最强和最富的敌人都被朱元璋除掉了，现在他最大的敌人是元朝，其次需要扫除的是周围的一些小势力。同时，朱元璋和他的文武将士也都明白，一直被安置在滁州的小明王其实已经成为笼中之鸟，且对朱元璋已经没有任何利用的价值，还存留他的名号实在是没有必要。
朱元璋知道自己多少年来都打着小明王的旗号，扮演忠义之臣的角色，也正是自己的仁义之名赢得了民心，赢得了将士们的忠心。要除掉小明王，那只有在暗处行动，让他死于意外，让天下人觉得小明王的死纯属偶然，和自己没有关系。
而这个计谋当然不能和刘伯温商量，也不能和李善长说，并且对朱元璋来说就是设计杀个不经事的小明王，无须周折，只要把事情做得圆满漂亮就够了。
想了几天，朱元璋决定光明正大地行动。
这日早议，朱元璋对文武将士说：“咱在应天也称了吴王了，可咱的主人还是小明王啊。当初称吴王也并无犯上之意，不过是为了给对抗张士诚找点事由，长些气势。如今强敌除掉了，咱认为是去滁州迎接小明王的时候了。”
众人听到要迎小明王，顿时议论起来，尤其是汤和、徐达，他们愤愤地说：“东征西战，卖命的是咱们的兄弟，死伤的也是这些兄弟，他小明王有何德何能来应天称王称帝！”
朱元璋立即喝止道：“不得无礼，红巾军自起义以来，信奉明教，忠义为名，才赢得如此形势，咱认为此时理应前去迎接小明王，以建立大业。”
众人的议论声依然没有停止，在众人都讶异的时候，只有刘伯温捻须一笑。
朱元璋看在眼里，心中慨叹：“刘伯温果然堪称小诸葛啊，他太聪明了，但愿他这份聪明不要阻挡自己的野心。”
朱元璋起身说：“众人且不要再议论，当初徽州大学士朱升奉劝咱‘高筑墙，广积粮，缓称王’，这个建议好啊，就是这九字方针，奠定了咱今日的领地城池。明日即去迎接小明王，小明王就是咱应天的君主，各位不要再心存私念。”
第二天一早，朱元璋就派大将廖永忠前去滁州迎接小明王。
廖永忠一到滁州，片刻不歇，即让小明王收拾些物品，说是日子已经确定，不得不赶路，否则江中起风太过危险。小明王要带随身侍卫同去，廖永忠就对他说：“应天比这滁州好多了，你啥也不用带，就我和你两人火速乘船前去应天，吴王已经为明王安排好一切了。”
廖永忠和小明王两人乘着一艘不大的船，前半路倒也安然无恙，只是小明王觉得有些不安，那廖永忠只顾自己喝酒，问话也爱理不理的。船至瓜洲的时候，已经是黑夜，十二月的夜晚，就是穿了棉衣还是寒意袭人，不喝酒的小明王更是倍觉寒冷，望着茫茫夜色，心中忐忑不安，而船上又只有他和一员大将，不禁担心起自己的安危。
廖永忠也不碰小明王，两人分坐。“到瓜洲了。”只听廖永忠望望外面说了句话，就起身去了船头。
回到船舱，两人还是不说话，到了中流时候，船几乎走不动了，原来是船尾、船头进了很多水，水正涌向船舱。小明王大叫：“我不会游泳啊，你还不补船！”
廖永忠也不说话，随即跳向附近的一条渔船走了。
第二天清晨，廖永忠即前去应天府请罪，说行船的时候，不料船撞上暗礁，漏水，恰逢夜黑，无法修补，而小明王不会游泳，天黑夜冷的，自己未能救出小明王，险些丧命，被渔民相救，才回到应天。
朱元璋听此，大怒道：“小明王是咱的君主，怎能如此疏忽。廖将军虽屡次立功，但功不抵过，斩首。”
汤和、徐达这些老将出来相劝，朱元璋还是不依。
只有刘伯温知道这是在演戏，和李善长两人站出来力劝，方才止住。
朱元璋当即决定在应天为小明王设灵堂，向世人宣布小明王的不幸，朱元璋又在小明王的灵堂上演了一出“忠臣哭英主”的哭戏。
小明王的死，当然是死而有因。其间的缘故当然也不止朱元璋一个人知道。但小明王死后，朱元璋也就不用龙凤年号了，他成了名副其实的国君，只是还没有正式宣告天下罢了。
在计杀小明王的同时，朱元璋还有另外的策划——逼降据守浙东沿海的方国珍。身经百战的朱元璋知道，经过和陈友谅、张士诚的激烈战争，再次发动大规模的战役是不合时宜的，那就利用休养生息的时机对付周围较弱的势力吧。朱元璋把目光放到方国珍那里，其实除了陈友谅、张士诚、朱元璋，方国珍也算得上一支势力强大的义军。方国珍以庆元（今浙江宁波）为根据地，占领了温州、台州以及浙东沿海一带，拥有千艘战船，掌控丰饶的鱼盐资源，对朱元璋的发展来说是必须要吞并的肥硕之地。
朱元璋知道对付方国珍不需要太紧张，并且早在元至正十九年（1359年），方国珍见朱元璋的发展之势逼人，就遣使向朱元璋献温、台、庆三郡，只是朱元璋不愿意接受。因为朱元璋看不过方国珍性情无常，见风使舵，时叛时降，且只说献地，并无实际行动，不如拒绝。方国珍一直在强势之间摇摆不定，其实他的日子并不好过，进攻西吴、替元军运粮，等朱元璋取下杭州之后，方国珍又担心得要命，派人北面和扩廓帖木儿通好，南面又联络陈友定，以抵抗朱元璋的进攻。
朱元璋见方国珍这阵子忙着“外交”，又不忘向自己进贡，心中暗笑：“这就是强大啊，你若强大了别人都敬你三分。”
朱元璋又和刘伯温、李善长商讨，如何以最少的付出让方国珍主动言降。
李善长认为，对方国珍这样见风使舵的人，可以直接写一封讨伐信，吓唬吓唬他，再据理相劝，不费兵力直接使他归降。
朱元璋说：“这主意好是好啊，但方国珍这样的人，心里时刻都在变化，说不准他哪天又不投降了，趁咱出击别地的时候，来个突然变卦，在后背插你一刀，也是很有可能的。”
刘伯温沉思良久方说：“看来征战是不可避免的，经历此前的长久战，此次不宜再派重兵，且方国珍的兵力并不充足，又缺乏训练，素养差，长久未上战场。臣认为此次只需在浙东调集驻兵，先从陆地进攻，一方面占领了土地，另一方面方国珍也无路可逃。”
朱元璋大声道：“好！方国珍没路可逃，你这番话正提醒了咱，没路了，可是有船啊，那方国珍海船千艘，若真逃到海上称王，还是留有后患啊。”
李善长和刘伯温相视一望，两人都不得不佩服朱元璋考虑问题的周全。
商讨之后，朱元璋决定先让李善长执笔写招降书，看看方国珍的反应，同时谋划军事进攻的策略。
与其说以朱元璋之名发出的这封信是在招降，还不如说是在讨伐谴责方国珍。信中历数方国珍的十二条罪过，每条都是他最没尊严的求降告饶、献礼之举，说他朝送款于西，暮送款于北，怎是大丈夫的行为。当方国珍收到这封信，气得差点吐血。
这当然是朱元璋的计谋，他就是要让方国珍生气，气得一病不起最好，他就真的不用费力气了。但是朱元璋也知道，以方国珍的性情，当然会暴怒，但还不至于气到重病的地步。
果然不久，朱元璋就收到方国珍的回信，确切地说就是一封乞降信，把朱元璋的英勇和实力赞美了一通，还言辞恳切地表示忠心之意。朱元璋当然不会信他这一套，方国珍也没招惹自己，出兵还是要寻个理由。
朱元璋思索之后，觉得既然你来投降了，那好，你就进贡吧。朱元璋命令方国珍贡粮食二十三万石，同时又附了一封信威胁他，若不按时进贡，就武力相对。
方国珍当然没有那么多粮食，心中惶惶不安，觉得朱元璋是要把自己逼到绝处了，江浙一带自己也没法待了。好吧，那就逃跑吧，早在朱元璋击败东吴张士诚的时候，方国珍就做起了海上帝国的美梦——万一夹在中间，实在没法混，被人攻击的话，就举家迁到船上，率领数千海船，载着金银财宝，在海上过活。
于是，方国珍一面暗示朱元璋自己在筹粮，一面却在日夜搜集金银财宝，调集海船，准备物资齐备即下海逃亡。
朱元璋得知这一信息后，立即行动。兵分三路，直入方国珍的势力范围。
朱元璋命令朱亮祖率兵攻浙江、金华等地，又令水兵攻台州，同时让汤和、吴祯率领驻扎在常州、长兴、宜兴、江阴等地的驻军合攻庆元。在这些老将的指挥下，浙东沿海地区有的是惧怕朱元璋的势力，不攻即破，有的是一攻即破，很快都被收归占领。朱元璋当然不会放过聚集重金的方国珍，就让廖永忠率领水军从海路围守进攻，切断方国珍逃入海中的后路。
方国珍被多面夹击，尤其是廖永忠从海上与汤和从陆地的合击，让方国珍无法承受，且他的将领大多已经投降，只好送出所有的财产和船舰，彻底投降朱元璋。
从发动进攻到最终占领方国珍的势力范围，再逼降他，前后不过三个月的时间。
这一年，朱元璋彻底摆脱了小明王，又成功地逼降了方国珍，浙江大部分地区都被平定。朱元璋的领地从两湖到河南东南部，从安徽到江西、浙江，又包括汉水下游和长江下游，而这些地区是当时物产最丰、土地最沃、人口最密的地方，为朱元璋称帝打下了坚实的基础。