从某个角度来说，海瑞的心和朱元璋是相通的。海瑞对朱元璋的残酷惩贪措施完全赞成：
我太祖视民如伤，执《周书》“如保赤子”之义，毫发侵渔者加惨刑。数十年民得安生乐业，千载一时之盛也。
可以说，上有朱元璋这样愚昧的专制者，下有海瑞这样甘于自虐的“清官”，才造成了中国社会滔滔不止的贪黩文化。吃着粗粮青菜，穿着打了补丁的衣服，过着城市贫民的生活，海瑞从来没有觉得有什么不合理。他甘清贫如饴，清贫有助于他保持气节，而富贵温柔则是道德的陷阱。
海瑞从来没有反思过，开国之初的经济萧条与现在的经济繁荣不可同日而语，以那时的标准作为现在的俸禄是否现实？要求所有人都像他一样摒绝物欲是否可能？推崇中庸的中国文化其实总是在走极端。儒家把人分为君子和小人两个相互对立的群体，宣称一个人“不为圣贤，即为禽兽”，为中国文化打下了偏激的底色。
凡事都被划为两极，中庸无处藏身。清官们的一丝不取与贪官们的毫无禁忌，其实也是相同文化基因上生长而成的两极。
“清官”现象，其实是贪黩文化必不可少的一个组成部分。
清官与贪官相辅相成，正如太极之一阴一阳，相互依存。正是清官的“至清”，才造成了贪官们的“至贪”。换句话说，做清官标准太高了，对人的要求太苛刻了，绝大多数人都达不到这个标准。达不到清官标准，那或多或少，就是个贪官，既然贪了，何不贪个痛痛快快？
清官在官场中是官员们的反面教材。做清官不仅物质上吃苦，精神上也要承担巨大的压力。每办一件事，海瑞都要严格遵守帝国规定，因而窒碍重重，举步维艰。同僚的讥笑、排挤、不合作，乡绅们的抵制、咒骂、上访甚至死亡威胁，这些都不算，就是在家里，母亲、妻子、亲戚也整日抱怨不已，虽然不敢明着指责他，然而，起码不给他好脸色看。因此，做清官，其实是在日日承受一种常人不能忍受的煎熬。
海瑞把这种煎熬当成了一种考验，一种磨炼，一种“超凡入圣”的必经之途。
嘉靖三十九年（公元1560年），海瑞任淳安县令之后，都御史鄢懋（mào）卿巡行浙江。都御史是御史台长官，相当于纪检委书记，所到之处，接待的规格本来就很高。况且鄢氏平时即好排场，因此，各地官员在接待上都下了不少工夫。连吃喝带“土特产”，一个县没有千把银子下不来。
鄢氏所到之处，“监司郡邑诸吏膝行蒲服，跪上食。携妾偕行，制五彩舆，令十二女子舁之。仪从煌赫，道路倾骇”。
鄢氏将过境淳安的消息传来，师爷愁眉紧锁。府员、道员到来你公事公办则还罢了，这一次来的可是部级干部，并且是都御史，如果把他得罪了，一个小小县令，官位立刻不保。
海瑞却不信那个邪，面对师爷的劝告，他不耐烦地说：“充军死罪，宁甘受，安可为此穿窬（yú，门窗边的小洞）举动耶！”即使充军杀头，也不做这样见不得人的事！
他告诉师爷，不必发愁，且看本县如何处置！
他的“处置”就是给鄢部长写了封信。信的大意是：接到您发来的公文，通知您将巡视我县。您在公文里说您“素性简朴，不喜承迎”，要各地接待上要简朴，不可铺张浪费，以节省帝国钱财。可是我听您所到过的县报告说您所到之地，“各处皆有酒席，每席费银三四百两。金花金段，一道汤一进”，与您在通知中所说大相径庭。是不是各县官员误解了您的意思，把您的要求当成虚文了呢？
接到了这封信，鄢氏连淳安所属的严州都没有进，绕道而去。严州知府大发雷霆，把海瑞叫到州上拍案大骂了一顿：“你多大一个破官，还反了你了！”知府詈不停口。海瑞唯敛容长跪，无一语辩。
严州知府终于受不了了，浙江官员的忍耐也达到了极限，他们联起手来，要把海瑞弄走。然而海瑞居官行政，处处以太祖祖制为依据，不逾规矩一步，挑他毛病还真不容易。
这难不倒官场中人。罢不了你的官，我还升不了你的官吗？府道官员联合建议，像海瑞这样道德高尚的清官，应该晋升到中央去任职。
海瑞的清廉，北京高层时有耳闻。既然浙江省官员也认为海瑞应该升官，那么就提拔他一下吧，也反映出干部选拔中的公正清廉。然而，到北京任职不大合适，既然地方官做得好，还是留在地方作贡献吧。于是三年知县任满，吏部预备提升海瑞任浙江嘉兴府通判。
这一下，弄巧成拙的浙江省官员紧急动员，找到了受海瑞羞辱的鄢懋卿，买通了御史袁淳，网罗罪名弹劾海瑞。经过一番紧张的官场运作，海瑞还不知道怎么回事，被一纸调令调出了浙江，转任江西兴国知县。
兴国是个“苦”县，土地贫瘠，人口稀少，交通不便，历来是没有人愿意去的地方。然而，海瑞毫无怨言。到了兴国，下车伊始，他就雷厉风行地针对当地大户隐瞒土地严重的状况，开始重新丈量土地，核实帝国赋税。
清丈土地是一项极为艰难的工作，豪强大户千方百计阻挠，暗地里又用尽手段，买通工作人员，弄虚作假，致使工作进行得很不顺利。
就在海瑞到兴国一年零八个月，土地清理还没有完成之际，吏部又下来一纸调令，海瑞因“工作出色”，升为户部主事，级别为正六品。
很显然，是地方上的乡绅通过地方势力，买通了省里京里，终于把海瑞清除出去了。吏部也认为海瑞这样的人虽然方正，却少变通，看来更适合在条条上工作，而不适于块块。户部主事主要的职掌是各地的财政税收监管工作，实际上不过是签签公文，专业性较强，和其他部门发生关系较少，相对安静。这一回，海瑞应该能够安分工作了吧。
没想到，在这个“相对安静”的岗位上，海瑞却闯了个塌天大祸。