皇太极继位后，和代善、莽古尔泰、阿敏三大贝勒共理朝政。皇太极空有一个汗位的名，却没有汗的权利。后金的一切军机政事，实际上是轮流来掌管。战争中所得的人口、财务等都是八旗平均分配。皇太极如果想施行什么政策，往往会被诸贝勒阻挠，此时的皇太极和先前的贝勒几乎没有什么区别。皇太极对这种状况不能忍受，开始想办法解决以上问题，把权利集中起来，为自己所用。
很快皇太极便采取了一项举措，他认为要想把权利集中起来，首先便是把三大贝勒的权利分散化，设立八大臣和十六大臣。八大臣总理一切事务，遇到重大事情和诸贝勒一起商议。除此之外，在兵权上，三大贝勒的权利再次被分配给十六大臣。把过去有较强自主权的八旗旗主势力，纳入正规的政治体制之内，这样便能加强自己的权利。在先前的四大贝勒共议国政、总揽军政大权的机制结构中，用八大臣、十六大臣的行政机制，代表最高统治者行使日常军政管理职权，相对就削弱了除自己以外的其他三大贝勒的权利，这样一来权利就集中到自己手中。但是，要想巩固自己的汗位，还必须彻底消除三大贝勒的权利。谋划已定的皇太极在静静地等待时机的到来。
天聪四年六月，阿敏率军与明军交战，结果中了明军的围歼之计，一连丢了滦州、永平、迁安、遵化四座城，几乎全军覆没。最终，他找个机会率领剩余的残兵仓皇撤回了沈阳。
皇太极得到阿敏兵败的消息后，心中很生气，永平等四城在夺的时候是如此困难，没想到丢的却这么干脆。事已至此，皇太极也只有叹息的份儿。当时商议守四城的策略时，自己就一直反对阿敏的作战方案，反对归反对，自己提出的策略也没能得到其他三位贝勒的认可……想到这里，皇太极脑中突然闪了一下，暗道：一直在找时机，现在时机恰逢其时地来了。连丢四城、屠杀汉民、擅自做主、滥用兵权……皇太极在脑中过了一遍，竟一连想到阿敏罪状有十六条之多，对一个贝勒而言，一条两条，甚至三条都不足以损害他什么，但是十六条呢？情况那可就不同了。他把阿敏的十六条罪状记在了一张纸上，反复揣摩了一阵，最终下了一个决心，利用这十六条罪状剥夺阿敏的权利。
第二天，皇太极召集了诸贝勒和大臣会议，他对众人说道：“永平是我后金的勇士们用生命和鲜血换来的，如今不但丢了永平，甚至连其他三城也一并丢了。如果说胜败是兵家常事，单单一次征战的成败不能说明什么，二贝勒阿敏的罪状还不仅这些……”说着，他把阿敏所犯的十六条罪状一条一条地列了出来，语气铿锵有力，如同重凿一般。诸贝勒和大臣们听得都有些胆寒，心想：这阵势如果谁站出来替阿敏说句话，无疑是自找麻烦。
“所以朕经过仔细斟酌，判处阿敏幽禁之刑，并没收阿敏的全部家财，转赐给其弟济尔哈朗。”简短的几句话，阿敏的权利就被剥夺了，而且还被判了幽禁之刑。在处刑上，皇太极之前早就仔细考虑过，手足之亲，罪大不能致死，也不能充军发配，唯有幽禁之刑较为妥当，这样就避免了阿敏翻身谋权的机会。阿敏的家财赐给济尔哈朗也是皇太极的高明之处。按照常理，阿敏的家财应该充入国库中，但这样做势必会让一些人误解，把家财赐给济尔哈朗，相对还照顾了阿敏。其实，阿敏的兵权才是皇太极最为看重的。
阿敏被判了幽禁之刑，代善和莽古尔泰都很生气，同时也感觉到了一种危机感。代善想，反不如顺，以后做事小心谨慎，处处为他着想，阿敏的事应该就不会落到自己的头上。莽古尔泰和代善的想法正好背道而驰，他的脾气秉性本就很鲁莽，遇到点事就会大发雷霆，小则用语言去反驳，大则就要用行动了。莽古尔泰在会议上本就想大力反驳几句，考虑到人多，反驳的人又是皇帝，就算自己有理也不利，于是他忍住了。
第二年八月，皇太极率兵与明军在大凌河发动了战争，明军的守将是攻占永平四城的孙承宗。莽古尔泰提议应该速战速决，趁着明军修筑凌河坝口，给予沉痛的打击。皇太极当然能够看到这一点，但是却有意地驳回了莽古尔泰的建议，说道：“明军看似在修筑坝口，实则是引诱我军，等我军一到，他们势必会把坝口掘了，我军岂不是要全军覆没了？”
莽古尔泰知道这是皇太极在有意与他为难，心想倒不如索性把话说个明白：“如今三大贝勒被皇上除去了一个，现在还剩下我和代善，皇上是不是还在寻求机会再找我们的麻烦？如果是这样，皇上今天可不要在拗下去了。大敌当前，胜败都在一念之间，皇上还在考虑这些问题，不如现在迅速出兵，等打了胜仗，皇上回去再把我除去也不迟。”
莽古尔泰的这番话太过于露骨，皇太极听得直晃脑袋。他说道：“朕意已定，不能更改了，是你想得太多了。朕看你杀敌心切，并不怪罪于你，只是大凌河现在不能打。”
莽古尔泰急了，一下子把腰刀抽了出来，威胁皇太极道：“现在必须出兵！”
皇太极吓了一跳，同时心中也是怒火中烧，骑着的马朝后退了几步。莽古尔泰催马上前跟了几步，却被皇太极身边的贴身侍卫突然一把从马背上拽了下来，皇太极喊道：“给我绑了。”
大凌河之战自然是后金胜了，这是皇太极早就料到的。但他的心并没有完全沉浸在获胜的喜悦中。在回沈阳都城的途中，皇太极开始考虑莽古尔泰的问题。莽古尔泰没有过多的心机，什么事都表露在明面上。凌河之战前，莽古尔泰之举已经完全超出自己的想象，他没有想到他竟然会提着腰刀逼迫自己，这是一个不好的预兆。或许真如他所说的一样，他就算不反抗，自己早晚也要找机会夺了他的权。但对莽古尔泰来说，就不仅仅是夺权这么简单的问题了。他既然敢提着刀来威胁我，那么以后还指不定会做出什么更出格的事来呢！皇太极咬了咬牙，狠心下了个决定。
皇太极以莽古尔泰“御前拔刀罪”，革去了大贝勒的爵位，降为一般贝勒，罚银一万两充入国库，并且把莽古尔泰排除在执政大贝勒之外。莽古尔泰被革了贝勒的爵位，心中自然不甘，几个月以后莽古尔泰突然得了一种怪病，浑身上下长满了毒疮。皇太极马上派御医过去瞧看，开了几服药，果然有所好转，可没过几日，病情开始恶化，九个月后，突然死去。
代善不会犯像莽古尔泰这样的低级错误，并且还按照皇太极的命令去做事。在莽古尔泰没死之前，代善就开始朝皇太极靠拢，但是已经晚了。皇太极废除了两大贝勒以后，心中便没打算留代善。于是在天聪九年九月，皇太极召开诸贝勒大臣会议，列出了代善四条罪状，经过商议革去了代善大贝勒名号，消除贝勒的职位，其家财充入国库。
自此，能够对皇太极构成威胁的三大贝勒势力基本上被消除，皇太极的汗权得到了真正的巩固。皇太极在消除三大贝勒势力之后，为了适应新的形势和满足后金的发展需要，建立起一套仿照明朝的国家行政体制。到此为止，后金政治体制中的贝勒亲王会议制度宣告结束，所有的权力开始集中于皇太极一个人的手里，实现了真正意义上的君临天下。