北京就是好，多尔衮在北京住了一段时间，觉得非常爽，于是便决定迁都。顺治元年九月十九日，顺治皇帝正式迁入北京。此时清廷说话算数的其实还是多尔衮，在他的安排下，顺治皇帝于十月初一告祭天地，即皇帝位。
十月十三日，顺治封赏满汉诸王，开盛宴庆贺。吴三桂因功勋卓著，位列恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜等异姓诸王之首，封赏优厚，特赐平西王册印、白金万两、鞍马一匹、不带鞍之马两匹。
多年的努力，巨大的代价，清廷终于在京畿之地扎下了根，但此时摆在他们面前的形式仍然是极为严峻的，它的对手们与清廷并存在神州之上。虽然自山海关以来，清军一直给李自成不断的重创，但大顺军一直都没被消灭。他们退入山西，还存有强大的军事力量。张献忠已夺占了蜀地，眼前虽算不上大的威胁，从长远来说，绝对不能轻视。拒绝同南明议和，正如史可法指出的：“今日之计，和不成，惟有战。”这南明无论版图、财力与军力，都是可以同清拼一拼的。消灭自己所有的对手，控制全国，统一天下，是多尔衮及清所有统治者共同的心愿与理想。他们没有被眼前的胜利所陶醉，他们非常清醒，他们仍然准备战斗下去。多尔衮曾派人向随军进京的朝鲜凤林大君传达他的志向：“既得中原，势将混一，自此事无可疑。”足可证明他们的雄心壮志。
此时在山西的李自成，出于战略整体利益的考虑，没有组织抵抗，放弃了山西。清军占领了河北、山东、山西等省及河南部分地区。多尔衮审时度势，命清军乘胜追击，绝不给大顺军及南明喘息的机会。清军兵分两路，南北出击，对大顺军与南明发起了战略总攻。
十月十九日，多尔衮以顺治帝的名义，发布命令，任命和硕英亲王阿济格为“靖远大将军”，率军出征陕西，平西王吴三桂、智顺王尚可喜率所部从征，共同追击大顺军，目标直指大顺政权目前总部所在地西安。
同时，多尔衮决定二十五日出征江南，命和硕豫亲王多铎为“定国大将军”，恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明随征。不过多铎等还没有出发，河南巡抚罗绣锦便发来紧急军情，称李自成的骑兵一万、步兵二万余人正向怀庆、卫辉两城发动进攻，并已攻下济源、孟县等地，离怀庆三十里扎营。怀庆总兵官金玉和出战，在柏香镇以西被农民军击毙。此战清军共阵亡各级将官二十二人，士卒达一千七百五十五人，可谓伤亡惨重。根据战略分析，大顺军此次恐怕不仅仅是夺取怀庆城那么简单，而是要占据黄河渡口，与黄河南农民军连成一片，若果真如此，那么形势将对清军极为不利。怀庆守军已全部撤回城内坚守，吁请朝廷“亟敕兵部，速催大兵星夜兼程前来”。河南此次出现的情况，令多尔衮感到非常意外，他没有想到大顺军还有勇气与实力进行反扑。他很清楚，如不彻底击败大顺军，就无法顺利进军江南。于是，他改变出征江南的计划，迅速通知已出征的阿济格、吴三桂，并令多铎部停止南下，先救怀庆，转攻陕西，取潼关，两军突击，会师西安，务期合力进剿，将农民军彻底打垮。
李自成此次的行动，应该说还是很有创意的，但还是有些晚了。当他撤到山西时，河南、山东的原明朝降官和地方士绅纷纷反水，到处截杀大顺军。李自成的得力干将李岩曾主动请兵两万，赶赴河南，以镇压原明朝降官和地方士绅。李岩原本就是河南人，在这里颇有人脉关系，若是此次他真的带兵前往，应该还是有可能控制住当地形势的。但遗憾的是，李自成同历史上众多当老大的一样，都有一种职业病，就是总疑神疑鬼，怀疑手下要篡权夺位。再加上身边有牛金星这样的三流文人搬弄是非，他不采取李岩的建议也就罢了，反而对他的动机产生了怀疑。最终竟发展到在一次宴会上，设下伏兵把李岩给杀了。
李岩的被杀，让大顺政权中刘宗敏、宋献策等实力派人物既感到寒心与不平，同时也让他们对自己的安危感到担心。广大底层士卒，对此事也是唏嘘不已。李自成无疑做了一件极愚蠢的事，他的自毁长城之举，注定了从此之后，这支部队已无可能团结一致，对外英勇作战。
李自成自山海关败退，直至固关为止，虽然遭到了一连串的沉重打击，但还是保存下来一些实力。目前山西、陕西、甘肃、宁夏、湖北、及河南部分地区还在他手上，理论上还有数十万军队。凭着这些，还是可以同清军再打一打的。李自成回西安后，重新进行军事部署，准备反攻。
李自成在失去山西之后，他仅在怀庆地区展开了局部反攻。虽一度得势，但当多铎大军赶到怀庆后，大顺军抵挡不住，很快便败退了。多铎率清军从河南孟津渡黄河，经陕州（河南陕县），直驱潼关二十里外驻扎。
当李自成得知清军南北两路夹击的消息时，已感到自己腹背受敌，危机重重，原先的部署很难再实施。他与刘宗敏率部出西安，北行至洛川县，稍事停留，以便他能对清军的两路进攻作出评估。根据侦查情报，吴三桂与阿济格部行军速度较慢，短时间内还赶不到，而潼关方面的形势却非常危急，他果断决定增援潼关。
潼关之战于十二月二十九日打响，刘宗敏首战失利，延至次年正月，大顺军几次反攻，都被多铎部击退。这时，李自成得到北路清军已向西安推进的消息，他无奈之下，被迫撤回主力，回师西安。守潼关的大顺军将领马世耀眼见守城无望，一咬牙，投了降。清军于正月十三日，占领潼关。这是一场关键性的战役，十余天的苦战，大顺军再次遭到了失败。潼关失守，西安便失去了屏障，形势极为危急。
多铎部于十六日离开潼关，十八日到达西安城外。李自成失去了死守西安的决心与意志，于十三日下令烧毁宫室，然后率部撤出西安，出兰田口，奔商州而去。西安为清军所占领。当多铎占领西安时，吴三桂同阿济格、尚可喜部在途经宣府、大同时，把这两城镇的降兵尽数随征，搜刮无遗，兵力已达八万。他们还擅自出边至土默特、鄂尔多斯，绕道索取驼马，复转入边，收获可谓颇丰，但是，这却贻误了进军时间。本来他们的战略目标是，出大同，渡黄河，会同蒙古兵，取陕北的榆林、延安，击陕西大顺军之背。他们原本是先出征的，但现在却落在了后出征的多铎后边，为此受到了多尔衮的严厉斥责。
迟至年底，他们才率部由山西保德州（今保德）结筏渡黄河，进入陕北地区。此时大顺军正迅速瓦解。降将唐通招抚了河堡营、唐家会下营、黄甫川、清水营、木瓜园、孤山镇、永兴、神木、大柏油堡、柏油堡、葭州（佳县）等处大顺军余部。降将王大业，差人招抚了自响水至宁塞等十一营堡。唯有榆林守将高一功，多年来深得李自成赏识与器重，为报知遇之恩，坚拒抵抗，拒不投降。榆林是陕西重镇，李自成令高一功镇守的目的就是要坚决阻击清军南下的步伐。阿济格、吴三桂眼见一时攻不下，怕误了行期，便于十二月三十日，任命随同出征的大同总兵姜瓖为总督，率领唐通、王大业等将继续围攻榆林，而他们则率主力南下。
唐通这厮是个圆滑之人，不想死卖力气去打，估计死打他也没这等胆量与本事。他给高一功写了一封信，大概意思是说：自己很佩服高将军的为人，也知道大顺军死守榆林，是为了防止清军南下，而如今清军大部队已走，剩下的部队只是想占领榆林而已。我唐通本人其实对这破地方并没啥兴趣，只是如今我换了老板，不比从前给“明朝有限公司”打工那么好混，如今的新单位“大清无限公司”纪律严格的很，我要是不把这破地方攻下，脑袋就得搬家，你高大哥大人有大量，反正你的任务也完成了，不如就把这榆林让给我好了！大家都有得活，岂不好？
高一功接到此信哭笑不得，不过根据侦查来的情况看，清军大部队确实已离开。高一功权衡再三，觉得再死守下去确实没多大意义，不如保存实力，以图日后再战。于是顺治二年正月十四日，高一功部悄悄撤出榆林。
十五日唐通率部进入榆林城。十六日，姜瓖、王大业也率部进入。接着到处招贴安民告示，这老百姓也真好糊弄，数日内，便有不下两万人返回城中。办完这些事儿，唐通奉命赴西安。
阿济格、吴三桂离开米脂，南下绥德，直奔延安。李自成侄儿李锦率部拼死抵御，双方相持不下。正在这紧要关头，高一功率部赶到延安，同李锦合兵一处，坚守延安。清军采取分道进逼战术，大顺军渐渐招架不住，二十多天后，被迫撤出。清军占领延安。在榆林、延安的受阻，也是阿济格进军迟缓的一个原因。
虽然阿济格所部误了进军时间，但他仍然给西安的大顺军造成了腹背之患，由于该路的清军日益逼近，李自成感受到了两路夹击的沉重压力，被迫决定撤离西安。
到二月间，多尔衮才接到阿济格发来的战报：自入边，八战皆捷，攻下陕西州县四城，投降的三十八城，共获白银千两，马三千余匹、骆驼四百余只。
拿下西安后，清廷高层欢呼“大业已成”，即令多铎迅速整装，照原定计划，向江南进军，对南明展开总攻击。征剿大顺军残部的任务交由阿济格完成，指令他务期剿除，以赎从前逗留之咎。
阿济格自知进军缓慢已让多尔衮大怒，此次奉诏不敢怠慢，会同吴三桂等，尾随李自成，紧紧追赶。三月追入河南，李自成拔营南下，奔向湖北，抵襄阳，进驻武昌。
此城本为新封不久的明将宁南侯左良玉的藩地，李自成打到此地时，他恰好率本部人马离城，顺江东下，赴南京“清君侧”。在这个危急的时刻，他的举动让人匪夷所思。这件事其实跟明末著名的奇案“真假太子案”有关。
当大顺军攻入北京时，俘获了明朝的太子，后带往山海关。当大顺军被吴、清联军击败后，这太子就没了下落。一年后，一位自称是太子的少年突然出现在浙江金华，后被当地官府护送至南京。经明朝老臣和太监辨识，有的说是真太子，有说是假太子。这朱由崧原本就很不希望这少年是真太子，要是真的，他就得挪挪屁股把宝贝龙椅让出来。所以他非常支持此少年为假冒太子的说法。因为皇帝开了口，原本持“真太子”说的大臣就不敢再坚持自己的意见。于是少年便被打入天牢，朱由崧在这方面还真有点政治头脑，他下令严刑拷问，一定要让这少年自己承认是假冒的。这个消息很快传到各镇守将那儿，这些人手中都有部队，自然也就多了些政治资本，所以不比南京文官那般唯唯诺诺。一些认定那少年为真太子的将领纷纷向朝廷上疏请求“保全太子，以安臣民之心”，宁南侯左良玉便是其中的领军人物。对于上疏，朱由崧在批答中予以驳斥。左良玉很是不服，此时又碰上马士英裁他的兵饷，这进一步激怒了他。在部属的鼓动下，左良玉发布讨马士英檄文，并率本部人马赴南京“清君侧”。武昌成了一座空城，这让一直逃窜，疲惫不堪的李自成拣了个大便宜。大顺军兵不血刃便占领了全城，并改称此地为瑞符县。
阿济格、吴三桂部追杀到武昌，把城包围了起来。李自成命刘宗敏、田见秀指挥五千步骑兵出战，结果被清军击败。面对占有优势的清军，身心疲惫的大顺军将士无心作战，大量逃亡，不少人降了清。李自成觉得守住武昌已无希望，便弃城一路向东撤退。四月初，清军与吴三桂部，分水陆两路追至兴国州（湖北阳新县）附近的富池口，对大顺军进行偷袭，大顺军伤亡惨重，沿江奔向江西九江。同月下旬，至距九江四十里处安营扎寨。谁知清军很快赶到，大顺军被迫迎战，战斗中清军攻破大顺军老营，大顺军残部被彻底击垮，大批将领或阵亡或被俘，还有的主动降了清军。
阿济格、吴三桂率部自陕西而南，转而沿江东下，一路势如破竹。剿抚并用，歼灭了大顺军主力，收降南明左光先之子左梦庚及其部属达十万余众。缴获军需及其他物资数以万计，可谓取得重大胜利。其中歼灭了大顺军主力，俘获刘宗敏、宋献策等重量级人物，是对大顺政权的沉重打击，这一政权再也无力威胁清廷的存在。
刘宗敏是吴三桂杀父夺妻之大仇人，如今刘宗敏被俘，吴三桂恨不得将他千刀万剐。他原本想自己的这个要求，在阿济格那里应该不难得到同意，但最后阿济格却驳回了他的这个请求。其实刘宗敏终究是要杀的，是一刀弄死，还是千刀万刀折腾死，对于阿济格来说根本就无所谓，他原本也想给吴三桂个面子，把刘宗敏交给他算了，但是转念一想，吴三桂凌迟处死刘宗敏事小，但有必要提醒吴三桂他现在是给清廷打工的高级打工仔，无论打什么人还是杀什么人，都不是为了满足他吴三桂个人的愿望，而是为清廷的利益服务。当然这些话自是不会对吴三桂明说，对于吴三桂这些有着很大利用价值的高级汉奸，还是要讲礼数和策略的。他跟吴三桂说的话很漂亮也很巧妙，冠冕堂皇，无懈可击：“国法规定，不得任意行刑。”
不过为了照顾吴三桂的感受，生怕吴三桂觉得刘宗敏还活在这个世界上，让他每一分，每一秒都觉得难受，行刑很快便执行了，并且由吴三桂亲自担任监斩官，而且阿济格还送了吴三桂一份厚礼，那就是李自成的两位叔父，这两人随同刘宗敏一起被处决。其他被俘的一些重要人物如宋献策和左光先等都降了清。丞相牛金星父子虽然逃脱，但不久也都降了清。其子牛佺后被任命为黄州知府，又升任湖广粮储道。牛金星在清统治下，最终寿终正寝。
大顺政权的最高统治者李自成，在兴国州（湖北阳新县）附近的富池口被清军击溃后，率领残余部队约三万人向西南方撤退。为了迷惑追击清军，李自成大胆决定，部队交由手下指挥，撤往江西，而他自己只率二十八骑直插通山县，计划翻越九宫山到江西，与大部队会合。这个计划虽危险，但也颇高明，只是他的运气实在不好。当他来到通山县九宫山下，路经李家铺河滩时，忽然遭遇小股清军，李自成等边战边逃。最终随从全部战死，李自成孤身一人，单骑逃脱，沿着九宫山迤西一线羊肠山路向江西宁州方向逃去。慌乱中李自成经小源口，误入葫芦造。从九宫山口的李家铺到小源口，约三十五里，再前行七八里，便是长约两里许、两边山势峭壁、中有一线之通的葫芦造。从这条无人迹的沟中走出，面前有一岭，叫牛迹岭。李自成翻过此岭，正赶上大雨滂沱，只好下马，用手牵着马走，步履艰难地一步步登岭。从岭上下来，还要翻越小月山。山下是山里朱寨，是程姓的聚居地。李自成突然出现在山里朱寨墙外，惊动了山下程姓族人。就在这时，源口寨乡勇头目程九百领着一群乡勇，翻过小月山，前来追击李自成。因为到处是崎岖的山路，无法骑马，程九百就与李自成徒步厮杀。两人扭打在一起，滚到泥潭之中，李自成武艺高出一筹，将程九百打翻在地。他骑在程九百身上，想抽刀结果此人，但由于一路厮杀，刀上原就有血渍，加上刀鞘中又灌进了泥水，情急之中，竟怎么也拔不出来。就在这当口，程九百的外甥赶到，举起一把铲，照着李自成头部，便是狠狠一击，一代枭雄就这样死在一个无名小卒手上。
吴三桂自顺治元年十月下旬出征，到下令班师之日已达八个月。以八个月的时间，彻底歼灭大顺军二十余万，他对清廷的贡献无疑是非常大的。他所部行军路途最长，也最艰苦，除了开始阶段进军速度较慢，其后可谓进兵神速，基本上没有给大顺军喘息休整的机会，就彻底打垮了他们。胜利的消息传到北京，满朝振奋。
八月四日，阿济格、吴三桂班师回北京。
八月十日，多尔衮以顺治帝的名义召阿济格、吴三桂及其他出征将领进宫朝见，赐宴于午门内。然后，赏给吴三桂、尚可喜上等朝衣各一袭，骏马各两匹，其余将领包括蒙古各部随征的将领，都赏赐了数量不等的金银衣物。而与此形成鲜明对比的是主帅阿济格，不但没有受到赏赐，反而受到申斥，被议罪，削去王爵，降为郡王，剥夺王爵所属仆众，还罚银五千两。这都是因为他擅自出边，夺取驼马，误了行军时间，而被从严处罚。多尔衮仅仅处罚了阿济格，却对吴三桂、尚可喜不予追究，仍给予赏赐，而跟随多铎出征江南的孔有德、耿仲明各得金一百两，银各一万两，马各两匹，还有貂裘、蟒缎、朝衣各一袭，从这件事，可以看出多尔衮对汉官还是很加以笼络的。
当吴三桂班师回北京时，多铎已在两个多月前消灭了南明弘光政权。朱由崧被俘，各级将官二百余名、马步兵二十三万人归降。短短的七个多月时间，清军南北出击，势如破竹，消灭了大顺及南明政权，可以说清廷已基本控制了全国的局势。在这种情况下，战事将大为减少，无需再频繁调动大量的军队。此时多尔衮考虑到，再让吴三桂等异姓汉王和他们的部队留在北京城内，恐怕不是什么好事，他决定把这些人都打发回关外，各到原先驻防处屯戍。先是命吴三桂还镇锦州，十月，又命恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明两人带部众回盛京（沈阳），尚可喜回故乡海州（辽宁海城市），指示他们各“厉兵秣马，以俟调遣”。
吴三桂为了笼络自己的部下，没忘了向清廷上疏，请求为其部属加官晋爵，准予世袭。原本在追击大顺军至固关返回北京后，他已为自己的部属请过功，而这次自九江班师，命其还镇锦州时，又一次请功邀赏，可谓有些得寸进尺。不过吴三桂很自信，他知道自己有这个资本。在上疏中他很直接地挑明，自己的部将有的官职还不够高，有的官职虽够了，但却还没得到世袭的特权，甚至个别还有遗漏而没有授职。
吴三桂不仅仅是一个好上司，还是一个好儿子。在为自己的部属争取到好前程后，他又开始为自己的父母及亲属发出大声呼吁。他向清廷提出，自己的父亲吴襄、两位母亲（继母）、弟弟吴三辅都被大顺军杀害，应从优给予抚恤。虽然南明曾主动提出给予，但被他义正严词地予以拒绝，现在向清廷提出申请，希望能给予批准。多尔衮很快批示吏部、兵部“详议具奏”。
吴三桂还没有忘记自己的前任老板崇祯，为了表示自己不忘恩于故主，在清廷为拉拢汉人，给崇祯修陵之即，他捐银一千两，以佐助修陵费用。多尔衮知道后，大为褒奖，指示“助工银两，照数察收”。
最后吴三桂又做了一件让别人摸不透的事，那就是向清廷请辞亲王之爵。这爵位原本是他征剿大顺军返京，回镇锦州前，多尔衮以顺治帝的名义给他加封的。亲王爵位原只有爱新觉罗家族中战功卓著者才得以享有，他吴三桂一个汉人得此爵位，虽然辉煌无比，但难免会受到众多满人重臣的妒忌，使他处于众矢之的之境地，并且此次册封如此尊贵的爵位，很难说不是清廷对他的一次试探，所以吴三桂才下定决心，绝不接这个烫手山芋。
吴三桂在请辞“亲王”的奏折中写道：“臣倾心剿寇守关，不过臣子职分。荷蒙圣恩，特授王爵，又复蒙恩加称亲王，万难祗承，伏恳允辞‘亲’字，以安愚分。”多尔衮命各部大臣速议吴三桂的奏折，随后很快同意了吴三桂辞去亲王爵位的请求。清廷的举动恰好证明了原本就并非真心想给吴三桂这个爵位，本来册封，就是试探其是否忠心之举。吴三桂的果断再次证明了他在政治上的敏感，也为他赢得了清廷的进一步信任。此人确实是人精。
山海关外，辽河两岸，昔日曾是明清殊死较量的血腥战场，而在清入关后，这里留下一座座空城、废堡，一片凄凉之景。时隔两年多，吴三桂带着众多部属与家眷又回到了这片亲切的家乡。景色虽凄凉，但吴三桂的血却是热的，他对着荒野大喊：“我吴三桂又回来了！这里仍然是老子的地盘！”是啊，他吴三桂又回来了，他不是个有野心的人，他毕生的梦想就是做这片地界的土皇帝，生命不受威胁，自己的脑袋自己决定，痛痛快快地度过一生。如今他又回来了，再也不必奔波，再无跋涉之苦，再也不用把脑袋别在裤腰带上拼死搏杀。此时吴三桂内心是满足的，是安宁的，如果可以，他希望永远都这样下去。
这一年他三十二岁。