一直在伏见的秀吉，这日回到了京都，他见到了秀次，父子俩进行了一次谈话。
“父亲大人回来有什么事情吗？”秀次问。
“没有事情就不能回来吗？”秀吉说。
“父亲身体这一向可好？”秀次问。
“不好，很不好，头晕、耳鸣、盗汗，每天都是到后半夜才睡着，却又早醒。”秀吉说。
“父亲可吃药？”秀次问。
“吃了，吃了，没有用，根在这里。”秀吉指了一下自己的心口。
“哦？父亲胸口不舒服么？”秀次问。
“是你弟弟。”秀吉摆了摆手说。
“秀赖，秀赖怎么了？”秀次问。
“你弟弟尚且年幼，如果我百年之后，恐怕他无人照顾。”秀吉说。
“我可以照顾啊！父亲大人完全不用担心。”秀次说。
“光你照顾可不行啊！他连一块自己的封地都没有。”秀吉说。
“哈哈！这还不容易，我做主把关西最肥沃的土地封给他。”秀次说。
秀次突然的大笑，秀吉阴冷的表情使气氛骤冷，秀次的表情慢慢的凝结。
“封了一块地，他岂不是跟其他诸路大名一样难保自身。”良久，秀吉说道。
父子俩之间不再说话。
秀吉回到伏见后，开始指派三成查秀次不法事件，三成派出了大批官吏前往京都查秀次及拥护秀次诸大名的不法事件。与此同时，大批拥护秀次的大名纷纷上书指责秀吉废长立幼。
秀次手下亲信大臣也都忙碌了起来。秀次宠臣熊谷亮直之对秀次说道：“石田三成正在查殿下纳妾、杀人的事情，现在是剑在弦上不得不发，要么殿下杀了太阁，掌握大权，要么殿下束手就擒，等待杀戮。”
“我将关白之位传给秀赖如何？”秀次问。
“殿下好糊涂啊！即使你把关白之位让出来，太阁一样要杀你，因为你曾经是关白，你对日后继位秀赖的威胁还在，你没有第三条路可走。现在伏见兵力空虚，我建议殿下立刻发兵攻打伏见，太阁一定会退守大阪，然后在伏见至大阪的路上埋下伏兵，太阁人马一到便可出手斩杀，如此天下便可传檄而定。”熊谷亮直之说。
“不可，不可，事情还没有到那一地步，我去见见陛下，让他主持公道。”秀次说。
“怎么样？”丰臣秀吉向石田三成问道。
“关白的军队正在整兵训练，关白身着甲胄巡视三军，听人说关白前天送了一万匹丝绸给陛下。”石田三成说。
“一万匹丝绸，他想干什么？想造反吗？”秀吉问道。
“现在外面纷纷谣传关白要攻打伏见，沿途的一些老百姓都跑了。”石田三成说。
“岂有此理，这个畜生到底要干什么？你带几个人去问问他。”秀吉怒道。
面对石田三成等人的质问，丰臣秀次矢口否认造反一事。数日后，中村一氏、堀尾吉晴、山内一丰、宫部善祥房和前田玄以几个辅佐过秀次的老臣来到京都对秀次说：“我们都希望关白能够去伏见跟太阁好好谈谈，毕竟是父子嘛，有什么不能说的。”
“我跟太阁之间很好，上个月太阁还过来看孩儿了，各位何出此言啊。”秀次说。
一行人走后，秀次对家人说道：“把门守好，不要让任何人进来，如果有人来找我，就说我不在。”
第二天，家人来报，有客来访。
“不是说了不见客嘛！怎么回事？”秀次怒道。
“是孝藏主大师。”家人说道。
“快请。”秀次说。
孝藏主尼姑笑容可掬的走了进来。
“大师怎么来了？这么多年不见，大师可好？”秀次问道。
“好好好，这么多年不见，七郎已经长大成人了。”孝藏主说道。
“大师今天来有什么事情吗？”秀次问。
“我是为你们父子之间的事情来的，现在外面纷纷传你们父子之间有隙，我这里放心不下，所以来劝劝你。”孝藏主说。
“大师也许不理解，自从秀赖出生后，我跟父亲的关系就已经很微妙了。”秀次说。
“七郎也许不明白，太阁年纪大了，身体也不好，秀赖又很小，各大名虎视眈眈，太阁放心不小，七郎应该去伏见见见太阁，跟他讲清楚，秀赖是你的弟弟，你以后会照顾他，这样太阁就放心了。”孝藏主说道。
丰臣秀次沉默不语。
“我是看着你长大的，你还不相信我么？”孝藏主说道。
丰臣秀次终于被孝藏主说通。等到熊谷亮直之赶来的时候，秀次已然离去，熊谷亮直之大叫一声，拔刀自杀。
夜里，丰臣秀次一行在途中的馆驿歇息，伏见来使道：“不用进城拜谒，落发后去高野山即可。”
秀次终于如梦方醒。
剃完头发的秀次居住在高野山的青宿寺内，每日与僧侣西堂下棋，这日两人正下棋中，突然从门外来了一群人，站在秀次周围，秀次仍在怡然自得下棋，一棋终了，秀次抬头一望，福岛正则正看着他。
丰臣秀次切腹死后，头颅被砍了下来，其他随从和僧人西堂也在青宿寺被赐死。
万历二十三年七月，丰臣秀次妻妾子女共三十九日身着白色孝服被人从家里装上车运向京都郊外的三条河，三条河的河滩上，丰臣秀次的头颅摆在那里，周围挖了一个大坑，最终三十九人的尸首连同秀次的头颅都被埋在那个大坑里。
丰臣秀吉废长立幼后，丰臣家族内部起了微妙的变化，一些忠于丰臣秀吉的家臣开始对其不满，一些忠于秀次的大名纷纷倒向德川家康，秀次的死对秀吉的精神是一个巨大的打击，当年秋天，丰臣秀吉的身体开始每况愈下。