随着热西丁和卓的战败，南疆全部被匪酋阿古柏占领。属于阿古柏自己的王庭在阿克苏开始动工兴建。马文禄为使朝廷早日向新疆进兵，经过一番思考，竟然主动向清军投降，让开了进疆通道。清军进驻肃州，出关的道路通了，收复新疆的步伐加快了。
哲德莎尔伪汗国成立不过两月，阿古柏得知了热西丁和卓正在筹办自己的六十大寿，各城的防守比较松懈，便决定采用偷袭的手段对热西丁和卓发起攻击。
为了麻痹热西丁和卓，在宣布哲德莎尔汗国成立的时候，阿古柏特遣快马给库车的热西丁和卓发了邀请函，以示友好。
热西丁和卓不仅对来使热情款待，还回赠了丰富的礼品。
热西丁和卓凭经验推断，阿古柏在一年之内不会出兵来攻击他，因为一个国家建立的同时要相应地建立起一套管理机制，这起码要一年的时间才能够完成。
于是，在送走阿古柏的使者以后，热西丁和卓放松了警惕，准备轰轰烈烈地给自己过一个生日。届时，他准备给阿古柏和乌鲁木齐的妥明、塔尔巴哈台回城的伊玛木、伊犁的艾拉汗等汗王均发邀请函。
热西丁和卓私下以为，如果这些汗王肯赏脸来为他祝寿，那么，他就可以利用这次机会发一倡议，推举出一位盟主，由盟主领导各汗国发起对大清国的作战，把清军一个不剩地全部赶出新疆，让天山南北重新回到古老的各王朝割据状态。
热西丁和卓想到兴奋处，索性又差遣了百人携带金银赴北疆及俄国去采办珍奇，又打发了五百人分三路进关去采办绫罗绸缎。
他这么做当然是为了向其他汗王炫耀自己属地的富有，同时也是为了增加自己在各汗王中的份量，想过把盟主的瘾。
库车、库尔勒、乌什、阿克苏、喀喇沙尔各城地域虽广，但并不是特别富庶，各城的守军也不是特别精壮。经他这么一折腾，各城原本就不多的守军于是就越发地不够用了。
但热西丁和卓对此并不放在心上，因为阿古柏汗国的建立，在很大程度上吸引了大清国的注意力，他大可不必再为驻防新疆的清军日夜担心。
同年（公元1867年）夏，阿古柏的两万人马在长子伯克·胡里及其金相印的统率下，突然包围了乌什、阿克苏二城，并很快发起攻击。
可叹乌什、阿克苏二城此时只有不过三千守军，面对大兵压境，竟无法进行有效地抵抗；当金相印把以阿古柏的名义书写的敦促守军投降书递进城之后，二城很快便竖起白旗。
金相印把二城守城头目按着阿古柏的指令着人押往喀什噶尔，又把守城的军兵连夜融会进自己的部众里，等阿古柏任命的二城守城官到后，即连夜提兵扑向库车、库尔勒二城。
热西丁和卓情知不敌，在金相印的人马赶到前，便带上身边的人马、粮草及金银等物，仓皇逃往人烟稀少的东路，准备到吐鲁番一带去称王。
热西丁和卓出城不久，部众即大半叛逃，身边仅剩三百余人。热西丁和卓急火攻心，很快病倒，部众又有二百余人乘夜携粮草、枪支离去。他的两个儿子见大势已去，力逼其父速分珠宝以谋生路。
躺在担架上的热西丁和卓为复王业，力持不可。
其次子小和卓愤怒，竟率身边二十几人，在夜半动手，将其兄、父等人排头屠戮，血染沙丘，酿成吐鲁番盆地第一大家族血案。
热西丁和卓次子小和卓将所有粮草、珍宝悉数盘点，却是老大一笔财产，可装备三千人的队伍。
小和卓手里现有的这支队伍，已不成为队伍，除家眷女佣外，只有二十名亲兵。
小和卓让一名女佣去把亲兵的头领传进帐篷，他决定向他下达向北路开拔的命令。
女佣走出去不久，二十名亲兵却一齐瞪着血红的眼睛挥着马刀冲进来。
二次杀戮于是拉开序幕。
一个时辰后，热西丁和卓家族不复存在。
至此，阿古柏成了南疆大片领土的最高统治者。
同年（公元1867年）六月底，志得意满的阿古柏动用大量的人力、物力，开始在阿克苏建造真正属于自己的王庭。
左宗棠所上《金军未能迅速出关折》拜发不久，圣旨开始陆续抵达肃州。
一旨曰：“据左宗棠所奏，眼目昏花，心神恍惚衰态毕臻，特简贤能接任陕甘总督篆务。等语。览奏均悉。该大臣办理陕甘军务，宣力数年，地方渐就肃清，大功不日告竣。嗣后一切善后事宜及吏治民生，正赖该大臣悉心筹度。至新疆军务，诚非从内预为布置，从新预为调度不可。将来大军出关，关内既须重臣镇抚，而筹饷、筹粮并筹转运等事，尤恃有大臣实力实心经营布置，庶前敌各营不虞后顾。该大臣素顾大局，谅早筹计及此。应俟甘境敉平，先将饷事、兵事通盘筹画，据实奏闻。朝廷倚畀方深，岂可遽萌退志！左宗棠着赏假一个月，安心调理。河州、肃州军情，仍着随时详悉具奏，以慰廑系。”
朝廷明知左宗棠所奏均系实情，但为了尽早收复新疆，未敢轻易换帅，只赏了左宗棠病假在营调理，但不准开缺离任。朝廷这么做，看似无情，但对左宗棠来说，却分明是一种倚重。
二旨曰：“左宗棠奏金顺全军未能迅速出关一折。称：现在新谷未收，军粮缺乏，骆驼亦值歇厂、怯热之时，不能负重，若展迟两月，于八月间拔队西行，局势似较稳慎。等语，所筹亦系实情。惟白彦虎贼股现又窜扰关外，安、敦、玉等处情形紧急，盼兵尤切。金顺仍当赶紧部署统军出关，相机剿办。如一时实因粮运、车驼未能应用，或派拨数营先行进发，以资接应之处，着金顺酌度情形，妥筹办理。金顺需要粮食、车驼等项，仍着左宗棠饬令该地方官速为预备，毋稍延误。”
考虑到新疆的实际情况，朝廷同意金顺一军暂缓出关。这其实还是在给左宗棠面子。
就在左宗棠接旨的当日，占据肃州的回民头目马文禄，经过一番思考，竟然自缚双臂出城赴清军大营请罪乞降。马文禄这么做的目的只有一个，无非是希望清军能够早日出关，尽快收复被俄国侵略军、阿古柏侵略军占据的新疆。
马文禄如此深明大义，倒把左宗棠吓了一跳。当即满口应允，很快命马文禄统带城内回兵，次第出城缴械受抚。马文禄一一照办。
刘锦棠统军从四门进入肃州接防，料理善后。
一部回众被遣往兰州择地安插，一部回众被送往凉州，一部留肃州。
至此，除新疆外，陕、甘两省全境平定。