朝鲜王廷退到义州后，朝鲜水军以及各地蜂拥而起的义军取代政府军成为对日作战的力量。为了能够沿朝鲜西海岸进行补给，日军打算彻底消灭朝鲜水军。
六月二十三日，丰臣秀吉命令九鬼嘉隆、胁坂安治、加藤嘉明组成联合舰队，务必全歼李舜臣水军。七月份胁坂安治独自带着自己的舰队驶离釜山港向西寻找朝鲜水军主力决战，此次胁坂安治带来了七十三艘战舰，包括三十六艘安宅船，二十四艘关舰，十三艘快艇。
七月五日，李舜臣水军舰队驶出丽水港基地与元均水军舰队会师于露梁海峡，六日，朝鲜水军向东和日军的侦察船遭遇，看到朝鲜舰船后，日军侦察船掉头就跑。
“赶快追吧！”元均说道。
“此处水域太浅，还是先派几条舰艇将敌舰引到闲山岛水域，然后再合围。”李舜臣说。
日军侦察舰返回像胁坂安治报告了前方情况，胁坂安治抽出千里镜向远处眺望，此时几艘朝舰正驶来，胁坂安治立刻下令做好战斗准备。六艘朝舰行驶速度飞快，不一会就行驶到日舰跟前，不由分说朝着两艘日舰开火，两艘日舰的前庭瞬间被打穿，海水灌了进来，两艘战舰已开始下沉，胁坂安治还没有反应过来，六艘朝舰已经调头就跑。
“追！”胁坂安治拔出战刀喊道。
前方六艘朝舰向西驶去，胁坂安治在后面紧紧追赶，转眼间已经离海岸线很远了，胁坂安治突然意识到已经到了闲山岛海域，胁坂安治回头一看，几十艘朝舰从后面驶来，胁坂安治急忙发信号命令南撤，此时，朝鲜水军舰队的两翼截去南北水路，原先的六艘朝舰又回过头来填住西边缺口，胁坂安治的七十三艘战舰全部被围，朝鲜战舰对着日本战舰猛烈开火，朝鲜战舰的包围圈越来越小，日本战舰像被煮了饺子一样，在包围圈里乱转，有的日本战舰朝自己战舰开火，朝鲜水军的几艘龟船直接撞向日军战舰，一些体积小的日本战舰被撞的东倒西歪。日军战舰装备的大筒杀伤力远不如朝鲜战舰装备的火炮，双方在黄海海域血战一天，一直到夜晚，胁坂安治带着十四艘快舰逃出包围圈跑到金海湾向在釜山的九鬼嘉隆、加藤嘉明求援。
得到消息的九鬼嘉隆、加藤嘉明率四十二艘战舰前来助战，日军舰队开到安骨浦便抛锚驻扎。七月十日，李舜臣、元均、李亿祺率领六十艘战舰直扑安骨浦。
九鬼嘉隆拿着瞭望镜看着远方，远处朝鲜战船急速行来。
“来的好快啊！”九鬼嘉隆自言自语道。
九鬼嘉隆随即命令所有船只驶入港内，避战，同时命令五艘安宅船停靠在入口处阻止朝舰的进入。
“港内狭窄、水浅，不适于大规模作战，我看将舰只分成小组轮流对日舰进行打击。”李舜臣说道。
“不行，如果分组攻击，攻击组在撤退的时候会遭到敌舰的还击。”元均说道。
朝鲜水军的四艘龟船在前航行，十几艘挟船跟在后面，四艘龟船驶入安骨浦后立即遭到日舰的打击，日舰的大筒根本无法打穿龟船的硬木外壳，一艘日舰反而被一艘冲过来的龟船前面的铁钉戳破船身，海水灌了进来，船上日军纷纷撤离，龟船内的朝军用火炮和弓箭向日舰射击，龟船后的十几艘挟船也不断向日舰开炮，门口的五艘日舰迅速被打垮三艘，剩下两艘急忙向浦内撤去，此时，四艘龟船径直向日舰群中驶去，九鬼嘉隆大骇，连忙命令四艘轻舟前去拦截，四艘龟船直接向疾驶过来的四艘轻舟撞击，四艘轻舟被撞得人仰马翻。四艘龟船越过防线，直接驶入日舰中央，船头的乌龟嘴里喷出烟雾，烟雾四散开去，日舰周围顿时烟雾笼罩，日军目不能视，日舰在烟雾中乱撞。李舜臣指挥着三十多艘轻型板屋船驶入浦内，对着烟雾中的日舰开火。
有些日军跳到龟船上企图砸碎龟船的外壳，但龟船表面的铁钉令日军无法攀爬，无数的火箭射向日舰，许多朝鲜士兵攀到日军船只上跟日军搏斗，也有许多日本士兵攀爬上朝鲜战舰跟朝军搏斗，此时，浦外的朝军搭乘鲍作船前来援助，一艘艘日军战舰被焚毁，最终，九鬼嘉隆、加藤嘉明带着一千多人退回岸上。是役，日军船舰全部被焚毁或击沉，日军损失两千多人，朝鲜水军损失一艘龟船，七艘挟船。闲山岛和安骨浦海战后，李舜臣又挥师东进，于八月二十三日抵达釜山港，日军在釜山港内坚守不出，依靠缴获的朝军佛朗机炮据守，李舜臣对釜山发动猛攻，釜山港内炮弹横飞，杀声震天，经过一整天昏天黑地的拚杀后，李舜臣重创日军水军主力后返回丽水港。
经过闲山岛、安骨浦两次海战，朝鲜西海岸和西南海岸的制海权完全被朝鲜水军掌控，且李舜臣经常在釜山与对马岛之间巡曳，日军已无法通过海路沿西南海岸和西海岸补给，且对釜山的补给也没以前那么顺畅，日本陆军的攻势应声而降，战局已渐渐进入相持阶段，闲山岛、安骨浦海战成为第一次朝鲜战争的转折点。
除了李舜臣的水军对日军的打击外，各地的义军也蜂拥而起。朝鲜自古就有兴起义军的传统，当年蒙古入侵高丽，各地义军纷纷兴起，高丽王室全部搬迁至江华岛长达四十年拒不投降，此次，日军入侵朝鲜，各道义军也是纷纷兴起，庆尚道的郭再佑、平安道的郑仁弘、黄海道的李廷馣、江原道的金千镒、忠清道的赵宪、京畿道的李元吉、咸镜道的郑文孚、全罗道的高敬命，八道义军不断对日军进行骚扰、打击，一些重要的城市不断地攻防易守，日将中川秀政遭忠清道义军俘虏后，被斩首。
地处忠清道的清州城位于忠州城西南部，从南原、全州至汉城，清州乃必经之地。镇守清州的是第五军团福岛正则手下的五百兵马，忠清道的义军首领赵宪随即酝酿发动清州战役。
清州城的日军不断的在周围村庄搜刮粮食，强行摊派，八月一日，几十个朝鲜村民推着十几车粮食要从清州西城门进入，被守城的日本士兵拦住了，当守城的日本兵发现是送粮食的朝鲜人后，顿时大喜，放众人入城。这几十个朝鲜村民入得城后，便从车上抽出刀来杀向守城的日本兵。
守城的十几个日本兵被干掉后，埋伏在西城门外的赵宪率领义兵，僧人休静的三弟子灵圭率领僧兵冲进城去，城内日本兵立刻跟这伙义兵打了起来，此时，附近各个村子的村民都拿着锄头、镰刀奔了过来，声势越来越浩大，几百日兵胆寒，遂向忠州撤去。
在庆尚道义兵统领郭再佑、金沔的持续打击、骚扰下，庆尚道的日军自登陆以来一直没有打入全罗道，李舜臣水军基地位于全罗道南部丽水港，如果想从陆上捣毁李舜臣的基地，必须打入全罗道，另外，全罗道大部分都是平原，气候湿润，农作物茂盛，故而全罗道就成了朝日双方争夺的焦点，打入全罗道有两条线路：一条线路是从锦山南下，另一条线路从晋州西进，所以锦山和晋州的战役先后打响。
驻守在锦山的是小早川隆景部，为了阻止小早川隆景南下扫荡全罗道，全罗道六十岁义兵首领高敬命于七月九日，率军北上攻击锦山城，高敬命和儿子高因厚连同手下义军全部战死。八月十八日，忠清道义兵首领赵宪、僧人灵圭带领二千义兵南下继续攻打锦山。
小早川隆景站在锦山城头望着远方笑曰：“这帮乌合之众，打下清州就得意忘形了，真以为自己能打锦山了。”
小早川秀包拿出千里镜看了看说：“来势汹汹啊，我们也不能轻敌。”
“马上通知金山的立花宗茂让他截杀朝军的归路。”小早川隆景说。
赵宪的义兵和灵圭的僧兵来到锦山北城门下随即发动进攻。
小早川隆景麾下一万日军开始守城，朝鲜义兵架起梯子开始攀登，城上日军的铁炮和弓弩射下来，朝军纷纷倒地，赵宪仍指挥着众人冲击，日军在城上不断将石块、重木扔了下来，持续两个时辰的进攻仍是无继于事，义兵和僧兵伤亡惨重，赵宪儿子也战死，赵宪遂停止了攻击。
义兵刚要休整，北门大开，端着铁炮的日本兵冲了出来，对着义兵和僧兵放枪，朝军队伍大乱，纷纷向北奔逃，小早川秀包带人在后追杀，一路都是义兵和僧兵的尸体。义兵和僧兵一直跑到天黑才摆脱日军的追击，此刻，已是疲惫不堪，赵宪清点了一下人数，只剩几百人，赵宪看着众人狼狈的样子，想起战死的义兵和僧兵，还有自己的儿子，心如刀绞。
“义士莫要悲伤，胜负乃兵家常事，我们还是蛰伏起来，继续招兵，等待时机。”灵圭对赵宪说道。
赵宪点了点头。
突然，队伍大乱，无数箭簇向这里飞来，周围义兵纷纷倒地，四周有大批日军杀来，原来是立花宗茂的伏兵杀到。赵宪和灵圭带着众人还击，赵宪抡刀劈死几个日军后被日军用刀刺死，僧人灵圭胸部被铁炮击中阵亡，最后剩下的几百名义兵和僧兵仍继续跟日军战斗，直到全部阵亡。
打败朝鲜义军后，小早川隆景随即率大军南下夺取全罗道，小早川隆景大军路过全州时，被全罗道巡查使李洸的部将权慄在梨峙设伏，日军损失惨重，遂退回锦山城。
为了从西面打入全罗道，从而进攻朝鲜水军大本营，宇喜多秀家命令丰臣秀胜手下大将细川忠兴率领一万人马攻打晋州。
九月二十五日，细川忠兴攻陷昌原，大军便向晋州进发。晋州守将金时敏、柳崇仁率兵四千镇守，十月五日，来到晋州城下的日军从东门发起猛攻，日军拿着藤牌和倭刀爬上梯子开始攻城，朝军奋勇还击，攀城日军损失严重，细川忠兴遂停止攻击。
二十六日清晨，攻击展开，日军推着三座云梯接近晋州城，云梯上的日军向城头的朝军射箭以掩护攻城日军，金时敏立刻调来预备队对付云梯上的日军。预备队将一个燃烧的火球抛向云梯，火球正好抛在云梯顶层的日军中，云梯上的日本兵衣甲顿时被烧着，云梯上的日本兵开始纷纷下梯。朝军又将另一个火球抛向另一个云梯，被云梯上的日本兵将火球打了下来，接下来，朝军开始向剩下两座云梯射火箭，又将一捆炸药扔了过去，一个云梯上的日本兵全部被炸死。其他朝军用弓箭、石块阻挡着日军登城，还有许多朝军拿着长枪对付攀城的日军，战斗一直进行到傍晚，细川忠兴看了看城头上的朝军，看了看落魄的日军，凄然撤军，以待来日再战。
二十七日丑时，日军斥侯来报，全罗道和庆尚道的数路大军正向晋州奔来，细川忠兴大惊，立刻命令日军对晋州城发起最猛烈的攻击，城上正在休息的朝军没料到日军突然攻城，金时敏立刻动员全体朝军守城，城内百姓也上城来协防，细川忠兴将全部人马调了上去，一半人马攻东门，一半人马攻北门，日军攻击愈盛，朝军防守愈盛，不断有日军攻上城来，都被朝军杀死在城上。城下的细川忠兴发疯似的命令日军攻城，城上守军石头快用尽了，便把城内民房拆了。这时，一支箭射了下来，正中细川忠兴左肩，细川忠兴没来得及包扎，继续指挥战斗，北门日军抬了一具尸体过来，细川忠兴看了看，正是其弟，细川忠兴木然的摆了摆手示意众人抬走。
攻城仍在继续，很多日军都陆续登上了城楼，朝军在城上烧起了炭火，将一根根铁棍放在炉上烘烧，待到铁棍烧红后，守城士兵拿起一根就捅向登上城的日军，其结果可想而知。面对不断登城的日军，朝军数人拿起长长的铁板，铁板前面布满铁钉，然后用铁板推向就要登上城来的日军，日军惨叫着滚了下去。此时的晋州城上硝烟弥漫，尸体遍地，血肉模糊，城墙上都是密密麻麻的弹坑，金时敏仍旧指挥着众人死守，这时候，一颗铅弹打来，正中金时敏额头，金时敏倒在地上抽搐了几下，死去。金时敏死后，晋州军民发起疯来还击，很多民众将民房上拆下来的砖块，石块向下掷去，有的士兵跳下城去，用自己的身躯将正沿着梯子向上爬的日本士兵们推了下去，有的民众将房屋上的大梁拆了下来向城下抛去，有的大梁一下压翻数架梯子。
战斗进行了四个时辰，此时天已亮了，细川忠兴仍旧指挥众军攻击，此时，四路义军奔来，已经听见了马蹄声，李舜臣的水军也从丽水港经南海岛驶入泗川港湾，并进入南江正向晋州城驶来，看见南江上飘着“李”字旗帜的大型板屋战舰，城上朝军摇旗欢呼，细川忠兴长叹一声，日军全线撤退，晋州一战，朝军阵亡三千，日军阵亡四千，晋州战役是日军侵朝以来首次攻城战受挫。
经过锦山攻城战，晋州守城战，朝军成功守住了全罗道，从而为李舜臣的水军提供了后勤保障，与此同时，黑田长政攻打黄海道延安城也受挫，庆尚道的昌宁、茂溪、永川、庆州、泗川也相继收复，义军愈战愈勇。由于补给问题，各道日军战斗力、士气低下，在各地义军的不断打击、骚扰下，侵朝日军只能占据沿平壤、开城、汉城、忠州、尚州、大邱、釜山一条主干道，八道的大部分区域日军根本无力深入。各道日军配置如下：小西行长驻守平安道，加藤清正驻守咸镜道，黑田长政驻守黄海道，岛津义弘驻守江原道，锅岛直茂、毛利辉元、丰臣秀胜驻守庆尚道，小早川隆景驻守忠清道，宇喜多秀家驻守京畿道。