本来小明王封郭天叙为都元帅，张天祐为右都副元帅，朱元璋只是一个左都元帅。而郭天叙和张天祐战死后，朱元璋名正言顺地成了都元帅，当然朱元璋并不在乎都元帅的位置，他的目标还未实现——攻下集庆。
时间很快到了元至正十六年（1356年）的春天，朱元璋一直在谋划攻取集庆一事。这对朱元璋来说，是他在江南发展基业只可胜不可败之举，所以朱元璋慎重再慎重，谋划再谋划。
早在攻下太平的时候，李善长就建议，攻集庆切不可硬打。郭天叙的惨败说明集庆的守卫力量非常强大，毕竟那是江南重地，城池坚固，驻有许多精锐元兵，是很多人觊觎已久的地方。如果久攻不下，就会一败涂地。
而冯国用则建议，先在太平发展势力，让兵士们熟悉这一带的环境，慢慢攻下集庆周围的城镇，孤立集庆，再重兵出击。
朱元璋也就不紧不慢地在太平发展起来，虽然这几个月以来，陆续占领了集庆附近的溧水、溧阳、芜湖等一些城池，集庆渐渐处于孤立状态，但朱元璋还是不敢轻举妄动。因为和州与太平的交通只有靠水路可行，但水路多被元军切断，消息难以通畅，和大后方的信息不通，军心难定。
于是冯国胜建议说：“当务之急，一是稳军心，二是赶走元水军，为攻集庆开路。而赶走元水军是稳定军心的前提，现在只有先对付元水军，使人心稳定，水路畅通，攻集庆也就有了基础。”
这是二月间，农历年的气息并不久远。朱元璋觉察到军队驻扎在太平，跟后方信息难通，将士们思家心切，情绪有些低落，而水路不通，攻集庆的路途又少了一条。于是派常遇春、邓愈几名年轻将领带几千精兵前去决战元水师，同时告诉士兵这次不是去打仗，而是清扫联通家乡的信息之路。兵士一听是扫除联络中的障碍，都非常兴奋。而之所以派这几个年轻人，是因为朱元璋想给对方一个误导，让对方以为这些年轻人没作战经验，有了轻敌的心理，再让他们一显身手，猛攻强打。
元水兵将领见来了几个年轻小伙，心中大笑，并未放在心上。不料，这几个人个个骁勇善战，常遇春百发百中的长枪、邓愈的准箭，以及高昂的士气，使得元水军很快溃败。常遇春他们轰走水兵，俘获了所有的船只舟舰，两岸的交通完全通畅了，能收到后方传来的家书，军心也安定了。同时，这次水战让朱元璋获得很多军船，他的水军力量增强。这可以算是攻集庆的前奏。
朱元璋和文武将士们商讨了几天几夜，决定以最强的军队阵容，亲率水陆大军并进，全力进攻集庆。朱元璋以为集庆附近的小城都被攻占了，兵士们可以从四面围攻，且四方都可以不断派出援兵。朱元璋部署好各方事宜，又担心万一消息走漏，对自己不利，决定推迟原计划两日再行动。
本来是定于二月最后一天发兵，现在就变成三月初二开始行动。
但这中间的两日，朱元璋并未闲着，他把目标放在集庆附近的方山上。方山驻守着陈野的侄子陈兆先，而陈野是个不讲信用、见风使舵之人，忽而投向起义军，忽而投向元军，前不久被民兵所杀。他的侄子陈兆先收归了他的旧部，被元军用来防守集庆。朱元璋不知道陈兆先是怎样一个人，他决定攻集庆前，先打方山，把这个防护破了，为军队开路。
朱元璋这次让胡大海主动出击方山，陈兆先也是勇猛之人，不似他叔叔懦弱势利，毫不畏惧，亲自迎战胡大海。陈兆先迎到山下，胡大海则边打边退，故意把陈兆先诱出方山，两人正在交战，打得非常精彩激烈，不想胡大海用了个偏击，又突然转马，陈兆先一个不防备，跌下马来，还未等陈兆先反应过来，胡大海已经和两个士兵将他捉住。此时，冯国胜朝山上高喊陈兆先已经被捉，要山上的士兵下来投降。
朱元璋和李善长左劝右说，终于使陈兆先投降。这一次不仅打下方山，还得兵两三万人。
到了三月初二这一天，趁着首攻的胜利气势，朱元璋向集庆发起总攻。这一次朱元璋太过认真对待，用了所有的将士，所有的精兵，士气高涨，将士勇猛直前，一路杀来，从四面直抵集庆城下。
守城的元主将是御史大夫福寿，他誓死守城，多次反击，都被朱元璋的前锋常遇春、胡大海、花云击退。而守城的元兵，见攻城的将领如此凶猛骁勇，尤其是常遇春目标准，杀人不眨眼，元兵们都吓得不敢反击，争相逃窜。福寿见已无抵抗之力，且自己身受重伤，用剑自刎。不到几个时辰，朱元璋的各路人马都冲到了集庆城中，集庆被攻破。
集庆刚被攻下，附近的水寨元帅康茂才就来归降，康茂才的归降为朱元璋带来五十万军民，朱元璋的势力陡然倍增。
入城后，朱元璋想起“高筑墙、广积粮、缓称王”的训诫，效仿汉高祖刘邦，为安抚城中百姓，朱元璋首先召集了城中的官吏和军民，宣告说：“元朝政府已经腐朽至极，政治腐败，民不聊生，如今天下大乱，四处起兵反元，都是因为元朝政府本身的腐败。而多年的征战，老百姓深受其苦，你们困处在危城之中，不能安居乐业。我率兵来此，是要为你们除乱除害，请不要疑虑恐惧，各守其职，贤人君子当以礼任用。官兵和官吏们不可横暴，祸害百姓。旧有制度危害百姓的，当即可革除更改。以图百姓安居乐业，城池繁荣。”这些肺腑之言，让城中百姓安下心来，城中的秩序不再混乱，很快恢复正常。朱元璋又让李善长写出安民和招募贤才的告示，四处散贴在城中。
这一夜，朱元璋是怎样的兴奋和激动。他想起还守在和州的妻子马秀英，想起自己戎马生涯，常年漂泊在征途中，少有安定，有些心酸，他此时多么渴望看到久别的妻子，还有尚未谋面的儿子。他朝着和州的方向，喃喃道：“集庆，这是一块宝地，也是咱朱元璋的定居处了。”
隔日一早，朱元璋和徐达急着巡城，先到集庆府，不料见到正在忙着指挥的李善长。见李善长忙得不亦乐乎，朱元璋有些纳闷，忙问他在指挥兵士们运什么，李善长笑道：“都是宝物，无价之宝。”
朱元璋更加纳闷，走近一看，原来是些账册、税录、户籍等官册。李善长见朱元璋还未明白，就说：“这些册录都是江南各地的情报啊。”
朱元璋顿然大悟，哈哈大笑道：“先生说的是啊，这些都是宝物，是咱对付东南地区的无价之宝，也是咱治理集庆的无价之宝。”
巡城一周，朱元璋觉得集庆真是阔达雄伟，城内物资充足，心中大喜。
傍晚时分，朱元璋决定召开全军大会，在会上先表扬了常遇春、胡大海等有功之人，接着又对常遇春施行了处罚，原因是常遇春进城后滥杀军民。这个常遇春是个骁勇之将，但有一点不好，就是喜欢在战争中毫无顾忌地杀戮，朱元璋已经屡次严加管束，他虽有收敛，但不能做到手下留情。处罚常遇春，朱元璋是为了给兵士将领们一个警告，警告他们功是功，过是过，有功论赏，有过严罚，以正军气。
在这个集会上，朱元璋还宣布了一件让将士们欢欣鼓舞的事情，那就是他们占下集庆后，不回和州了。朱元璋历数了江南的富庶和发展前景，到最后才说要尽快接来留守在和州的妇孺家眷，一时间将士们的心情沸腾起来。
朱元璋把集庆路改为应天府，设置大元帅府，自任大元帅。之所以设置为应天府，是在朱元璋看来，他从一个一无所有的贫民，能得到今天的辉煌，全是顺应了天意，上天庇护，所以取名为应天。
这里是朱元璋霸业的开始，他重新调整在江南地区收归的军队和文武将才，论功行赏，重新分配职务。小明王得到朱元璋攻下集庆的捷报，升任朱元璋为大元帅，行中书省平章，其他各大将领皆升为元帅。朱元璋这个时候虽然不把小明王放在心上，但他牢记那九字，以为自己称王的时机未到，天下并不太平。
得到虎踞龙盘之地集庆，对朱元璋来说是他霸业的开始，但得到集庆还得守住集庆，因为他的周围都是强敌。东南边是最富有的势力张士诚，东边是元将定定扼守镇江，西南面是兵力雄厚的徐寿辉，南面和零散处都是元兵把守……朱元璋在此算是新来的势力，必受到关注和排挤，且被围在中间，军事形势并不利。
年仅二十八岁的朱元璋得到集庆，睡得却不踏实，要守住集庆，在江南稳住脚跟，夹处群雄之间，他必须再接再厉，杀出一片天地来。为此，朱元璋开始新的征战，他的目标是先在江南稳住脚跟，再各方出击，图谋江南。