然而，等待中的雷霆并没有马上落下。
成都城破之后，局部的杀戮当然在所难免。按照惯例，成都城内的王公贵族们大都难逃一死，大小官员被杀的也很多，史书忠实地记载下了他们的名字，但是却找不到普通百姓们被集体屠杀的记载。
据清人沈荀蔚《蜀难叙略》记载，城破之后的第三天，张献忠曾经“尽驱城内军民男女于（城外的）中园，将尽屠之。俄尔天上出现一片云彩，如同龙尾下垂之状，张献忠以为祥瑞，遂免死”。
这个记载听起来有点离奇。不过，张献忠并没有大量屠杀成都居民，是可以确定的。
在四川各地，也没有出现人们传说的张献忠据有一地后必然出现的大抢大掠大屠杀现象。《五马先生纪年》载，十月初四，张献忠又一次发兵，“谓之打招安”，即命令附近居民归顺张献忠部。“随后即派伪‘都司’姓吴者、伪吏目姓田者下到吾乡‘招安’。每人给以印信‘西国顺民’四字，载在背上，兵不敢乱。”
“吾州有伪水军左都督、伪水军右都督俱姓王，伪总镇率领兵船千百艘，驻扎于渭水坝。乡绅百姓们在伪官的带领下到军前投降，上述三位军官十分高兴，于是就大发慈悲，将昨日掳回男妇尽剁手（而不是杀掉），（被剁之人）号呼之声胜如雷吼。三位军官命伪知州安抚百姓，自此以后即不杀人，兵不甚扰民，民亦入营贸易。”