海瑞被这当头一棒打昏了。他正兴致勃勃地推行他的宏大计划，“正欲为江南立千百年基业”，正调动全部精力和应天府的豪绅大户们作战时，没想到，后面射来的一枝冷箭，轻轻地取走了他的政治生命，粉碎了他的全部政治梦想。
海瑞不知道，像他这样不明白游戏规则的人，只会被高明的玩家当作一枚冲锋陷阵的特殊棋子，发挥完作用之后，被抛弃是必然的命运。清官注定不能进入政治主流，无法引导政治航向。
海瑞永远不会明白这一点。他开始是震惊，然后是迷惘，最后是愤怒。
至刚者不屈。海瑞不会容忍任何对他名誉性的安排，他提笔给皇帝写了一封辞职信：“臣曾说过当今天下诸臣全犯了因循苟且之病。皇上虽然有锐然求治之心，群臣却绝无毅然任事之念。互相掣肘，互相排挤，”还动不动就说，“识时务者为俊杰”。所以，帝国才败坏如此。一旦提起笔，海瑞胸中的愤怒、委屈、埋怨就忍不住喷发出来，辞职信变成了政论书。在这封海瑞平生中第二有名的信中，海瑞第一次向皇帝陈述了他的政治理想：
臣尚欲以身为障，回既倒之狂澜；以身为标，开复古之门路。
这样的话，只有海瑞才说得出来。欲以一人之力，挡住天下滔滔既倒之狂澜。把自己作为标准，使全社会人向自己看齐，以挽回社会道德的败坏。
这是何等的“狂妄”！整个中国，只有最浪漫的诗人李白和最天真的官僚海瑞能说出这样的话来。然而，这两句话却是解读海瑞一生为人行事的关键。
没有这样“狂妄”的理想作支撑，无法想象海瑞能忍受住常人无法忍受的压力，特立独行到现在。
然而，这个理想，是扑火的飞蛾的理想。那些庸人凭自己的本能，一眼就能看出这理想的虚妄，只有单纯的海瑞，终生不悟。
虽然辞职而去，海瑞还是坚持认为自己的政治措施没有一点错误，不可更改。他说：“臣再有一言：臣在任上的所作所为，都是倾听百姓的呼声，恪守祖宗成法，万不可改。”
他再一次把愤怒指向了群臣，举朝官员都是他不共戴天的敌人。这是他下意识中一直存在的意念，今天他直抒胸臆：请皇帝鞭策全体大臣，不得像以前那样应付差事，必须仰皇上求治之心，认真办事。凡事就怕认真，只有认真才能救今日之弊。九分之真，一分放过，就不是认真！更何况半真半假！
奏折的最后一段，再一次典型地体现了海瑞风格：如果大臣们认为我说的是错的，那这个大臣必然是庸臣！《诗经》说：勿听妇人之言。如今，全朝廷的大小臣工都是妇人，他们的话，皇上不听可也！如果这样，帝国大幸，愚臣我大幸！
痛快淋漓地骂完了满朝大臣，海瑞挂冠而去。他对朋友说：“此等世界，做得成甚事业！从此入山之深，入林之密，又别是一种人物矣。”
事实证明，道学家海瑞是古今所有清官中最有个性的一个。只有他，敢公然辱骂所有朝臣。而朝廷虽然震怒，一时之间却无法处置海瑞，只是在批文中淡淡地说：“今乃词称请归，意甚怏愤。且固执偏见，是己非人，殊失大臣体。但本官已奉钦依照旧候用，无容别议。”
被海瑞称为妇人的朝臣们都是聪明人，他们知道，在辩论上，他们不是海瑞的对手。