温峤听说陶侃要来了，赶紧和庾亮商量第二天的欢迎仪式。这时外边都传说庾亮逼反苏峻，危害朝廷，是国家罪人；又对不住陶侃，与陶侃有私仇。国恨私仇加在一块儿，陶侃又统兵前来，完全有理由直接砍了庾亮。庾亮听了，不但不敢去码头接陶侃，反而要逃出浔阳。
温峤道：“陶侃既然肯发兵来救国家，一定是把和您的私仇扔到一边去了，决不会找你报仇。你要是离开，反会使你们两个的矛盾越来越深。放心吧，有我在，他不会把你怎样。”庾亮这才放弃跑路的想法，但一晚上翻来覆去，没有睡着。第二天早上醒来，和温峤到了码头上，见陶侃从船上下来，上前去一个劲地行礼。
陶侃见了冷笑道：”哎哟，我可当不起您这一拜啊。”庾亮羞得满面通红，忙说自己以前错了，不该小心眼，您大人有大量。
陶侃又狠狠道：“你不是修葺石头城防备老子么？怎么现在又要我发兵了。”
“那是防备苏峻，决不是防您啊。”说到这里，庾亮都快哭了。
温峤为两个人劝解道：“陶公心胸很开阔，不过是和庾相开个玩笑。庾相何必当真。”
经温峤劝解，气氛缓了下来，三个人来到城中，设坛盟誓，共推陶侃为盟主，领兵四万，顺江而下。
会稽内史王舒、吴兴太守虞潭等人，也在东南响应起兵；山东的兖州刺史郗鉴则率兵从北向南进击。陶侃见到三人派来的使者，便命郗鉴为都督扬州八郡诸军事，王舒为监督浙东诸军事，虞潭为监督浙西诸军事。
苏峻听说三路人马向自己杀来，召开军事会议商量对策。参军贾宁道：“其他几路人马都不足为虑，只有陶侃的西军很厉害。从前王濬灭吴，王敦逼京，都是因为没有守住石头城，将军可以带着皇帝固守石头城。”
苏峻遂派张健出讨三路人马；派陆晔、匡术留守南京城；自己带着成帝和百官迁入石头城。
陶侃带兵来到石头城下，见苏峻已经把守住江岸的关键要害，防备十分严密，叹一声好个苏峻。在江中的一处沙洲上立下水寨。
苏峻的军队在岸上，但见有陶军船舰靠近，则用火炬和弩箭攻击。陶侃的船只只能远远离开。
将士们都力请上岸一战，温峤道：“我军擅长水战，而贼兵惯于步战，不可轻战，有上岸者死！”
庾亮见淮口并没有多少兵，认为自己打了许多败仗，这回该是打一个胜仗露露脸的时候了，便要率军上岸。督护王彰道：“有军令：‘上岸者死。’您不要让陶将军为难啊。”
庾亮道：“那是给众将士的命令，不是给我的命令。现在淮口也就一二百人，我率千人去攻击，一定能胜，岂能坐失战机？”
王彰道：“淮口是要害之地，看上去是一二百人防守，我想不会这么简单吧。您要当心有埋伏。”
庾亮嘲笑他：“亏你还是一员战将，竟然如此胆怯？”
王彰听他这么说，也没什么话可讲了，只好随庾亮带了一千人乘船去攻淮口。岸上一百多人很快就被打散，庾亮带兵冲上岸来，直追了两里多地，杀得真叫痛快。庾亮仰天大笑：“伏兵何在？”话刚说完，只听一阵梆子响，前面箭如飞蝗，登时有上百人被射倒。张曜率伏兵冲出。庾亮急忙带兵后撤，回去再检点人数，少了两百多人。因为自己没本事，两百多人或死或伤，庾亮作为该事件的主要责任人回来向陶侃投案自首。
陶侃大手一挥：“算啦，算啦。下不为例。”正好陶侃在开军事会议，便让庾亮也坐下来学习学习。
大家正在讨论是不是该在驻水军的沙州之外，筑好营垒，这样可以更好地储备物资，并可攻可守。
部将李根建言：“现在这个沙洲靠东南方向，与敌方太远，又处下游。不如在西北方向的另一处叫做白石的沙洲筑垒。白石地势险，易守难攻，又离对方比较近。攻可出其不易，守可以一当百。”
陶侃道：“白石距离敌人太近，如果在那里筑垒，敌人一定来骚扰，恐怕不能建成。”
李根道：“我们可在上游，把木料、石料和沙土等所有原料都准备好，等深夜时一齐运上白石，一晚上的工夫就能造成。”
陶侃当即调拨五千兵丁交给李根，李根果然用一夜的工夫就造好营垒。庾亮这回调请守垒，要将功补过。陶侃便给他两千精兵。
苏峻早晨睡起来，照例登城巡视，突然见对面立起来一座大碉堡，吓了一跳。一打听才知道是陶侃连夜建起来的。
这个地方的战略位置太重要了，必须拔掉。苏峻亲自带一万人去攻，庾亮这一回身先士卒，站在垒上指挥。苏峻几次猛攻都被击退。温峤命王愆期率一百艘船，五千名兵去援，却正好碰上东北风，船被吹得倒退，苏峻于是派人向王愆期的军队射箭，正好箭顺东风，射得又远又狠，王愆期损伤不少，又逆风难行，只好退回营中。
眼看白石垒已成孤军，陶侃要亲自率军出战，温峤道：“你是主帅，不可轻易冒险，还是我来吧。”
这时大将毛宝运粮回来，正好请命，带兵去援，一直杀到北岸，与刚刚赶来的许柳、祖涣部队遇上，双方混战，毛宝被流箭射中，那箭贯穿大腿，钉到马鞍之上。毛宝把侍卫叫来，让那人踏住马鞍，双手拔箭而出，只见鲜血流得满腿满靴都是。毛宝随便包扎一下，仍带兵前冲。众士兵见了，一齐奋发向前，许柳与祖涣抵挡不住，大败而退。
这边苏峻见许柳与祖涣败退，急忙带兵去救。毛宝见解了白石垒的围，也不恋战。双方各自退兵。第二天，又来争白石垒。这样一直打了四五个月，温峤军中的粮草渐渐耗尽，便向陶侃借粮。陶侃见打了好长时间也没什么进展，不由埋怨道：“当初你说得好好的，说粮草不是问题，要多少有多少。军中也不乏擅战的良将，只要东下，无往而不利。现在，粮草你没有了，良将我看也没几个。我的荆州与北方的胡国、南方的蜀国接壤，随时都有被进攻的危险。既然你说没粮草了，那咱们就都回去吧，等下次再来！”
温峤道：“现在苏峻说不定也支持不住了，你要是撤退，岂不是功败垂成？况且现在天子在苏峻手里，正是你我报效朝廷的时候。如果胜了，你就是拯救国家的大功臣。你怎么能回去呢？再说了，现在是骑虎之势，你想下来也不容易。如果你退兵，苏峻坐大，难保下一个对付的不是你。”
陶侃被温峤说得十分惭愧，借给温峤五万石米，忽听石头城中有击鼓集合队伍的声音。陶侃道：“这苏峻又来攻白石垒了。”
孔坦道：“苏峻要攻白石垒，一定要等东北风。这样他们在上风向，我们水军难以救援，他们的箭弩也能充分发挥威力。现在没有风，苏峻肯定是派兵向东去攻击郗鉴去了。”
陶侃急派郭默率部去增援郗鉴。果然苏峻派韩晃去攻郗鉴，多亏郭默增援及时，方守住营垒。但韩晃见连日猛攻不下，便把郗鉴部队的水源给断了。郗鉴让人挖井，挖了两三天也未见一滴水，垒中的士兵实在是干渴难忍，只能靠喝尿支持。掘地取水不及供给，郗鉴大惊，再向陶侃求援。
陶侃又要派兵，长史殷羡道：“韩晃、张健都是苏峻手下最能打的将领，这回韩晃带兵把郗鉴给围了，说明带出去的兵不少。这一定是苏峻也打得烦了，欲派重兵先迅速解决西路和北路的军队，然后合兵一处，转攻我们。何不趁重兵在外，急攻石头城？”
陶侃便督率所有军队，以白石垒为跳板，急攻石头城。正巧这几天不刮风了，苏峻也借不上风势，亲自带兵出战。其手下大将匡孝带八百铁骑冲入西军，西军前锋赵胤抵挡不住，向后败落。苏峻本来坐在山上，一边喝着酒一边观战，见匡孝得胜，又喝到兴头上，大声喊道：“匡孝能破贼，我难道还不如他么？看我的！”乘着醉意带兵冲下山。
这时陶侃、温峤、庾亮各自率军赶来，匡孝人少不敌，败下阵来。苏峻本来带着上万兵马，但酒醉指挥不力，交战之后也支持不住，只能后撤。苏峻一直撤到白木陂，跌落马下。陶侃的部将彭世、李千带人赶了上来，把苏峻割了首级献给陶侃。陶侃便将苏峻的尸体焚骨扬灰，然后把苏峻的首级高挑在军门之上。西军大振，腾跃争进。匡孝勉强逃回。
苏峻死后，他的弟弟苏逸领军，闭城自守，不敢出战。成帝身边的刘超和钟雅见苏峻死了，便谋划着带成帝逃出石头城，不幸泄密，被苏逸杀死。
包围郗鉴的韩晃听说苏峻死了，急忙撤围回军。走到半路的时候，负责防守南京城的陆晔和匡术已经献城投降了陶侃，陶侃手下大将毛宝进城接手了防务。苏逸命韩晃不必来石头城，直接去攻建康。
毛宝兵少，不敢出战，勉强守住宫城。韩晃命人射火箭入城。登时宫城到处都是大火，毛宝要守城，便分不出兵来救火，城中顿成一片火海。
温峤见毛宝那边就要支持不住，遂把所有的军队都开出来，拼命来攻石头城。苏逸实在是吃受不住，只好让韩晃先放弃进攻南京宫城，回来守石头城。温峤见韩晃带大军回来，也撤军退走，不再攻打石头城。
苏峻的儿子苏硕年轻气盛，见陶侃的军队退走，也不请示上级，自己带了数百名士兵冲出城来，在后追杀。这时王愆期等人已经上了秦淮河的船上，见苏硕来追，反而不跑了。等苏硕上了船，便率船来战。苏硕所带士兵都不习水战。他们的船被王愆期的舰船撞击后，人在船上都站立不稳，更别说打仗了。很快，苏硕及手下数百兵士全被王愆期围住杀死，无一生还。
苏逸在城上眼巴巴地看着侄儿被杀死，当下落泪，却又无可奈何；城中的士兵见连丧两员主将，南京城又丢失，士气大衰。韩晃觉得跟苏逸混不出什么名堂，而张健则在曲阿等地连打胜仗，便带兵出城去找张健。因为是没有告诉苏逸悄悄出城，韩晃手下的兵马又比较多，所以出城的时候没有组织好，发生了严重的拥挤踩踏事故，韩晃手下士兵在窄小的城门口挤成一团，光挤死的就有几千人。
陶侃和温峤一见机会来了，急派兵去攻，很快击溃了苏峻的主力军韩晃，然后杀入城中。苏逸、任让都被俘获后斩首。陶侃、温峤、庾亮把成帝迎回建康的宫城之中，然后发下诏命，追灭苏峻余党。
祖约正在寿春，听说苏峻、苏逸败亡，便带着他的军队去投奔后赵。韩晃带着残部找到张健，与张健合兵一处由延陵东赶往吴兴。在长塘与王舒、虞潭发生激战。张健和韩晃的士兵军心已散，无心恋战，随便打了一伏，便往西向故鄣退去，正遇到郗鉴和郭默的军队。仇人见面，分外眼红。上回韩晃逼得郗鉴和郭默的部队喝了好几天人尿和马尿，此仇怎能不报？双方大战一日，张健、韩晃被击溃，各带数百人逃入山中。
郗鉴不依不饶一定要把两个人搜出来。韩晃最后被追得只剩一个人，干脆也不再跑，挟了两囊箭，坐山腰的路口上，来一个射一个，来两个射一双。直到射完所有箭，人们才得以冲上来。上来的人已经气疯了。好哇，快死了还射死射伤我们好多兄弟，再让你射，再让你射，乱刀齐下，把韩晃砍成了肉酱。
张健知道自己也逃不脱，只好带着残兵出来投降。郗鉴把张健的罪状一个一个说完，最后说：“你的罪太大了，自首也不能免你死罪。”仍把张健斩了。苏峻之乱，到此平定。时为东晋咸和四年（329）二月。
这时候，大好的皇宫已经被烧成了木炭场，温峤说干脆迁都到豫章吧，有的说还是迁到会稽好一些。王导说，哪儿都别迁，不就是住得差一点么？古代贤明的帝王，都不会因为吃不好穿不好而迁都的。如果能厉行节约，搞好生产，发展经济，我相信我们一定能够建设一个美好的家园。如果做不到这些，就算是迁都到好地方，最终也会把好地方糟蹋成废墟。他还说：“况建康为古之金陵，旧为帝里，孙仲谋、刘玄德皆言：‘建康，王者之宅。’”意思是说：这是出皇帝的地方，岂能轻易搬出去。
大家都说王导说得有道理，但眼下确实遇到了经济危机，国家穷得一文钱也拿不出来，如何解决呢？王导说，我记得国库里还有练布三千端，拿出来卖了，不就有钱了么？
可这种布是一种比较粗的布料，没人愿意买。王导很有生意头脑，把百官叫到一块儿说，你们都是上层人物，引导着时尚潮流。我发给你们一些练布，你们必须做了衣服穿出来让大家看。这样市民见了，必会重金购买。
百官依计而行，果然练布大卖，人们争相抢购。王导即也不客气，把价格提到每端五两金子，一共卖了一万五千两金子，这下子可是发了，百官的工资问题和国家的其他开销问题一下子都解决了。
既平定了叛乱，又解决了财政问题，下面就是论功封赏了。明成帝封陶侃为侍中、太尉，加羽葆鼓吹，封长沙郡公，加督交、广、宁三州诸军事，温峤为骠骑将军、开府仪同三司，加散骑常侍，封始安郡公；郗鉴为侍中、司空，封南昌县公；陆晔晋爵江陵公；其余赐爵为侯、伯、子、男者甚众。卞壸、卞眕、卞盱、刘超、钟雅、羊曼、陶瞻等死难者，都追赠谥号。
庾亮觉得自己以前所做的事情很幼稚，很丢人，使请求免去自己所有官职，带着全家出京城隐居。大家都说，算了算了，以前的事不用提了。但庾亮还是觉得自己太丢人了，实在是没脸继续待在京城。于是带着全家出了城，准备向东找块地方隐居。王导、陶侃等人命人追出城外，硬把庾亮给拽了回来。庾亮一看，自己既不能隐居，也不愿意留在京城让人家指指点点，怎么办呢？便向皇帝说那你给我个京城以外的官来做吧，越远越好。大家一商量，看来庾亮是铁了心不想待在京城了，于是向皇上建议任命庾亮为都督扬州之江西宣城诸军事、豫州刺史，出镇芜湖。
晋成帝于是下诏，陶侃、温峤、庾亮分别出京回到自己的属地。温峤回到武昌后过了一个多月，不幸得暴病身亡，年仅四十二岁。晋成帝诏命厚葬，追赠温峤为侍中、大将军，谥号“忠武”，葬于豫章，祠以太牢。又命陶侃兼督江州。陶侃于是都督荆、湘、雍、梁、交、广、宁、江八州诸军事，移往武昌镇守，基本上掌握了东晋绝大部分的军权。其权力之煊赫，已经完全盖过了王导，即使在后来的东晋诸臣中，能拥有像陶侃这样地位的人，也是屈指可数的。