一六四五年六月，多铎瓦解了南京的福王朝廷，即弘光政权。其朝廷之中的官员苏观生、郑鸿达等人保护着唐王聿键进入福建，依附在郑鸿达的哥哥郑芝龙之下，并于一六四五年闰六月，也就是鲁王监国的同一时刻，称帝于福州。建元隆武。
郑芝龙是福建人，父亲做过泉州库吏。蔡善继做泉州太守时，府治后衙与州库仅隔一街，相距很近。郑芝龙十岁时，戏投石子，误中了蔡善继的额头。蔡善继把他抓住，本想治治他，但见他的姿容秀丽，认为他将来必成大富大贵之人，便笑着对郑芝龙说：“俗话说刑不上大夫，法不治贵人。”然后将他放了。
几年之后，郑芝龙与其弟芝虎流入海岛颜振泉党中为盗。由于郑芝龙聪明伶俐，对海盗之事立刻了如指掌，其见识也常常超过一般海盗。后来颜振泉死了，海盗群龙无首，郑芝龙便被海盗推为头领。
郑芝龙做了盗首之后，使海盗的力量迅速加强。纵横海上，所向披靡，官兵也拿他没有办法。
福建巡抚熊文灿便设法招仪，后来，郑芝龙便降到熊文灿门下。崇祯年间，郑芝龙管领东南海上商船。凡商船非得郑氏令旗，不能在海上来往。而要取得令旗，每船须交纳三千金。于是，郑芝龙成为富盖一方的大富豪。
郑鸿达将唐王聿键引至他的门下，本是想靠他的财力做成反清复明的大业。郑芝龙起初也是这么想，觉得如果能帮助隆武帝收复大明江山，自己便是有功之臣，功名利禄自然不愁。
然而，就在一六四六年八月，洪承畴奉旨招抚各地官员时，来到了福州。洪承畴约郑芝龙密谈，郑芝龙依言而去。
洪承畴问郑芝龙：“你不惜花费钱财助唐王反清复明，是为了什么？”
郑芝龙说：“自然是为了功名利禄！”
洪承畴说：“俗话说，识时务者为俊杰，老朱家气数已尽，你若勉强为之，是逆天意而行。你一事无成不说，还会血本无归。”
郑芝龙想这一年来，自己花钱确实不少，但响应唐王反清复明之士并不多，大多数人都投到鲁王门下了。因此觉得洪承畴的话确有几分道理，却又不甘心如此放弃，便对洪承畴说：“你所说的话确实没错！但如果我继续扶持反清复明大业，还可望有成。然而我若现在放弃，那我以前的钱全白花了。”
洪承畴一听，便知郑芝龙在与自己讨价还价。心里一合计，便有了主意，笑对他说：“你若投诚于我，我有皇上的尚方宝剑，可保你既不亏血本，还能得功名！”
郑芝龙一听，心想：助唐王反清复明是为了功名，投降洪承畴也是为了功名，权衡二者，还是投降洪承畴容易些，而且自己不吃什么亏，郑芝龙便答应了。
郑芝龙答应降清之事，被其子郑成功得知。郑成功觉得父亲为一己之私利，而置国家民族大业于不顾，是大逆不道。他当时便去质问父亲，问他为何投降清兵？父子俩进行了针锋相对的谈话。
郑成功说：“父亲若为财富与功名而投降洪承畴，必落千古骂名！”
郑芝龙说：“若为了不背骂名，而让我损失财富与功名，我是死也不干！”
郑成功说：“父亲，你怎么如此糊涂？”
郑芝龙骂道：“逆子！到底是谁糊涂？背不背个骂名有何关系？从来没有听说有人被骂死的！现在有人骂我，我可以装作没听见，将来有人骂我，我更听不见！”
郑成功说：“父亲是会听不见的，可你的子孙会听见的。”
郑芝龙说：“天下非朱家一人之天下！朱家能得之，别人也能得之！现在朱家的气数已尽，别人取而代之，为何不可？”
郑成功说：“父亲既有现在，又何必当初？”
郑芝龙说：“为父当初助唐王帝业是为了保住郑家之家业，现在降清也是为了保住郑家之家业，为父没有错！”
郑成功见无法劝父亲回心转意，心里极为悲伤，只得闷闷不乐离开父亲。想起自己即将与父亲分道扬镳，心里更加不是个滋味。然而，他实在不能舍弃隆武帝。这不仅是因为他有反清复明的志向，更是因为隆武帝对自己有知遇之恩。
原来郑成功本名郑森材，生于日本平户，母亲是平户土人之女田川氏。郑成功十五岁时，其父郑芝龙召他回国，到南京补弟子员。而当唐王聿键在福州称帝，建元隆武之时，郑芝龙便遣郑成功入见隆武帝。
郑成功依父亲之言前去拜见隆武帝。
隆武帝一见郑成功，便为成功相貌之伟岸，气质之轩昂，头脑之灵巧所折服，认为他是天下奇才，便赐郑成功姓朱，改森材为成功，并拜为中军都督。
郑成功感激涕零，表示要誓死帮隆武帝完成反清复明之大业。
现在，父亲劝他降清，他如何能够背弃信义，做苟且之人？郑成功自幼刚强信义，他宁愿背个不孝之名，也不愿负个不忠之罪。
郑成功想到此处，便又找到父亲郑芝龙，向其陈述其中利害关系。郑芝龙听不进郑成功的意见，反骂郑成功是不孝逆子。
郑成功见他回转无望，便对父亲说：“我若听你之言而降清妖，是对君主不忠；我若效忠明室保卫君主势必与你对立是不孝，如今对我来说，忠孝难两全。我思之，忠君为大，孝父次之，与其两者难全，不如弃其一而为之。我将与父断绝父子关系，一则可解我不孝之罪，二则可洗父以后有逆子之名。”说着，便跪下去，向父亲行了叩头之礼，然后起身离父郑芝龙而去。
郑芝龙见儿子郑成功与自己断绝父子关系，心里再无后顾之忧，便下令撤除对大清兵的一切防御。即使像福建与浙江境上的要道，称作仙霞关的地方，也无一人驻守。
隆武帝得知郑芝龙降清之后，心里乱了方寸。他是倚仗郑芝龙之力才称帝的。如今郑芝龙降清，他便失去了倚仗。作为一个光杆皇帝，他觉得来日无多，终日以泪洗面。
郑成功得知此事，便朝见皇上，并安慰他。
皇上难以相信，说：“你父已降清，你岂能负不孝之名而为朕？”
郑成功便哭着将自己如何与父亲断绝父子关系的过程说了出来。
皇上听了，大受感动，认为郑成功是普天之下最难得的忠义之士。虽与父断绝关系，是为不孝，实则是大孝。皇上感其忠义，便封他为忠孝伯。
后来，清朝贝勒博洛率军前去进攻福州，清兵如入无人之境，长驱直入，一路攻到福州。
隆武帝得知此消息，便由众大臣护逃到建宁，本打算进入湖南倚仗当时已举起反清复明之旗的何腾蛟。但是，天不遂人愿，一六四六年秋，隆武帝在延平被清兵所捉，回到福州被害。
郑成功得知此消息，悲痛欲绝。此后，他与其友陈辉、张进、施显、陈羁、洪旭等以及九十余部下乘船入海，至南澳募兵，得数千人。
一六四七年，即顺治四年，归到鼓浪屿，设高皇帝之位于岛上，与大家一起对着高皇帝的神位发誓，要誓死效忠明室。