晋明帝论功行赏：以王导为太保、领司徒，加殊礼，封始兴郡公；温峤为前将军，封建宁县公；苏峻为历阳内史、冠军将军，封邵陵县公；郗鉴为车骑将军，都督徐、青、兖三州诸军事，兖州刺史，出镇广陵，封高平县侯。其余各有封拜。追赠已故司马承、甘卓、戴渊、周、郭璞等官爵，各赐谥号。改授荆、江诸州，以分上流之势：以温峤为江州刺史；陶侃为征西大将军，荆州刺史，都督荆、湘、雍、梁四州诸军事；以王舒为会稽内史。又充实自己实力，调换朝廷百官，总算把朝廷安定下来。
王敦叛乱才平定一年，一切刚刚走向正轨，公元325年，农历闰八月戊子日，晋明帝却突然暴病身亡，在位仅三年，年仅二十七岁。
太子司马衍即位，是为晋成帝。改元咸和。当时成帝年仅五岁，他的母亲庾太后临朝听政。庾太后没有任何政治才能，便重用她的哥哥，中书令庾亮。
庾亮是个小人，手握重权之后的第一件事就是报复当年不“尊重”自己的人，而第一个人则是司马宗。
晋明帝在患病的时候，左卫将军、南顿王司马宗执掌宫中禁军，在宫内当值。有一次，庾亮有事要进宫面奏晋明帝，向司马宗索要进宫的钥匙，司马宗道：“皇宫又不是你家，是你随便出入的地方么？”庾亮觉得受了羞辱，掌权后便将司马宗贬为骠骑将军。
司马宗当初说的话的确是让人很下不来台，但庾亮把司马宗降职也报复得太过分了。司马宗这个人其实和庾亮是半斤八两，他认为自己受了委屈，竟然和亲信卞阐谋划，准备废掉庾亮。虽然庾亮无才无德，但毕竟是国家重臣，岂能说废就废。司马宗和庾亮其实是一个脾气，都把国家大事当做个人恩怨的筹码。庾亮得知，做得更绝，把司马宗杀了，并将他这一支宗姓贬为“马”姓，司马宗的几个儿子全被废为平民。卞阐则逃到了历阳苏峻那里。庾亮便以朝廷的名义命令苏峻交出卞阐。
因为司马宗一直执掌宫中禁军，经常待在宫内，所以晋成帝和他很熟。司马宗有时还陪着晋成帝玩，晋成帝对他很有好感。有一次晋成帝问庾亮：“平日我经常见到的那个白头公去哪儿了？”
庾亮随口答道：“他谋反，已被杀了。”
成帝听了伤心道：“舅舅说人家谋反，便杀了人家；如果有人说舅舅谋反，又该如何？”
庾亮听了脸色一变，也不好再说什么，怏怏而去。
这时苏峻那边传来消息，说卞阐没来自己这里，所以不能交人。
庾亮知道苏峻是不愿意交出卞阐，又一次觉得很没面子，于是便以“苏峻拥兵自重，藏匿叛党”为名，要征苏峻入朝，然后除去苏峻的兵权。
王导劝他道：“苏峻对国家有大功，很有威望，又有数万精兵，武器也很先进。而且这个人猜疑心重，为人险毒。你要是征他入朝，他一定不肯奉诏而来，到时候你该怎么办？是打还是不打？不打失去朝廷威信，打了又逼他造反。岂不是两难？”
庾亮不以为然：“苏峻狼子野心，终将反叛。就像当年汉景帝削藩，其实不削藩七国迟早也要造反。现在除他兵权，就算是把他逼反了，造成的祸患也不大。如果等他将来羽翼丰满了，说不定朝廷也没能力再制服他了！”
尚书令卞壸劝道：“苏峻屯兵之处距离京城不到一天的路程，如果苏峻造反，京城一定很危险，您还是好好考虑一下。”苏峻屯兵于历阳（今安徽和县），距离建康相当近，路程只有一百多里地。即使是步兵，早上出发，晚上也就到了。
庾亮不听仍然下诏征苏峻入朝，升苏峻为大司农、加散骑常，也就是给苏峻个朝中官职，解去他的兵权。
卞壸知道庾亮过于自信，京城兵力根本不是苏峻的对手，急忙派人去武昌找温峤想办法，温峤也写信劝庾亮，庾亮根本听不进去。温峤见庾亮这么固执，便说，这么办吧，我把我的将军府从武昌移到浔阳，然后率重兵进入京城，这样保险一点儿。庾亮大言道：“我担心的是西边的陶侃，历阳的苏峻又算得了什么？你不要带兵越过雷池。”雷池是一个大湖，主体位于望江县雷池乡，在望江县城东南十公里处，紧靠长江北岸，面积一百平方公里，因古雷水自湖北黄梅县界东流至此，积而成池，故名雷池，亦名大雷池。雷池以西是温峤的防地，所以庾亮才有此话。温峤听了只得按兵不进。
苏峻得了诏命，果然并不入京，写信给庾亮道：“你要是让我打仗，指哪儿打哪儿，我绝对听从你的命令；你让我入朝作文官，我没这个本事，不能胜任。”庾亮不理他，再催苏峻入朝，苏峻遂又上书道：“当初可是明皇帝拉着我的手，请我带兵北伐的。现在中原还没有收复，我哪儿敢回去清闲养老呢？这么办吧，你在偏远的青州界内，随便找一个荒芜凋敝的地方，让我去镇守，发挥一下我的余热可以不？”
庾亮仍然不同意，并整修石头城的军事防务，以郭默为后将军、领屯骑校尉，以其弟庾冰为吴国内史，在全城进行军事总动员。然后再催逼苏峻入朝。
苏峻被逼得实在没有办法，打算遵命去京城。手下参军任让、阜陵令匡术、大将韩晃、张健、匡孝、管商、弘徽等都劝阻道：“将军已经深深地得罪了庾亮，现在就是请求调个最穷的地方镇守庾亮都不允许。你想想庾亮恨你恨到什么地步？你现在入朝，恐怕生命都有危险，不如拥兵自守，尚可以保命！”苏峻一听，又不走了。
这时，庾亮又派人前来催促，并且在信中道：“你一再地拖延不来京城，难道想谋反么？”
苏峻早就憋着一口气了，听了此话，再也忍不住了，骂道：“好，你都说我谋反了，我到朝中还能有活路？以往国家危险的时候，多亏我出了大力气，才换来今天国家的安定；现在，兔死狗烹，卸磨杀驴，却要除掉我了。我就是死，临死前也要把你杀掉！”遂于历阳起兵，声讨庾亮。
豫州刺史祖约（祖逖的弟弟）也被庾亮穿过小鞋，得知苏峻造反，也起兵响应，派大哥的儿子祖涣、女婿许柳率两万兵前往支援。苏峻听说后更坚定了反叛的决心，以韩晃、张健为前锋，杀向京城。
司徒司马陶回向庾亮建议道：“您赶紧截断阜陵通道，守住江西当利等险要的地方。使他不能袭击京城的后方。虽然苏峻兵精，但毕竟我们的军队比较多，据险而战，必可胜他。”
庾亮并没有听从，而是严阵以待。哪知道苏峻先占了姑孰，把那里的粮食等物资全部夺去，庾亮这才知道打仗并不是两军碰一块儿厮杀就行了，原来还要涉及到各个险关把守，重要城市之间的互相支援，以及后勤供应等方面。于是才开始听从军事专家的意见命令左将军司马流率兵去守慈湖，派其弟庾翼去守卫石头城。但已经晚了，司马流刚赶到慈湖，大营还没有扎好，大家正在做饭，韩晃突然杀到，司马流大败，乱军中被杀。苏峻遂与祖涣、许柳等合兵一处，向京城而来。
司马陶回又建议道：“石头城有重兵把守，地势险要，苏峻决不敢从这个地方过，一定是绕到南边从小丹阳徒步而来，如果在那里设下伏兵，一定可胜。”
庾亮道：“小丹阳南道狭险难行，苏峻一定认为我设有埋伏，怎么敢从那个地方过来？”又不听从。其实庾亮埋伏一支军队，就算是没等到苏峻来，又能给自己造成多大损失呢？战争不是游戏，成败往往在于一念之间，只要有取胜的可能性都应当重视实行，庾亮随随便便就把这个机会放弃了，简直太愚蠢了。
苏峻料定庾亮不会在险道设伏，派人把船都开出来，大张旗鼓地向石头城进发，扬言要进攻石头城，其实每只船上只有船夫一人，鼓手一名。而自己亲率大军，趁着夜色，人含枚马勒口不举火，摸黑从南道摸到京城之下。
庾亮听说苏峻带兵来到京城，这才又一次后悔。
卞壸、郭默、赵胤带兵出城与苏峻交战，但并不是苏峻的对手，大败而回。苏峻遂率军进攻青溪栅。青溪栅是南京城在青溪左岸沿河设有的类似篱笆的防御设施。相当于一道城墙，攻破青溪栅便可入城。
卞壸拼命守在青溪栅，直打到晚上苏峻也没有攻下，正好西风刮起，苏峻命人放火，结果风助火势，烧入卞壸军中，苏峻趁势攻入，卞壸被困不能冲出，力竭而亡。苏峻劝卞壸的两个儿子卞眕和卞盱投降，二人道：“父为忠臣，子为孝子，夫复何恨！”也都力战而死。
乱兵攻入云龙门，丹阳尹羊曼、黄门侍郎周导、庐江太守陶瞻全都战死。庾亮在宣阳门拒守，很快也被乱军攻破，庾亮只好与庾翼、郭默、赵胤、孔坦等出城，向西投奔浔阳温峤。
乱兵入城之后，到处抢劫，只要看到身穿军服的，一律杀而不受降。看到女子，便扒光衣服强奸，许多女子没有衣服，只能用茅草盖住身体，连草都找不到的，便挖土盖体。南京城内，哀号之声，不绝于耳。
王导急忙命侍中褚翜抱了小成帝登上太极前殿。王导、光禄大夫陆晔、荀崧、尚书张闿、右卫将军刘超、侍中钟雅、褚翜等人带着几名不愿逃走的禁军侍卫把小皇帝围在中间。不一会儿，乱兵杀入殿中，褚翜厉声呵斥道：“让苏峻来觐见皇上，皇上岂是你们能轻侮的？”
这些乱兵见是皇帝在殿，纷纷退出。但对别的地方却不客气，在后宫大肆抢掠，抢来的东西全部送到蒋山（即钟山、紫金山）存起。
不久，一身戎装的苏峻得意洋洋地走入太极殿，意甚狂傲。成帝虽然只有七岁，却出奇的镇定，问苏峻道：“苏将军没经过朕的宣诏，就带兵入京？”
苏峻道：“庾亮奸臣，赏罚不明，虐害百姓，擅杀大臣，我为国家而起兵。”
成帝道：“现在庾亮已经逃亡了，并不在京中，你为什么不退兵？”
苏峻道：“将士还没有得到封赏，所以不退！”
“你们想得到什么封赏，可以跟朕说。”
“司徒王导，是有德的贤臣，可以仍然当他的官；祖约是个清官能吏，可以升为侍中、太尉、尚书令；我为骠骑将军、录尚书事；许柳为丹阳尹；祖涣为骁骑将军。”
成帝及王导等人，只得按照苏峻的主张加封各官。这时，苏峻手下大将张健也打败了吴国内史庾冰，庾冰化妆逃往会稽。苏峻从此留守南京，把持朝政，并在朝中安插亲信，俨然成为一位挟天子的权臣。然后下了全国通缉令，缉捕庾亮和庾冰。
庾亮逃到浔阳，抱着温峤号啕大哭。哭完之后，庾亮把庾太后的诏书拿出来，要和温峤一起回攻京城。两个人正在商议，又有消息从京中传来，太后为苏峻所迫，郁郁而亡。庾亮恨得咬牙切齿，要推温峤为盟主，东去讨伐。温峤推辞不受，推庾亮为盟主。两个人互相推辞不下，有谋士道：“我们江州兵马不过万余人，要打苏峻并不容易。不如推举征西大将军陶侃为盟主。陶侃既能打仗，又有重兵，与他联兵，必成大事。”温峤和庾亮遂派督护王愆期去江陵请陶侃。
陶侃此时正偷着乐呢。原来庾亮这个人还真是活该，自他辅政之后，到处给人穿小鞋，为自己立仇家。晋明帝临终时把陶侃也列为顾命大臣，结果让庾亮给私自删了。陶侃听说后气得大骂庾亮是小人。你说几乎所有的边镇大将皆恨此人，由这个人来做国家的第一辅政，岂不是给国家招祸么？
陶侃接了温峤的信，推说自己只是个守边疆的武将，管不着朝廷里边的事，拒绝发兵。温峤又写了一封言辞恳切的信，并晓明利害，劝陶侃以国家利益为重。陶侃看罢便有了起兵之心，但一想到庾亮就像吃了苍蝇一般恶心，因此犹豫不决。这时温峤又派王愆期来劝，并告诉陶侃，他的儿子陶瞻在守云龙门时被苏峻的乱兵杀死。
陶侃登时老泪纵横。王愆期趁机激他道：“苏峻是一只豺狼，如果让他控制了晋国，则天下虽广，也难有您的立足之地了？”
陶侃翻然醒悟，亲自率将士三万，登舟顺江东下，直到浔阳。