北朝上台的皇帝一个比一个年轻帅气，南陈却拥立了一位看来有些显“老”的君主——三十八岁的陈文帝陈蒨。
陈武帝陈霸先虽然在战场上战无不克，但是却抵挡不住权力的诱惑，在尚未统一江南的情况下就急匆匆登上皇帝的宝座，致使简单问题复杂化。
据守在长沙一带的王僧辩部将王琳不买陈霸先的账，拒绝招降，并指挥战舰顺江而下，宣称为王僧辩报仇。本来这是两个军事派系的斗争，陈霸先挟天子以令诸侯，掌握主动权，很容易获胜，然而他以陈代梁，就失去了政治的正确性，派去镇压王琳的军队也成了师出无名，王琳的地方军队反倒成了讨逆的义师。结果在沌口（今湖北汉阳西南），侯安都和周文育率领的陈军被指挥若定的王琳击败，大将周铁虎被杀，侯安都、周文育被俘，通过贿赂关押他们的太监才逃得性命。
陈武帝在位不到三年，至死也没完成小半壁江山的统一大业。江州（今江西九江）以西的长江中游，几乎全被王琳占领。王琳干脆把治所从湘州长沙迁到郢州（今湖北武昌），屯兵长江之上，并向江北的北齐称臣，把梁元帝的孙子、永嘉王萧庄迎到郢州（萧庄在之前的齐梁大战中，作为人质去了北齐），推为梁国皇帝，与陈国对抗。没曾想，后梁乘虚而入，抄了王琳的后路，攻占长沙等郡。如此一来，小小的长江中下游地区就有三国并立：建康的陈、郢州的梁和荆州的后梁，两个附庸梁国分别是齐、周两国在南方的代言人。
于是重大的责任就落到了陈武帝的继任者——陈文帝的肩头。以此而言，陈文帝并非守成之君，实乃开创之主。
陈文帝陈蒨是陈武帝的哥哥陈道谭的长子。陈道谭死于侯景之乱，陈蒨被侯景关押，险遭毒手。侯景灭亡，陈蒨被陈武帝委以重任，打了不少漂亮仗，在朝中军中都很有名望。陈武帝有一个在世的小儿子陈昌，梁元帝建都江陵，陈霸先驻守京口，把陈昌和陈蒨的二弟陈顼一同留在江陵做“质子”，后来西魏攻陷江陵，两兄弟都被掳往西魏。所以陈武帝驾崩时，陈昌不在身边。章皇后寄望北周送回亲生儿子，迟迟不愿确定继承人，最后迫于中领军杜稜、中书侍郎蔡景历以及侯安都等武将的压力，不得已才补立遗诏，由时任临川王的陈蒨入继大统。
听说陈武帝去世，王琳大喜，趁陈蒨根基未稳之机，命部下孙玚守备郢州，自己率领水陆大军东征。北齐也派出大将慕容俨兵临江北，声援王琳。
王琳初战告捷，大破前来阻击的陈将吴明彻，乘胜进驻栅口（今安徽无为东南）。陈文帝不慌不忙，命太尉侯瑱与司空侯安都领兵抵御。侯瑱与王琳曾经同为王僧辩手下部将，王僧辩死后，两人分道扬镳，一个拥陈，一个拥梁。侯瑱深晓王琳用兵之道，并不与他硬拼，督统各军在江东的芜湖与他相持，从头一年的十一月拖到了第二年的二月。春天一到，江水暴涨，王琳的船队声势浩大，发起进攻，侯瑱率陈军沉着应战，成功拦截。王琳船只受损，退保西岸。就在这时，郢州方面传来快报，觊觎已久的北周和后梁发现郢州空虚，派荆州刺史史宁领兵几万突袭，军情紧急。
王琳进退两难，假若回兵救郢州，且不说来不来得及，手下士兵一旦知情，弄不好就不战而溃。他把心一横，下令急行军，打算先灭了陈国再说。时逢西南风大作，从芜湖往下的一段长江正好是东北流向，王琳处于顺风，自以为“天助我也”，不顾一切地扑向建康。
王琳没有想到，侯瑱绝非一介武夫，而是个很懂随机应变的人。他在江边看得真切，轻轻让过王琳的船队，然后跟在屁股后面追打，这样一来，西南风反被侯瑱利用。王琳的士兵向陈军投掷火把，大风一吹，火都烧向王琳军，陈军啥事儿没有。侯瑱又用小船快速撞击敌船，洒上高热的熔铁，王琳的船队顿成一片火海，死伤惨重。
江中的水军向西溃败，来接应的齐军还不明白怎么回事，两军在岸上踩成一团，自相践踏，陷进芦苇丛的泥沼里。王琳带了十几个亲随乘小船狼狈不堪地逃到湓城（今江西九江），也不敢回郢州（都不知现在是姓梁还是姓周了），护送着萧庄投北齐去了。
其实，郢州在孙玚的带领下倒是战绩不小，几千守兵硬是扛住了北周的大军。本来指望王琳全胜凯旋，大家一起欢庆，谁料想王琳一去不返，陈国的大军乘胜追来。北周眼见这便宜不好占，无奈解围。上司王琳跑了，陈军又士气正盛，孙玚知道守也无益，便流泪开城，向陈军投降。
困扰多年的外敌一朝消灭，陈文帝正要庆贺，北周的宇文护就给他送上一份“贺礼”——堂弟陈昌。
陈昌在北周的俘虏生活不算太坏，以前陈武帝多次向北周讨要儿子，北周觉得陈昌奇货可居，一拖再拖，没能达成交易。等陈武帝一死，“奇货”迅速贬值，宇文护却忽然觉悟，决定放陈昌回国。用意不言自明，离间陈氏兄弟，最好引发内斗，从中渔利。宇文护的这手棋实在让人无法恭维。
首先，陈武帝在位的时候他没送陈昌回去准备继位。如果那时候把陈昌送回国，陈昌几乎是必然的皇位继承人，那么北周对陈国的新皇帝就有再造之恩。势单力孤的陈昌即便不念恩，至少他要坐稳皇位还需要北周的扶持，北周从中赚取的利益能小么？
其次，陈文帝即位后，宇文护仍然有更好的策略。陈昌毕竟是陈武帝的亲儿子，继位的合法性要高过陈蒨，如果北周给陈昌封个陈王之类的头衔，再派兵护送陈昌到江南做皇帝，同时积极拉拢所有拥护陈昌的“正统派”，搞个类似后梁的傀儡政权，不是也很好吗？
最坏的手段就是，一面唱着高调要送陈昌回国，一面又不给予政治与军事上的支持，白白把一只潜力股给炒成了垃圾股。
偏偏陈昌还不识趣，完全没有乃父遗风，回国之前得意洋洋地给堂兄写了封信，满怀对“美好未来”的憧憬，言辞间很不客气。
陈文帝看了信差点没气乐，就这副吃相还跟我抢帝位呢！不过表面文章还得做足，他找来侯安都（武帝时代的名将杜僧明、周文育都已去世，只剩下侯安都了），愁容满脸地说：“太子就要回来了，我只求一块封地，做藩王终老此身。”
侯安都耿直，当下答道：“自古哪有天子被代的道理？微臣愚钝，不敢奉诏！”他表示愿为文帝“分忧”，去接陈昌。
陈昌满面春风地登上“祖国”迎接他的大船，渡过长江后，就变成了一具尸体。侯安都上报：大船在江中损坏，皇弟不幸溺亡。
陈文帝得报，亲自出城，在堂弟的棺柩前演了一出“猫哭耗子”的大戏，继而颁旨，以王礼厚葬陈昌。
陈昌丢了性命，但是北周手里的另一名南陈皇室成员陈顼，却幸运得多，毕竟他是陈文帝的亲弟弟。经过谈判，陈文帝同意割让西南的黔中、鲁山两地（今湖北、重庆交界一带），于天嘉三年（公元562年）换回了陈顼。在陈文帝的扶植下，陈顼青云直上，成为文帝重要的左膀右臂。
陈文帝继续巩固他的统治：向西，他命侯瑱夺回了北周占据的湘州（今湖南长沙）和巴州（今湖南岳阳）；向南，他先后讨灭了豫章（今江西南昌）的熊昙朗、东阳（今浙江金华）的留异、晋安（今福建福州）的陈宝应和临川（今江西抚州）的周迪。这些人都是出身溪、越等族的土豪酋帅，割据一方，时降时叛，朝廷有外敌的时候，无力搭理他们，只能以笼络安抚为主，等到外患消除，他们也就如秋后的蚂蚱，没几天蹦头了。
至此，陈国才真正拥有了整个江南之地，虽然领土比梁代少掉了一半，但老百姓好歹可以过上几天太平日子了。
陈文帝即位时的年号是“天嘉”，取梁武帝早期年号“天监”的前一个字和宋文帝年号“元嘉”的后一个字组合而成，由此我们可以窥见陈文帝的治国施政理想。陈文帝确有这两位皇帝当年的风采，他早年了解民间疾苦，因此崇尚节俭，宽徭薄赋，休养生息；他又实行了南朝历史上的最后一次土断，有效增加了财政收入，使得国家经济逐渐从侯景之乱后的破败中恢复过来。
人无完人，陈文帝到了后期就没有那么勤政了，人也变得喜好猜忌。他赐死了拥立有功的侯安都，又效法梁武帝，玩起了舍身归佛的“游戏”（南朝的佛事并没有因为梁武帝的灭亡而萧条，反而在陈代掀起新的高潮，自陈武帝开始的几位君主都是佛教的忠实信徒）。
所幸，陈文帝在天康元年（公元566年）因病去世，没有像梁武帝那样晚节不保。可是有些人就没那么幸运了，比如他的“同志”韩子高。