元顺帝躲在宫中，一面大作木工活，一面大练双修法，倒也逍遥自在。可此时宫外的情况却是非常不妙，元室内部斗争加剧，各地民变风起云涌，元代的统治，已经到了岌岌可危的程度。当时民间流行着一支曲子，就把这种危机唱了出来：
堂堂大元，奸佞专权。
开河、变钞祸根源，惹红巾万千。
官法滥，刑法重，黎民怨。
人吃人，钞买钞，何曾见。
贼做官，官做贼，混愚贤。
哀哉可怜！
自从元顺帝登基以来，当权的臣子换过了好几个。先是伯颜，此人专政自恣，肆行贪暴，天下贡赋多入其家，省、台、院官多出其门下，而且还是个标准的“民族歧视者”。元代立国，本来就按征服的顺序把天下人分为蒙古、色目、汉人、南人四等，实行民族不平等政策。这个伯颜还要更进一步，当时南方有民变，他就劝皇帝把张、王、刘、李、赵五姓汉人统统杀光。还好元顺帝还算正常，没听他的。他权势熏天，每次出巡都旌旗蔽日，侍从填满了街衢，而顺帝的车驾仪卫却少得可怜，弄得反而像他的跟班。顺帝对此自然心中不爽，便谋划对付他。最后在伯颜的侄子脱脱帮助下，终于把伯颜赶出了朝廷，后来伯颜死于贬途。
伯颜死了，他的侄子脱脱开始掌权。他倒不像他的伯父那样专横跋扈，是个很贤明的人，也很有才干，在位期间废除伯颜旧政，昭雪诸王冤狱，恢复科举，还主持修定了二十四史中的宋、辽、金三史，一时被誉为“贤相”。但这些政策虽然受到了汉族士人的欢迎，却不免触犯了蒙古保守贵族的利益，最后，脱脱被蒙古内部的反对势力弄得焦头烂额，只好罢相而去。后来，顺帝身边实在没有什么能干的人，才又把他找来收拾烂摊子。只是脱脱虽然才干过人，却无奈“生于末世运偏消”，这时元朝的统治已是积弊重重，回天乏力了。于是他为了解决当时的财政危机和黄河水患问题，便不得不使出自杀性政策来，这也就是那支小曲所唱的“开河、变钞祸根源”了。
为了应对顺帝时的财政匮乏，脱脱开始了对钞法的改革，加量印制“至正宝钞”，替代早已通行的“中统宝钞”和“至元宝钞”，即所谓的“钞买钞”。钞即纸币，最早出现于北宋，叫做“交子”，开始只是流行于民间，后来朝廷发现获利很大，就改为官营。但发行纸币是需要有保证金的，必须要以铜钱或银绢之类的为本，否则一张薄纸不值一文，无人敢用，也就流通不起来了。这一点，在政府运作正常的时候还能得到保证，所以纸币的流行也问题不大。但是，一旦政府财政出点状况，发生紧张，就都开始打这纸币本金的主意，觉得以皇帝大人的一纸命令，小民还有不敢遵从的，于是大肆加大纸币的发行量，做起“无本买卖”来。其奈皇帝大人的命令虽然厉害，可却拗不过市场规律，滥发纸币的结果就是纸币急速贬值，经济秩序完全破坏，最后整个财政崩溃了事。自北宋开始使用纸币以来，南宋和金朝的灭亡，都和滥发纸币引起的通货膨胀大有关系。以脱脱的见识才干，再加上他还主修过宋金两朝的国史，不会不明白这样做的严重后果，但是迫于严峻的财政形势，也不得不采用这样饮鸩止渴的政策。至正十二年（1352年），印造至正钞一百九十万锭，至元钞十万锭。至正十五年（1355年），印造至正交钞多至六百万锭。京师用料钞十锭，不能换一斗粟，交钞散满人间，人民不愿使用，视如废纸，郡县贸易，甚至以物易物。元代钞法，至此大坏。
当时黄河决口已经有好几年了，沿岸山东河南几十万人沦为难民。脱脱复相之后，便召集群臣商议治河事宜，决定疏塞并举，挽河东行，使黄河复归故道。其费用便从从发行的新钞中取来。至正十一年（1351年）四月，政府调发汴梁、大名等十三路民工15万人，庐州等戍卒2万人供役。从四月间开工，到十一月完工，黄河恢复故道。
这本来是一件好事，可是朝廷修黄河的经费经过那些贪官污吏的层层盘剥，能够发到民工头上的已经少之又少，更何况还是不值一文的新钞。而且，为了赶工期，在短时间内发动了近20万民工，不惜加倍役使，使得民工死伤众多，哀号遍野，群情激愤。那时民间流行“白莲教”，由韩山童开创，宣扬弥勒佛降世就会给人间带来光明。所谓“天遣魔军杀不平，不平人杀不平人，不平人杀不平者，杀尽不平方太平。”民工中也有不少白莲教徒。韩山童的弟子刘福通命他的教徒预先埋下了一个独眼的石人，民夫开河道时，掘出石人，背上写着：“石人一只眼，挑动黄河天下反”，远近轰动了。工程完毕后，除了少部分还乡外，大多数民工都集结在刘福通之下，成为起义军的主力，因为他们头裹红巾，就被叫做“红巾军”。
红巾军首倡义帜，各地起义军也纷纷兴起。元朝政府手忙脚乱地派人镇压，无奈按下葫芦浮起瓢，才镇压下一处，别处又起来了。天下一时大乱。到了至正十四年（1354年），张士诚领导的一支农民军攻下高邮，引起了元廷一阵恐慌。高邮是大运河的枢纽，被张士诚占领就意味着断绝了南北大运河的漕运，等于掐住了元政府的脖子。于是，这一年的九月，脱脱受诏总制诸王诸省军，一切政令，便宜从事，又调来西域、西番各族军助战，号称百万，四面环攻，围困高邮。张士诚军被困三月，军中已在议论投降，眼看脱脱就要取得胜利，这时元顺帝却突然下了一道诏旨，把他罢免了，从而使整个战局出现了戏剧性的变化。
这又与朝中的权力斗争有关。脱脱很看不上顺帝身边那个佞臣哈麻，哈麻便在顺帝前面说他的坏话。再加上皇后奇氏曾与与哈麻合谋，想立奇氏的儿子爱猷识里达腊为太子，遭到脱脱的反对，奇后母子就对脱脱深为忌恨。脱脱出师高邮，奇后母子与哈麻指使监察御史弹劾脱脱“出师三月，略无寸功，倾国家之财以为己用，半朝廷之官以为自随”，连上三章。于是顺帝下诏削去脱脱官爵，第二年，又诏命脱脱流放云南，也先帖木儿流放四川。哈麻遣使用药酒害死脱脱，代理丞相。
脱脱军原来是从各地调集而来，闻诏纷纷散去。无所投附的军士，倒戈加入红巾军，元军迅速瓦解。高邮之战，不仅是张士诚转败为胜的关键，也是全国形势的一个重大转折。脱脱是元朝的顶梁柱，他一死腐败的元王朝更加没有力量挽救危亡。起义的百姓如火如荼，遍布中原，元朝的江山已经摇摇欲坠了。
当时各地的农民起义军，已经不把元朝军队放在眼里，开始互相厮杀。终于，在各路义军中，朱元璋成为最后的赢家。在消灭整合了陈友谅张士诚等各路兵马之后，朱元璋正式建立了明王朝，并于至正二十七年（1367年）下令麾下大将徐达发动北伐。同年闰七月二十八日，明军在徐达的指挥下一路势如破竹，几乎没有遇到像样的抵抗，就一直打到了通州。
面对危机形势，群臣向顺帝建议死守大都以待援军，但顺帝哪里肯听，他说：“我绝不重蹈北宋徽钦二帝的覆辙。”便于七月二十八日夜，与太子、诸妃仓皇逃出健德门，北奔上都，又回到了祖先成吉思汗的茫茫草原。不过他的好运气又帮了他一回，他逃得正是时候，八月初二，徐达军攻入大都，顺帝留下的监国王爷贴木尔不花被处死，元王朝在中原的统治宣告结束。
元顺帝逃回了漠北，朱元璋认为他把大都让得如此痛快，可谓“克顺天命”，就给了他一个“顺帝”的谥号。可这位顺帝在漠北还使用他的大元国号，继续作大元的皇帝，史称北元。顺帝做了两年北元皇帝后病死，元人给他上庙号为元惠宗。