孙泰、孙恩等人在江左以道术奉事帝王公卿，又转而以道术聚众起兵反晋。这是一部分其身分同于次等士族的晚渡侨人谋求政治出路的手段，其社会、政治意义，与原为门阀政治服务的北府将转而颠覆门阀政治一样。
刘牢之与刘裕，孙泰与孙恩，这是两支虽然表现迥异但实质上却有许多相同之处的平行活动力量。它们在各自发展的过程中，走过相似的道路。当刘牢之只是在门阀士族中求发展，未成为独立势力时，孙泰也在门阀士族中求发展，未成为独立势力。孙泰由于企图成为独立势力而聚众时被司马元显诱杀，刘牢之亦以拥兵自重而被桓玄逼死。孙恩乘农民暴动之势起兵反对门阀士族，刘裕则乘桓玄篡晋而起兵消灭门阀士族的代表桓玄。两种势力所走的道路如此相同，是由于它们反映了统治阶层变化这同一的历史趋势的缘故。
《太平御览》卷九七二引《三十国春秋》，卢循由广州领兵北上时，曾馈刘裕以益智粽，刘裕则答以续命汤。这是当时很多地方的风俗，京口也是如此。据《至顺镇江志》卷三《风俗》，京口逢端午则“系百索”，“为角黍”。“角黍”即粽，端午作粽，起源甚早。益智出广州，故卢循得馈益智粽与刘裕，并且还以之馈赠庐山慧远。“百索”，以五采丝系臂，辟鬼辟兵，即所谓“续命缕”，起源亦甚早。刘裕赠卢循的“续命汤”，当为“续命缕”之讹。刘裕、卢循出自京口，皆同此俗。刘、卢二人社会地位本来相近，但此时却处于敌对的竞争地位。他们互以此二物为赠，或是寓机语于酬对之中，说明二人颇有心照。
从刘牢之和刘裕、孙泰和孙恩这两支力量的平行活动中，我们看到在统治阶层发生变化的时刻，一支坚强的军队是十分重要的。北府兵基础牢固，活动于建康附近，败散了还可重建。所以刘牢之之后，刘裕又继踵而起。建康的任何执政者，都不能忽视北府势力。孙泰、孙恩的基础却与之不同。他们以道术干人主，虽不失为一条出仕门径，但他们的命运决定于人主偶然的宠幸和门阀士族暂时的优容，是不可靠的。孙泰在建康，虽获得一部分门阀士族的信奉，而王珣却得以一言流之于广州。孙泰在广州，虽得王怀之任之为太守，又得王雅荐之于朝廷，但谢又以一言而诛之，并及其子。孙泰在东晋居官，浮沉生死全在他人，没有什么可恃之资。这样才使孙恩无可选择，只有乘三吴民怨而走上以道术组织武力的道路。三吴农民中蕴藏着极大的反抗力量，但是在孙泰的领导下他们只能是一支盲动的冲击力量，暂时靠道术的鼓动而自存。等到宗教热度降低，他们的冲击力量不但将丧失，而且连农民起义的色彩也会逐渐减退。
但是，孙恩毕竟是首先对东晋门阀政治表示决裂的人。他的起兵不能不对刘裕以后的行事产生直接影响。孙恩起兵摧毁了门阀士族在三吴统治的盘根错节的基础，扫荡了一些最具影响的侨姓士族，所以刘裕以后的活动，包括“造宋”在内，没有遇到来自三吴的侨姓门阀士族的很大反抗。因此，孙恩和刘裕二人，就其客观作用说来，都是门阀政治的“掘墓人”，孙恩还是刘裕的先行者。当刘裕得势，独揽朝政，把门阀士族摆在一边的时候，卢循，徐道覆向建康进攻的行动，只能认为是次等士族内部不同派别之间的生死竞逐。刘裕有北府资实，又有复晋的功勋。他还有为东晋平寇乱的口实，师出有名。卢循反对司马元显的理由，由于司马元显之死，已不复存在，宗教狂热又已消失，师老兵疲，不堪久战。所以次等士族这两支力量竞逐的必然结局，是越来越清楚了。
次等士族反对门阀士族垄断政权，反对门阀政治，在东晋末年是遍及全国的事，上游荆州政局的纷坛变化，也反映了这种总的形势。隆安以来在上游活动的势力，殷仲堪与桓玄都是门阀士族，而杨佺期却是次等士族。杨佺期由北南来，居襄阳边地，以武力自固，似刘牢之。杨佺期出北土华胄，以晚渡不得预于东晋门阀政治行列，又似卢循。殷、桓由于处在不被中枢信任的地位，所以暂时与杨佺期结成联盟，借重杨佺期的兵力，反对当权的司马道子，这与王恭、刘牢之之间暂时结盟的关系大体一样。杨佺期与殷、桓之间，毕竟存在具有时代意义的矛盾。杨佺期受门阀士族排斥，慷慨切齿，欲因事际以逞其志，逐步发展为一支独立于门阀政治的势力。这种情况，与下游的刘牢之、刘裕一样，与孙泰、孙恩也很相似。不同的是，上游的斗争没有宗教势力介入，杨佺期以外还没有其它的次等士族势力的代表存在，情况比较简单。下游毕竟是全国重心所在，矛盾更为复杂，其变化又制约着上游局势。上游次等士族代表杨佺期的势力虽然被门阀士族桓玄并吞，但是桓玄终于又被下游次等士族代表刘裕消灭。历史趋势如此，胜利者终究是次等士族。上游的变化，不过是全局变化的一个回流，一个片段，一个侧面。
回顾晋末历史，事端迭起，矛盾交织。各种矛盾在局势的演化中都起了自己应起的作用。我在这里企图说明的问题只是：各种矛盾的发展都受这个时代的主要矛盾的制约，都在促进次等士族夺取门阀士族的统治权力，从而完成孝武帝开始的重振皇权的过程。“晋祚尽昌明”，而继立的宋祚却执行着司马昌明的遗嘱；其中被扬弃的，是以“王与马共天下”为开端的门阀政治。这是一个历史的辩证过程。
门阀士族让出了统治权力。他们在政治上、军事上失败了。但是在社会上，文化上，他们还有相当大的潜力和影响。次等士族胜利了，用军事力量巩固了自己的统治地位，但还要把门阀士族供奉在庙堂之上，以为自己张目。刘毅聚结门阀士族与刘裕对抗，门阀士族谢混党附刘毅，均被刘裕处死。这就是说，政治军事权力全入次等士族刘裕之手。但据《晋书》卷七九，刘裕受禅，以不得谢混奉玺绂为憾。刘裕本人也渐染士族习俗，以风雅为高。《艺文类聚》卷一四沈约《〔梁〕武帝集序》说：刘裕虽阙章句之学，却是“好清谈于暮年”。《南史》卷三三《郑鲜之传》：刘裕为宰相后“颇慕风流，时或谈论。”这就是说，次等士族刘裕总揽了政治军事权力之后，还必须附庸风雅，周旋于按照传统本是被门阀士族长期垄断的文化领域之中。尽管如此，次等士族的势力业已转化为皇权，中枢和藩镇总是控制在皇室之手，门阀士族人物虽然还可能兴风浪于一时，形成政局的暂时反覆，但是严格意义的门阀政治是确定不移地一去不返了。
在皇权政治之下，南朝的道教传播依然如旧，但道术活动受到控制。杜氏家族后人或仕或隐，以传杜氏道术聚众起兵的事，也不再出现了。
东晋和南朝，历来都被认为是门阀政治的时代。实际上，真正的严格意义的门阀政治只存在于东晋，不存在于南朝。东晋门阀政治以皇权政治的变态出现。刘宋以后，皇权政治基本上恢复了常态。在东晋门阀政治之下，必须维持几个最强有力的门户之间的利益平衡，还要保留司马氏的皇位。各个强大门阀士族之间，彼此起着制约作用，所以当权士族多少有所顾忌，而东晋政权也得以维持至百年之久。南朝排斥了门阀政治，恢复了皇权政治，但皇权政治的基础和格局并不能一次巩固下来，政权反而失去了稳定的因素，不断发生皇族内战和易姓换代纠纷。宋齐两代，皇帝与诸王争斗频繁，几无宁日，政局如走马灯。相比之下，东晋朝廷的砍杀并不多见。这或许可以视为门阀政治曾经发挥过一些积极作用的证据。宋洪迈《容斋随笔》卷八“东晋将相”条谓东晋能享国百年，盖自有术。“尝考之矣，以国事付一相而不贰其任，以外寄付方伯而不轻其权。文武二柄既得其道，余皆可概见矣。”洪氏所见不为无因，只是所谓国事与外寄之当“付”者，并非皇帝自择，而是迫于形势。明代于慎行《谷山笔麈》卷一六《论略》谓：“乔本世臣，国体乃关，廉远堂高，积非一日，门阀之重，固不为无益也。”于氏之论失之迂腐，但也并非全无道理。
严格意义的门阀政治不存在了，门阀士族还在，而且还颇为顽强。但是他们毕竟已经越过了权势的顶峰而就衰了。他们无法以凌驾于皇帝的赫赫权势来证明自己的存在，只好摆出傲慢、排他的姿态，以图显示其家族仍具有居官从政的特权和独特的社会地位。唯其如此，他们钻营富贵而又贱视富贵，依附王侯而又傲视王侯，才不能不矫揉造作，故作矜持。隔世看来，他们好像是偶人戏中的角色，真正的表演者无宁说是他们的先人，那些人曾经左右过东晋局势，但早已成为冢中枯骨。《梁书》卷二一《王峻传》载，琅邪王氏王峻之子王琮尚始兴王女，以不惠而被始兴王离异。王峻矜持地对始兴王说：“臣太祖是谢仁祖（陈郡谢氏谢尚）外孙，亦不借殿下姻媾为门户。”王峻台词很强硬，但是显而易见，真正的强者并不是王峻本人，而是东晋时的陈郡谢氏和琅邪王氏。
《魏书》卷七二《贾思伯传》，思伯虽贵重而不骄人，答人问曰：“衰至便骄，何常之有？”当世以此为雅谈。由贾思伯之言可见，一般说来，魏晋南北朝的士大夫懂得有盛必有衰，懂得“衰至便骄”，不衰无须骄矜作态的道理。只不过南朝的那些忸忸怩怩的门阀士族，并不像北魏贾思伯一样，直言不讳地承认这一事实罢了。
唐长孺先生在论及门阀士族衰落和寒人兴起问题时曾说：“士庶区别在晋、宋之间似乎己成为不可逾越的鸿沟，然而那只能是表示士族集团业已感到自己所受的威胁日益严重，才以深沟高垒的办法来保护自己。”入南朝后，门阀士族以妄自尊大其门户地望为好尚，偃仰自高，骄矜溢露，不放弃任何可以利用的机会。这确如唐先生所说，不过是他们感到威胁严重以后“深沟高垒”自固的一种手段而已。我赞同唐先生的卓识，只是想作一点补充，即门阀士族“深沟高垒”以自固，不但是为了如唐先生所论戒备寒人的“僭越”，而且是为了戒备皇权的蚕食侵逼，后者的意义更为重要。因为，寒人的“僭越”必须仰赖于皇权。
沈约记晋宋间事，认为寒人之起，在刘宋中叶。《宋书》卷九四《恩幸传·论》曰：“孝建、泰始，主威独运，空置百司，权不外假。而刑政纠杂，理难通遍，耳目所寄，事归近习。赏罚之要，是谓国权，出纳王命，由其掌握。于是方涂结轨，辐凑同奔。人主谓其身卑位薄，以为权不得重，曾不知鼠凭社贵，狐借虎威”云云。沈约解释作为皇帝近习的寒人势力之起，是宋孝武帝、宋明帝“主威独运”的结果；寒人凭藉“国权”、“王命”，始得凌驾“百司”，而“百司”之主，往往就是凭藉门第偃仰自高的门阀士族。所以门阀士族深沟高垒以严士庶之别，是他们明白自己已处于“空置”地位的时候对皇帝“主威独运”的一种戒备措施，不管他们是自觉还是不自觉，客观意义只能是如此。不过沈约只看重宋孝武帝、宋明帝个人专断的政治举措使寒人得以代替门阀士族掌握机要的事实，而未究及寒人何得恰在此时而不是在别的类似的政治条件下（例如东晋孝武帝时）成批地出现于朝堂之上。沈约也未能论及门阀士族骄矜自大之状看来是针对寒人，实际上是对皇权利用寒人而产生的戒备心态。
门阀争高，南风北扇，王侯也不得不攀附士族以自重，但是强者毕竟还是王侯。北魏尊士族，胡汉相揉，而首姓归于元氏；李唐纂《氏族志》，而推崇“今朝冠冕”，以李氏为首。皇权侵夺门阀士族地位，东晋以后历代如此，而后甚于前。我们知道，唐代山东旧族，如唐太宗所说，本已“世代衰微，全无冠盖”，犹力求自筑“深沟高垒”，死守其已失的膏粱、华腴阵地，企图凌驾新朝冠冕，这与晋宋之间的情况，何尝不是相通而又更甚呢！《梦溪笔谈》卷二四沈括慨叹唐代氏族以“地势相倾，互相排低，各自著书，盈编连简，殆数十家。”以上述观点来解释这种现象，我们完全可以断言，氏族相倾相诋，同样不是反映这些门户的强大，而是反映它们因生机己失而日趋虚弱，不得不骄矜作态以求存。