谈了这么多北方的事儿，再来谈谈南方。
自打公元一四二一年明成祖朱棣迁都北京以来，明朝就有了两个首都。南京不再履行首都之责，虽无首都之实，但却继续享有首都之名，并且原有的组织架构都被很完善地保留了下来，从迁都到明朝最后灭亡，两百多年来一直如此。也就是说，只要皇帝愿意，南京作为首都随时可以运转起来。要不明朝的官吏老是自称我大明两京一十三省如何如何呢。
一六四四年三月十九日那天，北京城被大顺军攻破，但此时南京却没有得到一点消息，官吏百姓仍一如既往地过着平静日子。到二十九日左右，开始有传言说北京已陷落，南京的官吏对于这个惊天的消息不知该如何应对，原本想的是，既然此事无法确认，那只能是以不变应万变，但后出于谨慎和恐惧，南京方面开始实行戒严。以南京兵部尚书史可法、户部尚书高弘图等人为首的大臣聚在一起商议后，觉得老是这样坐等下去也实在是太被动，并且若是北京真的被攻破，南京方面什么也不做，似乎对天下不大好交代，于是便发布公告，号召天下臣民起义勤王，捐献资财，佐助国家讨伐农民起义军。当然这仅仅是表面文章，南京方面在军事上并无实际动作。
四月十二日起，陆陆续续有在北京陷落时幸存的京官逃难到南京，此时北京陷落、崇祯皇帝已上吊自杀的消息才最终被确认。虽然在内心中已有所准备，但当这个可怕的消息最终被确认时，百官仍是感到无比的震惊与不寒而栗，难道真的要亡国了吗？他们本能地意识到，国不可一日无君，此时大明朝最需要的就是拥立新君，稳住局势。
此时崇祯的几个儿子都在李自成手上，生死不明，自是无法迎立。好在有几位宗室子弟已趁乱逃出，作为近支，具有王爵，较有资格继承王位的有潞王朱常淓、福王朱由崧。此时这两位王爷已安全抵达江苏淮安，淮扬巡抚路振飞将二人妥善安置。潞王朱常淓是隆庆穆宗帝之孙、简王朱翊镠之子、万历神宗帝的侄儿。而福王朱由崧是万历神宗的孙子、老福王的世子。从虚伪的封建道德来讲，做皇帝的自是该有几分贤德，潞王名声不错，一直有贤王的美称，从这一点上看似乎他继承大统比较合适，他是南京诸多大臣内心中理想的人选。但是有一个人却对他不甚满意，此人便是朝廷中的实力派人物，握有重兵的兵部侍郎兼右佥都御史、凤阳总兵马士英。
马士英颇有政治野心，他很明白绝大多数同僚都是要拥立潞王的，他如果也一起烧这个热灶的话，那他在新皇帝心中便没有什么特别的印象，新皇帝会认为自己这个皇位是天经地义得来的，不会感激任何人。所以他马士英要烧冷灶，拥立一个弱势君王，这才符合他的利益。而在他的心中，福王朱由崧才是理想的人选，福王和他父亲一样，名声极坏，在藩地时，便荒淫不法，早有恶名。别说其他人，就是宗室内部也有不少人厌恶他们。崇祯十五年（1641年）福王的封地被大顺军攻破，他那肥猪般体型的父亲，让大顺军的弟兄们给煮了吃了。他因为体型相对轻盈些，跑的快，总算保住了一条小命。这些年他是带着家眷东躲西藏，最后连老娘都给弄丢了，犹如丧家之犬一般，最后逃到淮安的时候，身边只剩下几名内侍。此人要才无才，要胆没胆，就连他自己，对自己的政治生命都未敢抱有任何奢望，到了淮安后，只是庆幸终于安全啦，又可以过上体面舒适的王族生活。
马士英提议福王继承大统的理由倒也不算牵强，因为福王和刚死的崇祯皇帝在礼法上来说关系更近一些。礼法在封建时代可是一个很重要的东西，所以他的提议并不容易被推翻。当时在南京还有一个人，是完全有实力有资历能与这个马士英抗衡的，此人便是参赞机务兵部尚书史可法。但碰巧此时他不在南京，而在浦口督师勤王，兵部侍郎吕大器、都御史张慎言、詹事姜曰广等人联名给史可法上书，明确表示反对立福王。指出此人有“七不可立”：不孝、虐待下属、擅权干预政务、不读书、贪鄙、淫乱、酗酒，可谓五毒俱全！他们一致认为潞王贤明，可承大统。史可法赞同他们的意见，说：“非英主不足以定乱！”
历史总是那么有趣，翻翻史书，很多人会沮丧地发现，似乎卑鄙、无耻战胜光明、磊落的概率总是大的多。我们一次又一次地叹息，但历史却从来无法改变。
无耻者固然无耻，但他们的工作效率确实很高。马士英抢先秘密派人前往淮安，向福王传递他的拥戴之意。而淮扬巡抚路振飞又是马士英的人，在马士英的授意下，他迅速为福王备舟急速赶往南京。同时马士英致书史可法、吕大器等人，反对立潞王，称绝不可坏了祖宗礼法，并说福王的恶名俱是谣传，不可轻信，而据他了解，论贤能，没有一个宗室能比得上福王。
刀把子上出政权，马士英很明白这个道理。他用重金贿赂了操江诚意伯刘孔昭，及总兵刘良佐、黄得功、高杰、刘泽清等手握重兵的将领，让这几个人派重兵护送福王至江苏仪征，准备伺机进入南京。然后他又以时势紧迫，拥立新君王不可久拖不决为由，召集众臣商议。两派商议时火药味极浓，从早晨一直争到中午，还是没议出个结果，马士英党羽给事中李沾发狠道：“今日有异议者，以死处之！”而其余党羽则集中火力围攻谩骂吕大器，称其妖言惑众，罪可当诛。因此时南京城兵权全部被马士英所掌握，所以吕大器觉得李沾所喊杀人之话，恐怕并非妄语。吕大器暗想好汉不吃眼前亏，三十六计走为上。没有与马士英等人再继续理论下去，扭头便走，其余反立福王一派的官员见领头的吕大器如此，也纷纷效仿。虽然未能逼迫吕大器等人同意自己的主张，但反福王一派的集体沉默，对于马士英来说已经足够了。他张罗属下，开始准备福王登基庆典的事情，同时为了防止史可法杀回南京，他再次加强了南京城的戒严与防御。
吕大器回府后，当即修书一封，派得力属下化装后将信带出城，送往史可法处。看到吕大器的信，史可法大惊，他感到很棘手，此时若是要挫败马士英，唯一有效的办法就是与马士英兵戎相见，他并不怕见血，但此时京城及北方众多江山已丢，现在若是内讧，这大明恐怕是真的要保不住了，这是他非常不愿意看到的。同时他想到了更深一个层次，福王或是登基后的新皇帝并不可怕，这新皇帝只是光杆皇帝，起不到什么真正的作用，真正的心腹之患是马士英，即使此次登基的不是福王而是潞王，他们仍然要面临这样一个对手，所以为了究竟让何人登基这个问题与马士英打内战，显然并不值得。史可法想了一夜，给吕大器回了信，让来人一清早便火速带回南京城。
没了史可法等人的反对，马士英办起事来更为畅快。他很快便派礼部官员前往仪征迎接福王，崇祯十七年五月十五日（1643年）福王朱由崧在南京即帝位，以次年为弘光元年。
朱由崧即位后，封赏百官。以史可法、马士英为兵部尚书、高弘图为礼部尚书，同时这三人还被封为东阁大学士。其他各官也都有封赏，张慎言为吏部尚书，黄得功为靖南侯、左良玉为宁南侯、高杰为兴平伯、刘泽清为东平伯、刘良佐为广昌伯。
史可法是办实事的人，对封赏没什么兴趣，他提出，应分长江以北地区为四镇：刘泽清辖淮海，驻于淮北，掌管山东一带军事。高杰辖徐州、泗州（安徽泗县），驻于泗州，经略山东、河南开州、归德地区的军事。刘良佐辖凤阳、寿州，驻于临淮（安徽凤阳东、淮河南岸），掌管河南陈州、杞县一带军事。黄得功据滁州、和州，驻于庐州（安徽合肥），掌管光州、固始地区的军事。各镇设额兵三万，所需额粮钱，由各镇自行征取。各辖区军民，州县各官均受本镇节制。设督师一人驻扬州，节制四镇。这四镇大都与大顺军所占地区接壤，设置的目的是想以四镇阻挡大顺军南下，并以此作中兴计。史可法说得很清楚：“国家设四藩于江北，非为江左偏安计也，将欲立定根基，养成气力，北则为恢复神京之计，西则为澄清关、陕之图，一举而遂归全盛耳。”
闹腾完了，这南明小朝廷好歹是有些稳定的气氛了。这朱由崧虽是酒囊饭袋，但人际关系方面倒是拎得清，会做人，会来事。马士英拥戴有功，自然得大赏。圣旨是这么写的：马士英保障东南，肤功更著，着加太子太保，荫一子锦衣卫指挥佥事世袭。
众大臣都知道，马士英从来就不是省油的灯，成事不足，败事有余，所以大家都希望他出外督师，而让史可法留在南京，主持大政。这马士英可是把权力看的比命都重的主儿，他怎么可能同意离开南京这个权力中枢呢？他对史可法假称：您的威名早已远扬，军士们对您是钦佩有加，您若是经营于外，而我居中，各尽其才，各尽其用，岂不更好。这等屁话，史可法当然听的出意思，作为一个忠臣，他无心玩权力斗争的把戏，他明白马士英是铁了心要留在南京，自己要是留下不走，虽马士英也不能把他怎样，但这军务大事就没人管了，这对朝廷是很不利的，他史可法是真真正正想为朝廷做事的人，离开南京这个是非地，也许反而能放手大干一场，所以他坦然地对马士英讲：“居者守，行者御，莫能偏废，敢辞难乎！”
第二天史可法就向朱由崧提出到扬州督师，南京士民听说史可法要出镇扬州，舆论一片哗然，惊呼：“为何夺我史公？”太学士陈方策等人上疏：“淮扬，门户也；京师，堂奥也。门户有人而堂奥无人，这能行吗？”这些浅显的道理，朱由崧不可能不知道，但他更看重的是自己肥屁股下的那把龙椅，他很清楚自己这个皇位是怎么得来的，他要坐稳这个位置必须要靠马士英，所以他坚拒了舆请，下达旨意：“辅臣可法，身系安危，朝廷鉴知已悉。”批准史可法去扬州督师，特加太子太保衔，令百官至郊外饯行。
朱由崧知道马士英虽然势力大，但目前在朝廷中还没有实力做到一手遮天，所以这位万岁爷，刚即位时还能做到夹着尾巴做人。即位一个多月来说话谦和，处事谨慎，待人平和，拘节守礼。在忠臣们的指引下，算是能选贤任能，部署好军事，判定施政措施，并宣布实行“国政二十五款”，一时间南明小朝廷竟颇有一些维新的气象。一些人甚至开始对“中兴”大业燃起希望。
但再美好的愿望毕竟也只是愿望，弘光政权自成立之日起，就已重开党争，党同伐异，且愈演愈烈。以马士英为首，结党营私，排斥异己。他起用崇祯钦定的“逆案”（指魏忠贤案）中在册的人物阮大铖，进而加剧了内斗。正直的大臣大学士张慎言、高弘图、吕大器、姜曰广等先后被排挤出朝廷，史可法在外督师，也备受孤立。马士英操纵朝政，浊乱国是。朱由崧登基时间一长，见制约他的因素越来越少，便原形毕露，深居禁中，惟渔幼女，饮火酒，杂伶官演戏为乐。而后又大兴土木，修兴宁宫，建慈禧殿，靡费大量资金，开宴、赏赐无度，使国库匮乏，朝政浊乱。
自作孽不可活，这腐败也得有腐败的本钱，最起码你得维系自己的政权不倒，但弘光政权在军事上也是举足失措。嘴上天天在讲“讨贼”、喊“中兴”，报君父之仇，把主要危险看作是李自成、张献忠等农民军。但现在对他们威胁最大的已经是清廷，而他们对此却浑然无知。农民军已被吴、清联军击败，退到陕西后，早已是自身难保，而清军已占据北京及其畿辅地区，此时正准备南下。南明朝廷竟然天真地认为，清既能杀贼，即是为我复仇。予以义名，因其顺势，先国仇之大而特宥其前辜，借兵力之强而尽歼其丑类，亦今日不得不然之着数也。他们糊涂到把清军入京看成是帮明朝复仇的友好举动，且准备继续借用清兵全歼农民军，真是荒唐至极。
吴三桂真是吃香，他现在不仅仅是清廷的红人，就连南明统治集团也将他看成是香饽饽。当陆续得到吴三桂击败农民军的消息时，整个南明是举国欢庆。太仆少卿万元吉盛赞吴三桂“惟凭忠义，当闯百万，遂能屡挫贼锋，凯奏收京，功成勒鼎”。南明群臣已将他捧到与唐朝中兴名将郭子仪、李光弼同等的地位。甚至还有些弱智大臣狂言：“吴三桂克复神京，功在唐郭、李之上！”你说可笑不可笑？！
当马士英向朱由崧奏报吴三桂大败农民军的消息时，朱由崧大夸“三桂倡义讨贼，雪耻除凶，功在社稷”。这时整个南明小朝廷都得了集体狂想症，他们天真地以为，有吴三桂及清军的援助，大明朝很快就可还都北京了。大臣们纷纷建议早日同吴同三桂取得联系，并派兵进至黄河一带，好与吴三桂成“犄角”之势，彻底消灭农民军。为了让吴三桂来点劲，马士英更是建议应速给此等忠勇功臣加官晋爵。五月二十八日，朱由崧赐封吴三桂为蓟国公，子孙世袭，加赐坐蟒滚纻丝八表里、银二百两，户部发银五万两、漕米十万石，责令沈廷扬负责，自海道运送给吴三桂。其他有功将士，由吴三桂开列名单，以便给予升赏。
因为清军打了农民军，所以南明弘光政权便一厢情愿地认定此为一支扶危济困的“义师”。为了表达本朝的感激之情，弘光政权打算派一个代表团前往北京。一来向清军表达感谢之意，二来把勅书与封赏交给吴三桂，好让他感受到南明的温暖与鼓励，以使他更好地为南明效忠。
此次北上代表团由三人组成，左懋第为正使，马绍愉、陈洪范为副使。为了表示重视，特加左懋第兵部右侍郎、兼都察院右佥都御史衔，马绍愉加太仆寺少卿衔，陈洪范加太子太傅左都督衔。同时出于安全保卫方面的考虑，派出锦衣卫祖泽溥等作为随员同行。七月六日，朱由崧召见代表团成员，尚书顾锡畴起草的《恭拟祭告陵园文》、《祭告大行皇帝后文》、《吴三桂封爵制书》、《勒谕铁券》、《黎玉田、高起潜勅命》、《谕宣北京人民》、《谕宣彝御书》等七个文件，经朱由崧审阅后，交付左懋第等携带北上。
此番出使，经众大臣廷议，确定了议和的方针。朱由崧授权使团如下使命：在天寿山特立园陵，为崇祯改葬，与清议和，可割山海关外地，每年给钱十万为限，往来国书按古称“可汗”，通使礼仪，宜遵“会典”，不得屈膝，以致辱命。
七月十八日，使团携带黄金一千两，白银十万两，蟒缎、里绢万匹，离开南京前往北京。
使团刚走，总兵刘泽清又上奏请求追封吴三桂父亲吴襄，好使吴三桂感恩于南明。刘孔昭也上奏：“吴三桂父子效忠，宜加殊礼。”随即朱由崧追封吴襄为辽国公，谥忠壮，吴三桂继母祖氏为辽国夫人。
七月底，使团途经东平伯刘泽清驻地。刘泽清给吴三桂写了一封信，托使团转呈。信的主要意见是要吴三桂努力促进明与清的议和，建议吴三桂“何妨劻勷两国而灭闯”，为两个政权共同效力，消灭李自成的大顺政权。八月一日，使团准备渡淮河，陈洪范、马绍愉也分别致书吴三桂。
陈洪范、马绍愉之所以给吴三桂写信，是因为这两家与吴家多年来一直有往来，而吴三桂“大义灭亲”，赶走李自成，“光复”北京之举，为他在士大夫阶层赢得“美誉”，很多人看到了他身上潜藏的巨大价值。在乱世之中，谁都渴望这样一个实力派人物能成为自己的靠山与保护伞，凡是早先与吴家多少有些沾亲带故的人，无不想与吴三桂建立起某种联系。陈洪范、马绍愉在信中不遗余力地狂吹吴三桂，同时告知南明对他及其父母的封赐，是要借重吴三桂在清廷中的地位，从中予以斡旋，完成“和好大业”。
为了让吴三桂早些得到消息，以便他见机行事，八月中旬，使团渡过黄河后，便差随行官员曹应试先行，向清天津总督骆养性通报。使团希望能在临清（山东仍名）暂住，由天津方面派兵迎护。清廷接到骆养性奏报后，同意了南明使团的请求。
九月下旬，南明使团行至河北沧州时得到消息，吴三桂被清廷改封“平西王”。事情突然，使团几个主要成员商议后，决定派人携带册命与他们的私人书信先期赶到北京，转交吴三桂，并说明使团此行之目的。吴三桂接到册书后，不启封，直接呈交给清摄政王多尔衮。多尔衮打开赐封吴三桂蓟国公册命，内有“永镇燕京，东通建州”的话，这些内容激怒了多尔衮，他原本想拒绝南明使臣进京。但众臣商议后认为，南明既以理来，应令使臣入京传见。多尔衮怒火渐冷后想了想，觉得让这些人进北京也没什么威胁，不如让他们进来，看看到底搞什么把戏，于是便同意了大臣们的意见。二十六日，使团至天津静海，清总督骆养性亲自会见使团，传多尔衮之令，使团只准带百人进京，其余皆安置此地待命。
九月二十九日，南明使团行至河西务，听说明日清顺治帝将行登基大典。使团觉得此时赶路不宜，遂决定先暂住下来。
十月十日，清派礼部官员迎至张家湾。而此时吴三桂也派心腹带来消息，吴三桂说：“清朝法令甚严，恐致嫌疑，不敢出见。”还表示：对南明“终身不忍一矢相加遗”。前两句自然是套话，最后一句才是关键，吴三桂说：“时势至此，夫复何言？惟有闭门束甲，以俟后命耳。”他谢绝了朱由崧的一切赏赐。听了来人转达的吴三桂意思，使团主要成员顿时傻了眼，他们，或者说整个南明统治阶层，原来一切的美好愿望都破灭了。
十月十二日，南明使团从正阳门进入北京城。小歇了三天，清内秘书院与户部官员到使团驻地拜访，南明使团成员询问什么时候可以晋见多尔衮，清官员面露难色，原来他们此行领受的任务竟然是来收取使团带来的礼物。使团成员掩饰不住脸上的惊愕之色，心中暗想怎么连最基本的礼节都不懂，上来就要钱，这些鞑子真是没教养。陈洪范长叹了一口气道：“银币是送给你们清廷的，即刻收去。先将白银十万两、金一千两、蟒缎二千六百匹付给，其余陆续运到。”
虽然先前吴三桂已表明了态度，但使团还是不甘心，所以在到达京城的第二天就通过各种关系与吴三桂联络，但吴三桂是铁了心对南明使臣谁也不见，也不拜迎朱由崧诏书。使团所携带赏给吴三桂的白银一万两、缎二千匹，也一直无法当面交付给他。这次来收礼物的清官员，一看还有剩余银缎，便急不可耐地询问，这些东西是作甚的？陈洪范苦笑着说：“这银一万两，缎二千匹，是赏给吴三桂的。只是我们一直无法见到他，既然你们是奉旨来接收我们的礼物，这些你们便一并收了去吧，请务必转交给你们的‘平西王’”。清官员一听，竟都乐得抚掌，扛起来就走。正使左懋第见这等情形，忧虑地问陈洪范，这些财物，这些人真的会交给吴三桂吗？陈洪范有气无力地答道：“左大人难道还没有看出来吗？我等这次前来，只怕是不会有任何收获，这些财物带回去又落不到我等自己的囊中，弄不好还得落个没办好差的罪名，现在交给这些人，也就等于交给了清廷。他吴三桂如今已是清廷的‘平西王’，我等如此这般做，也就意味着完成了使命，何乐而不为呢？”听了陈洪范的话，左懋第竟然由忧转喜，连连点头称是，两人相视，会心笑了起来。
南明使团又在北京待了五六天，而吴三桂则奉命同英亲王阿济格出征陕西去了。南明苦心笼络吴三桂的目的终究是落空了，妄想着同清议和，划界为守，也没有达到目的。多尔衮始终没有见使团，只是派内院大学士刚林及其属下官员出面交涉，最后还是断然拒绝了南明的议和要求。甚至使团提出的致祭崇祯、重新埋葬的这点人道主义要求，也被拒绝。到了十月二十六日，刚林更是不客气地向使团下达逐客令：“你们明早即行！我已遣兵将，押送至济宁。”同时还宣布：“你们回去通告，我们即将发兵南下！”
次日，南明使团怀着屈辱、沮丧的心情离开北京南返。十一月四日，行至沧州，忽见一清将率四五十名骑兵追来，将左懋第、马绍愉等人扣留，带回北京，只允许陈洪范一人回江南。原来此变化竟是陈洪范引起，这鸟人去了趟北京，眼见着清军兵强马壮，再想想南明之腐朽没落，心里掂量一番，觉着还是干脆降了清合算。于是便暗中给多尔衮写了一封信，表示愿衷心降清，要求清廷把左懋第，马绍愉二人扣留，而让他回南京，可招徕刘泽清诸将，把江南献给清朝。多尔衮接到此信，心中大喜，觉着这买卖合算，特派詹霸等人追赶，至沧州才追上，向陈洪范密传多尔衮的指令——“勉其加意筹划，成功之日，以世爵酬之。”作为使团一把手的左懋第还是有些骨气的，宁死不屈，拒绝降清，慷慨就义。副使马绍愉率所从将士剃发投降。