以朱元璋觉得要想坐稳天下，不让老百姓造反，就得让他们有饭吃、有衣穿，得让他们活下去。相对应的，朝廷应该有好的政策，使农民安于劳作，发展生产。然而光有好的政策还不够，这些政策还得靠官员们去执行，所以官员要清正廉洁、为民办事。只有这样上通下达，才能使百姓安居乐业，江山才能坐得稳，有了这样的思维逻辑，朱元璋的政府中，财政便成了焦点所在。
因为在朱元璋看来，平民求的是安居乐业，饱餐无疾，而知识分子的欲望就多得多，他们寒窗苦读，为的就是升官发财，光耀门楣，真正胸怀天下、刚正不阿的官吏是少之又少啊。所以，在明朝初年，朱元璋对政府的财政把控严谨，他以为掌控了各级政府的财政，就可避免官员们贪污。
朱元璋规定，每年各府必须把财政收支账目上报给布政司，然后布政司上报给户部，一级一级上报，直到户部审核合格，同意报销，整个过程才算结束。如果万一有数字对不上，那整个报销册便作无效处理。各布政司还得重新填写，然后盖上原衙门的印章才能生效。各布政司离京城路途遥远，近的也有千里上下，一个来回就得几个月。
为了达到户部的要求，同时又能免去来回奔波，各布政司官吏在来京时身上都带着盖过官印的空白文册。万一有什么地方不合格，他们就在这些空白文册上随时填写改正。对于这种情况，户部也很清楚，在他们看来这样做双方都省了不少麻烦，合情合理。
洪武十五年（1382年）的一天，朱元璋视察户部，无意中听到两个官员在争吵。
“刘大人，你们今年是怎么回事，这账目太乱了，一点也对不上。必须拿回去重新填。”一个官员道。
“账目我们已经改了一次了，还请大人高抬贵手，宽容宽容啊。”那刘大人道。
“不行，这规章制度都在这明写着呢。还是请刘大人拿回去好好修改吧。”
朱元璋听到此心里暗自高兴，想我大明的官员还真是奉公守法、铁面无私，看来咱的努力没有白费啊。
可就在第二天早朝之上，户部尚书向朱元璋禀报了上一年的财政。
朱元璋甚是诧异，问道：“昨天你们还有一个布政司的账目不合格，你今天竟向我汇报全年的财政状况，这怎么可能？”
朱元璋追问之下得知了事情的真相。他龙颜大怒，立即向户部尚书问罪：“你们真是好大的胆子，上下一心合起伙来欺骗咱。咱朝法令明文规定，账目不符者必须打回重做，你们都视而不见吗？你们眼里还有没有咱这个皇上了？”
户部尚书跪下说道：“皇上息怒，恕臣直言，官员们这么做也是迫不得已啊。如果查出不符者都发回重做，他们山高路远，恐怕每年的账目都做不完啊。”
“混账！”朱元璋闻听此言更是震怒。“你们的马虎应付可能让那些贪官钻了空子，你们是方便了，可你们有没有想到那些百姓！他们辛辛苦苦一年忙到头，可能就因为你们的行为而食不果腹、衣不蔽体啊。”
“皇上，微臣明白你是在替百姓着想，皇上真乃圣君。可也请皇上为我们这些官员考虑考虑啊。念在他们也是对大明一片赤诚，还请皇上从轻发落。”户部尚书跪请道。
“你们这些官员，满脑子都是如何榨取百姓钱财。你们可以随便盖个印。但咱若是不严加查办，你们明天就能把咱这江山给改姓了。”朱元璋狠狠说道。
“皇上，微臣代表各布政司官员及户部所属恳请皇上息怒。”户部尚书想，全国这么多官员都卷入这空印案中，皇上定然不会个个责罚。
“怎么？你以为这案件牵涉太多咱就不敢办了？当年战场上咱杀的敌人比这多了去了。”朱元璋说完拂袖而去，只留下户部尚书一人跪在那空空的大殿里。
“大人，皇上怎么说啊？”见户部尚书回来，众官员连忙问道。
“只怕此次凶多吉少啊。皇上听说此事后万分震怒，扬言我们这是欺君罔上，定会重罚。”礼部尚书说道。
“那我们该怎么办呢？”众人问道。
“皇上之所以震怒，一方面是因为他感觉众臣欺骗了他；另一方面是怕我们利用空印之便，贪了百姓的便宜。”户部尚书也没有什么好办法。
“我倒有个主意，不知是否行得通。”忽然一人说道。
“都这个时候了，你就别卖什么关子了。快说给我们听听。”众人道。
只听那人说道：“皇上无非认为我们骗了他，并有可能占了百姓的便宜。现在我们找出一人上书皇上，他既能证明我们没有欺骗皇上，又能证明我们没有贪占百姓之财，相信皇上定能饶恕我们。”
“好主意，只是这样的人一时到哪里去找呢。”众人急忙问道。
那人一副胸有成竹的样子说道：“我就认识一位，此人名叫郑士利。他不但文笔好，而且还是一位平民百姓，完全符合条件。平时就爱点评时政，这次肯定会愿为我们上书皇上。”
不料等朱元璋看完这郑士利的上书，更加愤怒。朱元璋心道：你们这些官员真以为咱是傻瓜了，什么郑士利上书，这明明就是你们为自己开脱，咱岂能上了你们的当。如果真的放了你们，咱的龙威何在？你们以后只会更加放肆。于是下旨，各府、县、布政司主印官员全部处死，就连那个上书的郑士利也被罚去做苦力。
在这次空印案中，好多清廉的官员也遭牵连被杀。朱元璋通过此案，表明了自己不惜一切代价整治吏治的决心，而整治吏治就不能不杀贪官。关于杀贪官的案子，在明初影响最大的就要数郭桓案了。
洪武十八年（1385年）三月，御史余敏、丁廷上奏告发户部侍郎郭桓利用权势，勾结官吏，贪污太平、镇江等府的赋税。
郭桓此时案发，正好撞到了朱元璋全力惩治贪官的枪口上。朱元璋下令一查到底，绝不姑息。
原来太平、镇江等府是朱元璋的起家之地，这些地区多年承担着徭役供给。于是，朱元璋就下令将这些地区的夏税秋粮全部免除，官田也只征收一半赋税。但是，官吏张钦勾结户部官员郭桓，作弊私分了这些赋税，致使这些州县无一粒粮食上缴到朝廷。
严查之下，还得知郭桓接受官员贿赂，乱征钱赋，扰害百姓等罪状。最为严重的是郭桓一伙还在粮中掺水，上缴国库后这些粮食发霉变质，致使整仓粮食全部坏掉。
朱元璋错杀过好多人，但郭桓却是个实实在在的大贪官。粗算起来，郭桓盗卖的官粮大概有七百万石之多。朱元璋叹道：“古往今来，贪赃枉法者不在少数，但他们和郭桓比起来实在算不了什么。郭桓太过分了！”
处死郭桓此案并不能算了结，那些贪来的粮食怎么办呢？还得还给老百姓。朱元璋命令从户部开始到布政司，到各府县，一层层查下来，查到老百姓每家每户，从哪儿多征收的，就查到哪儿。查出后，要求官员如实退还。
可上有政策下有对策，那些官员谁也不愿到手的东西退回去。他们要求各家各户摊派，包赔赃款。
朱元璋得知后极为愤怒，道：“都说民刁，我看这些做官的才是最刁。百姓无非是想活命，他们却不让。我大明江山早晚会毁在他们手里啊！”于是下定决心，借郭桓之事严惩各级官员和牵连案件的地主们。
郭桓案涉案范围遍及全国十二个布政司，导致中央六部左、右侍郎以降好几万人被牵连处死，扫荡了整个政坛，全国中等人家也大多因此案破产。
后来朱元璋发现郭桓案的确有些扩大化了，以致引起民愤，导致各级官员人人自危。于是处死了审查郭桓案的右审刑吴庸等人，以平息人们的怨愤。
为了整治吏治，惩罚贪官，朱元璋不得不采用重典大开杀戒。但不论怎么治理，顶风作案者仍时有出现。这一方面和大明的政治体制有关，另一方面明朝官员的岁俸太低恐怕也是一个重要原因。当然朱元璋觉察不到这些，为了大明王朝的千秋基业，他只好不断加重刑罚，以惩治那些贪赃枉法者。