官军力克喀什噶尔，伯克·胡里与海古尔·胡里各率残部分路逃窜。刘锦棠兵分两路奋力追赶，大功即将告成。
让人大感意外的是，一大队军兵理直气壮地挡住余虎恩的去路，另一大队军兵也肆无忌惮地横在黄万鹏的眼前。
余虎恩率队追伯克·胡里，经两日长途跋涉，在明要路一处地方，见前面有一千余骑簇拥着二十几辆马车挡在前面，车上分明坐着妇女和孩子。
余虎恩通过千里镜看得真切，认定是逃敌无异，便先派桂锡桢、张宗本、陈建厚各率马队由捷径疾驰，截敌去路，自督步队前行，对敌实行前后夹击，以竟全功。
逃敌拼死抵抗，终不得脱，除十几骑被斩杀外，余皆投降。
经审问得知，此股逃敌乃海古尔·胡里之兄与伯克·胡里部分家眷也。
原来，狡猾的伯克·胡里为能及早脱身，尽快摆脱追兵，已先行一步，命海古尔·胡里之兄护送其带在身边的家小及财物由后跟进。
余虎恩派人将降卒及伯克·胡里家小、财物等押送回喀什噶尔，自己仍率队继续追赶，直追至一片密林之处，仍未发现伯克·胡里的身影，反倒看见一大队俄国军兵在此屯扎。
余虎恩不敢唐突，忙命扎住阵脚，自己飞身下马，来见俄军头目，说明来意。
傲慢的俄军头目冲着身边的翻译小声嘀咕了几句什么，翻译便对余虎恩说道：
“这是俄国边境，你们不能再往前一步，否则便是侵犯我国领土。”
余虎恩吓了一跳，他没想到竟然来到了边境，于是返回军中，命探马在这一带往来搜寻，果然看到了界碑。
余虎恩知道此处必是伯克·胡里必经之地，便扎下大营，派出两营步队在这一带的几个进出口设卡并寻找当地百姓。
当日午饭时分，有两名在这一带狩猎的人来到军营，一问却是布鲁特人。
布鲁特人对余虎恩说道：“头天半夜时分，有两千多人持枪拖炮来到这里，被俄国人接进境内了，想来不是伯克·胡里就是海古尔·胡里。”
余虎恩一听这话，忙二次打马来见俄军头目，说道：“本军是奉我国朝廷之命来追捕逃犯伯克·胡里。我国百姓看见伯克·胡里来到这里后，被你们迎接进境内了。请你们将他们一干人交给我们，本军好回去复命。”
俄军头目听了翻译的话，答道：“你们百姓大概是眼花了，否则就是糊涂了。我们把守边境，并没有看见什么伯克·胡里。不管是什么人，包括一只飞鸟，胆敢进入我国境内，我们一定开枪将其打死，决不会放过！”
余虎恩毫无办法可想，踌躇了许久，只好怏怏回到大营，把桂锡桢、张宗本、陈建厚三将召集到一起，说道：“百姓眼见伯克·胡里被俄国人接进境去了，本军去找他们要人，他们却抵死不肯承认，似此如之奈何？”
桂锡桢想了想道：“两国交涉，非同一般。我们只能回去如实禀报给刘大人，请刘大人定夺吧。”
张宗本这时道：“桂总镇言之成理，像这样的大事，哪是我们这些领兵的人敢作主的？”
余虎恩心有不甘地说道：“我们劳累一场，辛苦一场，只提回那么几个人，想想实在不太划算。如今眼见伯克·胡里进了俄境，我们却不能去捉，这么一件大功劳从我们几个眼皮子底下溜走，实在是太可惜！几位老弟想想，可有什么法子补救？”
桂锡桢道：“军门容禀，听布鲁特猎户讲，由明要路到恰恰玛克不过三百余里。海古尔·胡里走的是西北，必由恰恰玛克经过。我们不如转道直奔恰恰玛克，说不定能迎头拦住海古尔·胡里。能擒获海古尔·胡里，自然也是大功一件。军门以为如何？”
余虎恩低头沉吟了一下，认为此计甚好，于是便很快拔营，疾驰恰恰玛克。
余虎恩率队赶到恰恰玛克的时候，正逢黄万鹏督率人马由大路赶来。
余虎恩一见黄万鹏，当先问道：“黄军门，您老可是将海古尔·胡里拿获？”
黄万鹏在马上答道：“快不要提起！老哥紧赶慢赶，还真赶上了海古尔·胡里！经过交手才知道，却是海古尔·胡里的后队，由他的弟弟作领队，海古尔·胡里早提前窜了！他弟弟已被拿获，已经押回喀什噶尔，正在奋力赶那海古尔·胡里，相信就在前面。”
“走了。看样子，俄国人是早就在边境等着伯克·胡里他们了。”
黄万鹏想了想，说道：“我们且回去向刘大人禀明情由再与他们计较。”
两军回返途中，不期竟与携带家小、奴仆并大量金银珠宝奔逃至此的金相印父子相遇。
一见官军迎面而来，不及厮杀，金相印父子便举白旗缴械，甘愿投降。
大军于是押着金相印父子及其一应眷属飞速返回喀什噶尔。
刘锦棠快速把伯克·胡里残部被俄军接入境内的情况详细通报给左宗棠，请示机宜。
军报发走的当日，刘锦棠收到董福祥的快函：和阗克复了。
至此，除伊犁外，新疆全部被官军收复，时间是光绪三年（公元1877年）十一月二十九日。
红旗捷报于是频递京师，圣旨开始陆续下达。
一旨曰：“左宗棠奏官军连复阿克苏、乌什两城一折……师行迅利，大振军威。仍着左宗棠督饬刘锦棠等稳慎进取，将伯克·胡里等匪逆擒获，速蒇大功。此次官军整旆西征，于冰霜凛冽、弥望戈壁之中，一月驰骤三千余里，收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什四城，南疆已复其半，诸将士踊跃用命，自应量予恩施。刘锦棠着开缺以三品京堂候补。提督谭拔萃，着交部照一等军功例从优议叙。总兵张俊，着遇有提督、总兵缺出，尽先题奏。道员罗长佑，着赏换讷齐欣巴图鲁名号。提督余虎恩，着遇有提督缺出，尽先简放；黄万鹏、席大成，前经赏给云骑尉世职，均着改为骑都尉世职；戴宏胜、陶生林、萧元亨，均着赏给云骑尉世职；陈建厚着赏穿黄马褂；谭慎典等，均着赏穿黄马褂……”
朝廷将刘锦棠开缺以三品京堂候补，意味着实缺有望。
二旨曰：“本日已明降谕旨宣示，并将出力及阵亡各员均照所请分别奖恤矣。”
官军收复喀喇沙尔、库车两城后，此次又连复阿克苏、乌什两城，剿办甚为得手。
惟匪逆现经西窜，必须将该逆设法擒拿，始无后患。着左宗棠饬令刘锦棠妥慎图维，毋任釜底游魂再行漏网；一面饬令各官军乘此兵威，将西四城次第攻克，以竟全功。惟军情瞬息千变，尤当审慎进取，不可掉以轻心。该大臣平日办事谨慎，谅必能计出万全，以副委任也。金顺仍着懔遵前旨，督饬各营严加防范。
二旨主要是饬令刘锦棠“妥慎图维”，乘胜追击，必须设法将逃寇擒拿，方为全功。
毫无疑问，这是一道向关外各军施加压力的圣旨。
此旨到后不及一月，三旨、四旨跟手递入。
三旨曰：“本日据左宗棠、金顺、刘典由六百里加紧红旗奏捷克复南路西四城，回疆一律肃清一折……朝廷恭行天讨，特命左宗棠以钦差大臣督办新疆军务。该大臣剿抚兼筹，议定先规北路，首复乌鲁木齐，以扼其总要，旋克玛纳斯，数道并进，规复吐鲁番等城，力争南路要隘，然后整旆西行，势如破竹，现在南八城一律收复。此皆仰赖昊天眷佑，烈圣垂休，两宫皇太后宵旰焦劳，知人善任，用能内外一心，将士用命，成此大功，上慰穆宗毅皇帝在天之灵，下孚薄海臣民之望，实深欣慰！该领兵大臣等栉风沐雨，艰苦备尝，允宜特沛殊恩，用酬劳勋。钦差大臣、大学士、陕甘总督左宗棠，筹兵筹饷，备历艰辛，卒能谋出万全，肤公迅奏，着加恩由一等伯晋为二等侯。候补三品京堂刘锦棠，智勇深沉，出奇制胜，用能功宣绝域，着由骑都尉世职晋为二等男，遇有三品京堂缺出，开列在前。”
圣旨随后又对余虎恩、谭拔萃、罗长佑、黄万鹏、董福祥等一班有功人员进行封赏。
朝廷先对左宗棠给予全面肯定，称其“筹兵筹饷，备历艰辛，卒能谋出万全，肤公迅奏”，并破格“加恩由一等伯晋为二等侯”；对刘锦棠的评价也颇为崇高，说其“智勇深沉，出奇制胜，用能功宣绝域”，亦破格加恩“由骑都尉世职晋为二等男，遇有三品京堂缺出，开列在前”。
大清国的爵位分公、侯、伯、子、男五个等级。公爵一至三等，为超品，是最高的爵位。
大清开国，汉人得封公爵的，一个是顺治年间的黄梧，一个是乾隆年间的孙士毅。
侯爵与伯爵也分一至三等，为超品，一等侯、伯赏加一云骑尉世职。
大清开国，汉人得封侯爵的，一个是康熙年间的张勇，一个是道光年间的杨遇春，一个是咸丰、同治年间的曾国藩。
左宗棠是到目前为止得封侯爵的第四位汉员。
子爵为正一品，亦分一至三等，一等子赏加一云骑尉世职。
男爵则为正二品，也分一至三等，一等男亦例赏一云骑尉世职。
大清开国，汉人得封男爵的，人数虽较其他爵位为众，但也不是很多。计有康熙年间的李国英，封一等男；随湘军曾国荃攻破天京的萧孚泗，封一等男；咸丰十年与太平军作战战殁的张国樑，追封一等男；同治三年战殁的淮军将领程学启，追封一等男；随李鸿章“剿捻”立有大功的淮军将领刘铭传，封一等男。
刘锦棠是到目前为止第六位享此爵位的汉员。
大清国官制规定，官员的官位不准袭取，但爵位却可以世袭罔替。所以，有些人视爵位更重于自身的官位。
此旨刚刚宣毕，四旨递进。
四旨曰：“统领嵩武军广东陆路提督、一等轻车都尉兼云骑尉世职张曜着交部照一等军功议叙；太常寺卿着刘锦棠补授。”
至此，无论从官位还是爵位，刘锦棠都成了全疆最高的统帅。金顺虽官至一品，但因是武职，又位在地方，已在刘锦棠之下。
送走传旨差官，刘锦棠传命屠羊置酒，决定为大小功臣庆功贺喜。
席前，张曜却单把刘锦棠请到一间秘室里，小声说道：“老弟已是关外各员之首，自当好好庆贺一番。老哥的事，老弟可不能忘了呀！”
刘锦棠一愣，半晌无语，不知张曜何所指。
张曜一见刘锦棠茫然，忙用手指着自己的补服道：“老弟就可怜老哥一回吧。这匹麒麟不牵走，老哥死都闭不上眼睛啊！”
张曜话毕，竟然急得落下泪来。
刘锦棠恍然大悟，不由笑道：“军门但请放心，本官已将军门所请具实禀告了老爵相，大概用不多久圣旨便能下来。军门是太心急了！”
这一顿庆功酒，张曜喝得最是开心，黄万鹏、余虎恩等无不莫名其妙。
庆功会不久，刘锦棠便开始着手做以下各事：
一、向左宗棠提出由关内各省向新疆移民的建议，以繁荣垦、商各事。
二、在全疆各地恢复中断已久的伯克制度，进一步稳定全疆的形势——但刘锦棠此次恢复的伯克制度，却又有别于清朝初期的伯克制度。
众所周知，清朝开国初，各级伯克的权限相当于关内的府、州、厅、县各级衙门，负责征收田赋、刑名、治安，农商等事务。但刘锦棠此次设立的伯克，却是只有伯克之名而无伯克之实，只是赋于各级伯克们有针对性的差使，如征收田赋时，只让伯克们督催，但却无权受理，实际上是保留了伯克们的称呼，却剥夺了他们的权力。伯克们现在只能是帮助各级善后局办理事务，以前由伯克们管理的事务现在全部由善后局承担。
三、铸造铜钱，丈量田亩，在全疆统一币种，这其实也是左宗棠早就向朝廷奏请过的。
四、传命各地防军在南疆八城广大地区排查疑犯、搜剿残敌，巩固胜利成果。
五、奉总理衙门与左宗棠之命，开始与俄国边防哨官交涉索要伯克·胡里等要犯。
但俄国边防哨官却不管刘锦棠如何催要，只是不肯把伯克·胡里等人交还给大清。
刘锦棠发文过去他们不理，刘锦棠派员过去他们不见，摆出一副无赖相。
俄国的做法，不仅刘锦棠莫名其妙，连久经沙场的左宗棠也大惑不解。
俄国此时收容伯克·胡里残敌究竟为的是什么呢？
俄国自有俄国的打算，他们要利用伯克·胡里的残余力量来打伊犁的这张牌，这是俄国人早就定好的计谋。
伯克·胡里的人马陆续到达中俄边境时，驻扎在这里的俄国军队禀承考夫曼与科尔帕科夫斯基的指令，先令他们缴械，然后便放入境中。
伯克·胡里的人马很快被俄军暂时安顿到一处山坳里屯扎并借以粮草，然后便派员将二人送到土耳其斯坦总督府来接受总督考夫曼的训示。
考夫曼对伯克·胡里说道：“南疆地广人稀，凭刘锦棠的那点人马是守不住的。你的军队近期所需的粮草我国可以借给你，你可以用战利品或者百姓来抵还。军火也是一样。你何时对他们作战，要等我国的指令，不能擅自行动。我国在适当的时候可以把你的军队编入我国的序列，但现在还不行。你现在还必须用哲德莎尔汗国的名义对他们作战。大清国已经知道我国已接纳了你，他们的总理衙门肯定要让左宗棠或刘锦棠对我国提出交涉。我国收容你和你的军队是冒了风险的。你的行动必须听从我国的安排，否则我国就只能把你交出去。为了不让刘锦棠发现你的行踪，我国大皇帝已发来圣谕，决定让你带着你的安集延人到安集延去居住，随时接受我国的命令。”
伯克·胡里诺诺连声，大气也不敢出一口，分明就是一条丧家之犬。
把伯克·胡里送走不久，考夫曼便收到了刘锦棠写给俄国边境驻军长官的照会。
刘锦棠照会的宗旨只有一个：向俄国郑重提出索要逃犯伯克·胡里的要求。
考夫曼把照会通读了一遍，马上便给边境驻军发出了指令：对刘锦棠提出的要求可不予理睬。
很快，伊犁将军金顺奉旨指派提督殷华廷带随员十几名来到阿拉木图，向俄国交涉收回伊犁的问题。
俄国七河省省长科尔帕科夫斯基见到殷华廷后，并不给予正面答复，反以“伊犁事关重大，非我所能擅专”为词，推托说要由土耳其斯坦总督考夫曼答复。
殷华廷一行人无奈之下，只好赶往土耳其斯坦总督府来见考夫曼。
考夫曼先以“事繁”为由不予接见，后来经过打探，得知殷华廷等人并无走的打算，这才硬着头皮会了面，却又不让殷华廷把话说完，便抢着说道：“交还伊犁之事，未奉上司交派，本人无权作主，亦不能给你们答复，此事应由你们上司与我国驻北京使臣议办！”
殷华廷等人往返两月有余，最终还是无功而归。
这时，刘典因积劳成疾殁于兰州任所，上赏前革浙江巡抚杨昌濬四品顶戴驰赴兰州，帮办新疆善后事宜；刘锦棠转补通政使司通政使；照左宗棠所请，张曜开缺提督缺分，先行赏加按察使衔。
张曜终于由武官转成了文官，杨昌濬也在左宗棠的力保下，再度崛起。
这时，南疆各城，正在刘锦棠的主持下，有条不紊地进行着安插回众、恢复各项生产的事宜，被阿古柏废弃达十三年之久的伯克制度也已基本恢复。
伯克一词在维吾尔语中沿用已久，它的本意是“首领”、“头目”。
其实，伯克原为一种军事职官，并非地方行政长官，地方行政长官本为阿奇木。后来，伯克和阿奇木逐渐混为一谈，竟然出现了“阿奇木伯克”的职称，很是不伦不类。
清政府最初给各级伯克设定三至七品的品级，颁发印信，成为大清朝廷在全疆各地的正式命官。
这主要是指少数民族地区，但在汉族较多，与内地联系紧密的乌鲁木齐以东地区，仍实行州县制。
刘锦棠在南疆各地建立善后局后，曾经委派一些不甘投敌的爱国伯克担任一些差使，却没有赋予他们什么实权，只是帮助当地善后局料理些事务。