《魏书》卷九六《司马睿传》曰：淝水战后，“昌明（案即东晋孝武帝）年长，嗜酒好内，而昌明弟会稽王道子任居宰相，昏蒏尤甚，狎昵谄邪。于是尼娼构扇内外，风俗颓薄，人无廉耻”云云。《晋书》卷六四《会稽王道子传》所录孝武帝与司马道子昏庸腐朽诸事，大抵类此。
淝水之战以后，士族腐朽，是孝武帝伸张皇权的大好时机。但是，司马皇室同样腐朽不堪，徒有伸张皇权的愿望而没有真正的能力。加以异族入侵的压力，由于北方动乱不已而大为减少。在逸乐的环境中，东晋朝廷主相之间又起矛盾，士族人物得以煽扬其间。不论是皇室或是士族，都在这种政治纠纷中更加削弱。尽管皇权振兴是必然的趋势，但是要使司马氏皇权在稳定的秩序中振兴，又维持一种稳定的司马氏皇权秩序，在当时是不可能的事。
腐朽的政争，具有王朝末期的特征。孝武帝是昏君，司马道子是乱臣。他们在伸张皇权方面成事不足。但是他们的政争却破坏了门阀政治，诱发了江左社会中可能出现的各种矛盾。我们进一步探索政争的发展过程，正是为了从纷坛的现象中找到历史的去向，辨认参预政争的各种势力，并且进一步弄清这些势力客观上为一个能够体现皇权政治秩序的新朝代的出现扫清道路的具体活动。
主相相持而孕育纠纷，淝水战后逐渐显露。
孝武帝与司马道子，都是简文帝宫人李氏所生。简文诸子或夭或废，诸姬绝育将近十年。孝武帝及道子的诞生，《晋书》卷三一《孝武文李太后传》言之甚详；先于此者，《异苑》、《幽明录》、《太平经》以及《真诰》皆有说，虽涉神异，亦见传闻之广。孝武帝及司马道子既是亲兄弟，又同具有诞育于天师道的环境中、后来又皆兼信佛教的宗教背景。孝武帝近亲中，父辈皆死，兄弟辈只余道子一人。所以孝武帝引道子握相权以为辅佐，是势所必至，理所固然。以后主相之间出现矛盾，后妃族党及僧尼之属又拨弄其间，但有太后周旋制约，终于使孝武帝不废黜道子，道子亦不危及孝武帝。终太元之世，孝武帝与道子始终维持着虽相依维、复有矛盾的关系，这种关系，正是时局虽然纷坛坦迄无内战的原因之一。
时局纷纭的另一原因，是孝武皇后家太原王氏王蕴之子王恭以及道子妃家太原王氏王坦之之子王国宝等，分别支持主方和相方，簸扬其间。而太原王氏正是此时居于鼎盛地位的士族。《宋书》卷三一《五行志》“太元中小儿以两铁相打土中，名曰斗族。后王国宝、王孝伯一姓之中自相攻击也。”史家但知太原王氏两支中王恭、王国宝相攻击事，而未尝究及二王背后尚有后妃，后妃背后尚有主相，纠纷盘根错节，既复杂又深远也。
孝武帝纳王蕴之女为后，在宁康三年，孝武年十四。纳后之事，得到当时主政的两大家族的代表桓冲及谢安的支持，无疑具有政治婚姻的意义。《晋书》卷三一《孝武定王皇后传》谓孝武将纳后，访于公卿，谢安谓人曰：“若帝纳后，有父者唯荫望如王蕴乃可。”《太平御览》卷二四三引《晋中兴书》亦谓谢安之言曰：“王蕴地望，可与国婚。”至于桓氏意见，《孝武定王皇后传》引桓冲等为孝武纳王皇后事奏曰：“盛德之胄，美善先积，……可以配德乾元，恭承宗庙”云云，“于是帝始纳焉”。皇帝纳后而谘之于多家当权士族，经一致推举，始成婚姻，这在东晋是仅见的。谢安、桓冲等一致举以应选的是太原王氏，这自然是估量了当时各士族门户势力的结果。至于谢安明确地举以为国婚的并不是太原王氏炙手可热的王坦之之后，而是王蕴之后，这似乎有令人深入思考的余地。
太原王氏两支，均有国婚记录：王述从妹为简文帝皇后，王蕴姊妹为哀帝皇后。王述子王坦之于简文、孝武之际有大功勋，按理，以举王坦之后人入皇后之选为得。桓冲所奏王后“盛德之胄”，与前节引《群辅录》王坦之父祖以上“五世盛德”相照应，似是模棱之词，因为王蕴数代以名士闻，而不闻有盛德之誉。所以桓冲之奏表面上虽然支持了谢安，却又暗含以王坦之后人入皇后选为宜的主张。可以说孝武帝册立王蕴之女为后之事，实际上的决定者是谢氏而非桓氏。
谢安不愿立王坦之后人为皇后，似乎还有家族关系的背景。王坦之之子王国宝为谢安婿，谢安恶王国宝为人，抑之不用，而重王蕴之子王恭，谓其“人地可以为将来伯舅”，见《晋书》卷八四《王恭传》。王氏二支之间亦有嫌隙。王恭少与王坦之之子王忱齐名友善，据《王蕴传》，王蕴在会稽，王忱来拜墓，王恭往省王忱，归，“蕴曰：‘恐阿大非尔之友。’阿大，忱小字也。后竟乖初好。”这是淝水之战以前的事。以迹象度之，谢安举王蕴女入皇后选，目的即在抑制王坦之家族。王坦之家族未得入皇后选，却得与会稽王司马道子为婚，道子妃即王国宝从妹。此后，孝武帝与司马道子主相之间亦即兄弟之间的复杂关系，遂演化为皇后、王妃家族亦即太原王氏二支之间的生死搏斗，这自然是谢安无从预料的。
司马道子昏乱而本已势倾天下，袁悦之更劝司马道子专揽朝政，王恭乃请孝武帝杀袁悦之。《世说新语·谗险》注引《袁氏谱》曰：孝武帝托以它罪杀袁悦之于市中，“既而朋党同异之声，播于朝野矣。”主相之间的矛盾由于袁悦之被杀而公开化了，据《通鉴》，这是太元十四年十一月的事。
《谢安传》：“是时桓冲既卒（案冲死于太元九年），荆江二州并缺，物论以〔谢〕玄勋望，宜以授之。安以父子皆着大勋，恐为朝廷所疑，又惧桓氏失职，桓石虔复有沔阳之功，虑其骁猛，在形胜之地，终或难制。乃以桓石民为荆州，改桓伊于中流（案指江州），石虔为豫州。既以三桓据三州，彼此无怨，各得所任。”淝水战后桓氏据有上游的局面，在谢安生前一直维持着，只不过以桓氏疏宗的桓伊处于中流，多少可以防止荆州、豫州桓氏的联合，缓冲上下游的矛盾。
太元十四年六月，荆州刺史桓石民死；太元十五年，镇京口的青、兖二州刺史谯王恬死。上下两藩的空缺，相继发生于中枢主相相持的关键时刻，其时孝武帝杀司马道子之党袁悦之，引起朝野“朋党同异之声”。因此，上下两藩位置，一时成为主相争夺的焦点。十四年七月，司马道子以王国宝之弟王忱为荆州刺史镇江陵；十五年二月，孝武帝以后兄王恭为青、兖二州刺史镇京口；十五年八月，司马道子复以其党庾楷为豫州刺史镇历阳。于是，主相在中枢相持的局面，遂演化为诸藩镇犬牙交错，各附一方。其中主要对立的两藩，是江陵的王忱与京口的王恭，同属太原王氏。
王忱与王恭，少年时齐名友善，俱为贵胄公子。涉身政治以后，他们分属孝武帝与司马道子两方，逐渐生嫌而为仇隙。王蕴早料定“恐阿大（王忱）非尔（王恭）之友”，已见前引。《世说新语·赏誉》曰：“王恭始与王建武（案王忱为建武将军）甚有情，后遇袁悦之间，遂致疑隙。”注引《晋安帝纪》，谓恭、忱“及并登朝，俱为主、相所待，内外始有不咸之论。恭独深忧之，乃告忱曰：‘悠悠之论，颇有异同，当由骠骑（案指司马道子）简于朝觐故也，将无从容切言之耶？若主、相谐睦，吾徒当戮力明时，复何忧哉？’”以后，恭、忱嫌隙日趋明朗。《世说新语·忿狷》：“王大（王忱）、王恭尝俱在何仆射（澄）坐。恭时为丹阳尹、大始拜荆州。讫将乖之际，大劝恭酒，恭不为饮，大逼强之，转苦，便各以裙带绕手。恭府近千人，悉呼入斋；大左右虽少，亦前，意便欲相杀。何仆射无计，因起排坐二人之间，方得分散。所谓势利之交，古人羞之。”刘义庆以此事归入“忿狷”一类，以品性相责，只是见其一面；但所谓“势利之交”，似又近二王忿争的实质。不久以后，王恭出镇京口，二王的忿争成为两藩的对立，这比起京师主、相之间的争执，更要明朗。诸种现象在这时出现，都顶示着政争在继续加深，继续扩大。
荆州的形势，还有一个重要因素在起著作用，即桓氏遗留的势力。王忱至荆州之年，桓氏自桓温以来在荆州的统治，已持续了半个世纪之久。桓氏人物虽然物故者多，但尚有存者。特别是桓温世子桓玄袭爵南郡公居于江陵，是桓氏在荆尚存势力的核心所在。《王忱传》曰：“桓玄时在江陵，既其本国，且奕叶故义，常以才雄驾物，忱每裁抑之。”太元末年，桓玄出为义兴太守。《世说新语·言语》谓“桓玄义兴还后，见司马太傅（案即道子），太傅已醉，坐上多客，问人云：‘桓温来（案“来”，《司马道子传》作“晚涂”）欲作贼，如何？’桓玄伏不得起。”由是桓玄不自安于道子。道子所授荆州刺史王忱，是王坦之之子，而坦之又是阻碍桓温夺位的主要人物之一。这种历史关系，决定了桓玄在荆州对王忱采取对抗态度。因此在荆州内部，又形成了一组新的矛盾，这组矛盾终将与全局的矛盾联系起来，成为动乱的另一根源。
桓温篡迹，人所共知，这对桓玄的出处是很不利的。桓氏所据上游方镇又已尽失，桓玄无所依傍。在这种于桓氏不利的情况下，桓玄犹能保存势力，对抗公府，是由于皇统在简文帝子嗣之手，而简文帝得立，是桓温废黜海西公的结果。这就是说，孝武帝的天下得之于桓氏，彻底否定桓温，即等于否定简文、孝武的皇统。所以王殉、谢重均公开倡言桓温废昏立明，《通鉴》更谓“是时桓氏犹盛”也。
太元十七年，王忱死于荆州，激起了孝武帝夺回荆州的努力，东晋政局又为之一变。
《世说新语·继漏》：“王大（忱）丧后，朝廷或云国宝应作荆州。”注引《晋安帝纪》曰：“王忱死，会稽王欲以国宝代之。孝武中诏用仲堪，乃止。”中诏，诏从中出，非铨叙常规。据《晋书》卷八四《殷仲堪传》，殷仲堪曾为谢玄参军，出守晋陵郡，太元末领黄门郎，“宠任转隆。……帝以会稽王非社稷之臣，耀所亲信以为藩捍，乃授仲堪都督荆益宁三州军事、振武将军、荆州刺史”。由此可见，殷仲堪得力荆州，是孝武帝对司马道子斗争的一大胜利。
《世说新语·德行》：“自杀袁悦之后，上深为晏驾后计，故先出王恭为北藩。荆州刺史王忱死，乃中诏用仲堪代焉。”殷仲堪莅荆州之前，与王忱之死同月，孝武帝已抢先一步，出“以才学文章见昵”（《王珣传》）的郗恢（郗鉴之孙，郗昙之子），代替以老病退的朱序刺雍州，镇襄阳，造成夺取荆州的有利条件。而在司马道子策划以王国宝为荆州时，孝武帝又不经过吏部，以中诏出殷仲堪。这些情况，都可见其时事机的紧迫，斗争的激烈。
殷仲堪刺荆州，还有一个得利者，就是桓玄。原来王忱在荆州，每裁抑桓玄，桓玄当然迫切希望改变这种局面，希望出现一个能与桓氏合作共事的荆州刺史。释宝唱《比丘尼传》卷一《简静寺支妙音尼传》曰：“荆州刺史王忱死，烈宗（孝武帝）意欲以王恭代之。时桓玄在江陵，为忱所折挫，闻恭应往，素又惮恭。……玄知殷仲堪弱才，亦易制御，意欲得之。乃遣使凭妙音尼为堪图州。”孝武帝以此事问妙音，答曰：“外内谈者，并云无过殷仲堪，以其意虑深远，荆楚所须。”因此殷仲堪得以代王忱刺荆。殷仲堪在荆州，一反王忱裁抑桓玄的态度。《通鉴》太元十七年谓：“玄在江陵，仲堪甚敬惮之。桓氏累世临荆州，玄复豪横，士民畏之过于仲堪。”所以妙音为仲堪图州的举动，对于以后桓玄势力的坐大，荆州局面的发展，关系甚为密切。
顺便论及，殷仲堪入荆，不利者除了司马道子以外，还有琅邪王氏的王珣。《世说新语·识鉴》：“王忱死，西镇未定，朝贵人人有望。时殷仲堪在门下，虽居机要，资名轻小，人情未以方岳相许。晋孝武欲拔亲近腹心，遂以殷为荆州。”案王珣名地出众，桓氏故吏，自谓桓氏已之所善，由他出守桓氏世守之地，是理所当然。但是琅邪王氏此时已失去发展势头，王殉只以世资居位，于朝中两派均无党援。其它琅邪子弟，但求依违于各种势力之间以求禄位，并无一致的政治动向。如王凝之为江州刺史，弹豫章太守范宁，显系为司马道子效力；王恭之叛，王廞应恭而又背恭；王谧以晋臣而为桓玄奉玺绂；王珣本人，亦被王恭目为胡广。所以在东晋门阀政治的最后一个回合中，琅邪王氏已经无足轻重。王珣以才地自许而求增益权势，是不可能成功的。
综上言之，王忱死后，孝武帝得势，以郗恢为雍州镇襄阳，以殷仲堪为荆州镇江陵，以王恭为青、兖镇京口。在他看来，以名士镇名藩，各慑一方，互相呼应，囊括江左，共拥朝廷，从劣势彻底转为优势，司马道子在中枢的作用也就不足道了。但是风云未测，事与愿违，东晋政治糜烂过程还未走到尽头，真正能够变动乱为安定的因素还未出现。动乱的进一步发展，就要以兵戎相见了。
太元二十一年九月，孝武帝暴死，安帝继立，东晋主、相相持局面结束。安帝是白痴，他继位后中枢政柄全归司马道子掌握。道子所信任的王国宝及国宝从弟王绪二人“相为唇齿，并弄权要”（《世说新语·规箴》），京师已不存在强硬的对手。但是从全局说来，上下游的强藩尚未处置，司马道子的劣势还未真正扭转过来。《魏书》卷九六《司马睿传》载王恭抗表讨王国宝之言曰：“先帝暴崩，莫不惊号，而国宝觍然，了无戚容，夜乃犯阙叩扉，求行奸计，欲诈为遗诏，矫弄神器。”时王恭之弟王爽为侍中，拒之门外，王国宝遂不得逞。以其时内外形势度之，王国宝诈诏，不管是否涉及皇位继承问题，都会有处置强藩的目的。《桓玄传》桓玄说殷仲堪反对司马道子，所持理由之一即是：“若发诏征君为中书令，用殷顗（案顗为仲堪从兄，时为南蛮校尉，后来反对仲堪兴兵）为荆州，君何以处之？”矫诏以处置方伯，抢夺要冲，正是司马道子的当务之急。
中枢与两藩的矛盾，达到一触即发的地步。王国宝、王绪力主司马道子裁损王恭和殷仲堪的兵权。王恭等则缮甲勒兵，表请北伐，实际上是严阵以窥中枢之隙。隆安元年（397年）四月，王恭表列王国宝罪状，举兵入讨。
王恭举兵，本与殷仲堪有约。在此之前，桓玄力主殷仲堪劝王恭“宜兴晋阳之师以内匡朝廷。己（殷）当悉荆楚之众，顺流而下，推王为盟主。仆（桓）等亦皆投袂，当此无不响应”（《桓玄传》）。此时江陵、京口两藩，各有特点。京口王恭居元舅之尊，有久经征战的北府兵为之羽翼，所以望实俱重，朝廷畏惮。但王恭暗于事机，不娴兵略，而又自矜门第，与北府将不协。江陵殷仲堪以中诏超授得州，时人不以方伯相许，缺乏自重的条件。但荆州一旦与朝廷反目，可以聚集可观的军事力量：其一，荆州都督所部；其二，桓氏在荆州的故义；其三，由杨佺期率领的以襄阳为后方的流民武装，这是荆州可用的最重要的军力。当雍州刺史郗恢、南蛮校尉殷顗、南郡相江绩表示不赞同荆州起兵之时，殷仲堪立即引杨佺期势力入荆，以杨佺期代江绩为南郡相。杨佺期更驱逐郗恢，席卷雍、梁、秦州。这样，荆州就结成了殷仲堪、桓玄、杨佺期的联盟，殷居方伯，桓多故义，杨有实力。但是荆州与青、兖相比，青、兖犹居上乘，所以桓玄主张盟主应属王恭。但当王恭兵起之后，荆州却意存观望，犹豫不敢下，直到王恭罢兵之时，始有杨佺期一度下屯巴陵之举。
王恭除上结荆州夹击建康以外，又以王导之孙王廞为吴国内史，使他起兵三吴。王廞约会稽虞啸父募众于吴兴、义兴，赴者万计。虞氏会稽大族，在三吴的影响远胜王廞。虞啸父本见重于孝武帝，疾恶司马道子。他们兵起以后，建康面临断绝补给的危险，形势紧急。司马道子不得不杀王国宝、王绪兄弟以谢愆失，止王恭之兵。王恭罢兵后，王廞以多杀异己，势不可止，因此又出现王廞送笺于司马道子以讨王恭，王恭遣北府将刘牢之击王廞之事。王廞事虽即弭平，但开启了东方动乱的先声。《魏书》卷九六《司马睿传》谓王廞起事后“以女为真烈将军，亦置官属，领兵自卫。”此事极似天师道的军事活动，而琅邪王氏本天师道世家。《晋书》卷一零零《孙恩传》，孙恩叔父泰为新安太守，“王恭之役，泰私合义兵，得数千人，为国讨恭。”孙泰“为国讨恭”与王廞后来反恭的立场吻合，颇疑王廞事同孙泰事一样与天师道有关，但详情于史无考。
司马道子失王国宝、王绪后，引谯王司马尚之及其弟司马休之以为腹心。司马尚之说司马道子出王国宝之兄、桓温女婿王愉为江州刺史、都督江州及豫州之四郡诸军事，以为建康藩卫。此前，夹处荆州和青、兖二强藩之间的江州和豫州，分别在王凝之和庾楷之手。王凝之是王羲之之子，王导从孙；庾楷是庾羲之子，庾亮之孙。他们为藩镇分列江渚，多少能起上下游之间的缓冲作用，而且也是门阀士族利益均沾的一种象征。但王凝之、庾楷并非中立于上下游之间。王凝之从江州上表，以违礼罪奏纠豫章太守范宁，就是迎合司马道子之意以求容身自保的表示。庾楷在豫州，由于地接胡寇，有一定的兵力。庾氏子弟屡经桓温诛夷，门户子余，唯有庾楷。孝武帝死后，王恭借入赴山陵之名向司马道子耀兵，其时庾楷勒兵而至以助司马道子。王恭再次起兵后，司马道子语庾楷曰：“本情相与，可谓断金。往年帐中之饮，结带之言，宁可忘邪？”（《司马道子传》）。可见庾楷与司马道子曾有密约在先，庾楷是党附司马道子的。但庾楷以衰宗而值此际会，首要的事是保全门户，而不是死助一方。所以当道子欲割豫州四郡入江州都督范围以界王愉时，庾楷意识到这是司马道子收江、豫为己有以排斥王凝之、庾楷的打算，于是转而倒向王恭，共讨司马道子，使藩镇连兵向阙的局面又出现一个高潮。《晋书》卷八四史臣赞，列叙其时各种矛盾之后说：“庾君含怨，交斗其中。”庾楷在事态发展中翻云覆雨，不知自处，卒为桓玄诛灭。
庾楷以失豫州四郡，说王恭起兵，王恭又联络上游的殷仲堪与桓玄，同赴京师。鉴于上年起兵时殷仲堪观望误期，王恭乃先行举动，上表请讨王愉及司马尚之、休之兄弟。殷仲堪应期发兵，以杨佺期兄弟（兄广，弟思平，从弟孜敬）率舟师为前锋，桓玄次之，殷仲堪军继进。八月，杨、桓兵至溪口，江州无备，刺史王愉仓猝出奔临川，被桓玄偏师追获。王愉是桓温之婿，所以桓玄篡晋时犹以王愉为尚书仆射。元兴三年刘裕诛王愉，夷及子孙。王愉兄恺、弟国宝、弟忱，均先愉死。这样，太原王氏王坦之诸子作为司马道子的妃党，活动十余年后终告覆灭。
桓玄、杨佺期兵至石头，王恭所遣北府将刘牢之军据竹里，夹击建康。此时中枢权力已经转移至会稽王世子司马元显之手。王恭以门第傲物，既恃刘牢之的武力，又以部曲将薄遇刘牢之。司马元显利用这一矛盾，遣原为北府将的高素说刘牢之倒戈。王恭败走被擒，与其子弟党羽俱斩。这样，作为孝武帝后党的太原王氏的王蕴一支，也告覆灭。
本书《论郗鉴》篇曾论及东晋门阀政治出现的两个基本条件，一是皇权不振，一是士族专兵。太元以来太原王氏活跃之时，孝武帝力图重振皇权，又图以司马道子的相权相辅，是皇权不振这一基本条件已在改变之中，或者说已有了改变的可能性。太原王氏二支之中，居京口重镇的王恭，兵力仰赖于并非门阀士族的刘牢之；先后居上游荆、江的王忱、王愉，也都无兵权在握，是士族专兵的这一基本条件已不存在。所以，代表门阀政治一个特定阶段的太原王氏两支的覆灭，实际上也是东晋百年门阀政治的终场。
太原王氏在东晋的政治作用消失了，东晋一朝的门阀政治从此结束。但是，司马氏政权的命运也处在风雨飘摇之中。政局山重水覆，前路何在，什么力量将代之而起，孝武帝开始的振兴皇权的历史趋势是否还能继续下去，这一切，此时此刻尚不见端倪。
王恭死后，刘牢之代王恭居北府之任，北府重镇第一次落到将门出身的下层士族之手。刘牢之率北府兵至京邑以拒上游之师，杨佺期、桓玄、殷仲堪回军蔡洲，司马道子信左卫将军桓修（桓冲之子，桓玄从兄，尚简文帝女武昌公主）之谋，以桓玄为江州，杨佺期为雍州，黜殷仲堪为广州，而委桓修以荆州之任，居上游之核心。桓修说：“西军可说而解也，修知其情矣。若许佺期以重利，无不倒戈于仲堪者”（《殷仲堪传》）。由此可知，上游诸军存在重重矛盾，其军事实力的关键在杨佺期。殷仲堪初不接受朝命。但是，桓玄一则喜于江州宠授，二则喜于与荆州桓修为邻，所以意存观望，有接受朝命的可能。杨佺期亦在可否之间。但是桓、杨将士家属多在殷仲堪治下的江陵，殷仲堪命将士南归荆州，否则大军至江陵，将悉戮余口，以此胁迫桓、杨置朝命于不顾。这种复杂的利害关系，使得殷—桓—杨联盟又维持了一个短暂的时间。他们彼此以子弟为质，盟于寻阳，共拒朝命，不过盟主地位已由殷仲堪改属桓玄。此时，孙恩之众已起于会稽，上游之事朝廷已无力顾及。
隆安三年（399年），殷仲堪与杨佺期共谋袭击桓玄，反被桓玄分别消灭。桓玄并有殷、杨军力，独揽上游，对建康威胁甚大。只是由于孙恩之众横扫三吴，上游才得短期敛兵，未向下游发动攻击。
元兴元年（402年），司马元显讨伐桓玄，桓玄乘机举兵东下，至于姑孰，北府将刘牢之向桓玄投降。桓玄入京师总揽大局，刘牢之所领的徐、兖刺史亦为桓玄所夺。桓玄杀司马元显，流司马道子。刘牢之惧祸，拟奔江北，途中自缢而死。桓玄消灭了一切对手，并趁卢循主力泛海南下之机，于元兴二年十二月代晋为楚。