新征组的队员一共二百三十四人，从板桥出发向京行进已经是第四天了，这天是文久三年二月八日。
所有的队员被分为七个队伍，每个队伍的队长被称为“伍长”，所有的人都是经过山岗和清川的精选，比如一队的队长就是江户著名的浪人根岸友山。只有这样武艺高超的人才能压住手下这帮亡命之徒。有个叫山本仙之助，原来是甲州一带有名的开嫖放赌的“总瓢把子”，绰号“佑天仙之助”，不知道看重了他身上什么了，居然被提拔成为了第五队的队长。
芹泽鸭被授予了独立于各队的“取缔付笔头役”官职，以他的资历来说，这已经是破格的提拔，换了别人大多应该知足了。
“总瓢把子”都成了队长，近藤一行八个人却只能当普通队员。以他们的武艺来说，八个人随便挑一个都可以打遍队内无敌手。可是谁都注目于那些名噪一时的“老大”，根本没有人来注意这些无名之辈。他们被归到六队队长村上俊五郎麾下，和大家一块从木曾街道直奔京师。近藤大小也算是个剑道馆的馆长，现在却成了普通队员，心中自然不会高兴。后来他和新征组分道扬镳，这时的寄人篱下算是一个不大不小的原因吧。
幕府派遣鹈殿鸠翁、山岗铁太郎随同队伍一块进京。队伍里那些人每到一处，驿馆的主人总是成遑成恐地出来迎接。每到一处还会往旅馆门上贴上大纸，上写：
鹈殿鸠翁样御宿
山岗铁太郎样御宿
新征组御宿阵
有的队员看见这些抬头，兴奋的如同过年的孩子一样。这也难怪，这帮人是乡士，老百姓，町人，如今受了如此高级的待遇难免有些“昨嫌破袄短，今嫌紫蟒长。”
队伍里有个任务叫做“宿割”，就是走在队伍前面，在队伍到来之前，按官职安排所有人的住所。每个普通队员都要轮换担任这个任务。
有天轮到了近藤干这活了，土方岁三知道近藤是个心高气傲的人，让他去干这类跑腿打杂的活，难免会心理不快活。就特意对他说：“你还是请病假吧，这活不应该是你干的。”
“没事。”
“那我和你一块去吧？”
“这还要人帮忙，实在有些说不过去。”近藤略显不快地说道：“这活谁都要干，我也要试试看，再说有人帮忙做向导，我应该能够完成的。”
“你行吗？”
不出土方所料，近藤出了件不大不小事故。近藤赶到了驿站，按官阶顺序，幕吏的鹈殿、山岗，肝煎的清川，七个分队的队长，普通队员安排了所有的房间。可是大队人马赶了过来，所有人都有了下榻的地方，唯独少了芹泽鸭的一闲宿舍。
“这算什么啊？”芹泽一听到这件事，边走边用“精忠报国”的大铁扇敲着自己的脸，走进了近藤的房间，大声说道：“老子的房子在哪里！”
近藤脸一下子变苍白了，“没有是吗！”
“我，我马上去办。”
近藤战战兢兢同伴商讨解决办法，可一转眼芹泽人就不见了，找来找去，才发现芹泽大模大样的盘坐在大路上抽烟。近藤要和他说话，自然要蹲下来和他说话。
“这次我做的事情，太对不起您了，我是个粗心大意的人。请您一定要原谅我。”
说这个话时，近藤双手平服，头着地，看上去就像跪着求饶一般。对这个男人来说，没有比这个更大的屈辱了。
芹泽好像根本没有看见近藤一样，一声不吭。等烟抽完了，他才开口了：“没什么，我是个四海为家的人。这条大路就是我最好的下榻之地，但是长夜漫漫，寒气逼人，请你帮我升起一摊篝火，火最好大一点，麻烦了。”
围在旁边的芹泽的手下新见锦、野口建司、平山五郎、平闲重助马上把附近的一闲小屋给拆了，堆在了大路上点着了。不久天就黑了，篝火经久不息，火星直蹿天际，邻村的人还以为这里着火了，都跑来看热闹。这下好了，别说鹈殿、山岗，整个队里上上下下一夜谁都没睡好。
近藤这次的面子可是丢大了，半夜里藤堂平助几次按捺不住，大叫：“（我去）砍了他。”可是他杀气腾腾地冲到门口，就被近藤止住了。冲田坐在窗边坐立不安，土方一声不吭的盯着天花板，不知道在想什么。房间的气氛异常沉闷。
整个队伍来到京都时，已是二月二十三日了。
因为京都中心没有适合的房屋，所以全体队伍来到了壬生乡，总部驻节新德寺，所有的队员分住在周围的乡士家里。
可是他们在京都只待了二十天，江户就“变天”了，表面上的理由是因为发生了“生麦事件”，幕府不希望这股排外的浪潮波及京都。实际上是因为清川不经许可和公卿暗通取款，要把幕府设立的新征组要卖给公家。鹈殿和山岗带着所有的人准备回京都，但是近藤和他那八个兄弟，以“勿改初志”的理由滞留京都，令人吃惊的是芹泽也自愿留了下来。
两派人合起来一共十三个人，派系斗争从这天就开始了。
他们一行人还住在老宿舍里，可是不管是幕府还是皇室都不给他们任何庇护了，十三个人变成了没权没势的浪人团体，日子过的非常艰难。
樱花散去，京都初现绿色的三月。十三个人联名在十三日向京都守护职松平荣保提出了请愿书，让人非常意外的是当天就得到了许可，成为了“会津中将（容保）”的“御预”（部下），并被授予了正式的法理位置和充裕的经费。新选组从这天就正式成立了。
有钱加上官方的认定，原来的小组织马上膨胀到了一百余人。到了初夏，这个团队已经初具雏形了。
局长是队伍最高的领导，共有三个人，首席为芹泽、次席为近藤，第三是芹泽的心腹新见锦。表面上看是芹泽一派处于优势，但是中级干部却是近藤一派占了压倒多数。副长山南、土方，副长助勤（小队队长）冲田、永仓、原田、藤堂、井上等十四人都是近藤从江户带出来的心腹。土方又新招了大阪浪人山崎蒸、松原忠司、谷十三郎，明石浪人斋藤一。在江户谁都正眼不瞧一眼的近藤一帮人，现在势力如日中天，“抖起来了”。
被任命为副长助勤芹泽的心腹，只有四个人。芹泽这个人志大才疏，对于政治方面更是一窍不通，根本没做一点防范措施。他哪里知道土方和山南都是这方面的高手，土方早就在普通队员开始了“小动作”了。他经常以近藤的名义给别人一些小恩小惠，或散布近藤如何能干，如何照顾手下。
有次土方悄悄对近藤说：“近藤兄，新选组总有一天是你的。”土方关于夺权计划已经有了很完整的一套计划了。
土方和近藤在没外人的时候，说话总是这么直白。也难怪，两个人都是多摩的农民出身，近藤老家在武州多摩郡上石原，后来成为天然理心流道场的主人近藤周助的养子。整个青年年代近藤都和八王子附近村寨的农家孩子进行剑术练习。土方是多摩郡日野村乡士佐藤彦五郎的小舅子，佐藤又是天然理心流的保护者。他们头一次见面，近藤二十二岁，土方二十一岁，两个人很快成了好朋友。十年之闲，两个人早已经成为了生死与共的朋友。
土方向近藤谈了自己的计划，近藤脸上露出了笑容，表示了他对这个计划的赞成。土方接着说：“这不是为了一己私欲，是为了天下大事。新选组现在处于这个乱世之中，一定要确定和诸蕃和贵族有同等的位置。靠芹泽和新见那帮鸡鸣狗盗之徒，是成不了什么大事的。”
近藤惜字如金的说道：“但别走的太快了。”
“我知道，但是近藤兄”土方加重语气说道：“我以前也说过，你在队伍里什么都不要说，每天笑嘻嘻的办事。对你来说最重要的就是增加大家对你的爱戴。”
“我明白了。”
土方认为近藤身上有大将之才，辅佐他成就霸业，对这个自认绝对聪明的土方来说，也是一种莫名的快乐。
一方面他和近藤一样对芹泽深恶痛绝，一方面他自认，近藤的帅才加上他的组织能力，绝对能够成大事。早在多摩郡那个小道场时，他们就是这么合作的。他在周围的四乡八镇招募喜好剑术的年轻人，并把天然理心流从小地方的剑术套路提升为各地流传的大门派。现在土方又把新选组——当成了他下一个强有力的作品。
现在阻拦他完成这个作品的只是一个人，局长芹泽鸭。不过要杀他，并不是那么容易的。芹泽好酒贪杯，酒过三巡就变得暴躁不堪。但是他那一身神道无念流的剑法，让人生畏的膂力。只能让土方继续等待下去。