阿古柏和俄国人在新疆大肆盘剥、蚕食，使英国人眼红心跳。他们在暗中支持阿古柏傀儡政权的同时，又想从越南下手，试图探寻出一条进入云南的通道。威妥玛于是从总理衙门索取了几份游历护照，并派使馆二等翻译马嘉理赶往云南……尽管考夫曼有明确的指令，但科尔帕科夫斯基并未停止对伊犁周边的残扰。
在库尔喀喇乌苏，俄军侵入土尔扈特郡王、贝子两牧场，将蒙古族郡王、贝子等劫走，畜产及财物均被抢掠一空，毡帕、铁锅以及喇嘛佛像、经卷等悉数被其损坏。抢掠过程中造成四人受枪伤，一人受刀伤，一小儿被马踏死。
俄国对伊犁实行的统治更是残暴之极，俄国生生把伊犁变成了人间地狱！
俄国为防范伊犁百姓反抗，先在伊犁周围建起军事台站，间隔之近密如蛛网，后又大兴土木赶造碉堡营垒。
俄国管辖下的伊犁城，处处是关卡，村村设哨所。伊犁城被俄国打造成了一支生铁桶。
在实行军事殖民征服的同时，沙俄侵略者加紧进行政治上的殖民奴役。
他们完全废除了清朝政府在伊犁地区的行政设施，撤换和驱逐清朝政府委派的地方官员，将伊犁地区划归沙俄七河省省长科尔帕科夫斯基直接统治，由科尔帕科夫斯基出任伊犁驻军司令部司令。在驻军司令部之下，又特设专门处理伊犁事务的特别办公室，管理伊犁的行政事务。
清政府原在伊犁地区实行多年的伯克制度被取消了，按照考夫曼制定的土耳其斯坦地区管理草案，改成了沙俄直接指派的布鲁斯行政管理制度。
起初，沙俄在伊犁地区共设布鲁斯十四个，其中县级布鲁斯（相当于清廷原设的阿奇木伯克）四个，即固尔扎、绥定、博罗布尔噶苏和海努克。布鲁斯之下，设置哈只（相当于乡村政权）等，布鲁斯和哈只两级机构的官员，就分别称作布鲁斯和哈只。这些官员或由沙俄侵略者的官员兼任，或利用收买当地的头面人物或贵族顶名。
后来，为加强殖民统治，沙俄把侵占的地区划分为两个区，以伊犁河为界，伊犁河以北为北区，伊犁河以南为南区，由科尔帕科夫斯基直接任命行政长官，并仿照阿古柏的增丁方法加大对百姓的盘剥力度。
伊犁各族百姓在沙俄侵略者血腥、残酷的殖民统治下，过着暗无天日的非人生活。百姓对沙俄制定的种种法令稍有不从，或流放西伯利亚，或就地被进行枪杀，极其凶残。
沙俄在伊犁地区榨取的各项赋丁，每年不下近百万两白银。百万两白银对伊犁十几万百姓来说，的确是个惊人的数字。
赋丁之外，还有徭役及其他闻所未闻的各种名目的勒索。
荣全把自己掌握的情况全部及时地报给景廉和朝廷。
大清国此时正在专注海防一项，对新疆一地暂时尚无法顾及。
光绪元年（公元1875年）二月一日晨，一份由英国驻京公使威妥玛签名的抗议书递进总理衙门。
抗议书抵达总理衙门的当日，李鸿章与德国军火商人费德兰正巧在天津达成了一项订造大型铁甲战船的意向性协议。称意向性协议是因为不是正式的协议，该协议的正式文本须送在京的各王大臣议定之后呈给慈禧太后，由慈禧太后点头后才能签署。
但李鸿章与费德兰将近四十几天的磋商总算有了些许眉目。
李鸿章很高兴，费德兰也兴高采烈。
当晚，李鸿章特意在西菜馆宴请德国驻华代理公使巴兰德（von Brandt，M，A，S）及费德兰等人。
酒过三巡，菜过五味，李鸿章端起杯正要以主人的身份第四次敬酒，一名戈什哈忽然急匆匆闯进来道：“中堂大人，有旨递到，着您老即刻接旨！”
李鸿章一愣，但马上挥手让戈什哈退出，这才微笑着说道：“实在抱歉得很，老夫有点公事要办。各位先生权且慢用，老夫暂时告假离席片刻。”
巴兰德用生硬的中国话说道：“李中堂，您是国家的栋梁，您请自便，我们等着您办完公事再尽兴。”
李鸿章一边着人更衣，一边抱歉地说：“老夫一定回来，老夫一定回来！”
李鸿章匆匆走出去回北洋通商大臣署所接听圣旨。
旨曰：“本日据恭亲王、宝鋆、沈桂芬面奏，英国马嘉理被戕一案，叠经该王大臣与英使威妥玛辩论，该使借此一事，多方要求。其有尚可通融者，业经酌量允准；有碍难准行者，当经驳斥。该使未遂所求，遽于昨日出京等语。此案经总理衙门王大臣与威妥玛反复辩论，力持大体，今该使遽行出京，自是意存要挟。如该使行抵天津，往见李鸿章议及此事，该督即可相机开导，就近商办。如该使到津后，径欲南行，该督亦须与之晤商，冀可早了此案，不至迁延。钦此。”
圣旨的后面附有威妥玛与恭王原议八条。
李鸿章接旨在手，不由仰天感叹一句：“事情怎么成了这个样子？”
马嘉理被戕一案究竟是怎么回事呢？
事情应追溯到道光五年（公元1825年）。
道光五年三月，英国经过两次侵缅战争，已占据了下缅甸，然后便一面扩张势力，一面开始寻找侵入中国的道路，企图打开中国的“后门”，但一直没有得逞。
咸丰八年（公元1858年），参加过侵缅战争的退役军官斯普莱（Sprye，R）曾提出，从仰光起往东北沿萨尔温江经上缅甸可达中国的云南。斯普莱建议，可以沿这条路线修一条铁路。英国当局经过论证，否定了斯普莱的建议。后来，又有人提出了可以从缅甸的八莫也能通达云南的建议。英国人当时渴望能进入云南，于是英国当局于同治六年（公元1867年）派人对这条路线进行了实地探测；英国探路队一度到达了云南的腾越并肯定了这条路线。
英国的行为激起了法国人的兴趣。
法国在占领了越南的南部之后，于同治十年（公元1871年），利用云南当局急欲镇压回民起义的时机，派冒险家堵布益（Dupui，J），借口代为采买军火，获得查勘红河的便利，亲身证实该河实为从云南经越南而出海的可航水道。
随后，堵布益在法国当局的支持下，组织武力横行红河之上，想一手包揽运货通商的利益，遭越南当局的拒绝。法国侵略北越以及经北越窥伺云南的阴谋暂时遭受挫折；但法国探测湄公河的行动引起了英国的极度不安。
云南的回民起义失败后，英国在印度和缅甸的殖民当局立即倡议组织新的探路队，再一次从曼德勒北上探测滇缅陆路交通。他们还要求英国驻华公使馆派一名通晓汉语、熟悉中国情况的官员前来缅甸陪伴探路队入云南。
同治十三年（公元1874年），英国驻华公使威妥玛向总理衙门索取三或四名英国官员欲从缅甸进入云南游历的护照；总理衙门明知英国在派员探测经缅甸进入云南之路径，遂以边境地方不靖、外人恐有不测等理由相拒绝。
但威妥玛仍然一而再，再而三地要求总理衙门发放护照。
由于当时日本侵台问题正紧张交涉，恭王不敢得罪英国，所以就答应了威妥玛的请求并发放了护照。
威妥玛拿到护照后，马上派遣使馆翻译马嘉理前往云南去迎接英国的探路队。
马嘉理从上海动身，经汉口、湖南、贵州、云南，于光绪元年（公元1875年）一月十五日到缅甸八莫，与两天前经曼德勒来到八莫的柏朗等探路队会齐。
马嘉理时年五十岁，在华多年，会讲一口流利的华语。他深知道中国当时的国情：大清国的官员都怕外国人。所以，探路队一进入云南地界，他不仅不去照会地方衙门，还向询问的百姓口出狂言，声称他所带领的军队就要攻占腾越城并将全城百姓斩尽杀绝。
这支队伍招招摇摇地来到蛮允，马上便被当地百姓上千人围住。
混战中酿成血案，马嘉理被乱棒打死，柏朗带着队伍仓皇后撤。
柏郎眼见马嘉理一命归天，当下也顾不得许多，率大队人马快速地便逃回缅甸境内才敢驻足，并将马嘉理死讯飞速报给国内。
消息很快由英国传进大清的京师，威妥玛一见之下，立时火冒三丈，当日就带着参赞等随员来到总理衙门向大清国提出严正交涉。
恭王见英国凭空里递上来个抗议书，不由心吃一吓，他一面着人先陪威妥玛等人在衙门里喝茶，一面飞也似地跑进宫去，向两宫太后禀明此事。
慈禧太后未及恭王把话讲完，脸已吓成了灰黑色，她急问一句：“岑毓英怎么说的？”
恭王答：“禀太后，威妥玛闹成这样，岑毓英那里连个纸片都没有递过来。按理说，岑毓英无论怎么样，他的折子也该比英国人早一天进京。”
慈禧太后急道：“那就快给岑毓英下询旨啊？威妥玛说马嘉理死了，他是真死了还是没死啊？总得岑毓英说句话呀！他这云南巡抚是干什么的呀？境内出了这么大的事，他怎么跟个没事儿人似的！快让军机处拟旨，问问岑毓英是怎么回事，不能他威妥玛说什么便是什么呀！用八百里加急。”
圣旨当日便由军机处拟出，用八百里加急快速递往云南。
但威妥玛并不相信恭王说的话，他认为总理衙门肯定在他来之前就已得到了云南方面的消息。他甚至怀疑，恭王矢口否认知道这件事，肯定另有所谋，说不定马嘉理的死，就是总理衙门预先通告了云南的岑毓英，岑毓英再安排腾越的地方官有意这么做的！
威妥玛把自己的推测火速转告国内的外务部。
二十几日后，岑毓英的折子递进京师。
岑毓英奏称：地方民众确在腾越附近的蛮允一带杀死一名英国人，死者身份尚未查明，估计就是圣旨里提到的马嘉理；巡抚衙门已着令腾越地方官将尸身收殓，正派员调查此事，若有进展容当续报云云。
恭王读罢折子，顿感眼前一片迷茫。很显然，若非朝廷下询旨催问此事，岑毓英还不会如实奏报。也就是说，岑毓英根本就没把这件事当成一件事。
恭王怀揣着岑毓英的折子，低头走进慈禧太后的房间。
恭王打宫里出来回到总理衙门的当日，便紧急约见威妥玛，商谈如何办理此事。
威妥玛开始不依不饶。他先是提出中国须派员前住腾越对事件进行调查，并将云南巡抚岑毓英等一应官员俱押京审问，又提出增开口岸、减免英商正税及半税以外的各种负担。
威妥玛最后又狮子大张口，提出中国须出重金抚恤马嘉理遗属，恤银不得低于一百万两。
以后的几天里，威妥玛又相继提出等此案议结，中国即应派钦差大臣奉中国朝廷惋惜滇案玺书，往英国道歉；新旧各口岸，将英人住所画定界址，中国人不许随便进入等项。
恭王被威妥玛闹得焦头烂额，几乎一日一进宫，疲惫已极。
总理衙门先是奏调正在原籍养病的前总理衙门大臣薛焕，就近由四川赴滇，会同岑毓英查明此事，接着又调湖广总督李瀚章驰赴云南会办此案。
但让恭王没有想到的是，威妥玛还是要离京回国请旨，这不是要开衅吗？
接旨之后，李鸿章紧急着人急传刚署津海关道的许钤身过来，吩咐道：“老夫刚刚接到圣谕，总理衙门与威妥玛谈崩了！威妥玛已经离京赶回国内。你马上着人打探一下，威妥玛是过了天津还是尚未到天津。如果到了天津，你就马上去见他，告诉他，老夫想与他谈一谈，请他约个时间。这件事已是刻不容缓，你马上去办，老夫候你的结果。”
威妥玛的车驾果然刚刚抵达天津，威妥玛正在英驻津领事馆歇息。
闻报，李鸿章马上乘轿来拜会威妥玛。
威妥玛尽管与李鸿章见了面，但却不肯和李鸿章续谈马嘉理一案，并于第二天突然乘船离开天津，临行只送李鸿章一信，声称他对总理衙门失望已极，一定要回国请旨。
李鸿章见信大惊失色，慌忙派快马把威妥玛离津的消息报告给总理衙门。
越十日，朝廷下旨，赏加李鸿章钦差大臣衔驰赴烟台与威妥玛续办马嘉理被戕一案。
李鸿章接旨不敢怠慢，稍事准备即赶往烟台。
李鸿章离津的时候，慈禧太后和恭王也在宫里谈论这件事情。
慈禧太后问：“恭王啊，这马嘉理在公使馆是个什么官员哪？要不要紧哪？——你说李鸿章能不能和他谈成啊？”
恭王小声回答：“回太后话，臣以为，不管威妥玛与李鸿章谈得怎样，云南都该加强防务，以防不测。”
闻听此言，慈禧太后一愣，忙问：“恭王，你是说英国要对我云南开衅？仅仅死了一名翻译，不至于吧？”
恭王这时道：“禀太后，英、法两国谋我云南日久，英国极有可能借马嘉理身死一事对我云南动兵。我边关防御薄弱，岑毓英仅有抚标中军六千，如何抵挡啊！太后，臣以为不管威妥玛与李鸿章谈得怎样，我都应该急命岑毓英暗中加强防御啊！英国械精炮烈，自不可与之轻言战事，我与德国订购铁甲船一事，刚有端倪，一旦开衅，如何得了啊！但防御一项却不能少啊！”
慈禧太后起身走了两步，忽然驻足道：“你说得对。此时虽不能与英国开衅，但也不能不防啊！我看呐，原定的向外国订购的二十艘铁甲船，先订造十艘吧。现在想想啊，还是左宗棠说得对，海防与塞防应该并重啊！让军机处给岑毓英拟旨，让他偷偷地准备着，别让英国人打个措手不及。你下去后，和几位王大臣碰个头，再议议左宗棠的折子。海防与塞防都不能忽视啊！”
恭王退出去后，慈禧太后一个人自言自语地说道：“东则海防，西则塞防，还有一个云南也不能忘啊！”
基于此，慈禧太后才重又想起了左宗棠的折子。
至此，大清国才翻然醒悟，意识到了塞防与海防都不能轻视的道理，都不可偏废的重要性。