东晋门阀政治，严格说来，居政而有实权者只限于侨姓士族，吴姓士族只不过是陪衬。吴姓士族政治上不能获得更多好处，经济上却必须坚守既得利益，不容侵犯。王敦起兵，曾责备刘隗辈行刻碎之政，其中一条是“复依旧名，普取出客。”唐长孺先生认为侨民旧籍无从稽查，依旧名所取的当为江南土著豪强地主的佃客，因而王敦此举，意在联系江南大姓，激起他们对晋室的怨恨和反抗。这一分析是中肯的，同以后司马元显发东土诸郡免奴为客者为兵，激起东南八郡大姓和被征发者一起反抗，情况大体一样。
吴姓士族坚守自己的经济利益，东晋政府正常的租赋兵徭取给，越来越困难，而兵役征发，困难尤大。因此，从北方南来止于江淮的流民群，就成为东晋朝廷注目的对象。流民群驻足未稳，田宅不立，同仇敌忾，有抗胡的热情。但是他们在艰险中觅道南来，本未受江左政权的羁绊，对江左政权未必竭诚效忠。江左政权也必然能够理解，流民群可用而未可随意用，要用得其时，用得其法，用得其人，用得其所，而且还要估计风险。虽然如此，朝廷每当困窘之时，总会自然而然地想到流民群。可以说，东晋一朝大事，几乎都与流民群有直接的或间接的关系。
征发零散流民之为扬州与江南诸郡僮客者为兵，成为王敦之乱的导火线，是众所周知的。东晋为平王敦之乱，没有其它兵力可资凭藉，仍然只有动用流民武装。此事发谋于郗鉴、桓彝等人而为明帝采纳，卒灭王敦。但是作为后果，却孕育出流民帅苏峻之乱，这当然是郗、桓辈始作桶者和晋明帝始料所不及的。
尽管苏峻之乱教训了东晋当轴诸公，但仍无法改变东晋对于使用流民的需求。于是，产生了安顿流民以图得其死力的长远打算，即给流民田宅，用强藩加以控制，组织流民军队屯驻在京师以外的要地作为威慑力量。这样组织起来的流民武装，本意主要是用于防御外敌，不是用于北伐，更不是用于内争。使用流民成功的事例，首先是郗鉴对京口的经营。后来谢玄从流民和流民帅中募北府兵将成功，由此而有淝水之战的胜利，这与郗鉴早期经营京口因而得以羁縻江淮以北的流民帅，当有重要关系。
与下游北府经营相应，上游也出现了襄阳的经营。诸庾、诸桓控制上游时都十分重视襄阳流民的作用，其经营办法与下游京口相似。所以襄阳的流民武装，得以成为屏蔽荆、江的重要力量。不过，下游的建康得京口的保障，上游的荆、江有襄阳的武力，彼此各有所恃，又使东晋一朝上下游势力对峙的局面得以长久相持。本来是用于防御外敌的威慑力量，在内争中实际上起著作用，而且作用越来越大。
东晋一朝门阀政治，通常是由两三家当权士族分据内外，相抗相维。表面看来，这只是荆、扬的地域条件形成的，但是归根结底，还是由于上下游两支由门阀士族支配的主要是流民组成的武装形成均势，互相制约使然。苏峻乱后的七十余年中，分据上下游的武装力量没有刀兵相见，使东晋社会赢得了和平发展的时间，也使上下游的流民武装兔除了为士族门阀间的权力角逐而流血牺牲，这毕竟是一件颇有积极意义的事。
孝武帝死后，随着纷坛政局的发展，上下游所分别依仗的流民武装北府兵和襄阳兵，纷纷从抗御外敌的前线直接转入内战，其领袖人物，上游是杨佺期，下游是刘牢之，都可以归入次等士族代表人物一类。他们本来分别统辖于长江上下游的藩镇，属于门阀士族武装。后来他们卷进内战，都是自觉或不自觉地想使自己脱离门阀士族附庸武装的地位，逐渐发展成为独立的政治势力。但是数十年相沿的门阀政治束缚了他们的手脚，禁锢了他们的头脑，使他们摸索不到成功的道路，杨佺期终于成为门阀士族桓玄进入建康，代晋自立的垫脚石，刘牢之也被桓玄迫蹙至死。不过，他们失败的教训终于使刘裕聪明一些而获得成功，而刘裕的成功终归又是靠京口流民的力量。
东晋一朝，皇帝垂拱，士族当权，流民出力，门阀政治才能维持。等到士族不能照旧当权，司马氏也不能照旧垂拱而居帝位的时候，已经走到历史前台的流民领袖人物既抛弃了司马氏，也改变了门阀政治格局，树立了次等士族的统治秩序。但是历史并未因此而断裂，历史的逻辑在晋宋之际仍在顽强地起作用。次等士族的代表刘裕既继承了孝武帝伸张皇权的遗志，又在朝堂上安排了虽丧元气但有余威的门阀士族的席次。皇帝恢复了驾驭士族的权威，士族则保留着很大的社会政治影响。这就是具有南朝特点的皇权政治。刘宋前期，士族人物还凭藉历史遗留的优势地位，在相当的程度上干预和操纵政治。不过这种情况并不长久，越到后来就越不显著了。