嘉靖四十五年（公元1566年）十二月二十六，隆庆皇帝朱载垕（hòu）登基。每一任新皇帝上台，王朝总会有一段短暂的振作期。皇帝早就听说了海瑞的大名，对这个骨鲠之臣倾慕已久。在即位的当天，就释放了海瑞。不久，在内阁首辅徐阶的推荐下，又一年三迁，升为大理寺左丞。海瑞遇到了政治生涯上最温暖的一个春天。
度过了狱中十月，复出的海瑞已经今非昔比。他在帝国政治生活中的角色发生了根本性的变化。这时的海瑞，已经不复是当年那个让人嘲笑的“海笔架”。他一骂成名，举国皆知，从一个部门里默默无闻的古怪小官僚变成了代表社会正义的楷模。在狱中的时候，就有官员不顾生命危险为他鸣冤，嘉靖皇帝一去世，重用海瑞的呼声就不绝于耳。
人们已经把海瑞当成了这个黑暗乱世中唯一的光亮，不管是拥护还是反对，谁都无法不正视这个政治现实：海瑞已经成了一面旗帜，一种象征，成了帝国政治清流力量的总代表。
隆庆三年（公元1569年），在徐阶的推荐下，海瑞被任命为位高权重的应天巡抚，登上了他政治生涯最辉煌的顶点。这一年，他已经五十六岁了。
应天是当时中国经济最发达的地区之一，辖地包括苏州、常州、镇江、松江等十余府，“赋甲天下”，“仕宦之渊薮也”，朝廷里的许多高级官员家乡都是这里，包括首辅徐阶。由于吏治不清，贪污的风气最盛，积累的问题也最多。徐阶希望海瑞能够凭其一身正气，煞煞此地的歪风，收拾一下混乱的局面，为新一任朝廷班子创造出些令人瞩目的实实在在的政绩。
虽然须发斑白，虽然受过多次挫折，“海青天”五十六岁的棱棱风骨没有丝毫改变，“刚峰”一如其刚。听到任命，立刻轻车简从，迅速赴任。
海瑞的行车尚未出北京，应天地区已经人心骚然。官员、乡绅、士子、平民，有兴奋者，有盼望者，有失望者，有恐惧者。无论如何，人们都意识到，这个人的到来，一定会引起应天地区社会生活的巨大变化。
那些对海瑞行政作风早有耳闻的人纷纷提前行动，“属吏惮其威，墨者多自免去。有势家朱丹其门，闻瑞至，黝之。中人监织造者，为减舆从”。
那些贪名卓著的人干脆辞官而去，免得受到新任巡抚的惩处。豪门大户，把自己的红漆大门刷上了黑漆。在应天监管皇室织造事务的太监，原来坐八抬大轿，现在也改坐了四人抬的小轿。
贪污者闻风而逃可以理解，不过，海瑞的到来，关大门和轿子什么事呢？
在专制社会，百姓如何穿衣戴帽都必须由专制者来做主。在海瑞眼里，在明朝读书人眼里，大门、轿子，包括衣服、宅第，并非小事，而是关乎“贵贱”的大节。朱元璋说：“礼立而上下之分定，分定而名正，名正而天下治矣。”明朝开国之初，他就用相当大的精力制定了帝国人民的房舍衣冠制度，规定十分详尽。具体到几品官可用红漆大门，几品官可坐八抬大轿，在明太祖的诏令里规定得明明白白、清清楚楚。只是时间过去二百年，社会富庶，纪纲废弛，人们把这些烦琐的规定几乎忘了。
然而，海瑞的到来，却让大家悚然惊醒，自己原来是生活在错误和罪孽之中。坐在南下的小车上，海瑞心潮起伏，思绪万千。没想到在有生之年，他终于遇到了明主，遇到了贤相，终于成了执掌一方的封疆大吏，而且所辖是帝国最重要的一个地区。他在乎的倒不是官位的升迁，而是终于有了全面施展自己政治理想的空间。他平生所学所思，终于可以充分体现在政治当中，他变天下风俗，致皇帝尧舜的梦想真的有可能实现。他怎么能不激动！
海瑞的行政方针非常简单，那就是——按太祖的规矩办。还没有到应天，他就已经宣布了自己的执政方针：
除积弊于相安，复祖宗之成法。不循常，不变旧。
就是说，要全面恢复旧法，坚决不向人的惰性妥协。只要严格按祖宗的规定去办，则“天下无不定，万事无不理”。
他决心竭尽全力，排除任何艰难险阻，把应天治理得海晏河清，给全天下官员做个榜样。如果应天治理好了，那么，必然会影响帝国其他地方，各地都会借鉴他的经验，那样，整个天下大治，岂不指日可待了吗？在他看来，做到这些，其实只需要一个字，就是“刚”。虽然还没有踏上应天地面，但凭多年的遭遇和经验，他知道，他遇到的将是一生中最大的挑战。
他对自己的“刚”有充分的信心。
在他看来，现在天下之所以这样千疮百孔，正是少了一个“刚”字。
“我朝公卿稍陟高位，便是全然模棱养望，因因循循，度日保官”，“今天下事靡靡不立，病坐当事人因循苟且，日挨一日”。只有守住“刚”字诀，“虽千万人吾往矣”，则一定能挽狂澜于既倒，扶大厦之将倾。毅力能解决一切问题，因为真理已经昭示。
海瑞的政治倾向，应该是极端保守主义，然而从另一个角度看，也可以称为极端激进主义。时间过去二百年，人口增长了数倍，社会、政治、经济的结构和规模都发生了许多变化，明初的许多规定其实已经无声无息地废止了，代之以在社会运转中自然生长起来的规则。而海瑞的原则就是对新规则一律“更张”，全部扫荡，片瓦不留。
在海瑞的身体里，在历代中国知识分子身体里，总是汹涌着激进主义的热血。他们总是认为，有那么一种终极真理，可以解释整个宇宙，可以解决一切问题。如果你找到了这种真理，坚定不移，大刀阔斧，就可以粉碎一个旧世界，换来一个光辉灿烂的新世界。所以，他们做起事来，总是那么唯我正确，总是那么激烈绝对，总是那么一步不退，总是那么缺乏建设性空间。
而他们的失败，也总是脆败。王安石如此，海瑞如此，康有为也如此。
隆庆三年（公元1569年）七月二十二，海瑞单车入巡抚官署。当天颁布了《督抚条约》三十六条，详细规定了应天府政治生活的方方面面，其详细琐碎、严格刻板与朱元璋《皇明祖训》如出一辙。这三十六项的要点为：
巡抚出巡，禁止各地迎送，禁止装修招待房舍。
明确规定各级官员见巡抚应该穿什么样的衣服。
禁止大吃大喝，制定饮食标准。巡抚在各府县逗留，地方官供给的伙食标准为每天银二钱，鸡、鱼、肉均可供应，但不可供应鹅及酒。
禁止百姓穿奇装异服。
禁非礼之费，禁请托，禁给过往官员送礼，禁过往官员拢取更夫，禁苛派银粮包揽侵欺，禁假公济私，禁苛派差役……林林总总，三十六禁。其他大员上任之后，也会定一些冠冕堂皇的规章制度，但多数是用来做样子的。独海瑞的规定，写到纸上，就等于已经实行了。一纸下达，整个应天地区的政治风气为之一变。各级官员的用车、住房都按规定重新安排，接待费用大大降低，大吃大喝风顿时刹住。行政经费大幅压缩，农民负担有所减轻。一时间，百姓称颂“海青天”之声不绝于耳。
海瑞就任后的第二件举动，是兴修水利工程，解决吴淞江、白茆塘多年的水患问题。和现在一样，进行工程建设的最大难题在于资金来源。申请上去了，朝廷迟迟不批复，批复了，拨款又极为有限。这也是这项工程每年都有人倡议，却从来没有开工的原因。海瑞一趟趟跑中央，跑各部，跑邻近地区，要立项，要政策，要支援。东挪西借，终于弥补了资金缺口。海瑞带领下属，整天泡在工地上，有问题，现场解决。
海瑞终不愧是海瑞。一个开始时人人持怀疑态度的大工程在他的钉子精神下竟然迅速成功，效益非常明显，清浚出来的土地安置了十三万灾民。消息上达，朝廷特予以表彰。那些准备看海瑞热闹的人，也不得不服气。