从康熙十三年底开始，全国基本形成了三大战场的格局。正面战场，自然是吴三桂唱主角。他占据下的湖南，位于全国的中心。而王辅臣、王屏藩占据的四川与甘肃、陕西大部地区，则为右翼的西部战场。耿精忠占据福建，攻取浙江、江西，则为左翼的东部战场。吴军主力、精锐近二十万人分布在长沙、岳州、萍乡、松滋、常德、澧州等几个战略要地。另以七万兵力驻醴陵、长沙、萍乡等处，与江西的岳乐部清军对峙。吴三桂在边关多年，深知苗、壮等少数民族的勇猛，所以收买当地土司，率军前来助战。这支少数民族部队，人数虽不多，却有五十只大象。这些巨无霸，如同当今的主战坦克一样，令人生畏，势不可当。吴三桂还命人采伐贵州、湖南的山木，造楼船巨舰，称霸水上，并调拨四川、湖南的粮食以供军需。
吴三桂非常重视岳州，特派侄子吴应期，率数万精兵防守。
岳州不仅仅是湖南，也是长江中下游水陆之要冲。它位于洞庭湖畔，长江南岸，三面环水，一面与陆地相连接。而洞庭湖与长江又是相通的，从洞庭湖，可直接进入长江。若从湖南出发，可谓水陆并进。知道岳州重要性的，自然不止吴三桂，康熙帝命令驻防部队“宜亟固守”，又派出都统觉罗朱满、一等侍卫毕桑阿等，率增援部队水陆兼行，速往协守，但未等清军动作，吴军已先发制人，夺取了此地。自此吴三桂以岳州为根据地，除了令吴应期加强防守外，还动用大量人力物力，在岳州城内外广筑防御工事。城外陆路一面，挖通了三道壕堑，筑堡垒，设陷坑、鹿角、挨牌，以阻挡清军骑兵攻城。在洞庭湖峡口处，攒立梢桩，以防清军战船进入湖内。同时，吴三桂又在澧州、石首（今仍名）、华容（今仍名）、松滋等处派驻重兵，与岳州成犄角之势。他还派使至岳州，向吴应期传达方略。吴三桂之所以如此重视，是因为长期固守湖南，才可以保障他与清廷划江而治的局面。
同样道理，清军要想收复失地，则必须拿下湖南，而岳州是第一关。岳州失陷后，康熙帝一再严令催促清军尽快夺回。康熙四年六月，他特派多罗贝勒尚善为“安远靖寇大将军”，同固山贝子章 泰、镇国公兰布，率蒙古兵四千、旗下兵丁的一半，攻取岳州。命将军尼雅翰、都统朱满、巴尔布、护军统领额司泰参赞军务。清军侦察岳州城防后，深感吴军“据守颇坚，难以进取”。康熙帝便改变作战计划，命令将军尼雅翰率部赶赴江西，与副都统甘渡部会合，并率袁临总兵赵应奎，由袁州进取长沙，夹攻岳州。
隔着长江，在岳州对面的是清军大本营荆州。康熙帝清楚，吴军若要北上，必在湖南渡江。因此，他力图凭借长江天险，在荆州布防，拦腰挡住吴军。不但如此，此地还可作为清军渡江反攻的基地。
在康熙帝的亲自指挥与调度下，清军增援部队不断进入荆州。他还命制造大量各种类型的船只，为将来渡江反攻做准备。他命令：多罗顺承郡王勒尔锦，和其他有关将领速取岳州。康熙十三年七月，贝勒察尼、将军尼雅翰等，率满汉官兵、水陆齐进，向岳州发动了大规模进攻。吴三桂之侄吴应期、廖进忠、马宝、张国柱、柯铎、高起隆等，率七万大军迎战。这场大战双方互有伤亡，但清军始终无法靠近岳州，只得先行撤退。
到了九月，康熙帝特派侍卫吴丹、塞扈立前去荆州，向将领们传达他的指示。看得出康熙帝非常不满，他特别强调，取得其他胜利不值得高兴，只有夺取岳州等城才是大喜事！他非常严厉地批评了勒尔锦等统帅，瞻前顾后，进军迟缓。
康熙帝深知擒贼先擒王的道理，他把主要目标放到了吴三桂身上。只要吴三桂倒了，其他各处叛军便不攻自破。而要消灭吴三桂，就必先破岳州、长沙。
康熙十四年初，康熙帝指示兵部行文，转告正在荆州前线的贝勒尚善：“若岳州可取，即速进兵，如势有未便，不宜轻动。”尚善接到行文，立即回奏：正准备攻岳州的战具，岳州的吴军也加强了防御措施，部署周密，无懈可击。所以清军打算转移进攻路线，只是担心正值雨季，江水泛涨，营垒前后，都被水包围，而且双方船只相距很近，荆河口则在清营后侧，吴军又占据上游地段，不免令人担忧。他们想暂停进兵，以等待时机。
康熙帝同意了他们的意见。原令湖广总督蔡毓荣率兵前去增援，现仍回荆州待命。康熙帝指示：岳州卒难攻取，若不速取长沙，恐怕叛军又增强守备，先令分兵留守要害，速取长沙。
清军统帅岳乐提出，宜先剿除江西叛军，无后顾之忧，然后分防险要，率师前往。康熙帝的态度很坚决，夺取湖南，速灭吴三桂，刻不容缓，不能有任何动摇！是时，清“大兵全驻荆（州）、岳（州）”，正待发起总攻击。
清军势猛，吴三桂也不是吃素的。
一是在岳州、澧县水陆要冲地带部署重兵，阻击江北的荆州清军，使其不得渡江。
二是由长沙分兵，进入江西，力图打通与福建的通路，与耿精忠部会合。吴军连续攻取袁州、萍乡、安福、上高、新昌诸地。吴三桂命在长沙城外，筑木城为护卫，加强此城防御。康熙帝闻讯，急命安亲王岳乐为“定远平寇大将军”，统帅入江西，先后攻克上高、新昌、东乡、万年、安仁、新城诸县，再克广信、饶州。吴三桂女婿夏国相坚守萍乡，清军久攻不下，双方在江西打起了拉锯战。
康熙十四年五月，吴三桂从常德赶往松滋，亲自部署并指挥作战，他调来大批战船，布置在虎渡河（今仍名，属湖北省境）上游，直逼荆州清军。吴三桂在实地观察后发现，荆州城地势较为低洼，城南门外五里即长江。他突然心生一计，准备决堤以江水淹没荆州。不过清军在东、南、西三面皆筑有长堤，决堤之计并无十分把握，且一旦荆州被江水吞没，死的不仅仅是清军，更多无辜百姓也会枉送掉性命。吴三桂本无意渡江北上，消灭荆州清军，少一些军事上的压力，本是好事，可若是让众多无辜百姓遭殃，则负面影响太大。权衡再三，此计划未实行。
此计不成，又改用声东击西之计。他亲赴松滋指挥，摆出一副要大举进攻的架势，以吸引荆州的清军主力，暗地却派出岳州的部分精锐，进据宜昌（湖北宜昌市）东北的镇荆山，与王会、杨来嘉、洪福等，一起攻湖北的谷城（今仍名）、郧阳（郧县）、均州（郧县与均县之间）、南漳（今仍名）等地，目的是打通西北之路，与王辅臣合兵。但因清军贝勒察尼部的拼死阻击，此计未能成功。
吴三桂的攻势虽未成功，却让清军统帅感到心惊胆战，他们再次向朝廷求援。
但这一次，皇帝没有再信他们的一面之词。礼部员外郎王诏于康熙十三年三月随从顺承郡王勒尔锦到了荆州，参赞军务。他来此快两年了，对于此地的形势也已了然于心。他给康熙帝上了一道密折，说明了前线的真实情况。
康熙帝读此密折，勃然大怒，下旨严厉责备。并命令驻池州署副都统苏郎率蒙古兵一千至武昌，留下四百人，再抽调驻兵四百，共足一千人，速赴荆州。安亲王或由宁州入湖南，或由袁州进长沙，两者任选便宜而行。
没过几天，勒尔锦又急报：吴三桂在松滋县北山又添设了四营兵马，沿江一带，“贼船日增”，恐水陆齐犯荆州、彝陵。康熙帝紧急指示：荆州、彝陵等处，“关系紧要”，除了留兵防守襄阳、均州、南漳等处，由察尼率领余军“速赴荆州”。
八月末，吴军又调来万余人，增强松滋，荆州方面清军倍感压力。康熙帝担心吴军强攻渡江，以致荆州不保。他下令抽调进攻岳州的部分清军回师荆州，又命驻山东兖州的护军统领查汉太，率全部满汉官军，河南提督佟嶶年选标下火铳兵三千共赴荆州，归顺承郡王勒尔锦统率。
考虑到吴三桂才是根本，康熙帝指示：叛乱罪魁是吴三桂，不尽早消灭他，即使江西、福建之贼全部根除，于事有什么益处！他指示安亲王岳乐，拨出一定数量的官兵固守江西，冬月时“速取长沙”。
康熙十四年十一月，安亲王岳乐为进攻长沙，恳请康熙帝调拨绿营兵，称非汉兵不能攻击吴三桂之险阻，又非红衣炮不能破其营垒。于是康熙帝让熟使火器的提督赵国祚，统绿营兵三千，及屯垦都督陈平率部二千，赶赴岳乐军前，参加长沙攻城战。为清廷效力的洋人南怀仁，监造的大炮火力猛，射程远，又轻便，易于运输。康熙帝命，调二十门炮，护送至江西军中。同时又指示，不必等炮运到，速由吉安，或袁州进兵长沙。
康熙帝决议要拿下长沙，他命令在荆州和岳州地区的各军将领，要精诚团结，夹击长沙。同时，要紧逼岳州，如有机会可乘，亦并取岳州。他告诫诸将领，此次行动不得有误。他提醒众将，驻荆、岳将近两年，“粮费师老，并未得尺寸之地，坐失事机，罪不胜数。”如再不发兵跟岳乐部配合夹击，你们的罪过就更大了。
就在清军大举进攻长沙之时，顺承郡王勒尔锦又请增兵，再发禁旅每佐领五名，“便可渡江剿贼。”康熙帝大怒，下诏斥责：勒尔锦一到荆州，便屯兵不进，使吴军从容得湖南。等清军齐聚，又不按期渡江，使吴军得以固守要害，进犯宜昌。究其根源，实由勒尔锦、参赞巴尔布、伊尔度齐、硕岱等耽误时日，不急于讨贼，以致叛乱蔓延。在此之前，勒尔锦要渡江击贼，已按请求增添了满洲、蒙古兵数千，绿旗兵一万，仍“未得湖南尺寸之地”。现在又请增兵，是果真欲速灭贼寇吗？
看到这种情况，康熙帝果断解除了巴尔布、伊尔度齐、硕岱等人的参赞职务，留任效力赎罪。
从努尔哈赤建国，直到清入关后，都以皇帝的兄弟子侄做八旗旗主，掌兵权，汉将只能做副职。吴三桂起兵后，康熙帝遵守祖制，各军统帅，都选用皇家的人。勒尔锦是礼亲王代善的孙子勒克德浑之子。继勒尔锦派往荆州后，康熙加派尚善为“安远靖冠大将军”前往助战。此人是郑亲王济尔哈朗之弟贝勒费扬武之子；派往江西的统帅“定远平冠大将军”安亲王岳乐，也是皇室子弟；由江宁（南京）派往江西助战的简亲王喇布，是济尔哈朗的孙子；派往浙江迎战耿精忠的“东命大将军”康亲王杰书，是代善的孙子；派到陕西平王辅臣之乱的“定西大将军”信郡王董鄂，是皇太极之弟多铎之子。难怪时人说：“大将赐来黄带子，亲王自领绿营兵。”
但这些皇室子弟，往往没有像父辈一样，经历过血腥的战场，勇气、经验俱缺。面对敌军的强烈攻势，往往表现得被动呆板。其中的一些人，如勒尔锦、贝勒察尼（多铎子）等，只知敛取地方督抚、司道县官员财物，“希图回家为富足之计”，一副发国难财的嘴脸。用汉人不放心，用自己人又不顶用，康熙帝非常痛苦。他不时地批评督导这些人，希望他们能堪大用，但效果甚微。可以说，吴三桂起兵初期的节节胜利，这些清廷的皇室贵胄，颇有贡献。