乾隆四十二年（1777）六月，王廷赞正式接任甘肃布政使后，不但继承了王亶望的那一套，还于上任后不久下令在原来多收的一两杂费银的基础上又多收一两银子。当然，他新尝做贪官的滋味，还远不如王亶望老辣，多收了钱，表面若无其事，心中却还是有所顾虑，生怕人们议论说闲话，便暗地派亲信王长随出去打听监生们的动静。
好不容易等到王长随回到衙门，王廷赞迫不及待地问道：“监生们对收捐时加收一两杂费银可有异议？”王长随笑道：“大人增添此项费用时便已经说明，这一两银子是专款专用，专门作为布政使司衙门纸张之用。监生们不过为朝廷多出一分力，怎么敢有异议？”王廷赞这才放了心，点头道：“如此就好，千万别让监生们说了闲话。”
王长随道：“收捐一事，本是利国利民的好事，谁敢闲话！自大人上任以来，成效还在前任王亶望大人之上，如今不仅省去户部每年拨白银百余万两的烦费，而且弊绝风清，仓储充裕……”王廷赞却有些不耐烦起来，粗暴地放下手中的账簿，不再理睬王长随，起身离开了大厅。
片刻后，王廷赞又转身出来，发布了一道令王长随瞠目结舌的命令，即将各属坐省长随全部驱逐出兰州城，其中几个民愤极大的长随予以逮捕监禁审查。更令人惊讶的是，这道命令后来还的的确确地执行了，可以被视做王廷赞由清官转变为贪官过程中的最后一点挣扎。
此后，王长随也恢复了王亮侯的本名，开始着手帮助王廷赞进行资产运营生息事宜（类似当今的投资），频繁来往于西北和北方，他长随的身份逐渐消失在人们的视野中。
这一年的七月，甘肃累报捐粮七百多万石。也就是说，王廷赞一上任就“成效卓著”，一个月就收了数十万石的捐粮。远在京城的乾隆皇帝终于再次对甘肃捐监起了疑心，特派刑部尚书袁守侗、刑部左侍郎阿扬阿到甘肃勘验捐收监粮。
袁守侗，字执冲，山东长山（今山东邹平）人。乾隆九年（1744）中举人，后当过军机处章京，久任吏、户、礼、刑诸部侍郎、尚书，号称清朝十大清吏之一。正因为他为官正直清廉，曾先后五次被乾隆皇帝派为钦差大臣，专门出京查办封疆大吏和军队高级将领的贪污案件。其经手查办和参劾的重臣有云南布政使钱度，云贵总督彰宝，原定边右副将军、一等侯富德等，这些人均因为被袁守侗查实罪行，相继正法。乾隆皇帝派出这样一位有极好反贪记录的能臣前往甘肃，充分显示出他的怀疑以及一定要了解真相的决心。
不料，之前曾经接受过王亶望贿赂的军机大臣于敏中等人预先派人赶到甘肃向陕甘总督勒尔谨和甘肃布政使王廷赞报信。勒尔谨和王廷赞闻讯后大惊失色，经过一番商议后，立即开始行动，准备应付钦差的到来。他们先是东挪西借到了一批粮食，然后将这批粮食分成小份，运到各地州县官仓。再派人将官仓粮垛的下面用铺板架空，然后倒进一箩筐一箩筐的糠填实，只在粮垛的最上面撒上一层粮食掩盖住糠。如此，经过一番紧张的忙碌，本来一粒米都没有的仓库装得满满当当，“粮仓满囤”，看上去绝无任何短缺情况。除此之外，他们还大做假账簿，以应付检查。
身负重任的钦差袁守侗和阿扬阿到达兰州后，倒也尽忠职守，逐一封仓核对。但在勒尔谨、王廷赞等人的竭力掩饰下，一向精明干练的袁守侗竟然没有发现任何破绽，回京后还向乾隆皇帝奏称说：“俱系实储在仓，委无亏缺，并核对节年动用数目，亦相符合。”乾隆皇帝这才彻底释疑，从此不再追查甘肃捐监一案。
转眼到了乾隆四十六年（1781）三月，甘肃爆发了苏四十三领导的回民起义。这场起义源于甘肃旷日持久的新教和旧教之争。甘肃、宁夏、青海地区素来是回回人（回族）聚居区。最初，有甘肃安定（今甘肃定西）回回人马明心（一作马明新，经名易卜拉欣，又名穆罕默德召裴，道号维戛耶顿拉赫）在回教中创立新教，后到循化（今青海循化）撒拉族中传教，影响很大。清廷历来支持旧教，因此将马明心驱逐回籍。但事隔不久后，马明心又潜回撒拉族传教，导致新教、旧教矛盾急剧激化，后来更是上升到武力械斗。马明新的得意弟子苏四十三和韩二个率领一千余新教众攻入老教区，杀死了哈尔户长韩三十八，公然与旧教争夺地盘和信徒。
旧教教首见新教势大，便派韩三十八的儿子赶去兰州向陕甘总督勒尔谨求救。因为新教、旧教争斗已久，勒尔谨也没有太当回事，事先没有查明强弱众寡情形，即派新任兰州知府杨士玑（原兰州知府蒋全迪已经调到浙江任宁绍台道）会同河州副将新柱、臬司（按察使）福菘带着四十余名兵丁前往撒拉族地区查办。
三月十八日，河州副将新柱先行前往旧教教区打探情况。新教苏四十三等人听说后，假扮成旧教，抢先出迎，想借机打听官府的动态。新柱以为对方是旧教教徒，便表态说：“新教若不遵法，我当为汝老教做主，尽洗之。”（《循化志卷八回变》）意思是官府要为旧教做主，如新教不守法令、不遵约束，就将斩尽杀绝。苏四十三等人听了大为愤慨，决议武装暴动，当晚杀死了新柱。次日凌晨，苏四十三又率众攻占旗台堡，杀死兰州知府杨士玑等人，正式发动了反清起义。
三月二十一日，苏四十三率两千余人攻占了河州城（今甘肃临夏东北），杀死知州周植和都司李琦等官吏，夺取了大批马匹枪械。陕甘总督勒尔谨得知后大为恐慌，一面派西宁镇副将贡楚克连尔率五百清兵扼守狄道（今甘肃临洮），截住苏四十三义军归路，一面急调固原、凉州、甘州、西宁、肃州五提镇兵两千人赴河州剿捕。
就在这个关键时刻，甘肃布政使王廷赞对回民起义事件也格外关注，虽然这并不是他的职权范围。他接任布政使近四年了，毫无保留地继承了前任王亶望的贪污“事业”，但却也从来没有睡过一天好觉。眼看着原布政使王亶望升成了浙江巡抚，原兰州知府蒋全迪调到浙江任宁绍台道，原皋兰知县程栋捐官升为刑部员外郎，都是尽可能地远离甘肃这个是非之地，愈发想要效仿这些“聪明人”，早日调离甘肃。如果这次平苏四十三回乱有功，高升自然指日可待，也就可以早日离开甘肃了。
兰州府通判谢桓见王廷赞在回民起义一事上格外花工夫，便出了馊主意：不如将当时正在安定老家的马明心抓捕到兰州，作为人质，这样苏四十三就不敢轻举妄动。王廷赞听了深以为然，立即札饬安定县知县黄道燛将马明心及其儿子、女婿三人逮捕，并连夜押解到兰州，关进大狱。不料，事态反而因此愈发激化。苏四十三和马明心的义女赛利麦（撒拉族人）等人听说马明心被官府逮捕后，立即率义军日夜兼程进逼兰州，并占领了城西南的华林山。
三月二十七日，回民义军兵临兰州城下。苏四十三要求勒尔谨立即释放马明心，扬言若不依从，便要立即攻打兰州城。其时，义军有数千人，且士气正旺，而兰州城内空虚，只有清标兵八百名。勒尔谨和王廷赞都是虚有其表之徒，哪里见过这等阵势，吓得不知所措。百无对策之下，勒尔谨只好一面派人紧急向朝廷求援，一面抱怨王廷赞不该抓来马明心，以致引火烧身。这倒提醒了王廷赞，决意利用马明心来退敌。
当时，苏四十三正率军猛攻兰州城西门。王廷赞命人将马明心押上城头，用马的儿子和女婿生命相威胁，要他劝苏四十兰退兵。结果，马明心一出现在城墙上，城下的义军立即都滚鞍下马，向他跪拜，称他为“圣人”，一起诵新教经。马明心被逮捕后还遭受了苦刑，两腮胡须均被拔掉。城下义军见他面容憔悴，均挥泪如雨，泣不成声。于是，马明心“俯向城下作番语数语，色甚厉，俄挽头上巾掷城下”。
由于马明心讲的是“番语”，旁人不了解到底说了什么，因而说法颇多。一种说法是马明心遵从官府的要求，让苏四十三退兵，但因为距离太远，苏四十三没有听清；另一种说法是，马明心不畏强权，临危不屈，要求苏四十三等人坚持抗清。但无论马明心说的是什么，城下义军均是至恭至敬，尤其是拣到马明心丢下的头巾后均如获至宝，争相抚摩不已。王廷赞、勒尔谨等官员对此深以为惧，又见苏四十三依旧围城不走，担心马明心在蛊惑人心、妖言惑众，一旦放虎归山，势必酿成更大祸乱，于是当众将六十三岁的马明心杀害。马明心后被追尊为束海达伊，意为殉道者的领袖。
如此一来，事情再无斡旋余地，苏四十三率领义军加紧攻城，要为马明心报仇雪恨。王廷赞、勒尔谨等只能闭城苦守，等待援军到来。此时，突然天降倾盆大雨，连日不绝，苏四十三见一时无法得手，便暂时放弃攻城，率军退驻华林山。甘肃官员素以“连年旱灾”冒赈贪污，值此关键时刻，竟然是一场大雨挽救了他们，这不能不说是极大的讽刺。
就在王廷赞、勒尔谨等人恃城与义军对峙、惶惶不可终日的时候，清廷紧急调派来支援的大军前锋已经赶到兰州。这前锋不是别人，正是眷宠日隆的和珅。乾隆皇帝得知甘肃发生了回民起义后，立即派户部尚书和珅为钦差大臣，率蒙古扎萨克亲王拉旺多尔济（娶乾隆皇帝第七女固伦和静公主，公主为嘉庆帝同母姊）、领侍卫内大臣海兰察、护军统领额森特等人前去镇压。
和珅时年才三十一岁，可谓意气风发。五年前，他不过是个普通侍卫，如今的他可是今非昔比，除了拥有户部尚书的头衔外，还兼任议政大臣行走、御前大臣、补镶蓝旗满洲都统、正白旗领侍卫内大臣、四库馆正总裁，兼办理理藩院尚书事。其升官速度之快，官阶之高，兼职之多，权势之大，令整个朝野为之侧目。尤其值得一提的是，一年前，和珅还与乾隆皇帝成了儿女亲家，他的儿子被乾隆皇帝赐名丰绅殷德（满语为“富寿绵长”之意），指婚为十公主（即固伦和孝公主）的额驸。
固伦和孝公主为乾隆皇帝最幼女。按照清朝制度，固伦公主品级与亲王相当，只有皇后所生之女才能受封，其他嫔妃所生之女只能封为和硕公主，品级只相当于郡王。和孝公主的母亲虽然只是个普通妃子，但因为所生公主相貌酷似乾隆，最为乾隆所钟爱，所以破例加封为固伦公主。乾隆甚至曾经对固伦和孝公主说：“汝若为皇子，朕必立汝储也。”（清昭梿：《啸亭续录》，昭梿为努尔哈赤次子礼亲王代善的第六世孙）和孝公主性情刚毅，好武艺，极富英武之气，能挽十力弓，经常跟随乾隆外出游猎。尤其难得的是，她对其公公和珅的所作所为有十分清醒的认识，曾经对驸马丰绅殷德说：“汝翁受皇父厚德，毫无报称，唯贿日彰，吾代为汝忧。他日恐身家不保，吾必遭汝累矣！”关于和珅受宠的原因，说法不一，这里不多加讨论，但自从他从侍卫中被乾隆皇帝慧眼识中后，终乾隆一朝，恩宠不衰。就拿乾隆皇帝此次派和珅到甘肃来说，和珅从来没有带兵打仗的经验，而跟随和珅出征甘肃的海兰察、额森特等人均是身经百战的著名猛将。显然，乾隆皇帝派和珅到甘肃，意在让他立功，打算借此机会将其推上军机处的宝座。
深谋远虑的乾隆皇帝为了以防万一，还特意下令正在浙江督办海塘河工的大学士兼军机大臣阿桂（满洲正蓝旗人，大学士阿克敦子）火速赶往甘肃支援。阿桂长期戍守西北边疆，熟知兵事，战功赫赫。当然，在刻意的安排下，和珅先行率军赶到兰州，打算在阿桂到来之前一举剿灭苏四十三，建立奇功。但他不懂军事，贸然分兵四路进击，其他三路分别由拉旺多尔济、海兰察、额森特率领，他自己亲率一军。不料其他三路均有小胜，唯独和珅一军在先胜的情况下冒险轻进，被义军利用有利地形大败，清总兵图钦保也在此战中阵亡。
败绩很快就传到京城。和珅为了推脱责任，谎称是海兰察、额森特等人先战取胜，没有与他呼应，这才导致清军受挫。本来乾隆皇帝心如明镜，知道和珅不是块军事的料，现在又见他不肯承认过错，勃然大怒，说：“伊二人（指海兰察、额森特）先行打仗，并无不是之处，和珅邃行之章奏，岂行走迟延者反为功乎？若令朕颠倒是非，申斥无过之人，朕不为也。”严厉斥责了和珅，将其降三级留任。刚好此时阿桂抵达军营，问起失利原因，和珅又谎称是军中兵骄将悍，不听他指挥，才导致吃了败仗。阿桂当即在辕门点兵，“每呼一将，调拨屯戍，辄应如响”。一旁的和珅见到阿桂军令如山，众将无不凛然奉令，脸色不禁越来越难看。偏偏阿桂有意问道：“诸将初不见其慢，上方剑不知诛谁之头耶。”意思是说，我没有看见哪位将军如你所言简慢不听指挥，那么尚方宝剑该砍谁的头呢，暗指该对战败负责任的是和珅。和珅这才“战栗无人色”，再不敢出声。但自此以后，和珅对阿桂怀恨在心。
阿桂到达军营后，措置始有条理，局面有所扭转。乾隆皇帝认为阿桂“一人足办贼，和珅在军事不归一”，下令将前线军事交由阿桂全权指挥。和珅作为败军之将，在军中威信全无，早就呆不下去了。乾隆皇帝也有相应安排，下谕说：“朕起銮热河，为期亦近，御前领侍卫大臣、军机大臣等扈跸者现亦无多，令和珅速行驰驿回京。”连乾隆皇帝都要为和珅找个冠冕堂皇的借口下台，他对和珅的宠爱由此可见一斑。
阿桂赶到甘肃后，清军与回民义军对峙的局面为之一变，回民义军全面退往华林山一带。阿桂派出重兵围困华林山，断绝了山上的水源，还抛投火弹，将华林山清真寺的房屋尽行烧毁。乾隆四十六年（1781）六月初，清军冒大雨进攻，苏四十三等在寡不敌众的情况下，血战而死。义军全部战死，无一投降者。苏四十三起义虽然失败，但回民新教创始人马明心在回民中的巨大影响并未就此消失，此后百余年的回汉民族纠纷即由此而起。然而，朝廷大军与一小撮散兵游勇似的回民交战，竟然吃了败仗，还有一名正二品的总兵阵亡，颜面无存，总得要有人站出来背黑锅。既然皇帝依旧宠信对吃败仗负有直接责任的和珅，陕甘总督勒尔谨就该着倒霉了。乾隆皇帝盛怒之下，将火气都发在了勒尔谨身上，认为他在马明心、苏四十三一案中坐失良机，办理谬误，致使兰州被围，天威受损，下令将其革职抄家，并立即押赴京师，等候处理。
在查抄勒尔谨家产时，发现金山银海不计其数，这倒也不足为奇，令人惊讶的倒是在其管门家人曹禄房中抄出了近两万两白银及金器等物。后经审讯，曹禄供称是历年任管门家人时所积门包营运生息所致。乾隆皇帝为此特意下旨，命各督、抚、府、道今后概不许收受属员门包，也不许设立管门家人。乾隆还强调此项规定要每年汇奏一次，如有阳奉阴违，仍蹈故辙，或经科道参奏，或于别事发觉，该督抚欺饰之罪绝不宽待。
勒尔谨被革职查办后，甘肃省大小官员以王廷赞为首，人人自危，惶惶不可终日。众人齐聚布政使司衙门莅事厅，一起商议对策。只见王廷赞坐在椅子上，表情严肃，若有所思。其他官员围在他的周围，有的焦虑不安，有的失魂落魄，完全没有了官老爷的威风劲儿。
等了半天，始终不见王廷赞开口，兰州道道台秦雄飞终于忍不住了，哭丧着脸道：“藩台大人，您倒是想个法子呀！勒尔谨大人一倒，我们个个是危如累卵啊。”皋兰县现任知县蒋重熹也问道：“是啊，藩台大人。回乱尚未平息，苏四十三到现在还占据着华林山，皇上这么快就下旨将勒尔谨大人革职查办，会不会是已经发现了捐监冒赈的端倪？”众人一时附和不已。王廷赞急忙道：“大家别慌！勒尔谨大人被革职，完全是因为苏四十三的事，跟捐监无关。”
不料蒋重熹却紧接着说出了王廷赞最担心的问题：“勒尔谨大人这一去，还不知道下一任陕甘总督是谁。万一……万一……”他的话因为恐惧没有说完，但言下之意却是人人都听明白了。不管新一任陕甘总督是谁，捐监冒赈的盖子是捂不住了，唯一的方法，就是要将新总督拉下水，可万一新总督是个清官，这可就难办了。
众人一时面面相觑，都将目光集中在王廷赞身上。王廷赞自己心中也是直打鼓，但还是强作镇定道：“各位大人也别自己吓自己了，我这就派人到朝中去打探消息。大家先各自回去，等候消息吧。”众人这才略微放了心。
临走前，秦雄飞又讪讪地道：“藩台大人，现在您可是群龙之首，我们唯您马首是瞻，您可千万别抛下我们不管哪。”众官员连连道：“是啊，是啊。”王廷赞摆摆手，不耐烦地道：“大伙儿放心，咱们是一根线上的蚂蚱，谁也跑不了。”
众官员又议论了一回下一任陕甘总督的人选，这才各自散去。莅事厅中一下子静了下来，王廷赞的心中却开始翻江倒海。原本以为回回苏四十三叛乱事件是自己立功的大好机会，可谁想到会造成如今的局面。现在倒好，该到朝中找谁打听消息呢？这个人必须得是自己人才行。于敏中已经于去年病死，是靠不上了。朝廷派来甘肃的大学士阿桂素有清名，断然不可能成为自己人。尚书和珅年纪轻轻，正是皇上眼前的红人，听说他倒是贪财，可自己与他素无交往，而且正是此人在去年查处了云贵总督李侍尧贪污案。在这个关键时刻，还是要小心点好。那新一任的总督人选，会是谁呢？
关于于敏中之死，一种广为流传的说法说他其实是被乾隆皇帝变相赐死。当时于敏中患有小病，请假在家休息，乾隆皇帝派人送来人参等补品的同时，还有意赐了一床陀罗经被。陀罗经被又作陀罗尼经被，以白绫制成，上印藏文佛经，字作金色。在清朝时，只有王公重臣薨时皇帝才会赐此被。于敏中何等聪明，当即“悟旨”，知道皇帝希望他死，于是主动饮鸩身亡。乾隆皇帝赐病中的于敏中以陀罗经被确有实事，再联系当时朝中的局势，这种说法推断起来不无道理。当时和珅资历尚浅，于敏中掌军机首辅之位，权力极大，而当年乾隆皇帝正要南巡，大概不放心留于敏中在朝中，于是有意赐死，以绝后患。于敏中死后，乾隆皇帝还是做足了面子上的事，赐谥“文襄”，隆重祭葬，让他入祀贤良祠，还写诗痛悼说：“遗疏不堪视，挽词哪可忘；悲今如伯施，述古叹文皇。”事隔不久，于敏中之孙于德裕突然到官府控告堂叔于时和侵吞了祖父在京的资产，引起了乾隆皇帝的重视，结果调查之下，发现于敏中在京城和原籍江苏均留有巨额资产，值银二百万两。乾隆皇帝震惊之下，将于时和发往伊犁充军，于敏中遗赀中只留了三万余两白银给于德裕，其余全部充公。不过对于已经死去的于敏中，乾隆皇帝特意谕示要保全他的名节，不必再追究生前之罪。一直到后来甘肃捐监冒赈案败露，王亶望供认曾向于敏中大行贿赂之事，这才惹怒了乾隆皇帝，削夺于敏中子孙的世职。后来又将于敏中撤出贤良祠。正苦思无策之时，王亮侯疾奔进来，嚷道：“有消息了！新一任的陕甘总督是李侍尧！”王廷赞大为意外，几乎不能相信自己的耳朵：“什么？李侍尧？”
难怪王廷赞感到震惊了，这李侍尧因为犯了贪污罪，被判“斩监候”，正在刑部坐牢。李侍尧本人出身名门，颇有来头，其四世祖李永放为清朝开国元勋，娶努尔哈赤孙女，称“抚顺额驸”。他本人“短小精敏，过目成诵。见属僚，数语即辨其才否。拥几高望，语所治肥瘠利害，或及其阴事，若亲见，从皆悚惧”。如此精明干练、才略出众的人物，自然深得乾隆皇帝倚重，先后被委任两广、湖广、云贵总督。
此人能干归能干，却也是大贪官一个。乾隆四十五年（1780），乾隆皇帝派和珅为钦差大臣，查明了李侍尧在云贵总督任上贪赃枉法的事实。和珅建议将李侍尧“斩立决”。乾隆皇帝爱惜李侍尧才干，有意网开一面，故意不批准“斩立决”的决议，让和珅等人再行商议。安徽巡抚闵鹗元领悟了乾隆的本意，上书奏请说：“侍尧历任封疆，干力有为，请用仪勤议能之例，宽其一线。”乾隆皇帝遂顺水推舟，施予特恩，改判李侍尧为斩监候，不过也是监而不斩，只将他家产籍没，囚禁在刑部大牢之中。结果离他被定罪不到几个月时间，便被选中代理陕甘总督，东山再起，重登封疆大吏的位子，由此可见乾隆皇帝对其人的器重。
确认了李侍尧确实就是新任署理陕甘总督后，王廷赞倒感到希望来临了，因为李侍尧从来就不是什么清官，也许完全可以用当年王亶望拉勒尔谨下水的方法，如法炮制地拉李侍尧下水。不料刚刚将这意思一说出来，王亮侯立即连连摇头道：“藩台大人万万不可如此！他李侍尧当然不是清官，不过，我们却绝对没有办法拉他下水。”王廷赞奇道：“为什么？”王亮侯道：“大人想想看，李侍尧本来是被判了死罪的，现在皇上格外开恩，让他来代理陕甘总督，他心中感激圣恩，必然倾尽全力办事，以求将功赎罪。以他的性格和手段，一旦发现了蛛丝马迹，非查个水落石出不可，最后还要巴不得我们这些人个个人头落地，这样方显得他办事精明。”
王廷赞恍然大悟，暗骂自己糊涂，见识尚且不如一个长随。他想了想，又征询地问道：“那依你之见，该如何是好？”王亮侯微微一笑，道：“既然是李侍尧来代理陕甘总督，且无法为大人所用，大人当然就要去找李侍尧的仇家来帮忙了。大人想想看，如今普天之下，李侍尧最痛恨的人是谁？”王廷赞眼睛一亮：“是和珅。”
和珅此时眷宠正隆，之前将云贵总督李侍尧拉下马，就连李侍尧在京师中最豪华的一处宅邸也被乾隆皇帝赏赐给和珅作为十公主府邸，二人由此结下了不解深仇。但和珅刚刚吃了一场败仗，又被阿桂挫了风头，实在没有颜面在甘肃多留。刚好乾隆皇帝让他护驾热河，正要顺势打道回京之际，王廷赞的使者王亮侯携带大批礼物到了。寥寥几句交谈，精明的和珅便明白了其中的究竟。对于这送上门来的大礼，他当然没有理由拒绝，还欣然表示愿意为王廷赞出谋划策，指点迷津。
之后，和珅携带着王廷赞奉送的大批礼物返回京城，王廷赞则按照和珅的指点，一面将账簿改头换面，尽量减少破绽，一面主动上奏朝廷说：“臣历官甘肃三十余年，屡蒙皇上格外开恩，不次擢用，荐历藩司，任重才庸，涓埃未报……在用兵之际，需用浩繁，臣情愿以历年积存廉俸银四万两，缴贮甘肃藩库，以资兵饷。”
当时，清廷为了平定苏四十三，急调连城、凉州、陕西等地清兵驰赴甘肃，数万大军会聚兰州，军费兵饷一时间就成了大问题。和珅给王廷赞出的主意，就是让他赶紧主动捐出一些钱来，资兵饷，赈贫民，博取名声，以掩人耳目。
然而，急于摆脱困境的王廷赞实在是太急于求成，太急于邀功了，一下子就捐出了四万两白银，殊不知这样反而自曝其短。清承明制，官员俸禄微薄，一品大员一年俸银仅有一百八十两、禄米一百八十斛。布政使为从二品，一年的年薪只有一百五十五两、禄米一百五十五斛，就算加上养廉银，也决计不超过万两。王廷赞当上布政使不到四年，要支付历年办公、家用开支，已经是不小的数目，却能一下子拿出四万两银子来充军饷，家道如此充裕，实在令人起疑。乾隆皇帝看到王廷赞请资兵饷的奏折后，表面上嘉奖王廷赞忠心可嘉，但心中却已经开始犯嘀咕。不过此时，他还没有马上想到这四万两银子会与甘肃捐监有关。
清朝官员俸禄低微，导致了大小官吏普遍贪污受贿的状况。雍正皇帝即位后，为了根治日益败坏的吏治，建立了“养廉银”制度，即对各级官吏实行“低俸禄，高养廉”的政策，在俸禄外增发数额较高的生活补贴金，以使“各官俱有养廉足资”，希图以此来杜绝贪污。养廉银的数额大大高于正俸，多出数十倍甚至百数十倍。据《大清会典》所载：地方官员中，总督养廉银一般为一万三千两到两万两，巡抚为一万到一万五千两，布政使为五千到九千两，按察使为三千到八千两，道员为一千五百到六千两，知府为八百到四千两，知县为四百到两千两。恰好在这个时候，和珅回到了京城。他担心被乾隆皇帝切责迁延误事、贻误军机，煞费苦心地为自己寻找借口。他当然不敢再说是海兰察、额森特等勇将的责任，于是改口说一进甘肃就大雨连绵，势甚霶霈，连绵不止，道路泥泞，导致大军难行、战事不利。与和珅不谋而合的是，大学士阿桂也因为怕被冠上“师久无功、难辞其咎”的帽子，从前线上奏折诉苦，说甘肃当地“大雨竟夜”。乾隆皇帝何等精明之人，一下子就想到过去几年甘肃年年上报旱灾、申请用捐监粮赈灾，为什么单单今年多雨水？再看看甘肃近来发生的事情：陕甘总督勒尔谨管门家人曹禄房中即抄出两万两白银，甘肃布政使王廷赞主动捐银四万两做军饷，这些银子肯定不是正常渠道得来的。而就在不久前，浙江还发生了一件大事：王亶望主动献银五十万两，充修建海塘公费。因为王亶望刚刚被人参过，如此巨大数目的银两，如果得自浙江巡抚任上，必然早被人揭发了，只有一种可能，这五十万两白银来自王亶望的甘肃布政使任上。三事联系起来，乾隆皇帝终于开始疑心甘肃捐监一事定有重大弊端。
在乾隆皇帝对甘肃捐监一事起疑心之前，王亶望已经因为其他事情失去了乾隆的信任。乾隆四十五年（1780），号称中国历史上最能花钱的乾隆皇帝再次南巡。时任浙江巡抚的王亶望知道皇帝性好挥霍，喜欢讲排场，为了讨好乾隆，不惜花费巨资大修特修楼台殿阁，张灯结彩，备极方物。其奢侈程度，就连乾隆皇帝看了后也觉得实在过分，特意说：“省方问俗，非为游观计。今乃添建屋宇，点缀灯彩，华缛繁费，朕实所不取。”（《清史稿卷三三九》）意思是说我巡视地方是为了来了解风俗，不是来游览观赏的，但却因此而添建房屋，点缀彩灯，如此繁华的装饰，这是我实在不能接受的。王亶望见到皇帝斥责，急忙说这是嘉兴知府陈虞盛所为，陈虞盛为此被免职。
然而，千万不要以为乾隆皇帝真的就是希望节俭，他表面上训斥告诫了王亶望，内心其实很高兴，以王母邓氏年逾八旬为由，下谕赏赐御书匾额及大缎二匹、貂皮四张。不巧的是，邓氏刚好在这年八月病逝。按照清朝制度，王亶望该回家乡山西丁母忧三年，但他不甘心就此离开浙江巡抚的肥差，于是借口要督建海塘工程，上疏请求治丧百日后留在杭州海塘效力。乾隆皇帝允准，但王亶望也因此去职，浙江巡抚改由李质颖担任。不久，李质颖与王亶望在海塘事上意见不一，李质颖便上书弹劾王亶望“有家眷不回原籍守孝”，意思是王不让妻、子还乡奔母丧，同时还揭发了王亶望办理海船事务时大肆收受商人贿赂并接受他人馈送婢妾一事。乾隆皇帝得知后甚为重视，派大学士阿桂等人调查。王亶望当然矢口否认，而李质颖拿不出真凭实据，承认所奏不过是得自传闻。于是，乾隆皇帝对此案最后的结论是“王亶望尚无情弊”，不过是李质颖与王亶望不和，有意滋事。李质颖也由此被召回京城，浙江巡抚改由闽浙总督陈辉祖兼任。显然，此时此刻，乾隆皇帝还是信任和偏袒王亶望的。
转眼到了乾隆四十六年（1781）正月，乾隆皇帝派大学士阿桂赴浙江查勘海塘工程。阿桂发现了杭嘉湖道王燧和原嘉兴知府陈虞盛贪纵不法、虚报经费的情况，立即上疏揭发。因为王亶望任浙江巡抚时，王燧、陈虞盛均为其亲信，乾隆皇帝敏锐地意识到王亶望也脱离不了干系，下令逮捕王燧严审，尤其要查清王亶望与王燧有无“交通情事”。王亶望得知后十分恐慌，急忙自请罚银五十万两，充做修建海塘公费之用。乾隆皇帝答应了王亶望所认罚银，但对如此巨额银两的来源十分怀疑，密令阿桂严加查访。阿桂自然想不到这些银子大多是王亶望任甘肃布政使时贪污的赃款，只在浙江调查，因而查来查去，始终找不到有力的证据。就在这个关键时刻，甘肃发生了回民苏四十三的起义，天下人包括天子的视线立即转向了甘肃，王亶望的危机暂时解除了。只是这位能事之藩司万万没有想到的是，甘肃连日的大雨以及甘肃布政使王廷赞捐四万两白银做军饷将会将他连带扯出。
乾隆皇帝看出破绽后，立即传谕当时正在甘肃的大学士阿桂和署理陕甘总督李侍尧暗中调查甘肃捐监一事，据实汇报。阿桂和李侍尧很快就查出了甘肃捐监从一开始就是改收粮为折色收银的事实。时在承德避暑山庄的乾隆得知后，感觉长期受到了蒙蔽，十分震怒。精明的和珅见甘肃捐监即将出大案，便抢先向乾隆皇帝奏称说：“王廷赞莅任甘省藩司（即布政使）有年，其家计充裕，即使再加捐数倍，亦属从容。”意思是说，王廷赞担任甘肃布政使有几年了，别说捐四万两军饷，就是再多几倍，也能轻松拿出来。此话十分阴险，前面提到过，清朝官员俸禄微薄，四万两白银已经是巨额钱财，和珅的潜台词自然就是王廷赞有偏门捞快钱。乾隆皇帝听了，竟然没有凛然发作，而是一面派人到甘肃召王廷赞到行在热河晋见，再命阿桂和李侍尧务必严查甘肃捐监一案；另一方面，又命闽浙总督陈辉祖查讯时在浙江的王亶望。
此时，因甘肃回民起义被革职的前任陕甘总督勒尔谨已经被押解到京师，留守京师的大学士英廉奉旨提讯甘肃收捐监粮一事。不料勒尔谨早有一套说辞，称：“我最初奏请恢复捐监粮时，并无折色收银一事。后来风闻有折色之说，也问过当时的布政使王亶望，但王称并无其事，于是我信以为真，没有再过问。一直到王廷赞继任，发现了问题，才告诉我王亶望在任时一直是私收折色。后来大家公议继续折色收银，每名监生收银五十五两。我也担心各州县不将捐银拿去买粮，王廷赞提议交给兰州府专办，我也同意这样做。这样，这笔款项即从首府（兰州府是甘肃首府）分发，各州县并不解交经手。”虽然勒尔谨的供词极力为自己开脱，但有一点是显而易见的，那就是改收捐粮为折色是在王亶望任内开始的，后来冒赈更是成了他分肥的手段。
再说甘肃兰州这边，甘肃布政使王廷赞接到皇帝召自己去承德避暑山庄晋见的谕令后，已经意识到此行凶险难料，但圣意难违，他不得不遵命行事。但王廷赞也不是没有丝毫行动，而是飞快写了一封机密信件，派心腹王亮侯紧急送往位于关外盛京（即沈阳）的源有通号帽铺，这才开始准备启程。
前往热河，必须要经过北京。在到达北京后的当夜，王廷赞不带随从，一个人秘密赶去一家客栈与一个名叫王诲之的人见面。王诲之就是源有通号帽铺的老掌柜，接到王廷赞的密信后，便率领何万有、张谦益、王汝辑、孙士基、曹国林五名伙计（清代“伙计”意思很广，包括合伙人、经营者等）火速从盛京赶来北京，已经恭候多时了。王廷赞身为朝廷大员，怎么会与这些普通商人扯上关系呢？
原来，王廷赞不但与王诲之有联宗之谊，本人还是源有通号的大股东，王诲之是应王廷赞之请，任掌柜经营源有通号帽铺。而何万有等五人也并非普通的雇佣伙计，均是王廷赞心腹王亮侯的临榆（今河北秦皇岛）同乡，由王亮侯引荐，成为王廷赞生意上的合股人。
七个人在房中商议了很久很久，一直到天快亮时，王廷赞才从房中出来，独自离开。
外面，东方的天空已经露出了鱼肚白。王廷赞凝视着，忍不住长叹了一声。此时，他已经知道跟随自己多年的王亮侯在送信到盛京后即不告而别的消息。唉，果然是大难临头各自飞。不过，在他内心深处，并没有怨恨王亮侯的背叛，而是有一种“树倒猢狲散”的悲哀。
乾隆四十六年（1781）六月初，王廷赞终于到达热河，军机大臣会同大学士、九卿立即遵旨讯问。王廷赞的供词与勒尔谨如出一辙：改收折色是自王亶望任内开始，他到任后发现收银不合体制，立即下令停止收银，重新按收粮处理，但之后一直无人报捐，无奈之下，只得依旧延续前任的做法。至于每名监生收银五十五两，则是因为考虑到各州县办理捐银数多寡不齐，又担心各州县有短价勒买粮石之事发生，有个统一规定的数额而已。甘肃粮价比较便宜，此数足敷定额。而之所以要将办理捐银交给兰州府专办，是因为其他各省到甘肃捐监的商民通常都是聚集在省城兰州，改归首府更方便报捐。兰州府统一收捐后，会将收银发给各州县，购买粮食补还仓库，再按季申报，道府并加结于上。
乾隆皇帝看到王廷赞的供词后，拍案怒斥：“所供殊不足信。”（《清高宗实录》）特意于六月初十下谕驳斥王廷赞供词，大意是说：甘肃收纳监粮，原本是为了仓储赈济的目的，理当收取本色粮食，怎么能公然定数私收折色，而且此等严重违反朝廷例禁之事从无一字奏闻？如果说甘肃粮价便宜，五十五两银买的粮食已符定额，那么当地必然是收成丰稔，粮源充足，怎么还需要每年赈济呢？如果赈灾是实情，粮食必定昂贵，五十五两银子又怎么能买足所定的粮数？这两者自相矛盾，必有一方是假。
乾隆皇帝此谕诘问得十分透彻而高明，王廷赞再也无法掩饰回辩。他本来还寄转机于接受过他贿赂的和珅，不料和大人一副公事公办的样子，甚至还多次在公开场合威胁要对他用刑。王廷赞心头又恨又气，但却不敢揭发出和珅受己贿赂一事，一来于事无补，二来心中总还存了一丝侥幸，盼望和珅在最后关头能伸出援手。
在同一时间，闽浙总督陈辉祖封存了王亶望的所有财物，但审问却没有取得任何实质性的进展。王亶望供称：“风闻有折色之事，当即责成道府查禁结报，且意在捐多谷多，以致一任通融。”意思是说，他在办捐过程中，确实听说过有捐监改收粮为收银一事，但这是其下属私自所为，他曾经就此事责备过下属，但后来考虑到收银后可以补购粮食，所以也就不了了之。
王亶望此供，不但不承认冒赈贪污，而且将改收折色的责任全部推到其属员身上。他还特意强调他的本意在于捐多粮多，至于分肥入己之情弊绝对没有。闽浙总督陈辉祖的弟弟陈严祖时为甘肃环县知县，也牵涉进甘肃冒赈案，因而陈辉祖本人也有心庇护，决定就此放一放王亶望，便推辞说要等朝廷钦差工部侍郎杨魁到后，再一起严审王亶望。
当年六月十三日，陈辉祖关于王亶望供词的奏折送到北京。到了这个时候，乾隆皇帝已经肯定甘肃捐监“有竟不买补，虚开赈济，冒销情弊”，自然对陈辉祖的作为很是不满，但又想不出陈辉祖有什么维护王亶望的理由（皇帝无论如何没有想到身为知县的陈辉祖弟弟陈严祖也卷入了甘肃捐监案），认为是一直没有找到真凭实据，所以王廷赞、王亶望等人才会不断地狡辩、搪塞、推诿，于是传谕阿桂、李侍尧，盛赞二人是“中外最能办事之人”，要求二人将甘肃捐监案的内在情形迅速查明，务必水落石出。
而就在这个时候，京城发生了本篇开头提到的六十根金条案。由于王廷赞是源有通号帽铺东家的事众所周知，众人均怀疑这是他在刻意转移财产。但由于直接当事人何万有一直没有被官府抓获，旁人也无从得知真正内情，只能是猜测而已。
六十根金条的事很快就传到了热河。讯问王廷赞时，王廷赞却说这金条是他在甘肃以高价银换的，现在看到甘肃军需紧张，特意带到北京来换成银子，打算捐做军费用的。至于何万有，不过是他熟识的一个人，因他本人换银不便，所以将金条托其代为兑换。
一个月后，蓟州激馏客栈发现了被通缉的何万有的尸体。他是自杀而死，并留下一封遗书。遗书彻底拆穿了王廷赞的谎言：原来这六十根金条是王廷赞自甘肃带来，在北京交给了王诲之，王诲之又托何万有代为保管。何万有因风声紧，又想到将金条藏在衣褡中，转存到联兴帽铺内。
除何万有之外，帮助王廷赞转移财产的还有张谦益、王汝辑、孙士基、曹国林四人，后来均被抓获。通过这些人，又追查到他们的同乡——之前为王廷赞心腹长随的王亮侯身上。后来进一步追查才发现，王亮侯也事前参与转移了资产，仅转移到他家乡临榆的王廷赞财产就有金叶子四封（重四百余两）、银一百余封（重六千七百两）。果然应验了和珅在乾隆皇帝面前揭发王廷赞“家计充裕，即使再加捐数倍，亦属从容”的话。
再说兰州这边，阿桂、李侍尧接到乾隆皇帝六百里加急廷寄后，自然不敢怠慢。可甘肃捐监积弊已久，冒赈也已历经数年，堪称惊天大案，甘肃各级官员却从无一人对朝廷提及，可见通省大小官员无不染指，人人有份。面对这样一个密不透风的集团，到底要从哪里下手呢？
幸好对此难题，精明过人的乾隆皇帝早有明确指示，要二人重点清查王亶望任甘肃布政使时道府结报监粮系属何人，以及私收捏报的经过。很快，阿桂、李侍尧就理出了一份王亶望任内时历任道府及直隶州官员名单。下一步就是要寻找突破口，对此，乾隆皇帝进一步谕示：“臬司（按察使）即系局外人。”一语惊醒了梦中人。
当年六月二十七日，阿桂和李侍尧派人将甘肃按察使福宁“请”到总督府来。福宁进来时，阿桂和李侍尧正端坐堂上，一脸肃色，这让本来已经很紧张的福宁更加惴惴不安。见礼后，李侍尧也不寒暄，单刀直入地问道：“臬台大人，你应该知道今天我们请你来是为了什么事吧？”福宁用袖子擦了一把额头的汗：“福宁不知，还请李相国明示。”李侍尧虎起了脸，冷笑道：“你是臬司，主管一省司法大权，还需要我明示么？”福宁更加紧张，一句话也说不出来。一直冷眼旁观的阿桂这才开口，温言安慰道：“福大人，你也不必过于紧张。我们都知道，你是臬司，完全是局外人，这也是皇上的原话。”福宁大感意外，愣了一下，还有些不相信地问道：“皇上真这么说？”阿桂肯定地点点头，道：“对，皇上英明。福大人，你只需要将你所知道的甘肃省捐监一事如实告诉我们，就完全脱离了干系。”
福宁又惊又喜，当即将他所知道的甘省捐监内幕和盘托出：甘肃自开捐之始，便是收银，而不是收粮。具体的做法是：王亶望将实收靠（空白的捐监执照收据）和所收银两全部交给兰州府存贮，当时的兰州知府就是他的亲信蒋全迪（现任浙江宁绍台道），因而给发各州县捐银的多少全由王亶望一人说了算，旁人无权过问。外省捐生全部到省城兰州报捐，省内各州县也在兰州向报捐之人办理捐监手续，颁发监生执照。各州县领回的折色银两，也没有用来买粮补还仓库。放赈时，王亶望从未亲往灾区察看，各地的受灾分数均由他一口决议，放赈时也不派官员监视。即使事后盘查，各州县具文申报，道府按季出结，也全是弄虚作假、虚应了事。
福宁的交代有力地指证了王亶望是私收折色的始作俑者，并不是如王所供称的那样是其下属所为。不过福宁所知有限，具体到王亶望是如何用冒赈开销情弊一节，也无法提供更多的线索，只是说甘肃省各地方报灾数目全部由布政使司决定，如果要了解更多，只能去查阅王亶望任内时各属报捐实收及开销赈粮的原始账簿。
福宁走后，阿桂与李侍尧又提讯了巩昌府知府宗开煌。乾隆四十一年（1776）时，宗开煌任安西知府，安西下辖敦煌、玉门两县，正是所谓的“赈灾重地”。他供称说：“我任内敦煌、玉门两县册结时，因王亶望要求，不得不在省城出具假结。”
得到福宁和宗开煌的供词后，阿桂与李侍尧相视而笑。至此，甘肃捐监冒赈案已经浮现出冰山一角，王亶望和王廷赞的狐狸尾巴已经露出来了，下一步，就是要将其中舞弊分肥、冒销勒买的详细情形查出个究竟。为此，二人连夜调阅了布政使司的账簿。
只看了几本，李侍尧便发现了一个重大巧合：凡是捐监人数多的地方必然有干旱，赈粮也相应的多，捐监人数少的地方则少有灾赈。举例来说，乾隆四十年（1775），甘肃首府首县皋兰县报捐实收四千八百张，应当收纳监粮十九万一千九百余石，这一年即开销赈粮十五万五百余石、银一万七千余两。次年，皋兰县报捐实收八千张，应收监粮三十二万石，这一年即开销赈粮二十三万四千八百余石。连续两年，收捐与开销大致持平。实收捐生之多寡竟然与各州县被灾之轻重如此契合，显然已经不是巧合，而是王亶望与地方下属串通侵蚀、任意开销的实证。
至此，冒赈开销一节的过程算是查清楚了，下面就是调查甘肃省上下官员如何舞弊分肥之情形了。但这一关节无疑是最难的，甘肃弊情日久，通省大小官员无不染指，他们知道利害关系，自然上下沆瀣一气，蒙混隐瞒，绝对不肯实说。为此，乾隆皇帝特意发来谕旨：“甘省冒赈一案，官员若此时尚不据实供明，将来别经察出，则怙过不悛，即概行正法，断不姑宽。”大概意思就是坦白从宽、抗拒从严。阿桂与李侍尧立即召来司道及在省的各府厅州县官员，告知皇帝旨意，劝众人赶紧主动吐出舞弊实情，以求得一线生机。
自勒尔谨革职被逮、王廷赞被召去承德避暑山庄，甘肃大小官员群龙无首，惶惶无助。到了这个地步，退无可退，避无可避，一度水泼不进的贪污集团终于开始分崩离析了。陆续开始有官员交代，不过只是承认历年办理灾赈时有以轻报重、户口以少报多的情况，一旦涉及冒销舞弊的关键，这些人立即又沉默不语了。审问多日，没有任何实质性的结果，案情始终无法取得进展。谁也没有想到，最后打破这一僵局的竟然是一个微不足道的小人物——皋兰县户房的书吏。
阿桂和李侍尧苦思多日后，终于想到地方州县报灾散赈，必然先有文书，而文书则必须经过书吏之手，如果有文书留底，岂不是最好的证据。想到这一关节后，二人立即派人将皋兰县户房的书吏全部秘密逮捕，分别隔离后严刑拷打。终于有一名书吏忍受不住酷刑，交代其手中藏有一本乾隆四十年的散赈点名清册，其中记录的散赈为实放数目。这本账簿本来是该销毁的，当日扔进火堆后，因机缘巧合并没有完全烧完，关键信息都还在，被这名书吏悄悄藏了起来。
经核查发现，清册上记录的放赈实放数目与上报的册子相比，户口名数悬殊。且上报册中记载的赈数是八分本色、二分折色，但点名清册中则是全放折色。捐监时按市场粮价收银，放赈时则按部价折给老百姓，这样，在一收一放中就出现了利差，再加以实放户数与向朝廷上报的户数不符，又出现一大差额。这两者的巨大差额必然有浮冒产生。于是，这本残缺不全的账簿成为该县前任县令程栋借赈恤之机大肆冒销侵蚀的有力证据。
案情由此取得了重大突破。前任兰州知府蒋全迪现任浙江宁绍台道，前任皋兰县令程栋现任刑部员外郎，均被立即逮捕送交刑部审讯。而皋兰县为甘省首县，为一省之耳目，皋兰县一经突破，其他大小官员再也沉不住气了，纷纷将各自的浮冒赈粮数以及被上司勒取交办物件等项用去银两数目逐一供明。至此，甘肃省上下官员冒销舞弊情形已经是铁板钉钉的事实。
乾隆四十六年（1781）七月，所有相关主犯包括王亶望在内均被押到热河行在，乾隆皇帝亲自廷鞫质讯。在铁一般的证据面前，王亶望、王廷赞等人不得不俯首认罪，承认了折监冒赈、从中渔利的犯罪事实。
审讯官员曾问王亶望道：“如此贪婪不法，与属员通同作弊，难道不怕日后犯出来，就如此大胆么？”王亶望回答说：“我做这种的事，我起初若想到今日发觉也断不敢做，只是我贪心重了，想上下合为一气，各自分肥；又令该道府等出结存案，希冀可以蒙混；有散赈可以藉端掩饰，不至败露出来，所以大胆做了。”（《惩贪档》）
至此，甘肃官员营私舞弊案全部暴露。初步估计，前后通过捐监冒赈侵吞的银两至少有上千万，贪污数量之巨，为清朝立国以来之最。
七月三十日，乾隆皇帝在热河承德避暑山庄下了一道谕旨，总结甘肃捐监冒赈说：“甘省收捐监生，本欲藉监粮为备荒赈恤之用。乾隆三十九年经勒尔谨奏请开捐，议准允行，原令只收本色粮米，其时王亶望为藩司，即公然征收折色银两，勒尔谨竟如木偶，毫无见闻。于是王亶望又倚任兰州府知府蒋全迪，将通省各属灾赈，历年捏开分数，以为侵冒监粮之地，自此上下勾通一气，甚至将被灾分数，酌定轻重，令州县分报开销，上侵国帑，下屯民膏，毫无忌惮。”
最后的判决结果是：王亶望立即处斩；勒尔谨赐令自尽；王廷赞判绞监候，秋后处决。王亶望被押赴刑场时，十分镇定，只是长叹今日结局是命中的定数。
面对如此惊天大案，乾隆皇帝愤慨有加，一时不能平静，再次下谕说：甘省捏灾冒赈一案“枉法营私，大小官员通同一气，为从来未有之奇贪异事，故当以重法治之，非不知罪人不孥，而此实非常之罪也”。然而，说是要“重法治之”，严惩示戒，在追究其他涉案官员之时，皇帝又陷入了两难的境地。
甘肃当时共有六个直隶州，一个直隶厅，六个州，八个厅，四十七个县，而初步追查出来有牵连的官员即达一百余人。按照清朝律例，凡侵盗仓庠钱粮一千两以上官吏即判为斩立决。但在甘肃冒赈案中，侵冒银数一千两以上的道、府、州、县官员就有一百一十九人，道、府、州、县官员几乎全部卷入，到了全省俱贪的地步。为了避免出现甘肃衙门为之一空的状况，乾隆皇帝被迫放宽尺度，将斩立决的条件由侵冒银一千两以上改为二万两以上，一万两以上者改判为斩监候，一万两以下者再根据轻重分别处理。
即便如此，先后被押赴刑场斩首的案犯也多达五十六人，免死流放到伊犁、黑龙江等处的共有四十六人，并且遇大赦不得援例宽释。因一件贪污案就斩杀、绞决、流放如此多的官员，自清朝立国以来，还绝无仅有。而这还是没有穷追猛打的情况，如果深挖下去，牵涉进的官吏必然更多。若是按顺治十七年（1660）顺治皇帝发布的“贪官赃至十两者，流徙幕北（大漠以北）地方”的谕旨来量刑，恐怕大清朝的官员全体该被流放了。从“贪官赃至十两者，流徙幕北”到“侵盗仓庠钱粮一千两以上官吏判斩立决”，再到“二万两以上斩立决”，何等生动地表述了吏治的由清到浊。
之前曾经被派往甘肃查证仓粮的刑部尚书袁守侗和刑部左侍郎阿扬阿也受到了牵连，被交部严加议处。甘肃按察使福宁革职留任。陕西巡抚毕沅（乾隆二十五年状元，当时有名的文人）也因知情不报被罚银，降三级留用。江苏巡抚闵鄂元（其弟闵元任平凉府同知，涉及甘肃冒赈案被杀）、闽浙总督陈辉祖（其弟陈严祖为甘肃环县知县，涉及甘肃冒赈案被杀），均有庇护之嫌，也被罚银并降三级留用。
回想起当初允许甘肃重开捐监之种种情形，王廷赞当面保证的“随时随处实心实力，务期颗粒均归实在”犹在耳边，乾隆皇帝不由得感慨万分，叹息说：“内外臣工无一人言及，思之实为寒心。”（《清高宗实录卷一一六七》）甘肃捐监由此停止不说，且对已经被斩首的王亶望余怒未消，认为王亶望是最大的罪魁祸首，因而有意祸及其家人，将王亶望之子王裘、王荣、王焯章革职，发往伊犁充当苦差。王亶望另外还有八个儿子，年纪均不到六岁，也全部被逮捕下狱，等年满十二岁时再流配异乡。一直到乾隆五十九年（1794），国史馆突然进了一部《王师传》，极力表彰王师在江苏巡抚任上的事迹。王师就是王亶望的父亲。此时，王师死去已经有四十多年，国史馆突然为他立传，显然是有人操纵，意在引起皇帝的怜悯，以救出王亶望的儿子。果然，乾隆皇帝看到《王师传》后，一时感慨王师的清名，说：“勿令师绝嗣也。”（《清史稿卷三百三十九》）意思是说，不要让王师这样的清官断子绝孙。特意下恩旨赦免了王亶望的儿子，允准还乡。
这场发生在西北贫瘠之地的捐监冒赈案，自总督勒尔谨开始，以布政使为首，由兰州知府具体主持，一直到地方州县衙役，“全省大小官员无不染指有罪”，“上下一气”，并隐匿不露长达七年之久，不但在清朝是闻所未闻之事，即使在整个中国历史长河中，也是十分罕见的。
就连自称为“十全老人”的乾隆皇帝本人也对此大惑不解，“公然定数且私收折色，（七年中）从无一字奏闻”，他却不明白除了体制的原因外，贪案更多是由于他自己造成的。他一直妄图用战功超越其祖父康熙皇帝，先后发动了十次战争，穷兵黩武，将“府库充盈”的国库消耗一空。据赵翼《詹曝杂记》记载，乾隆第一次用兵金川，耗费军需银七百七十五万；用兵西陲，耗费军需银二千三百一十一万；用兵缅甸，耗费军需银九百一十一万；第二次用兵金川，耗费军需银六千三百七十万；用兵台湾，耗费银米共一千万。
除此之外，乾隆皇帝又骄淫奢侈，极事纵游，不顾国库空虚，六下江南，劳民伤财，挥霍无度。别的不说，仅拿他审结甘肃捐监冒赈案的承德避暑山庄来说，山庄建于康熙年间，乾隆即位后又大肆扩建修缮，圈地数十里，广筑围场，杂植时花，分置亭榭，一直到晚年才修建完工。避暑山庄内凿池引水，杰阁高凭，绿草如茵，清风习习，号称“天下一大观”。当时有一扈随乾隆的官员赞叹说：“此地气候温淑，大胜京师，洵无愧避暑山庄也。”旁边一满人武将听见了，回答说：“诚是。此陛下就宫内言耳。若外间城市极狭，房屋亦低小，人民半多蜗处其中，兼之户灶衔接，炎暾之盛，十倍京师。故民间有谚曰：‘皇帝之庄真避暑，百姓仍是热河也。’”（清汪诗侬：《所闻录》）皇帝在避暑，百姓却身处热河，多么鲜明的对比。可以说，乾隆皇帝的奢靡成风对贪污大案迭起起到了极为重要的推波助澜的作用。终清一朝，二品以上大员身陷刑辟者以乾隆朝最多，便是明证。
不过，甘肃捐监冒赈案的余波还没有结束。王亶望等贪官伏法没几天，又从这件贪污大案中牵扯出了另一件案中案，导致又一位封疆大吏人头落地。