9年7月2日徐世昌正式下令批准靳云鹏辞职，靳在请假期间，国务总理是由萨镇冰代理。靳辞职后，亦竭力推荐周树模组阁，自己愿意担任陆军总长。靳的坚决求去，是因为安福系三总长遇事和他作对，而在直皖两系磨拳擦掌，跃跃欲战的局势中，他感到左右作人难，更怕皖系以叛徒名之，所以他急于求去。他之所以愿意退居陆军总长地位，是怕他不做，小徐便乘机攫去，他和徐树铮同名列段手下的四大金刚，可是两人却势同水火。
北京虽忙于新阁问题，而保定关心的却是小徐解职的问题，张作霖与曹锟里应外合地催促罢免徐树铮。吴佩孚宣称非取销筹边使不可，如有反对，决先解散国会，盛传吴军已开抵长辛店。
7月4日，徐世昌在总统府举行特别会议，参陆处员均到，会议结果，对西北军决用部令改归部辖。西北军司令部即撤销。徐树铮开去筹边使，改任将军，遗缺由李垣署理。散会后即由总统府拟定命令共有三项：
（一）特任徐树铮为远威将军。
（二）徐树铮应即开去西北筹边使，留京供职，西北筹边使着李垣暂行署理。
（三）西北边防总司令一缺着即裁撤，其所部由陆军部接收。
这些命令，徐世昌认为是根据29日徐段张三巨头会谈时所决定的，当时段在会谈时并未表示反对，可是段祺瑞则认为他在会谈中没有同意这个决定，段认为徐世昌是自己扶起来的傀儡，现在竟依靠“地方藩镇”势力而自专自行。对于徐树铮的处置不经辞职而予免职是不给面子，也不顾及段的颜面，所以命令发表时，段在团河大怒大骂。
靳云鹏辞职获准后，依法阁员应随总理同进退，所以代理总理萨镇冰主张联带辞职，可是安福系的三位总长都出而反对，相约不提辞呈。当总统准靳氏辞职时，即打算提名周树模为国务总理，咨请同意案送至国会，而安福系的国会议员则相约以不开会抵制，以阻止周树模的提名。
迨徐世昌不待徐树铮自请辞职而予以更调，段为之震怒，安福系议员更形愤激。
7月5日段祺瑞以边防督办名义命令边防军紧急动员，边防军下级军官联名上书请求说明开拔地点和作战任务。段向他们作了一次简短训话，鼓励他们奋勇作战，如果这一战不能打胜，不但他个人失败，边防军也一定不能存在，全体官兵的命运均将不堪设想。
同一天，西北军五个旅长都有电报挽留徐树铮仍供原职，久病不起的段系大将倪嗣冲，也到了北京，可是他的病势沉重，一抵京即赴北戴河养病去了。
北京城顿成谣言城、恐惧城，达官贵人纷纷出京避难，东交民巷的使馆区和外国饭店都告客满，张作霖也搬到奉天会馆来加强戒备。
7月6日徐世昌又请张作霖去团河再作最后一次努力，这天段的火气很大，咆哮着说：“罢免吴佩孚，万事皆休！”张说：“这恐怕办不到吧！”张作霖劝段冷静，应该化大事为小事，退一步着想。段听了很不耐烦地说：“你回你的奉天，不必管这儿闲事。”张听了一声不响就告辞而去。
这时，段派积极备战，直军亦布置防线，不遗余力。7日深夜1时，张作霖并未与任何人作别，悄然乘车出京，在军粮城下车，随即宣言“局外中立”！
8日午前，段祺瑞由团河回到北京城，在将军府召集全体阁员及军政首要举行联席特别会议，靳云鹏等均列席，出席人员逾800余人。段极端愤怒，决定呈请总统将曹锟、吴佩孚、曹锳免职。交段亲自查办。下午国务院开临时会议，结果吴佩孚予以免职处分，曹锟则改为褫职留任，由交通总长曾毓隽、司法总长朱深送府盖印。
段在将军府议决惩办曹吴后，明知曹吴一定反抗，必至兵戎相见，乃退至私宅，召集近畿各师长，讨论出兵计划，决定派出五师，以曲同丰所部边防军第一师为第一线，刘询所部第十五师为第二线，陈文运边防军第三师为第三线，李进才第十三师为第四线，魏宗翰第九师为第五线。同时命交通部转饬京汉路局赶备专车输送。这一来，惊惶的北京城，更为恐慌，纸币骤跌，要人家眷纷纷迁徙，箱笼什物遍街触目。情形一如张勋复辟前后。
段祺瑞呈徐世昌请拿办曹吴呈文云：
“呈为揭劾奸凶，呈明拿办，以整纲纪而振人心事。窃维国于天地，必有与立。法制纪纲，人人所应恪守。封疆大吏，膺方面之重寄，为群众所具瞻，宜如何正己率属，恪供尔职，双报国家倚畀之隆，而尽守法服官之责。若曹锟者，始以第三师长奉派入川，无功而归，尚无大过，适直隶督军员缺，遂以畀之，意尚不满，寻与张勋歃血为盟，秘图复辟。讨逆军突起马厂，声威甚盛，曹锟中慑，乃请附义军，首鼠两端，论功已属可耻。事未几即定，而彼骤增三旅，并要请上将头衔，比因湘战方亟，姑予报可，授以两湖宣抚使之任，兼第一路总司令，俾率众南征。讵彼徘徊汉上，拥兵不前，继假吴佩孚转战之力，获拔长岳，而曹锟不以为喜，反从而嫉妒之。政府拟任吴佩孚为湖南督军，曹锟则再四力阻，惟恐其名位出己上，嗣授以孚威将军，而曹锟仍怏怏，时出怨言，谓政府将夺其所部。于是委师北旋，逍遥津保，嗾使吴佩孚叛变。一则要请经略四省，再则恳求增兵四旅，挟势邀赏，不获不休。政府欲资劳以收统一之效，遂不惜委曲以徇所欲，尽允其请，而卒未出保定一步。今大总统当选时，吴佩孚以曹锟部将仍敢妄肆诋毁，称曰五朝元老，至就任后，犹称东海先生，未赏一尽敬上之礼，与入衡前行止顿异。电文具在，海内切齿。曹锟不惟不加约束，反曲代辩解，纵容指使，情节已属显然。吴佩孚驻守衡州，暗与敌通，受贿六十万无，沿途使用广东毫洋，证据确凿，无可讳言。擅自撤防，叛不奉命。逗留鄂豫，吓诈金钱。盘踞京汉陇海各路，检查邮电，梗阻交通，搜检行人，碍及商旅。又监视巩县兵工厂，私留部械，扣阻陆军部采购之军米，意令京军绝食。截留发给江西之枪弹，意令赣军陷敌。目无政府邻省，跋扈恣睢。而曹锟乃派兵横出京奉、津浦各路，监视德县兵工厂，遥与为应，且令所属津保一带队伍，群向京师修筑炮台，作长围之势。其胆大妄为，罪恶擢发难数。此次湖南失事，全出曹锟奸诈所蔽，自知湖南沦陷，无颜居湘、鄂、川、赣四省经略之名，乃更觊觎直、鲁、豫、晋四省巡阅之职。觊觎而不遽得，羞惧无可掩饰，则妄造黑白，攻击西北边使，迫挟元首，违法出令，以泄骄蹇之气。外蒙全境，大逾内地数省，辛苦收回，未费国家一钱，较之丧失湘省损兵弃械，害民祸商，相去何啻天壤。不知为国进贤，乃独数数勾通陆荣廷，诱惑元首，屡请起用复辟罪魁之张勋，诚不知是何肺肠矣。至其贪墨黩货，不恤士卒，尤堪痛恨。南征时国库奇绌，强索军费数百万元，……其一切贪谋秘计，均由其弟曹锳为之布画，亦难兄难弟也。本上将军创建民国，至再至三，参战一役，费尽苦心，我国国际地位，始获超迁。此后正当整饰纪纲，益巩国基，何能听彼鼠辈，任意败坏法律，牵惹外交，希图摇动邦本。谨用揭明罪状，上请大总统迅发明令，褫夺曹锟、吴佩孚、曹锳等三人官职，交祺瑞拿办。余众概不株连。整饬纪纲，以振人心，而定国是，去腹心之患，则统一可翘足而待。兵队现经整备，备齐即发，伏祈当机迅断，立涣大号，与天下更始，不胜激切屏营之至。谨呈大总统。”
段祺瑞及内阁分别呈请要求惩办曹吴，徐世昌颇有难色，因为这命令与前令大相径庭，所以不肯签署。于是段派乃以重兵围总统府，强迫徐世昌依允；并由边防军传出消息，如8日午夜免曹吴令不下，则琉璃河方面当于9日上午首先开火。徐世昌在威迫情形下，不得已乃将内阁送呈惩办曹吴之令盖印发下，这时已是9日午前。
惩办曹吴令如下：
“前以驻湘直军，疲师久戍，屡次吁请换防，当经电饬撤回直省，以示体恤。乃该军行抵豫境，逗留多日，并自行散驻各处，实属异常荒谬。吴佩孚统辖军队，具有责成，似此措置乖方，殊难辞咎，着即开去第三师师长署职，并褫夺陆军中将原官，暨所得勋位勋章，交陆军部依法惩办。其第三师原系中央直辖军队，应由部接收，切实整顿。曹锟督率无方，应褫职留任，以观后效。军人以服从为天职，中央所以指挥将帅者，即将帅所以控制戎行。近年纲纪不张，各军事长官，往往遇事辄托便宜，以致军习日漓，纪律因之颓驰。嗣后各路军队，务当恪遵中央命令，切实奉行，不得再有违玩，着陆军部通令遵照。此令。”
9日，边防军第三师开赴廊房，边防军第一师与陆军第九师、第十三师、第十五师开向长辛店、卢沟桥、高碑店一带。10日段在团河成立定国军总司令部，自任总司令，派徐树铮为总参谋，段芝贵为第一路司令，曲同丰为第二路司令兼前敌司令，魏宗翰为第三路司令，傅良佐为总参议。
同一天，外交团照会北京政府，如果战事危及外侨生命财产，中国政府应负完全责任。中国军队不得携带武器入城，飞机不得在北京上空飞过。这些限制对边防军颇不利。可是意大利公使却将使馆内所有军火秘密售予边防军，曾毓隽也从日本三井洋行借到100万元为边防军开拔费。
保定方面自获悉北京发表惩办曹吴命令后，军心愤激，一意主战，毫无回旋余地。曹锟于9日上午亲自到津行誓师礼，派吴佩孚为前敌总司令。吴宣言将亲率三军，直向北京，驱老段，诛小徐，所部定名为讨贼军，设大本营于天津，设司令部于高碑店。
讨贼军前敌总司令吴佩孚出师前发表通电如下：
“各省督军、省长、省议会、各团体、各报馆均鉴：自古中国严中外之防，罪莫大于卖国，丑莫重于媚外，穷凶极恶，汉奸为极。段祺瑞再秉国政，认仇作父，始则盗卖国权，大借日款，以残同胞。继则假托参战，广练日军，以资敌国，终则导异国之人，用异国之钱，运异国之械，膏吾民之血。绝神黄之裔，实敌国之忠臣，民国之汉奸也。路线者国脉所在，而南起赣闽，北迄蒙满，要键无存者矣。军队者国本所托，而上自军官，下至下士，完全易汉帜矣。大逆不赦，中外所闻，斯而可忍，人心尽死。佩孚等束发受书，尝闻大义，治军而还以身许国。誓不与张邦昌、石敬塘、刘豫、吴三桂之徒，共戴一天。贼生则我死，我生则贼死。宁饮弹而瞑目，不为外奴以后亡。往者忧衷百结，以段祺瑞为军阀老辈，因尝眷念私交，不忍遽伸大义。但冀稍有悔悛，亦复不为已甚。故请惩从犯安福妖孽徐树铮等，以私曲获，此佩孚之私意，谅亦国人所矜察也。乃其日暮途穷，匪惟不悔，尤复倒行逆施，甘心举民国以送异族，躬为操莽，既一逐黄陂，再驱河间，今复威迫元首，失其自由，伪造乱命。暴戾阴狠，为振古所未闻；篡上卖国，尤中外所罕睹。夫共和主权在民，总统为民之公仆，元首袒贼以卖国，吾人尽忠报国亦当权衡轻重，况在失其自由被胁之乱命，佩孚等个人纵本末颠倒，不难伏首以就戮。为国家计，亦安能荒军人之天职，贻百载之笑骂。事变至此，惟有忍涕挥戈，以与卖国贼盗相周旋，但令悃悃血诚，为我四万万父老昆季所洞鉴。佩孚等虽死之日，犹生之年，刀锯斧钺，非所敢恤。世或不察，目为皖直之争，愚怀耿耿，窃所未平。南北本属一家，直皖岂容二致。今日之战，为讨贼救国而战，为中国民族而战，其幸不辱命，则佩孚等解甲归田，勉告无罪于同胞。其战而死，为国人争人格，死亦有荣无憾。诸公或握军符，或主清议，奋发讨贼，当有同情。若其眜中外之防，忘国家之义，坐令国土陷于异族，子孙沦为奴隶，千秋万世，自有公论，非佩孚等所敢闻矣。涕泣陈辞，伏惟公鉴。讨贼军前敌总司令吴佩孚率直军全体同叩。”
直军全体将士致边防军西北军陆军第九师第十三师第十五师忠告书云：
“敝军前次致边防军西北军书，谅邀鉴及。谨再为亲切恳挚之忠言，敬告于前线全体将士曰：同室操戈，为军人之大耻。我辈同属国军，情犹兄弟，断无阋墙私斗之理。贵师旅处段徐指挥之下，强迫开赴前线，与敝军为敌，必非出于本心。何则？敝军既非背叛中央，又非反抗元首，更非有争权夺利野心。贵师旅何至与敝军为仇，敝军所以讨段祺瑞徐树铮，讨安福系者，原为救国救民，想贵师旅亦深表同情。试想南北战争，何人作俑？卖国媚外，何人作伥？国危民病，何人作祟？追原祸始，段为戎首，徐为祸水，而安福则助虐者也。讵以堂堂国军。桓桓武士，而甘为卖国贼作鹰犬耶？彼军阀利用愚民政策，动辄曰拥护中央，服从命令，试问段命徐树铮包围公府，软禁元首，为拥护中央耶？抑危迫中央耶？贵师旅此次出师，攻击直军，为元首命令耶？抑为段徐命令耶？徐树铮夺取印信，大总统已失自由，国军处此，应助元首除段徐耶？抑助段徐逼元首耶？稍有常识者类能辨之。元首幽囚之日，正军人救国之秋，军人坐视不救，已有负天职，若此军起而救之，彼军则进而击之，有是理耶？自问良知，当能自解。敝军声讨安福，为救国也，贵师旅进攻敝军，亦为救国耶？自贵师旅束装出发，敝军已准备完全，所以相持七日，列阵以待，未即猛烈攻击者，正不忍同室操戈，轻启炮火，演煮豆燃萁之惨剧。夙仰贵师旅袍泽兄弟，深明顺逆，洞晓大义，若能去逆效顺，幡然来归，敝军敬当全体欢迎，箪食壶浆以犒从者。如有富于国家思想，夺勇为民除害，歼除安福渠魁者，敝军尤当尽礼致敬，虽为执鞭，亦所欣慕。燕赵古称多慷慨悲歌之士，见义勇为，当不乏人。军人报国自属天职，为救国危亡计，为拯民水火计，为国军名誉计，为诸君前途计，均当审择利害，弃暗投明。良禽择木而栖，贤臣择主而事，热不息恶木之阴，知命不立岩墙之下。人非至愚，终能觉悟，孰甘为一家一党供私斗哉。敝军所与誓与不两立者，不过少数安福系卖国党魁耳。对于贵师旅袍泽兄弟，无丝毫恶感。近日贵师旅仗义来归者，日见其多，敝军咸与优礼相待，亲爱有加。出谷迁乔，则薰莸自判，助纣附逆，则玉石俱焚。孰得孰失？何去何从？根据天良，当可自决。掬诚忠告，可质天日，敬布腹心，惟希朗照。直军全体将士忠告。”
同时曹锟有声讨安福系的通电云：
“……迩来安福系力竭势穷，覆亡在即，犹复设词诬捏，谣惑听闻。或谓此举为直皖之争，或谓其中寓复辟之意，挑拨离间，肆彼阴谋。……查各省联军。此次义举，纯为救国，良以安福系数年以来，假借段、徐。把持政权，阴行卖国，横挑内乱，种种罪恶，罄竹难书。各省同志，或绾军符，或膺疆寄，对于国家大局，人民安宁，当负完全责任，且外观列强之大势，俯察人民之呼号，长此任彼横行，深惧国将不国，是以不顾利害，共起义师，绝无私意于其间。……总之，锟等此役为国家安全计，为正当防卫计，不得已而用兵，是非曲直，事实昭然。苟有私心，不但无以对同侪，而且无以对天下。敬布诚悃，正式声明，惟祈公鉴。曹锟印。”