东晋门阀政治，是中国古代皇权政治在特定条件下的变态，已如前论。如果没有一个成熟的有力量有影响的社会阶层即士族的存在，如果没有一个丧失了权威但尚余一定号召力的皇统存在，如果没有民族矛盾十分尖锐这样一个外部条件，如果以上这三个条件缺少一个，都不会有江左百年门阀政治局面。反之，这三个条件中任何一个条件的变化，都会导致江左门阀政治的相应变化。丧失了第一个条件，势必诱发司马氏皇权的自我膨胀；丧失了前两个条件，足以构成东晋朝廷易姓而使门阀政治变为新朝的皇权政治；连第三个条件也不存在，江左政权就失去了生存下去的历史理由，门阀政治就更不用说了。
门阀政治，是皇权与士族势力的某种平衡，也是适逢其会得以上升的某几家士族权力的某种平衡。但稳定的平衡并不容易，所以总有动乱。在门阀政治存在的时限以内，动乱的根源主要不是象专制皇朝通常出现的那种宦官、外戚、宗室专政，因为相对说来，微弱的皇权孳生不了那种必须依附于皇权而行专擅的宦官、外戚、宗室，孳生了也难于长期起重要作用。动乱的根源却较易来自士族中的权臣。不过权臣挑起动乱，还不致于影响门阀政治的根本，因为其余的士族将通过各种可能的方式，来制约企图破坏平衡甚至企图独吞江左的权臣如王敦、桓温，而使门阀政治格局维持不变。在门阀政治条件下，动乱的方式一般不表现为宫廷政变，因为宫廷政变虽然有可能导致皇位在司马氏皇族中的变更或某一宰辅地位的变更，但皇位或宰辅地位的变更也不能决定全面的局势。不愿接受这种变更的士族，将拒绝、制止、纠正这种变更。动乱的方式较多地表现为长江上下游之争，因为在士族专兵条件下，彼此制约的士族，其权力的分配正是表现为上下游实力的相持。但是，上下游的这种关系又受南北民族矛盾的制约，冲突一般是适可而止，较少达到决裂地步。从王敦、苏峻之乱以后门阀政治格局最终确立算起，东晋七十余年和平环境的获得，与这种种条件很有关系。我们不能不承认，门阀士族是这个时期社会的重心所在，是江左社会的稳定因素。
但是，门阀政治所依靠的条件总是有变化的。侨姓士族本身如前节所论，在江左立足不易，生根更难。橘逾淮而为枳。比起在本籍继续发展的北方士族，比起吴姓士族，他们毕竟是移植过来的，土不厚，根不深，宗族不大，一受摧折就容易凋零。士族专兵本是门阀政治的常情，王、庾、桓、谢都是如此。但是他们一般只是掌握军队的指挥之权，很少自己驰骋疆埸。而最后一个在政治舞台上浮现出来的士族太原王氏，指挥军队的权力也已经没有了。《颜氏家训·杂艺》云：江南冠冕儒生，多不习射，只能演习“弱弓长箭，施于准的，揖让升降，以行礼焉”的所谓博射；而“河北文士，率晓兵射”。两相比较，江南士族积弱的趋势，是显而易见的。
检验王伊同先生《五朝门第》中的《高门世系婚姻表》，可知侨姓士族终东晋世居显位不衰的，并不很多。极其狭窄的通婚范围，可能是士族人才日趋退化的一个重要原因，司马皇室也是如此。到了东晋之末，王导、谢安那样的士族人才，元帝、明帝那样的东晋皇帝，史籍中再也找不到。士族凋零，本是重振皇权的机会；可是同时出现的是王朝腐朽，孝武帝欲振兴而无方。这样，昔日王马结合的那种政治局面，不论从哪个方面说，都难于维持。加以肥水战后北敌压力的暂时解除，皇权与士族协力求存的需要也不复存在。末代皇朝险象环生，局面在酝酿着大变，只是收拾残局的力量究竟何在，一时还看不清楚。刘牢之借北府兵力，本来可能结束门阀政治，推倒东晋朝廷，但他并没有这种自觉，只能以自己的失败，为刘裕开拓道路。
东晋门阀政治，终于为南朝皇权政治所代替。南朝皇帝恢复了绝对权威，可以驾驭士族；而士族纵然有很大的社会、政治优势，却绝无凭陵皇室之可能。只是士族有人物风流的优势，皇帝擢才取士，赞礼充使，都离不开士族，甚至还要向士族攀结姻娅。过去优容士族的各种成规还没有立即失效，士族特殊性的消失还有待时日。从这些方面看来，宋代、齐代以至梁代的某些制度设施带有相当的过渡性质，就不难解释了。
从宏观考察东晋南朝近三百年总的政治体制，主流是皇权政治而非门阀政治。门阀政治只是皇权政治在东晋百年间的变态，是政治体制演变的回流。门阀政治的存在是暂时性的，过渡性的，它是从皇权政治而来，又依一定的条件向皇权政治转化，向皇权政治回归。皇权政治的各种制度经过南朝百余年的发展，终于与北朝合流而形成隋唐制度的重要渊源。皇权政治在这一曲折反覆的变化过程中，本身也起着变化。隋唐的皇权政治并不全同于秦汉的皇权政治。它们之间存在着显著的差别，但毕竟都是皇权政治。
从宏观来看东晋南朝和十六国北朝全部历史运动的总体，其主流毕竟在北而不在南。只是北方民族纷争，一浪高过一浪，平息有待时日，江左才得以其上国衣冠、风流人物而获得历史地位，才有门阀政治及其演化的历史发生。但是不论在北方或在南方出现的这些事情，都不过是历史的表面现象。历史运动中的胜利者，不是这一胡族或那一胡族，也不是江左的门阀士族或次等士族。历史运动过程完结，它们也统统从历史上消失了。留下来的真正有价值的历史遗产，是江南的土地开发和文化创造，是北方的民族进步和民族融合。这些才是人民的业绩和历史的核心，而人民的业绩和历史的核心，又要通过历史现象的纷纭变化才能完成，才能显现。
这就是本书的最终结论。这种结论，仅从东晋百年历史还难看得清楚。只有当沙石澄清，尘埃落定的隋唐时期到来，我们放眼南北，后顾前瞻，才能把握这一历史进程的脉络。