明神宗处理了张居正，开始亲自执掌大权。但他不久就对朝政失去了兴趣。万历十一年（1583年），皇帝以“偶有患病”为由，传令暂免朝讲数日。有了第一次就有第二次，以后，明神宗他不断以有病为由，停止视朝和讲读。他的理由十分冠冕：生病。所以大臣们也没有办法，总不能不让皇帝生病吧。但他虽然对朝政不感兴趣，却对一件事情毫不放松，那就是敛钱。史学家孟森曾评价这位皇帝为：“怠于临政，勇于敛财”，“行政之事可无，敛财之事无奇不有”，“帝王之奇贪，从古无若帝者”。
有道是“普天之下，莫非王土；率土之滨，莫非王臣”，堂堂天子居然是个财迷，总有些让人不可思议，于是就纷纷寻找原因。给张居正作传记的朱东润先生曾经从神宗皇帝父母的血统入手分析，认为朱元璋从贫民起家为皇帝，神宗的父亲这一系就算是出身贫农；而他母亲李太后也来自于平民家庭，是一个小农的女儿，则他母亲这一系也算是小农。这样贫农的后代，小农的外孙，恐怕就会带点狭隘短视，所谓“小农意识”，对金银财宝之类的便会看得格外重些。这或许也有点道理，但人总是复杂多变的，根据血统来确定一个人终身的性格行为，恐怕不会那么准确。西晋的王戎，乃是竹林七贤之一，出身鼎鼎大名的魏晋高门琅玡王氏，但却小气到了匪夷所思的地步。他家的李子生的好，怕别人买去得了种子，居然不嫌麻烦的把每颗李子都凿了核再卖。由此可见，这血统什么的实在靠不住。大明天子贪财的原因，还是要到别处去找。
或许这和当年张居正对他的管束有关。张居正教育小皇帝，作为贤明的君主，要重视粮食蓄积，而不能把珠玉之类的奢侈品看得太重，因为百姓靠粮食生活，而珠玉则饥不能食，寒不能衣。对于小皇帝逢年过节的花费和对宫里人的赏赐，他也劝皇帝要竭力俭省，于是小皇帝给宫女们的赏赐从来都很寒酸。但是，在受过了这么多正统的节俭教育之后，小皇帝终于开始不耐烦了，尤其当他面对张居正的抄家清单时，更强烈地感受到了这位昔日老师的言行不一。哪怕是作为报复吧，都会让他对钱财的爱好变得不一般起来。所以，他一查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。
但对于神宗皇帝来说，查抄的这些家产不过是点小钱，远远不能满足他对于财富的渴望。于是他想来想去，终于找到了一条生财捷径，从而也带来了明代后期最大的弊政之一——臭名昭著的矿税。
其实，皇帝想出这个敛钱的招儿也挺不容易的。田赋是不能再加了，否则只好让老百姓喝风；商税所得有限，而且零零碎碎的，收起来也太麻烦；传统的专卖，则品种固定，数额也基本稳定，估计再榨不出多少油水。而且，很重要的是这几种收入都是要上缴国库的，也就是说，属于国家财产，未必容得他随心所欲的花。至于抄家，只能偶尔为之，总不能作为一项经常收入吧。所以，最后他就打起了这开矿的主意，绕开各级政府官员，只让自己亲信的太监前去办理，得到的好处，也就统统算做皇帝个人的私房钱了。
当然，开矿能变成一种生财之路，也是当时的科技水平有所发展的结果。开矿要上税，始于南北朝时期，那时就是一种应付财政收入不足的手段。以后的历朝历代，矿税都要算得是政府的一项收入。起初，矿税所得在政府税收中只占很少的一部分，但随着科技的发展，大量矿藏的开发，这笔收入渐渐变得可观起来，到了明代，征收的范围更是扩大了许多。但是，由于开矿要凿山挖地，总被认作是一种破坏“风水”的事情。所以当时的政府对于开矿也有所限制，有一套严格的审批程序。但是，一心敛钱的明神宗现在顾不了这么多了。再加上，当时对宁夏、朝鲜和播州先后用兵；乾清、坤宁两宫及皇极、建极、中极三殿连遭火灾，早就把以前张居正攒下的一点家底弄得精光，国库也变得空虚了起来，皇帝就更需要找到快速生财之法。于是，从万历二十四年（1596年）起，府军前卫副千户仲春奏请开矿，打破了以往对开矿的严厉禁限。自此每遇奏报开矿，皇帝就派宦官前往监督。到了万历二十六年（1598年），又开始派宦官到各地采矿和征税，滥肆搜刮。搜刮的钱财自然都上供到了皇帝这里来，于是，尝到甜头的皇帝就更加乐此不疲，终万历一朝，矿税一直为害极大。
按说，政府鼓励开矿应该是发展经济的好事，去收税也是天经地义的。但是，明神宗派出去主持开矿和收税的却是身边的太监，而绕开了各级政府。本来，有明一代，太监的势力就颇为强盛，权阉辈出。这些大公公们仗着自己是皇帝的亲信，对于那些官儿根本看不上，而且这帮人素质不高，没有什么责任感，一切以敛钱为第一要务，什么国计民生，百姓疾苦，统统不放在心上。于是，他们每到一地，就撇开地方官府，另建税署，专折奏事，直通皇帝。对不屈从于他们的地方官，更是上奏告密诬蔑，皇帝当然不会怀疑自己的大公公们，总是立即下令逮捕治罪，有的地方官甚至被活活打死。而且这些大公公们所到一地，只顾搜刮金银，有矿无矿倒不放在他们心上。有时见良田美宅，就胡说地下有矿，借此敲诈或强行霸占。他们不但收矿税，还把手伸得很长，在交通要道也遍设税卡，税额苛重，极尽敲骨吸髓之能事。往来的客商可就糟了殃，往往被迫把货物抵作税款。而且，这些公公们胃口还很不小，连一些零零碎碎的小钱都一并笑纳。老百姓买只鸡，带捆菜都不肯放过，也得上税。甚至于根本没有开矿，却把虚拟的应得“收入”分摊到百姓身上，号称“包矿”。如此大肆搜刮自然成果丰厚。仅万历二十九年（1601年）一年，由这些矿监们运到北京献给明神宗的就有白银九十余万两、黄金一千五百七十五两，还有大量的珠宝。这些大公公在给皇帝效力的同时，当然也不会忘了自己发财，于是大量的搜刮成果便直接装入矿监、税使的私囊。如矿监陈增搜刮的金银，进奉皇帝的只有十分之一，而十分之九却落入了他的腰包。
如此胡作非为，自然引起了民间的极大骚动。商旅萧条，百姓失业，就连那些地方官也受不了了。再加上这帮人及其爪牙无恶不作，如湖北税监陈奉，纵容手下的爪牙强抢民女，直接掠入税监署中，地方官也无可奈何。矿监陈增在山东益都，每天都要征集上千人凿山开矿，为督促工期，打死了许多工人。陈增的爪牙程守训等人到了江浙地区，扬言奉密旨搜金宝，诬陷那些大商巨室私藏违禁物，破灭了百余家之多，甚至于当众杀人。这样的贪残暴行，引起了社会的各个阶层的痛恨，于是民变连连，连当地官员都暗暗站在了这些“暴民”的一边。
不但百姓反抗，朝中官员也纷纷给皇帝上书，劝他废掉民愤极大的矿税。劝谏他这矿税不但令贫者断绝生计，富人也蒙受其害，这样下去，势必激起“大乱”，一旦土崩势成，众心齐倡，“至于揭竿”，皇帝的天下就会“大溃”而无法挽救了。到了那个时候，皇帝就是有黄金盈箱，明珠填屋，也没人会给他看守。但是，“皇上视财太重，视人太轻；取财太详，任人太略”，任凭大臣们苦口婆心，谏书日进，皇帝却一概不理，统统束之高阁。后来，这位皇帝大人因为立太子的事和大臣们闹别扭，躲到深宫中“罢工”，朝廷万务，全部不管，却唯独放不下这个敛钱的矿税，凡是有关的奏报，都批复得特别快。一次，明神宗生了大病，觉得自己快死了，就召来内阁首辅沈一贯，说要废除矿税。沈一贯一看皇帝终于明白过来了，十分高兴，当天便票拟好废除矿税的谕旨进呈，皇帝看后同意，也在当晚就回复。可到了第二天，皇帝不仅没死，还奇迹般地好了，他第一个反应便是马上派太监传令内阁，要追回那道废除矿税的谕旨。因为自己死不成了，如果断了财路，那不等于自杀吗？沈一贯不管，仍然要把昨晚的谕旨发下执行。太监叩头恳求，额头都快流出血来。沈一贯无可奈何，只好把谕旨发还。于是，皇帝有生之日，矿税征收依旧。
皇帝搜刮了这么多钱，却舍不得花，全都在府库里屯着。后来朝廷要用兵，国库没钱，朝臣们苦苦相求，他才拿出一个无济于事的小零头，但这些银子竟然因为窖藏太久，已经变黑发霉，腐蚀得快不能用了。到了万历四十八年（1620年）三月，皇帝病死，这祸国殃民的矿税才算宣告停止。但是，几十年来矿监税使的横征暴敛，对社会经济，特别对工商业的发展已经造成了极大破坏，致使国家正赋减少，财政发生危机，城市民变屡屡发生，各种矛盾日益激化和扩大。在矿税停止后二十四年，明朝也就灭亡了。