海瑞终于死了。万历十五年（公元1587年）冬十月十四，病故于南京。
“卒之前三日，兵部送柴薪多耗七钱，犹扣回。”兵部送的柴火多了一些，他如数退回。“病不药”，拒医而死。“无一语及身后事。”不但没有大臣们例有的遗疏，甚至连一句遗言也不留。他对这个世界，已经彻底无话可说。
像每个清官的身后一样，史书照例要花些笔墨描写一下他身后的清贫。
“佥都御史王用汲入视，葛帏敝衣，有寒士所不堪者。”
有更详细的记载说：“检箧内仅禄金一十余两，绫、纱、葛各一。”
消息传出，整个大明官场都松了一口气。这个麻烦制造者终于消失了，人们不必再绷紧神经。海瑞终于去了他应该去的地方：神龛。各种典礼隆重举行，海瑞的尸体被涂上一层又一层金粉，制成金光灿灿的木乃伊。在忙忙碌碌中，大家有一种欢庆的意味。上闻之，辍朝悼伤，遣吏部左侍郎沈鲤谕祭，祭词之溢美，无以复加：
唯尔高标绝俗，直道是躬。视斯民犹己饥寒，耻厥辟不为尧舜。矢孤忠而叩阙，抗言争日月之光；出百死而登朝，揽辔励澄清之志。迨起家于再废，乃浃岁而三迁。岩石具瞻，卓尔旧京之望；素丝无染，褒然先进之风……若金在冶，虽百炼而愈坚；俟河之清，奈九泉之莫及……礼部议谥，请赐忠介，赠太子太保。谕江浙地方为海瑞建专祠，春秋享祀。在海瑞的家乡琼州府城小北阂外建专祠，与宋苏文忠公、明丘文庄公，称三公祠。无数官员在海瑞祠写下了一篇篇纪念文章，把所有能想到的最美好的词汇都给了海瑞：
公之秉节，素丝羔羊，岁寒松柏，烈日秋霜。公之丰仪，野鹤昂藏，明珠南海，翡翠越裳。位禄名寿，公俱克全。千秋不朽，含笑九原……慷慨片言，世争传其谏草；崎岖百死，天亦鉴其精忠。既升华于九列，旋建节于三吴。忠矢清霜，每为民而任怨；几先介石，亦因毁而得名……