司马休之在中国历史上也算是个十分有趣的人物，他身为晋国宗室，却一生颠沛流离，历经东晋、南燕、后秦、北魏四国，他的列传并见于南北两朝的史书《晋书》和《魏书》（与他情况类似的南朝宗室亦有不少，比如刘宋宗室刘昶的列传并见于《宋书》和《魏书》；南齐宗室萧宝夤的列传并见于《南齐书》和《魏书》，等等，关于这些人的事迹，我们将在后文陆续提到）。在朝秦暮楚的南北朝时代，我们无须对他的道德人品进行抨击，他也不过是大国博弈、政治斗争之下的牺牲品。
刘毅被诛后，司马休之继任荆州刺史，颇得江陵一带人心，由此却遭到了刘裕的嫉恨。这个时候的刘裕，对权力的渴求已到了无以复加的地步，他需要的是像刘敬宣那样即使不在身边也能够做到“早请示、晚汇报”的听话的部下，而不是能据守一方，有可能对他形成威胁的地方长官，因此他从自己的利益出发就不得不对司马休之有所动作。还别说，加罪的借口很快就被他找到了。
借口来自司马休之的长子司马文思，此人轻浮放任，喜欢四处结交好友，颇有些侠士之风。他袭了伯父司马尚之的谯王爵位，呆在建康一带，每日里只与亲朋好友、随从小厮们外出打猎，有时跑到别人的坟头上，感觉玩起来碍事，就一把火把坟头给烧了。这样的纨绔作风，在以往的皇族宗室中并不少见，但却偏偏冒犯了刘裕新颁布不久的严正法规。结果，堂堂亲王隔三岔五地吃官司，司马文思被折腾得十分不爽。同时呢，他也看不惯司马氏的江山被姓刘的大权独揽，便与手下人暗中谋划作乱。计划还没成形，就被刘裕的细作探明，向刘裕禀报。刘裕早就盼着这样的情报了，当即下令收捕司马文思一党，诛杀他的手下，并将司马文思绑了送到江陵，叫司马休之自己看着办。
司马休之明白刘裕这一手是冲着自己来的，他却只上一道疏，向朝廷谢罪，承认自己管教不严，请求朝廷解除自己的职务，并进一步治罪。对于自己的儿子，他并不做任何处理，只是认为应该废掉他的王爵。刘裕十分不满，终于在第二年，也就是晋安帝义熙十一年（公元415年）对司马休之摊牌，将还留在建康的司马休之次子司马文宝、侄子司马文祖一并赐死，自领荆州刺史之职。他把建康的事务都托付给刘穆之，亲自带兵讨伐司马休之。
司马休之已有防备，他与同样不满刘裕专权的雍州刺史鲁宗之及其子、竟陵太守鲁轨联络，并向朝廷上表列举刘裕的罪状，以荆州兵马对抗刘裕。
刘裕听说司马休之的参军韩延之是个人才，有心招降，便给他写了一封密信，信中说：“司马文思的事情，远近所知。我去年把他执送给司马休之，给他留足了面子，而司马休之这个人毫无愧疚之心，此乃天地所不容的。我受命西征，只捉拿他们父子而已。你们这些原先的官员，一概不问罪。当年刘毅的手下帮着刘毅规划谋反，不得善终。如今足下诸位为形势所逼，并不想谋逆，我一向虚怀若谷，敬贤爱才（即“虚怀期物，自有由来”），只望足下能够早日归顺。将来军临城下，刀枪可是不长眼睛，只怕到时不小心伤了足下诸位的性命。足下可将此信给你的同僚看，希望他们也能顺应局势。”
韩延之不为强势所屈，一封回信慷慨激昂，大骂刘裕无耻，可谓拒降书的经典之作：
“闻亲率戎马，远履西畿，阖境士庶，莫不恇骇。何者？莫知师出之名故也。辱来疏，始委以谯王前事，良增叹息。司马平西（即司马休之）体国忠贞，款怀待物。以君有匡复之勋，家国蒙赖，推德委诚，每事询仰。谯王往以微事见劾，犹自逊位，况以大过，而当默然也！前已表奏废之，所不尽者命耳。推寄相与，正当如此，有何不可，便及兵戈。自义旗以来，方伯谁敢不先相谘畴，而径表天子，可谓‘欲加之罪，其无辞’乎！刘裕足下，海内之人，谁不见足下此心。而复欲诳国士，‘天地所不容。’在彼不在此矣。来言‘虚怀期物，自有由来’；今伐人之君，啖人以利，真可谓‘虚怀期物，自有由来’矣！刘藩死于阊阖之门，诸葛（即诸葛长民）毙于左右之手。甘言诧方伯，袭之以轻兵，遂使席上靡款怀之士，阃外无自信诸侯。以是为得算，良可耻也。吾诚鄙劣，尝闻道于君子。以平西之至德，宁可无授命之臣乎！假令天长丧乱，九流浑浊，当与臧洪游于地下耳（臧洪乃是东汉末年名士，因为上司张超复仇起兵，被袁绍所擒，面对袁绍诱降，义正词严，指斥袁绍，兵败被杀。韩延之引用这一典故，也显示其决心）。”
刘裕碰了一鼻子灰，一个劲地叹息，还让自己的手下都好好阅读这封信，说：“事人当应如此！”
（韩延之拥帝反刘的彻底，也表现在了自己和家人的名字上，他听说刘裕的老爹刘翘字显宗，就把自己的字也改成了显宗，并给自己的儿子取名为韩翘，以示对刘裕的不敬。晋末名士陶渊明有感于韩延之的事迹，也曾在他的《读〈三海经〉》的诗中留下“刑天舞干戚，猛志固常在”的名句。）
劝降宣告失败，刘裕便以大军强攻，他命参军檀道济和朱龄石的弟弟朱超石率步骑兵从襄阳出发，江夏太守刘虔之屯兵三连（今湖北安陆西），接应檀道济。竟陵的鲁轨突袭刘虔之，将其击杀。刘裕有意提拔自己的女婿徐逵之，让他率领参军蒯恩、王允之、沈渊子为前锋，从江夏口（即长江与夏水的汇合处，今湖北监利西）出兵进攻鲁轨，两军在破冢（今湖北江陵东南一带）交战，徐逵之等人战败身亡，只有蒯恩的军队勉强守住。
刘裕的大军抵达了马头（今湖北公安西北），就得到了连败两阵、女婿战死的消息，他勃然大怒，立即指挥诸军渡江，直扑西岸的江陵。这一带的江岸都是数丈高的悬崖峭壁，鲁轨与司马文思领兵四万把守，在悬崖上排下阵势，刘裕的军队根本无法上岸。刘裕披挂整齐，准备亲自登岸，众将苦谏不听，主簿谢晦以死阻拦，才将他劝住。刘裕又强令建武将军胡藩登岸，胡藩用刀尖在峭壁上刺出一个个小的凹槽，正好可以容下脚指，由此一步步往上攀爬（可见胡藩是攀岩运动的早期开拓者）。随后的部众越来越多，跟着他奋勇上岸，与司马文思等人的军队展开肉搏战。荆州的军队没见过如此勇猛的架势，很快被击退。刘裕乘胜猛攻，司马休之的军队溃败，江陵被攻克。司马休之、鲁宗之北逃，并派人向后秦和北魏求救，鲁轨则据守石城（今湖北钟祥），以期作最后一搏，却被刘裕部下赵伦之、沈林子击败。司马休之、鲁宗之两对父子，以及那位誓死反刘的韩延之等一干人只好投奔后秦，宗室司马休之再度被迫离开了故国。
太尉刘裕取得了权力斗争的最后胜利，他被加封太傅、扬州牧，享受“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”的最高待遇。义熙十二年（公元416年），他又被加封平北将军、兖州刺史，并增加都督南秦州，总共都督的州数达到了二十二个。至此，刘裕已是名义上的“一人之下”，实际上的“万人之上”，可以为所欲为了。