慈禧高龄当国，风烛残年，当时两宫不和，光绪所期待的，就是慈禧迟早总要寿终正寝，所以唯一对抗慈禧的方法就是“等待”。不幸，正当慈禧病危时，光绪却抢在她之先驾崩。光绪先慈禧而死，这件公案是清王朝最后岁月中一大秘密，有人说慈禧垂危时叫人先谋害了光绪，又有人说是袁世凯的阴谋。所有的传说只是传说，谁也无法证实真相是怎么一回事。
袁世凯当然恐惧光绪重新执政，他死命地掌握着北洋军，巩固自己的力量，就是以防万一。光绪卅四年（1908年）皇帝和太后都在病中，清廷计划为光绪立嗣以备万一，袁极力支持立庆亲王的长孙为嗣，可是他的计划却不被慈禧所接受。慈禧虽然不喜欢光绪，但是她和醇亲王一家人的关系非常密切，因为她的亲妹妹便是嫁给醇亲王奕譞。奕譞的儿子中，一个是光绪，一个是载沣。载沣继承了醇亲王的王位，娶的太太又是慈禧亲信荣禄的女儿。所以慈禧为了这种私情，宁愿把天下交给载沣所生的，才三岁又好哭的溥仪，并命载沣以监国摄政王名义抱了他的儿皇帝统治大清江山。
另有一个传说是当病中的光绪听到自己亲兄弟要作摄政王，也不禁流露了笑容，于是他秘密地写了一个字条给载沣，上面只有四个字，是“杀袁世凯”。
袁世凯在醇亲王载沣被任命为摄政王以后，也曾做了一番努力，他以国家需立长君为由，建议载沣自己做皇帝，他希望以拥立载沣自己做皇帝，来求取载沣的谅解，可是他这个建议不仅未被载沣接受，反而却召来一顿很严厉的申斥。他乃称病请假到天津小住。
载沣当国后，真的在筹划要替皇兄报仇，诛杀袁世凯。康有为有一封“上摄政王”书，这封信强调光绪之死是袁所杀，请“杀贼臣袁世凯”。康函摘要如下：
“罪臣康有为稽颡上书监国摄政王爷殿下：十月二十一日惊闻大行皇帝上宾，天地晦冥，山川崩竭，薄海号痛，泣于昊天，鼎湖攀髯，呼号莫及。呜呼痛哉！岂谓御宇三十四年舍身爱民之圣主，而弃我臣民如此其速，且如此其酷也。
有为僻居海外，逖听所得，佥谓逆臣袁世凯蓄谋篡弑，已历岁年，今次大丧，又适与大行太皇太后之丧后先衔接；稽诸前史，从所未闻，举国汹汹，杯弓蛇影之痛，怀莫能释，自推原祸首，莫不集矢于逆臣袁世凯之一身。有为痛急之余，不揣冒昧，曾僭电殿下，请讨贼臣人安社稷，未审九阍深邃能达典签否也？
自顷日读宫抄，见大丧之礼无异常，岂先帝之丧实由天祸，而非有如外间所拟议者耶？抑有深哀隐痛，为臣子所不复忍言，而为先帝讳之者耶？海外孤孽，固不敢妄为臆测。虽然逆臣袁世凯为先帝之罪人，固已昭昭然天下所共见，苟有弑逆之事，其恶固擢发难容，即无弑逆之迹，其罪亦难从末减。有为躬受先帝厚恩，而先帝之知世凯，实由有为，今有为若不揭其恶而正其罪，则将何面目以见先帝于地下，故敢沥述前事，为殿下陈之。
夫使先帝之丧而有可疑，则逆谋必出自世凯，固无论矣。即日无可疑，然试思先帝方以鼎盛之春秋，曷为而弃我臣民，岂非戊戌以后，十年忧伤，抑郁之所致乎？而孰使先帝积十年之忧郁而卒赍志以殂落者，则皆逆臣世凯一人为之也。先帝之事大行太皇太后，仁孝恭谨，四十年如一日，天下之所共闻也。
戊戌春夏之交，先帝发愤于中国之积弱，强邻之侵凌，毅然维新变法以易天下。其时慈宫圣意所在，非外廷所能窥伺，就令两宫政见小有异同，而慈孝感召之诚，终未尝因此而稍杀。自逆臣世凯无端造出谋围颐和园一语，阴行离间，遂使两宫之间常有介介，而后此事变遂日出而不穷。先帝所以备历艰险以迄今日，实惟此之故。今使如世凯言而果有事也，则将谓先帝为此事耶？抑谓全由罪臣有为主谋，而先帝受罪臣之蒙蔽耶？
夫以先帝之仁孝，肯为此悖逆之举？若世凯谓先帝为与闻，是诬先帝以不孝也。罪臣受先帝特达之知，稍有人心，固不忍行其蒙蔽，且以先帝之英明，又岂罪臣所能蒙蔽者！若世凯谓先帝为罪臣所蒙蔽，是诬先帝以不明也。推原世凯所以造出此无根浮言之故，全由世凯受先帝不次之擢，其事颇为廷臣所瞩目，而盈廷汹汹，方与新政为难，世凯忽生自危之心，乃幻出此至狠极毒之恶谋，如俗谚所谓苦肉计者以求自解免，此戊戌冤狱之所由起也。
（中略）
罪臣当光绪二十八年八月初二日恭承先帝手颁朱谕，命以爱惜身体，善自调摄，期他日更效驰驱，共建大业。十年以来，每一忆诵，血与泪俱。今先帝大业已矣，罪臣不敢惜身，惟大仇未报，无以见先帝于地下，且举国皆畏世凯无耻忘仇，然则先帝之冤非罪臣发之而谁发之？
夫图治之序固有先后，以中国之大，致强犹反掌耳。但有贼不讨，大伦已佥，大法全废，更何道以治国乎？先帝丧苟有可疑，袁世凯固贼也；既无可疑，袁世凯亦贼也。许子不尝药，《春秋》犹书为弑君。夫世凯之所陷先帝者，又岂此尝药之比哉？昔齐陈恒弑君，孔子鲁人，犹请讨之。况罪臣曾受先帝生死骨肉之恩者耶！自念获罪，不敢冒犯，待之弥月，不能隐忍，敢冒斧铖之诛，谨以上闻，不胜悲痛哀愤之至，伏惟睿鉴。有为泣血谨上。”
宣统（溥仪）临朝，摄政王载沣曾召见满汉军机大臣宣示先帝遗诏，这时老臣张之洞却跪在地上连连叩头，以“国有大丧，不宜诛戮大臣”为由反对，庆亲王奕劻也表示反对。当天载沣还密电征询北方几个北洋系的汉族军事首长意见，第四镇统制吴凤岭，第六镇统制赵国贤的答复都是：“请勿诛袁，如必诛袁，则先解除臣等职务，以免兵士有变，致辜天恩。”
大臣的反对，和可能发生兵变，就使袁世凯逃脱了“诛戮”的命运。下面抄录一段宣统废帝溥仪关涉这一幕的回忆——
对我父亲摄政王来说，最根本的失败是没有能除掉袁世凯。有一个传说，光绪临终时向摄政王托付过心事，并且留下了“杀袁世凯”四字朱谕。据我所知，这场兄弟会见是没有的。摄政王要杀袁世凯为兄报仇，虽确有其事，但是被奕劻为首的一班军机大臣给拦阻住了。详情无从得知，只知最后让父亲泄气的是奕劻的一番话：“杀袁世凯不难，不过北洋军如果造起反来怎么办？”结果是隆裕太后听了张之洞等人的主意，叫袁世凯回家去养“足疾”，把他放走了。有位在内务府干过差使的“遗少”给我说过，当时摄政王为了杀袁世凯，曾想照学一下康熙皇帝杀大臣鳌拜的办法。康熙的办法是把鳌拜召来，赐给他个座位，那座位是一个只有三条好腿的椅子，鳌拜坐在上面不提防给闪了一下，因此构成了“君前失礼”的死罪。和摄政王一起制定这个计划的是小恭亲王溥伟。溥伟有一柄咸丰帝皇帝赏给他祖父奕的白虹刀，他们把它看成上方宝剑一样的圣物，决定由溥伟带着这把刀，做杀袁之用。一切计议停当了，结果被张之洞等人拦住了。这件未可置信的故事至少有一点是真的。这就是那时有人极力保护袁世凯，也有人企图消灭袁世凯，给我父亲出谋划策的大有人在。袁世凯在戊戌后虽然用大量银子到处送礼拉拢，但毕竟还有用银子消除不了的敌对势力。这些敌对势力，并不全是过去的维新派和帝党人物，其中有和奕劻争地位的，有不把兵权拿到手誓不甘休的，也有为了其他目的而把希望寄托在倒袁上面的。因此杀袁世凯和保袁世凯问题，早已不是什么维新与守旧、帝党与后党之争，也不是什么满汉显贵之争，而是这一伙亲贵显要和那一伙亲贵显要间的夺权之争。以当时的亲贵内阁来说，就分成庆亲王奕劻等人的一伙和公爵载泽等人的一伙。给我的父亲出谋划策以及要权力地位的，主要是后面这一伙。
其中最难对付的是奕劻和载泽。奕劻在西太后死前是领衔军机，太后死后改革内阁官制，他又当了内阁总理大臣，这是叫度支部尚书载泽最为愤愤不平的。载泽一有机会就找摄政王，天天向摄政王揭奕劻的短。西太后既搬不倒奕劻，摄政王又怎能搬得倒他？如果摄政王支持了载泽，或者摄政王自己采取了和契劻相对立的态度，奕劻只要称老辞职，躲在家里不出来，摄政王立刻就慌了手脚。所以在泽公和庆王间的争吵，失败总是载泽。醇王府的人经常可以听见他和摄政王嚷：“老大哥这是为你打算，再不听我老大哥的，老庆就把大清断送啦！”摄政王总是半晌不出声，最后说了一句：“好，好明儿跟老庆再说……”到第二天，还是老样子，奕劻照他自己的主意去办事，载泽又算白费一次力气。
载泽的失败，往往就是载沣的失败。奕劻的胜利，则意味着洹上垂钓的袁世凯的胜利。摄政王明白这个道理，也未尝不想加以抵制，可是他毫无办法。
诛袁计划既然难行，载沣乃于光绪三十四年十二月十一日（1909年1月2日）以皇帝名义明降上谕：“军机大臣外务部尚书袁世凯，夙蒙先朝擢用，朕登极之后，复与殊赏，正以其才可用，使效驰驱，不意袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任。袁世凯着即开缺，回籍养疴，以示朝廷体恤之意。”
袁世凯在天津奉到“回籍养疴”的诏旨，这时他还和他的一位外国朋友取得联络，这位洋朋友是英国驻清公使朱尔典，他们早已建立了极亲密的关系。据说朱尔典拍了胸膛愿意担保袁的生命安全，于是袁世凯才怀着沉重的心情由天津遄返北京，向皇帝谢恩和辞行。
权势烜赫的袁宫保，竟在几天之内变成了丧家之犬，仓皇地告别了北京城，临行前他把在北京价值卅万元新购置的府学胡同私宅赠给了段祺瑞。这时北洋六镇统制名单是：第一镇统制何宗莲，第二镇统制马龙标，第三镇统制曹锟，第四镇统制吴凤岭，第五镇统制张怀芝，第六镇统制段祺瑞。
袁离北京时，只有严复和杨度两人送行。
袁从北京回到项城，先已在项城的卫辉城外购屋数十楹，故留居于此。宣统元年（1909年）五月移居彰德府北门外的洹上村。洹上村有天津何氏的别墅，袁予以购置添修，题名养寿园，自号洹上钓叟，一付闲云野鹤的姿态，每天饮酒赋诗，游山玩水，借以消除清廷满人对他的注意。其实京中动静，朝廷消息，他了若指掌，北洋派大将冯国璋、段祺瑞和其他将领都经常轻车简从来彰德，向袁报告情况，请示做法，袁则用非常亲密的态度接待这些干部，临别时还要赠送丰厚的路费。
在政治上，他的老友徐世昌红极一时，并未因袁失势而受影响，时而外放总督，时而内调尚书。袁归隐后，徐竟升任内阁协理大臣（就是副内阁总理的地位）；袁一手提拔的赵秉钧则任民政部侍郎，掌理全国警察和特务；袁的长子克定仍在邮传部任丞参，他们都负责京中联络工作。内阁总理大臣奕劻，陆军大臣荫昌也和袁保持密切关系；而各省督抚大员中，袁仍有不少的亲戚和故旧。因此，袁虽然在洹上隐居，可是却拥有极大的政治潜势力。
这时随袁在洹上的有两大智囊，两人都是姓杨的，一个是杨度，他原任宪政编查馆的提调，后来投入袁的门下满以为可以成为立宪的风云人物，怎知袁被逐，他亦只好随袁出走，失去腾达机会。他常叹息地说：“伊藤博文的命太好，我的命太苦！”一个是沉默寡言的杨士琦。杨是安徽泗州人，直隶总督杨士骧的兄弟，杨士骧亦是袁党。
袁在归隐期间，曾做了一首五言绝句，诗曰：“楼小能容膝，檐高老树齐，开轩平北斗，翻觉太行低”。袁的门下士一面作诗奉和，一面则贡以谀词：“宫保珠玉在前，我辈不敢献丑了。”这些趋附之辈又窃窃私议说：“诗虽不佳，可是气魄雄伟，大似开国帝王口吻。”
这年恰好是袁50岁，可是他的头发胡子早已斑白，他一共有七房太太，已生了15个儿子。他最宠爱的姨太太是五姨太，据说是段芝贵奉献的。
载沣当政后，一方面放逐袁世凯，一方面更进一步排斥汉族。首先是在军事方面，他把全国兵权总揽在皇室手里，要建立一个驾乎一切军队之上的皇室武力。就在他担任摄政和放逐袁世凯的同时，他宣布成立禁卫军，由他统率，同时设立贵胄学堂以培养满族的高级人才；又代皇帝为全国陆海军大元帅，并成立陆海军联合参谋机构军咨处，派满族大臣毓朗、善耆、载泽、载涛、载洵等主持建军事务；派载洵赴欧美各国考察海军，载涛赴德国考察陆军，荫昌为陆军部大臣接统北洋各镇；宣布陆军武官任用制度，近畿各镇由陆军部直接统辖，裁撤京畿督练公所；成立海军部，以载洵为海军大臣。后来军咨处扩大为军咨府。军咨府的性质等于参谋本部，以载涛、毓朗为军咨大臣。同时并宣布今后军队首长的任用计划，新军卅六镇的高级将领都由贵胄学堂毕业生担任；全国绿营和巡防营次第裁撤，以禁卫军拱卫京城，并控制全国新军。
海军大臣载洵、军咨大臣载涛都是载沣的亲兄弟，也是光绪的小弟弟，这两人是清末全国闻名的大贝勒。海军大臣载洵有一次被派到奉天去查案，他是坐火车前往的，到了奉天车站，满城文武官员都到火车站恭迎，可是钦差大臣却在车厢内发了脾气，怎么请也不肯下车。欢迎行列见钦差不下车，自然也不敢散走，其中有聪明的官儿们猜想钦差大臣大约是有什么需求，乃偷偷地向钦差的亲信随从打听。不打听还好，一打听可把人骇坏了，原来钦差大臣要地方官孝敬他3000套貂皮，如果不答应钦差就不下车。这可把地方官难倒了，因为关外虽然盛产貂皮，立刻要凑3000套则是办不到的，可是如果凑不齐，钦差大臣就不肯下车，这样地方官就要担承很大的干系，因此只好答应下来，立刻派人赴各地搜购，总算在钦差回京之前凑齐了。钦差虽然满载而归，可是搜刮的丑闻已传遍了关内外，从此载洵就被人称为“三千套”。载涛虽然没有这类笑话，但他却是一个出名的胆小鬼。至于摄政王载沣呢？他当国后很像模像样，每天坐朝听政，批阅公文，可惜他听政时，对群臣的报告，呐呐不能作指示，而批示则又别字连篇不知所云，常在朝堂上好像睡眠不足，呵欠连连。还有他是出名怕太太的。
禁卫军虽由载沣统率，实际责任却在载涛身上，而载涛也很少过问，又交给士官毕业生良弼负责。良弼本任禁卫军第一协协统，其后任禁卫军训练大臣，他是满族亲贵中敢作敢为的少壮派，吸收了一批士官生作为禁卫军的各级将领。