鳌拜被铲除后，康熙终于掌握了清朝的政权，使清朝的政治局势得到了稳定。此时驻守边境的三藩势力开始逐渐膨胀，他们把驻地变成了封地，名义上驻守边境，暗里却招兵买马，扩充实力。这是康熙除鳌拜后的又一波澜，三藩的实力已经不仅仅是当初所设想的那样，以固定的兵力，驻守藩地，抵御外敌。他们的矛头随时都可能掉转过来，对准清朝。康熙在这种形势的逼迫下，采取了相应的措施，藩王其中之一的平南王尚可喜看透了朝廷对他们的疑惑，主动申请撤藩，另两位藩王吴三桂、耿精忠虽然名义上也同意撤藩，却是做些敷衍，没有行动。康熙便下了一道手谕，以吴三桂等年事已高为由，劝他们放权。这道手谕惹恼了吴三桂，康熙十二年，吴三桂公开举兵反清，平静了三十余年的清朝又一次经受了严峻的考验。
三藩中以吴三桂的势力最为雄厚，吴三桂反后，靖南王耿精忠也随之加入，使吴三桂如虎添翼，江南等地相继被吴三桂攻占，同时把目标指向中原。康熙没想到，自己的一封手谕竟然会造成如此严重的后果。在自责的同时，他开始分析目前的形势：耿精忠控制东线，吴三桂居中，陕西提督王辅臣控制西线，他们以三道兵力同时进攻。经过反复斟酌，康熙最终决定，吴三桂的实力最大且在中间，可派重兵将其堵住，把攻击目标放在兵力相对薄弱的两翼上，等没了两翼，再集中兵力一举攻破中间的吴军。康熙想到，这是一场耗时战。
吴军势如破竹，三路大军直逼中原，因为在先前的作战部署上，清军出现了失误，把主力放在了一条线上，打起来顾此失彼，连连败退。康熙十七年，吴三桂在湖南衡州自称皇帝，国号大周，定都衡州。康熙闻之大怒，随即派了顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，率领清军挥师南下堵在了荆州，并又派图海和扩尔泰两员大将率重兵攻打西线的王辅臣。
荆州是吴三桂军通往中原的必经之路，堵住荆州，便把吴军的路给断了，这是康熙临行前交代勒尔锦的。康熙叮嘱勒尔锦说：“吴军不容小视，你的任务便是守住荆州，能不打最好，打起来也是以守城为主。”
勒尔锦站在城头向南巡视，吴军的营地离荆州不远，虽然是在夜里，敌军营地中星星点点的亮光异常清晰。吴军显然已经发现了荆州的情况，在相隔居中的地方驻扎了营地，随时都会率兵打过来。勒尔锦眉头不禁皱了一下，心中想道：“从亮光来判断，敌军的兵力确实强大，别说应战，就是守住荆州也不容易啊。现在只能盼着图海等把敌军两翼削了去，再率兵支援自己，这样便有实力与敌军一搏了。”想着，他对守城的将士说道：“敌军随时都有可能打过来，加强防御工事，别给敌军留下一点空子。”
王辅臣和耿精忠在名义上虽然是跟了吴三桂，但和清军打起来，主要还是靠吴三桂所率领的军队。这时候两人突然听到清军派主路部队打了过来，心里顿时没了底，不知该如何应对。派去士兵请求吴三桂援助，士兵来报说，吴三桂的军队已经被清军另一支强军堵截在了荆州，一时半会儿脱不了身。两人一个在东一个在西，互相援助更不可能，只能暂停进攻的趋势，转攻为守。由主动变被动，在更大程度上消减了士气，作战能力大大降低。图海没有给王辅臣喘息的机会，只利用了半个月时间，王辅臣的防御体系便全线瓦解，王辅臣在守不能守、援军来不了的情况下投降了。图海趁势又把兵力转到东侧耿精忠部，很快耿精忠部也被迫投降。自此，吴军的三路大军已经除去了东西两侧，只剩下堵卡在中间的吴三桂部。
吴三桂称帝后最大的心愿便是挥军北上直取京都，他认为这并不是空想，而是时日长短的问题，只要给自己充足的时间，清军必败无疑。荆州被堵截后，吴三桂顿感不妙，同时也猜到了清军的打法，照这样打下去，两翼的兵力迟早要被清军给灭了，少了两边的援军，自己的处境可就相当危险了。现在自己唯一的办法就是突破荆州防线，去援助两翼。他下了一道死命令，不管付出多大的代价也要把荆州攻下来。吴军拼死攻城，清军拼死守城，厮杀战鼓的声音响彻荆州。虽然吴军在兵力上占了上风，但是清军占据了易守难攻的荆州，清除了实力上的差距。双方均有不同程度的伤亡，吴军屡攻荆州不破。
清军的只守不战让吴三桂感到担心，王辅臣部投降的消息这时候也传了过来，验证了他的猜测。吴三桂年事已高，不能再经受什么打击了，如今接到这样的消息，顿时气血上翻，脑袋一沉晕了过去。从此一病不起，于同年八月在衡州病死。
勒尔锦得到吴三桂病死的消息后大喜，身边有副将提议说，趁此机会干脆把吴军给灭了。勒尔锦也有这意思，但是皇命不可违，出兵这样的大事自己是做不了主的。吴三桂病死后，吴军立刻放弃了攻打荆州，把军队撤回了衡州。勒尔锦猜想，吴军现在肯定正在为即位的事绞尽脑汁，吴三桂的儿子吴应熊身在京师早已被扣留下来做了人质，如此一来，最适合的人选恐怕就是吴三桂的孙子吴世璠了。勒尔锦猜得不错，果真是吴世璠即了位。
王辅臣、耿精忠两部投降和吴三桂病死给吴军造成了严重的打击，战局骤然实质性转变了。勒尔锦请示康熙下一步将如何做，康熙马上做出了决定，批准勒尔锦和图海率领全部兵力实施反攻。
吴世璠在仓促中即了位，面对清军的猛烈攻势一时手足无措。他询问众臣有什么应对之策，宰相胡国柱说道：“衡州不能再待下去了，如今失去了两翼的护助，我们的实力已经无法和清军抗衡。目前唯一的办法是退出衡州，效仿清军驻守荆州来死守昆明。”
吴世璠根本就没有什么主见，胡国柱的话让他吃了一颗定心丸，随即便下了命令，撤兵衡州，退守昆明。
吴军刚撤出衡州，图海便率领队伍浩浩荡荡地赶来荆州。自此，清军的全部兵力集中起来。
“看来吴军已经嗅到了危险的气味，才一个晚上的时间，衡州就变成一座空城了。”勒尔锦说道。
图海接着说道：“他们这样做也算明智之举了，吴军现在已经失去了攻势，只有撤防的份儿了。衡州地势平坦，不利防守。”
勒尔锦沉思了会儿，突然说道：“照这么说，他们肯定会把兵力驻守昆明，昆明可是个易守难攻的地方，看来我们这次又要耗费些时日了。”
图海点头说道：“咱们的时间也不多，得尽快在吴军没有在昆明站稳脚跟的时候，打他们个措手不及。”
清军没有在荆州停歇，两军刚一会合，就开始朝南进发。路过衡州城时，勒尔锦看见的是一副残破的景象，吴军撤得仓促，为了不留给清军一点东西，很多庞大的攻防设备、战略物资被他们毁坏掉，街道上凌乱地挖了不少壕沟，又布了一层层荆棘，以此来阻挡清军的行军速度。清军在衡州耽搁了一日，吴军这时已经到了昆明。
昆明确实是个易守难攻的大城，经过三年多的围困，吴军才逐渐因粮饷不济、人力不足等原因抵抗力慢慢弱了下来。康熙二十年二月，清军发动了总攻，以昼夜战不停的方式，终于在十月攻破了昆明城，吴军全军覆没，宣告投降。吴世璠自知大势已去，心灰意冷，服毒自杀。
自此，历时八年的“三藩之乱”，终于以清军的彻底胜利而告终。
三藩势力的逐渐庞大，让深处宫中的康熙深感不安。他明白如果再不采取措施必定会养虎为患。他采取了相应措施，其中尚可喜感到了危机，率先请命撤藩。耿精忠和吴三桂表面上同意撤藩，但是在行动上依旧和从前一样。从他们这个做法中，我们应该就已经能够猜出来，谋反之心，其实在吴三桂心中酝酿很久了，他之所以在先前没有做出谋反的举动来，是因为没有找到谋反的借口。至于耿精忠完全是顺风倒的人，谁对自己有利，就偏向谁，权衡再三，依附吴三桂当然是最好的选择。康熙的一纸手谕，给吴三桂提供了谋反的借口。
大战一触即发，势如水火。吴军以三路大军直逼中原。康熙吸取了先前失败的教训，终于从中找到了一个突破口。所谓斩弱堵强，其实和围点打援的战法差不多，只不过从围势改为了平面的对击战。把两翼灭掉，再集中兵力攻击中间最强的部分。康熙在战略部署上堪称典范，一个深居宫中的皇帝，竟然能在千里之外只从消息中揣摩，便能找到如何作战的方法，并且一举得胜，这和他的军事才略密不可分。