嘉靖四十五年（公元1566年）二月，任户部主事一年后，海瑞上了那道使他留名千载的“骂皇帝疏”，即《直言天下第一事疏》。
嘉靖皇帝可以算是一个典型的“昏君”。他个性很强，行事荒唐且固执己见，从不与大臣妥协。他酷爱方术，为了炼出长生不老药，竟然摧残宫女，以获原料。宫女们走投无路，趁他睡着之时，企图用丝带勒死他，然而慌张中丝带打成死结，嘉靖得以大难不死，此为明史上有名的“宫婢之变”。然而，他并没有从此事中汲取教训，反而变本加厉，干脆搬出皇宫，不再上朝，专心修炼。大臣们起初也曾拼死相争，然而争不过这位“性刚”的皇帝。
要知道，这位皇帝即位之初曾一怒之下廷杖一百八十人，其中十七人被活活打死。在多人被罢官免职甚至处以重刑之后，非议皇帝的声音消失了，“无敢言时政者”。更多的大臣投皇帝所好，向皇帝献祥瑞，写给皇帝作法用的青词，朝廷上弥漫着一股请仙设坛的香烟味道。
然而，海瑞进京了，死气沉沉的政治局面注定要被打破。他做地方官时，天高皇帝远，无缘关心朝廷之事。而现在，来到了帝国的政治中心，关于皇帝无道、朝政日非的桩桩件件呈现在他面前。他的道德观、责任感使他无法保持沉默。海瑞只认天理，不认形势。皇帝“性刚”，他的“性”更刚。皇帝无道，臣子直言，这对海瑞来说，就像左右手各有五指那样简单。
当然，海瑞并非不懂世事之人。他完全知道这封奏疏的后果，那可不仅仅是丢官罢职，而很有可能是杀身之祸。纵然自己甘于舍生取义，堂上还有八十岁的老母，膝下尚且空虚，作为海家的单传之子，无后之罪尤大。
这应该说是海瑞入京一年后才递上这道奏疏的原因。关于海瑞的这一段彷徨犹豫，从来没有史家提及。然而，可以想见，这一次定然是海瑞一生中“天理人欲”“交战胸中”最激烈、最残酷、最旷日持久的一次。通观海瑞一生，性格火暴易于冲动的他还没有哪一次抉择进行得这样艰难。
海瑞的京官做得实在是不容易。首先是每天的工作大都是虚应故事，没有什么实质内容。坐在办事堂上，大部分时间是白白浪费。回想起来，他还是留恋在县里忙得脚打后脑勺的日子。再一个，他和同僚们也处不来。这些人都是些混日子的高手，一杯清茶泡上，他们就开始扯闲话，东西南北，天上地下，聊个昏天黑地。海瑞从来插不上话，总是在一边落落寡合。
其实他是打心眼里讨厌这些人。办事的时候，他们是油滑惯了，顺水推舟送人情，该办不办吃要拿，而海瑞则坚持必须按规定来。所以，许多环节到海瑞这里就卡
正是在做京官的日子里，海瑞对帝国的政治状况有了整体性的了解。这个帝国已经整体腐烂掉了。在他看来，问题的根子出在皇帝，解决的办法也自然在皇帝。皇帝为天下之本，是天下之表率。“一人正，天下无不正。”
历来谈到海瑞上书，人们总是津津乐道于海瑞直言皇帝无道一段，“嘉靖者，言家家皆净而无财用也”，“天下人不直陛下，久矣”屡屡被人引用，而很少有人注意奏折最后一段里面的话：
陛下诚知斋醮无益，一旦幡然悔悟，日御正朝，与宰相、侍从、言官讲求天下利害，洗数十年之积误，置身于尧、舜、禹、汤、文、武之间，使诸臣亦得自洗数十年阿君之耻，置其身于皋、夔、伊、傅之列，天下何忧不治，万事何忧不理？此在陛下一振作间而已。
如果不读这一段，就不能读懂海瑞，也不能读懂嘉靖皇帝对海瑞的优柔态度。在这一段里，海瑞向嘉靖帝讲述了一个古老的神话：人的精神决定一切，天下治乱，只在皇帝一念之间。只要皇帝一振作起来，按圣人之言去处理每一件事，那么天下很快就会变成传说中的大同盛世，百姓很快就会安居乐业，皇帝也自然成为尧舜那样的伟大帝王。
这个不可能实现的神话，支撑着海瑞一生，也支撑着中华民族度过了几千年的艰难岁月。海瑞这个天生的理想主义者，天真得烂漫，天真得透明，天真得让人无法不感动。
嘉靖皇帝之所以不杀海瑞，就是因为从这些文字中看到了海瑞的真诚，看到了海瑞高举着的一颗拳拳之心。海瑞写此疏，并不是为了泄愤，也不是为了沽名，他是实实在在地为了皇帝为了天下。他骂得激烈，是因为他爱得深沉。海瑞所言，其实在皇帝看来，也是完全符合圣人之道，气势滔滔，不容辩驳。所以，皇帝的反应才这样矛盾：
帝得疏，大怒，抵之地，顾左右曰：“趣执之，无使得遁。”宦官黄锦在侧曰：“此人素有痴名。闻其上疏时，自知触忤当死，市一棺，诀妻子，待罪于朝，童仆亦奔走散无留者，是不遁也。”帝默然。少顷复取读之，日再三，为感动太息，留中者数月。尝曰：“此人可方比干，第朕非纣耳。”
嘉靖把海瑞关进监狱里，却一直下不了决心杀掉。