张献忠控制区内的各地城民剿灭净尽，他又从郊区强迫村民们入城。毕竟，城里还需要有人为军队服务。
虽然花了如许兵力人力来剿城迁人，四川各地也不见平定。在清军、明军、各地再起义军的攻势下，张献忠屡战屡败，接连几个月没有打过一个胜仗。张献忠挺不住了，他无比怀念当日的流寇生涯。放弃四川，到他处重新开始，念头越来越强烈。
然而，又不甘心这样走，因为实在是太恨四川人了。好，你们不是反对我吗？把你们都消灭了，变成一片赤土。张献忠决定屠蜀，理由是“自我得之，自我灭之，无使他人得”。在撤离四川前尽量把四川人杀光，留给敌人一个空壳。
这是古往今来最宏伟的屠杀计划，执行得也相当坚决。
距剿灭城民不久，张献忠又发出了“除城尽剿”令，令军队出城，消灭农村人口。深入穷山大岭，一个也不放过。“立搜山、望烟等头目，踪迹高山大谷有匿崖洞者，举火薰之。”
从荣县、洪雅等县县志所引资料看，张献忠在四川许多地方无可争辩地实行了“除城尽剿”的政策。他认为：“居山野者俱叛逆，将悉行剿灭；城内俱良民，乃免死。”具体做法是：
凡剿一处，先令地方官清四至界，并乡导人送领兵官。前一日照四至界址布兵环围，次日开剿，四下齐向中央搜杀，如围场合龙口之状。
结果是：“不论男女老幼，逢人则杀。”“剿毕，复扒草寻穴，细搜数日乃复命。”要这样仔细是因为：“倘有漏网者，或于别处发觉，罪其领兵官。”前面提到的小秀才欧阳直，他在为张献忠部服务时，“尝见郫县解来一个逃民，审讯之后，发现系峨眉人，于是负责查剿峨眉的官员洪都督被剥皮。”
在这样严厉的政策下，各地官兵当然不敢不尽职。仅川中各县，就有十四万多人死在屠刀之下。
作为一项军事命令，当然要有验功标准。那就是手掌。欧阳直办理文案时，曾经见到以用手掌记功的记载。他说：
每官兵回营以所剁手掌验功，掌一双准一功。凡有军官衙门所在，手掌如山积。而成都城内人掌，则更几于假山之万叠千峰矣。尝见一札付，自副将升总兵。其札头空白处，用朱笔细字备注功级，算手掌一千七百有零。
傅迪吉被掳入张军之后不久，寻找一个机会，开了小差，逃回家乡。然而，他的家乡也逃不过“除城尽剿”之令。顺治三年（公元1646年）正月，傅迪吉听说有兵来杀人，只好上山逃命。“正月十六，半夜时，闻村后林子边有许多人说话。我马上起床去问怎么回事。原来他们是早先躲在附近大山里的人，也有自山外逃来者，约数千人，他们说：‘将黑时，流贼突至杀人，我们走脱，不知后面。’”
“我速叫家人，收拾造饭。天刚亮，还没做好饭，那些逃来的人又逃到别处去了，我只得罢饭而行。我逃到郭家沟山上，即听到有人传信说：‘张军到内官寺了，将傅某人房子烧起。’原来我家已经被烧了。这个时候，幸有此班传信之人，他在山顶一呼，接连相传，登（顿）时可闻数十里。贼在东，即走西；在西，即走东。赖此以全活者，不可计数。”
“是夜，暂宿杨梅河。见号火连天，相绩（续）不断，数十里之遥，数十营之多，都是张军，所过之地，全无生路。我不敢少留，在此一饭即行，至老龙场寺上。天明，流贼即赶到。我岳母、小姨俱被害，伤哉，伤哉……相依住了二十余日，贼退方回。”
“及回至地方，荡然一空，止见尸横遍野，河下不见一人。湾中止有一两手俱剁者，（因没有手，无法砍去验功，故）流贼不杀，这个人说：‘大营去了好几日。前日又有四个马兵来，问我过大河之路，我指去了。’至家，房屋尽烧，和尚尽杀，吾家众人即在寺庐共居矣。”