黄巢兵犯长安，形势危急。到了这个时候，僖宗还以为唐军的力量挺强大，宰相王铎主动请战，他就不假思索，一口答应下来。但这位宰相大人却是一个只会说大话的废物。此人特别怕老婆，是个“妻管严”，偏偏还贼心不死，总想找几个姬妾来风流快活一下。于是趁着征讨黄巢的机会，把正房夫人留在京城，自己找了几个美人去左拥右抱了。正当他其乐融融的时候，却不知怎么被正房夫人知道了这个消息，当下打翻了醋缸，就带着几个婢女到前线问罪来了。王铎得知夫人到来，吓得要死，就找来幕僚商议：“黄巢北上，夫人又南下，你们看这可该怎么办才好。”那些幕僚看他如此窝囊，就打趣他道：“夫人既然如此厉害，大人还不如投降了黄巢，以避夫人之锋吧。”这样的宝贝作带兵主帅，怎么能打得好仗，很快他就被黄巢打败。接着黄巢一路势如破竹，攻入潼关。那些宦官带领的禁军，平时吃喝玩乐、疏于训练，哪是黄巢农民军的对手。黄巢大军很快杀到长安城下，攻破长安城只是早晚的事了。
农民军兵临城下，唐僖宗才慌了手脚。他看到大势已去，便顾不得祖宗的基业，让田令孜挑选了数百名神策军士兵，保护着自己，携带四个王子和八个受宠的嫔妃，仓皇从长安西门趁着混乱秘密出逃。这时，唐僖宗擅长骑射的优点总算派上了用场。他跑得比兔子都快，“奔驰尽夜不息”。不过也幸好跑得快，因为当天下午，黄巢就攻入了长安。
僖宗逃跑并没有通知百官，很多朝廷大员并没有来得及走。于是黄巢的军队就把这些大臣统统杀掉。宰相卢携已经饮药自尽，他的尸体也被从棺材里拖出来，碎尸示众。黄巢的军队还杀光了留在长安的唐宗室，又烧杀抢掠，使得长安城一片恐怖。对此，韦庄在长诗《秦妇吟》中有生动的描述：
……
长安寂寂今何有，废市荒街麦苗秀。
采樵砍尽杏园花，修寨诛残御沟柳。
华轩绣縠皆销散，甲第朱门无一半。
含元殿上狐兔行，花萼楼前荆棘满。
昔时繁盛皆埋没，举目凄凉无故物。
内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨。
……
长安城的境况十分凄惨，唐僖宗的日子也并不好过。他们一行人逃得太匆忙，连马都没来得及找。路上遇到十几个唐朝骑兵，他们对皇帝大喊：“黄巢本来是给皇帝清除奸臣的，现在皇帝西迁，关中父老还有什么指望！希望陛下快些回长安。”田令孜听他们说出“奸臣”来，那除了自己还会有谁，就急忙命令侍卫将那些兵士杀死。还好黄巢攻入了长安就志得意满起来，没有派兵去追他。唐僖宗才一口气跑到了兴元（今汉中），在那里下令全国兵马勤王收复京城。但兴元位置偏僻，钱粮储备较少，随着唐朝的文武百官相继赶来，僖宗朝臣开始觉得财政上困难起来。田令孜就趁机劝说僖宗到四川避难。
四川是唐朝皇帝们的传统避难所，自从唐玄宗在安史之乱时跑到这里之后，皇帝们都爱上了这个地方，之后的唐代宗、唐德宗也来这里避过兵乱。但田令孜让僖宗去这里却是为了更好地控制他。因为四川的节度使陈敬瑄，也就是那个靠球艺赢得这个官位的家伙，是田令孜的心腹。僖宗正为艰苦生活发愁，听说四川物产丰富，就满口答应。历尽千辛万苦，僖宗一行人到了成都，总算有了一个落脚地。
只是成都生活虽然安定，却哪里比得上长安的繁华。僖宗失去了那么多好玩的东西，只好和嫔妃们一起喝酒赌钱，有时回想长安的生活就会流泪。田令孜便来宽慰他，道是皇帝圣明，黄巢贼军不久就会消灭的。把皇帝哄得高兴，他好从容掌权。由于他的心腹在这里当节度使，田令孜就觉得这里是自己的势力范围了，于是开始胡作非为起来。把各地进贡来的财物分给随他入川的军队，而对真正护卫僖宗的四川军队却没有分毫的赏赐，这使得四川军队极为不满，有人聚众起兵，马上得到纷纷响应，陈敬瑄好不容易才镇压下去。通过此事，各地领兵大将们看到皇帝昏庸无道，又何必要为他卖命，就各打自己的小算盘，开始经营自治领地。为五代十国的大分裂埋下了伏笔。
而黄巢军队却由于在长安大肆杀戮掠夺，失去了广大百姓的支持，由胜利转为失败。农民军的优势本来就是灵活机动，他却留守长安，很快就被各地的勤王大军团团围住，处在了被动的境地。中和二年（882年）九月，黄巢手下最得力的大将朱温投降唐朝，反成了镇压农民军的主力。对此唐僖宗大喜过望，认为是“天赐我也”，还给朱温赐名朱全忠。但僖宗没有想到，这个朱“全忠”却一点也不忠，最后竟是他夺去了唐朝的江山社稷，不过这是后话了。沙陀贵族李克用也率兵入援以助朝廷，大败黄巢军，在中和三年（883年）四月攻入长安，把黄巢赶了出去。于是，唐僖宗在四川度过四年的流亡生活之后，终于回到了已经残破不堪的长安城。
按说黄巢起兵反唐，完全是唐僖宗的苛政逼出来的，可唐僖宗却不反省自己的过失，反而对那些受逼迫成为黄巢姬妾的女子摆起皇帝威风来，责问她们：“你们都是高官勋贵的子女，世世代代都受国恩，为何屈从反贼。”这时，为首的一个女子辞色不挠，回答说：“逆贼凶不可挡，朝廷有百万军队，尚且弄到宗庙失守，跑到巴蜀去避难。现在陛下却因为不能抵抗贼军而责备我们这些女子，那要把那些公卿将帅们放到什么地方去呢！”皇帝被她噎得说不出话，只好把她们统统绑到街市上杀掉完事。长安的市民同情她们的遭遇，纷纷给她们送去酒喝。她们中的很多人都因为悲伤害怕，一边大哭，一边喝得大醉。只有那个和皇帝顶嘴的女子，却既不痛哭，也不饮酒，一直到就刑，都神色肃然。这么一比，这位大唐天子的见识操守，显见得还不如一个小女子。
不过僖宗经过一番逃难，也长大了些，不再是个只想着玩的小孩了。他对田令孜专权的情况开始不满，可这个“阿父”虽然在玩的时候能哄着他，但一涉及到手中的权力，就分毫不让。最后又由于和大将王重荣争权夺利，导致王重荣联合李克用兵犯长安，田令孜再一次挟持唐僖宗出逃。
一行人先逃到了凤翔，田令孜又想跑到成都，但僖宗已经觉察出他的专权，就断然不许。于是他就劫持皇帝跑到了宝鸡，后来又到了兴元，这时，皇帝说什么也不肯走了，就留在了那里。而朝廷百官看到皇帝又一次跑了，也就对他彻底失望，懒得再追。各地节度使也对田令孜的专权十分不满，不少人把打击的矛头对准了他。光启二年（886年）十月，节度使朱玫把襄王李煴挟持到长安立为傀儡皇帝，给已经乱成一锅粥的政局又增加了新的混乱。一时新旧两个皇帝开始比拼影响力，到底唐僖宗是“正统”所在，更胜一筹。王重荣和李克用转而拥护唐僖宗，杀掉了襄王李煴，传首行在，也就是唐僖宗所在的兴化。
经过一番折腾，田令孜也被贬到四川去了。唐僖宗准备返回长安。可他逃跑的时候太过匆忙，居然把唐朝列祖列宗的牌位都丢了。僖宗感到回去之后难以向列祖列宗交待，就决定先派人去长安修复太庙，重制牌位，暂时停留在凤翔。文德元年（888年）二月初，僖宗生了重病，就命车驾急速回京师。过了一个月，27岁的僖宗离开了人世。他虽然生前两度逃出京城，倒很幸运地在长安宫中的武德殿“寿终正寝”。他之后的两个皇帝就没这份运气了，都死在了他看中的“忠臣”朱全忠手上。他死后的二十年，唐朝的江山社稷也被这个朱全忠取而代之，建立了后梁，自此，中国的历史就进入了五代十国时期了。