永嘉元年（307年）九月，司马睿偕王导渡江至建邺。晋室政治中心，自此逐渐南移江左。西晋灭亡以后，江左的东晋政权维持了一个世纪的统治。
关于南渡，据知有如下三种记载。
《晋书》卷六《元帝纪》：“永嘉初，〔元帝〕用王导计，始镇建邺。”《世说新语·言语》“顾司空（和）未知名”条注引邓粲《晋纪》：“导与元帝有布衣之好，知中国将乱，劝帝渡江，求为安东司马，政皆决之，号仲父。晋中兴之功，导实居其首。”王导于南渡之事起了重大作用，有“中兴之功”，这是毫无疑义的。但是他当时还受制于司马越与王衍，不可能独自作出这件大事的决断。司马睿于越、衍，关系尚浅，也不可能决定南渡大计。所以，司马睿“用王导计”始渡江之说似嫌简单，不尽符合当时的情况。
《晋书》卷五九《东海王越传》：“初，元帝镇建邺，裴妃之意也，帝深德之。”东海王妃裴氏的家族地位，已见前述。妃兄裴盾为徐州刺史时，司马睿为安东将军监徐州诸军事，二人共治下邳。妃兄裴邵辟司马睿安东府长史，与安东府司马王导“二人相与为深交”。所以裴妃对于司马睿、王导渡江之事，自然是知情而又关切，说她表示过这种意愿，是完全合理的。后来，东海王世子毗陷于石勒，下落不明；裴妃被掠卖，东晋既建，始得过江。司马睿为报答司马越和裴妃恩德，以皇三子冲奉越后为东海王世子，以毗陵郡为其封国，又以毗陵犯世子讳，改名晋陵。这些都说明裴妃对于南渡是起过巨大作用的。但把渡江大事说成只是裴妃个人的意愿促成，也不妥当。
《晋书》卷八《王羲之传》：“羲之……父旷（一作广），淮南太守。元帝之过江也，旷首创其议。”案王旷为淮南之前居丹阳太守职。《晋书》卷一零零《陈敏传》谓敏起事后，“扬州刺史刘机、丹阳太守王广（旷）等皆弃官奔走。”王旷与刘机曾经同治秣陵，他们商议军情的文书，今天还保存了一些片断。关于王旷倡议渡江之事，东晋人裴启所撰《语林》说：“大将军（敦）、丞相（导）诸人在此时闭户共为谋身之计，王旷世弘（旷字世弘）来在户外，诸人不容之。旷乃剔壁窥之，曰：‘天下大乱，诸君欲何所图谋？’将欲告官。遽而纳之，遂建江左之策。”案《语林》成书于哀帝隆和时，多载人士语言应对之可称者，“大为远近所传，时流年少，无不传写，各有一通。”其中偶有道及谢安的不实之词，为谢安所纠。所记王旷建策一事，当时王氏子孙具在，未闻异词，应当基本可信。王旷建策，时间当在永嘉元年三月至七月，即陈敏败亡至司马睿初受都督扬州江南之命之间，地点估计是在下邳。
以上三说，各从不同方面反映了一些真实情况，可以互相补充，而不是互相排斥。它说明南渡问题不是一人一时的匆匆决断，而是经过很多人的反覆谋划。概括言之，南渡之举王氏兄弟曾策划于密室，其中王旷倡其议，王敦助其谋，王导以参东海王越军事，为琅邪王睿司马的关键地位主持其事；裴妃亦有此意，居内大力赞助；最后决策当出自司马越与王衍二人，特别是司马越。《太平御览》卷一七零引顾野王《舆地志》：“东海王越世子名毗。中宗为越所表遣渡江，故改此（案指毗陵）为晋陵。”案表遣虽然只是一种形式，但不经司马越上表这一形式，司马睿、王导就无从被派遣过江，过江后亦无法统凭据。至于司马睿本人，如《晋书》卷五九《八王传·序》所说：“譬彼诸王，权轻众寡，度长絜大，不可同年”，所以他在南渡问题上只能是被动从命，无决断权。
过江以后，司马睿也并不是江左政局草创中不可须臾离的人物。尊经阁本《世说新语》“元帝始过江”条汪藻《考异》：司马睿过江两个月后，“十一月，太妃薨为（于？）本国琅邪，上便欲奔丧，顾荣等固留，乃止。上即表求奔丧，诏听。二年三月，上还琅邪国，四月葬太妃，上还建康。”这一详细的时间表，说明司马睿甫过江，即操持奔丧之事，并不因南迁始尔而抽身不得，循请夺情。这是由于坐镇江东，稳定局势，主要不是靠司马睿，而是靠王导。有王导在，有王导辅翼晋琅邪王司马睿的格局，江左政治就有了重心。这正是南渡后“王与马共天下”的具体反映。“王与马共天下”并不像《晋书》卷九九《王敦传》所说那样，只是司马睿过江后王敦、王导一时“同心翼戴”的结果。可以说，过江以前已经具备了“共天下”的许多条件，过江以后始得有天下而相共。
能够实现南迁，还由于江南士族名士合力消灭了陈敏势力，为司马睿扫清了进入建邺的障碍。陈敏的兴败，南士的向背，其中都有王与马的活动。
原来，西晋灭吴后，江东被认为是多事的地方，所谓“吴人轻锐，易动难安”。西晋以东南六州将士更守江表，吴人多有不自信之心。晋武帝晚年，曾有封“幼稚王子”于吴之议，时刘颂为淮南相，认为此议“未尽善”，主张以“壮王”、“长王”出镇。八王之乱前夕，吴王晏始受封，但是并未之国。六州将士更守江表之制当亦难于继续维持。江东既无强藩，又乏重兵，羁縻镇压，两皆落空。
八王之乱后期，江南士族名士深知洛阳政权已难维持，亟需一个像孙策兄弟那样的人物来号令江东，保障他们家族的利益。他们在江东没有找到合适的人，而在江北找到了陈敏。他们起先拥护陈敏，为敏所用。司马越在下邳收兵，也联络陈敏，想借助他以消灭自己在北方的对手。但是陈敏过江后既排斥江东士族，企图独霸江东；又自加九锡，声称自江入沔汉，奉迎銮殿，以与司马越争雄。所以南士与司马越都不能容忍陈敏。这时倡议反对陈敏的关键人物，恰是与南士有广泛交往，又居东海王越府为军咨祭酒的广陵华谭。华谭致书陈敏帐下的义兴周玘、吴郡顾荣等人，一方面指责陈敏“上负朝廷宠授之荣，下孤宰辅（案指司马越）过礼之惠”；另一方面又言顾荣、贺循等“吴会仁人，并受国宠”，而欲以“七第顽冗，六品下才”的寒士陈敏为江东的孙策、孙权，以图保据，非但无成，抑且自贻羞辱。华谭此信，显然是受命于司马越、王衍，目的是告诫南士，如果要保障江东士族利益，只有反戈一击，消灭陈敏，与司马越合作。顾荣、甘卓、纪瞻同华谭一样，都曾居司马越幕府，与越有旧，遂与周玘定策灭敏。
从陈敏兴败之中，王、马与南士各自作出了自己的估量。王、马理解到江东形势亟待强藩出镇，否则还可能出现第二个陈敏；南士则准备接受从北方来的强藩，只要他们有足够的名分和权威而又尊重南士的利益。这样，司马睿与王导才得以在南士的默许下过江，而过江后的首要任务，就是尽力笼络南士，协调南北门阀士族的利益。关于这一点，已故的陈寅恪先生有《述东晋王导之功业》一文，引证丰富，论议入微，这里不多说了。
《晋书》卷六五《王导传》云：琅邪王司马睿“徒镇建邺，吴人不附，居月余，士庶莫有至者，导患之。会〔王〕敦来朝，导谓之曰：‘琅邪王仁德虽厚，而名论犹轻。兄威风已振，宜有以匡济者’。会三月上巳，帝亲观禊，乘肩舆，具威仪，导及诸名胜皆骑从。吴人纪瞻、顾荣皆江南之望，窃觇之，见其如此，咸惊惧，乃相率拜于道左。”据说南士因此应命而至，“吴会风靡，百姓归心焉。自此以后，渐相崇奉，君臣之礼始定。”《通鉴》据王敦拜扬州的年月，于此条的真实性有怀疑，因而有所删削，并于《考异》中着其原委。其说确否，姑置不论。但《王导传》此段叙述另有可疑之处。顾荣等人参预过中朝政治活动，被辟于号称“多俊异”的东海王越府，又经历了拥护陈敏和推翻陈敏的整个过程，于晋末形势、司马睿出镇建邺的背景以及王导偕来的目的，应当是熟知的。何况司马越以王导佐司马睿监徐州军事已逾二年，而徐州下邳居南北要冲，顾荣等人何得于司马睿、王导南渡时对司马睿的身分、王导等北士的态度一无所知，必于徘徊半载之后偶于道旁偷视，始定出处？又观楔之事也有可疑。司马睿、王导至建邺，在永嘉元年九月。《晋书·王导传》言司马睿在建邺“居月余，士庶莫有至者”，下叙“会三月上已帝亲观禊”，此三月无疑为永嘉二年三月。前引尊经阁本《世说新语》汪藻《考异》谓永嘉元年十一月太妃薨，司马睿欲奔丧而不果，又谓“二年三月，上还琅邪国，四月葬太妃”，然后南还。据此可知，永嘉二年三月上已，司马睿已在艰中，即令他还未启程归国，尚留建邺，也不可能有“帝亲观禊”之事，因而也不可能有骑从率拜诸情节。所以，这种故事性的描述是不足信的。但是其中所反映的王、马关系和敦、导地位，以及南士尚存的猜疑心理，应当是近实的。
永嘉南渡后，王导始终居机枢之地，王敦则总征讨于上游，王氏家族近属居内外之任，布列显要者人数甚多。沙门竺道潜深交于元帝、明帝、瘐亮等人，出入宫省，自称以“朱门”为“蓬户”，在政治上颇有影响。而此人据说也是王敦之弟。王氏家族诸兄弟子侄之间也时有矛盾，甚至互相杀戮，如王敦杀王澄、王稜，王敦败死后王舒沉王含、王应于江，等等。虽然如此，以王导、王敦为代表所构成的王氏家族势力是非常牢固的，这使“王与马共天下”的局面在江左维持了二十余年，直到庾氏家族兴起，抑制王氏并凌驾于王氏为止。而且，即令是在庾氏代兴，王氏家族权势发展越过了自己的顶峰以后，王氏家族的社会、政治势力以及文化影响仍旧不衰。《南史》卷二四史臣论曰：“昔晋初渡江，王导卜其家世，郭璞云：‘淮（案指秦淮）流竭，王氏灭。’观乎晋氏以来，诸王冠冕不替，盖亦人伦所得，岂唯世禄之所传乎！”王氏人伦斯得，冠冕不替，在江左与秦淮共长久，其基业即奠定于“王与马共天下”的年代。
明帝太宁二年（324年），王敦准备第二次东下，夺取建康。其时“清君侧”的口实已不存在，大军下都，自然有兴废之举。钱凤问王敦曰：“事克之日，天子云何？”敦曰：“尚未南郊，何为天子？便尽卿兵势，唯保护东海王及裴妃而已”。王敦答语突兀，历代论者及注家似乎都未尝措意及此，不见有何解释。我认为“王与马共天下”既滥觞于西都的司马越与王衍，王敦眼中但重司马越、裴妃而轻司马睿，重司马越在晋室的统绪而不重司马睿的地位，所以才作此语。除此以外，我认为此语还具有更为实际的意义，可能涉及兴废问题，值得留意。
如前所叙，司马睿将帝之时，王敦已有“更议所立”的企图；王敦初引叛军入建康时，元帝又有归位琅邪“以避贤路”之语。王敦拟更立者是谁，史无明文。细味语气，似乎还不是指王敦本人而是另有物色，不过此时还没有迹象表明他属意于谁。
我们知道，王氏兄弟拥司马睿过江，系由司马越所表遣，而裴氏出过主意。江左得有东晋局面，不能不感激东海王越与裴妃。晋元帝对他们“深德之”，王氏兄弟自然亦“深德之”。东海王越死，裴妃于大兴中渡江，这在江东是一件大事，不能不引起某种政治波澜。元帝以少子冲为东海王国世子，当即波澜之一。王敦下都，无视晋明帝的存在而独以裴妃及东海王冲为念，嘱钱凤尽力保护。王敦入都后，又表示欲废明帝。这些也是裴妃渡江以后的波澜。从种种波澜之中，我推测王敦有废明帝而代之以东海王冲的意图。王敦欲废明帝而代之以东海王冲，这实际上只能是把东晋政权完全转移到自己手中的一个过渡。王敦如果得立东海王冲，当然也可以废东海王冲而自立，不过这需要一个过程。
东海王冲之封可能成为东晋政治上的麻烦问题，东晋朝野对此迹象似乎早已有所觉察。干宝《搜神记》卷七：“晋元帝建武元年七月，晋陵东门有牛生犊，一体两头。京房《易传》曰：‘牛生子，二首一身，天下将分之象也。’”《宋书·五行志》、《晋书·五行志》均同。《开元占经》卷一一七引《搜神记》则曰：“元帝大兴中，割晋陵郡封少子〔冲为东海王世子〕，以嗣太傅东海王。俄而世子母石婕妤疾病，使郭璞筮之，……曰：‘世子不宜裂土封国，以致患悔，母子华贵之咎也……。’其七月，曲阿县有牛生子，两头，……石氏见（其图）而有间。或问其故，曰：‘晋陵，主上所受命之邦也。凡物莫能两大，使世子并封，方其气焰以取之，故致两头之妖，以为警也。’”案古人往往利用自然间或社会中某些变异现象解释政治大事，《五行志》所载及郭璞之筮，即属此类。颇疑时人观察形势，早有王敦将利用东海王冲以遂其谋的忧虑，故托物妖以为警诫。晋明帝和东海王冲虽然是同父异母兄弟，但在统胤上一出琅邪，一绍东海，王敦废彼立此，即是使东晋由琅邪王国的统胤改变为东海王国的统胤，以便利自己予取予求。王敦未得至都，即己病笃，仓猝之中，命王应在己死后立即代晋自立，建朝廷百官，以求先发制人，因此也就完全暴露了欲立东海王冲的实际目的。这是发生在后的事，与上述对王敦保护东海王冲和裴氏之命的解释并无冲突。
我们还可以用同样的理由来解释另一史料。太兴四年（321年）七月，王导拜司空。《晋书》卷三五《裴楷传》：“既拜，叹曰：‘裴道期、刘王乔在，吾不得独登此位。’”案王导拜司空，是晋元帝为防王敦而以戴渊镇合肥、刘隗镇淮阴以后八夭的事，拜王导为司空实际上是元帝在处理王、马关系问题上所采取的一项平衡措施，主要不是对王导特加崇敬。其时王敦构乱将发，王导际遇艰难，处境微妙，说不定有覆族之虞。裴道期即裴邵，裴妃之兄，王导在司马睿平东府的同僚，随司马越、王衍出军死难。刘王乔即刘畴，刘隗从弟，蔡谟每叹若使刘畴过江，“司徒公之美选也”，见《晋书》卷六九。王导思及裴邵、刘畴，主要当是从人才方面着眼。裴邵人才是否足以与王导同登三事，姑置不论。但是我们可以分析，如果王导与裴邵得以以越府旧谊而又共事睿府，也许东晋初年那种艰难境遇就不至于出现了。王导于此思念裴邵，于叹借人才之外，或许也是表示对司马越与裴妃的思念之情。不过这只能算推测之词，存此备考。
《魏书》卷九六《司马睿传》以及同书卷三三《张济传》，均谓江左“主弱臣强”；《十七史商榷》卷四九，谓“晋少贞臣”。这些都是确当之论。其实从西晋后期以来，惠、怀、愍帝都是权臣的掌中物，其时已是“主弱臣强”，且“少贞臣”，不独江左如此。不过西晋的权臣是宗室强王，士族名士往往要依附于他们才能起作用。东晋则不然，士族名士本人就是权臣，宗室王公也要仰食于士族名士。“五马渡江”，除元帝一马之外，其余四马，即彭城、汝南、南顿、西阳诸王，都因不见容于士族权臣而丧生。据《世说新语·仇隙》，元帝用谯王承刺湘州以扼王敦，为王敦弟王廙所杀，多年以后，承妻泣谓子无忌曰：“王敦昔肆酷汝父，假手世将（廙）。吾所以积年不告汝者，王氏门强，汝兄弟尚幼，不欲使此声着，以避祸耳！”琅邪王氏门强如此，以至宗室不敢道其杀亲之仇，这正是强烈地反映了门阀政治的特性。如果说西晋自武帝以来，士族名士是司马氏皇权（包括强王权力）的装饰品，那末东晋司马氏皇权则是门阀政治的装饰品；西晋尚属皇权政治，东晋则已演变为门阀政治。东晋皇权既然从属于门阀政治，皇帝也就只是士族利用的工具而非士族效忠的对象，“贞臣”自然是少而又少了。史家每诟病《晋书·忠义传》，言其人物事迹多有于晋不忠不义者，原委之一，即在于此。当王敦以诛刁协、刘隗起兵时，王导实际上站在玉敦一边，时人并不以王导为逆，也不以刘隗、刁协为忠。士族权臣可以更易，而“主弱臣强”依旧。当琅邪王氏以后依次出现颍川庾氏、谯郡桓氏、陈郡谢氏等权臣的时候，仍然是瘐与马、桓与马、谢与马“共天下”的局面。由此可见，王与马的结合所开启的江东政局，奠定了东晋一朝政局的基础，影响是深远的。至于琅邪王氏能与司马氏“共天下”而终于不能篡天下，这应当从门阀士族之间彼此牵制和南北民族矛盾这两方面求得解释，而不能只从权臣个人忠奸求之。如果门阀士族的状况及其彼此关系发生了重大变化，南北民族关系出现了重大变化，如果历史出现了这种情况，司马氏的天下也不是不能篡取的。不过这是晋宋之际的问题，本书将在最后论及。