江南地杰人灵，素来为人文荟萃之地，才子名士层出不穷。明末清初之际，如号称“江左三大家”的钱谦益（娶秦淮名妓柳如是）、龚鼎孳（娶秦淮名妓顾眉）、吴伟业（字梅村，与秦淮名妓卞玉京有一段旷世情缘），复社公子侯方域（字朝宗，娶秦淮名妓李香君）、冒襄（字辟疆，娶秦淮名妓董小宛）、方以智、陈贞慧等，无一不是声动天下的名士。吴门诗人吴兆骞就出生在这样一个文风炽盛的地方。
吴兆骞，字汉槎，号季子，江苏吴江（今江苏吴江）人。他少有隽才，成名很早，九岁时就写出了数千字的《胆赋》，十岁时写出《京都赋》，声震文坛。才气纵横，又才名远播，养成了吴兆骞高傲狂放、愤世嫉俗的性情。他小时候在私塾读书，经常将同学的帽子拿来当溺器小便。当先生责问时，他竟然回答说：“与其放在俗人头上，还不如拿来盛小便。”先生由此叹息道：“此子将来必以名大惹祸。”吴兆骞却毫不以为然，非常自负地告诉好友汪钝说：“江东无我，卿当独秀。”非凡的自信和狂傲一览无遗。正因为他自少年时期起，便“为人简傲自负，不拘理法，不谐与俗”，因此乡里有不少人对他又嫉又恨。
吴兆骞曾随父亲宦游楚地四年，后因张献忠农民军起义烽火所及，奉母回到故乡。明朝灭亡后，吴兆骞归隐乡里，与江南士大夫互相唱和。大名士吴伟业对少年吴兆骞非常赏识，二人曾一同游历。
顺治六年（1649）吴地成立了“慎交”、“同声”二社，二社其实都是松江名士陈子龙所创建的畿社的分支。陈子龙抗清败亡后，畿社社事削弱，分出了慎交、同声二社。吴兆骞与兄长吴兆宽、吴兆宫加入了慎交社，他少年才俊，高谈雄辩，声望甚隆，被推举主持慎交社。当时名满江南的才子尤侗、计东、顾贞观等人加入了慎交社，成为社中重要人物。尤其是吴兆骞与顾贞观情投意合，二人结为生死之交。而后来吴兆骞罹难，顾贞观所表现出来的友情足以惊天地、泣鬼神。
顾贞观，字华峰，亦作华封，又字远平，号梁汾，初名华文。江苏无锡人，出自无锡之邑的名门望族。其曾祖顾宪成为晚明东林党人的领袖。由于各守门户，慎交、同声二社势同水火，积怨很深。顺治十年（1653），吴伟业即将出仕清廷，北赴京师前，他受钱谦益委托，出面调和社事。两社人马应吴伟业召集，在虎丘举行大会。九郡之人才齐聚虎丘广场，盛况空前。尤其是吴兆骞与吴伟业即席唱和，才华逼人，令吴伟业嗟叹不已，以为自己也不能及。一时间，吴下英俊都以结识吴兆骞为荣，时人将他和陈维崧、彭师度并称为“江左三凤”。吴伟业更是对宾客说：“江左三凤凰，阳羡有陈生，云间有彭郎，松林吴兆骞，才若云锦翔。”
虎丘大会还算圆满，就连归庄这样的人也都参加了（归庄是复社重要成员，以性格孤傲怪僻著称。时人将他和顾炎武并称为“归奇顾怪”），但是二社的裂痕依旧。尤其令吴伟业难堪的是，大会快要结束的时候，突然有一个少年投函给他，信上写着一首诗：“千人石上坐千人，一半清朝一半明，寄语娄东吴学士，两朝天子一朝臣。”极尽能事地嘲讽吴伟业即将出仕清廷。吴伟业看了信后，立即站了起来，但默然无语。
虎丘大会后，吴兆骞才名轰动一时，甚至传入了京师，“诸前辈巨公，恨不识吴生也”。可惜命运无常，这位文采风流的江南才子竟然离奇地卷入了丁酉江南科场案，从此被抛进了苦难的深渊。
在各省乡试中，顺天闱为北方最重，江南闱则为南方最重，二省录取举人的名额也是高居前两位。顺天闱之所以排在第一，不过因为是“天子脚下”的首善之区，沾了京师和皇帝的光。而江南闱能排在第二，则全靠地域人文荟萃、真枪实弹的本事了。江南多名士，江南闱也素来被认为是国家选拔人才最关紧要的所在，因而在选派考官方面特别慎重。顺治十四年（1657）丁酉科的主、副考官方猷、钱开宗，是顺治皇帝千挑万选出来的，并寄予厚望。二人临行前，顺治皇帝特意召见，要二人敬慎秉公，并警告说倘所行不正，决不轻恕。不过因为科场积弊已深，之前的处罚又轻微有限，加上汉官素来有欺负满人不通翰墨之心，方猷、钱开宗二人跟顺天闱的同考官李振邺一样，并没有太将少年皇帝的话放在心上。
到了南京后，主、副考官方猷、钱开宗自以为天高皇帝远，早就将顺治皇帝的提醒忘到九霄云外，大肆徇私舞弊。结果榜发后，取中者颇多富贵人家子弟，士论大哗，愤愤不平者大有人在。有人写文章怒骂，还有人写诗嘲讽道：“孔方主试合钱神，题目先论富与贫。金陵自古称金穴，白下于今中白丁。”不过，影响最大的还是南京书肆刚刚刊刻发行的《万金记》一书，万是方猷的“方”字去一点，金字则为钱开宗的“钱”字的一半，“万金”二字即是影射方猷、钱开宗两考官的姓。书中揭露了主考官纳贿通贿的情形，历历如绘，只是隐去了当事人姓名。
另外还有一出名叫《钧天乐》的杂剧，也是写科场故事，分上、下两本。上本写文才出众的沈子虚，应试落第，而不学无术的贾斯文等，却因财势而得中。主考名叫胡图，是“糊涂”的谐音；三鼎甲名叫贾斯文、程不证、魏无知，谐音分别为“假斯文”、“真不证”、“鬼无知”。剧本中有一首《黄莺儿》词：“命意在题中，轻贫士，重富翁。诗云子曰全无用，切磋欠工，往来要通，其斯之谓方能中，告诸公，方人子贡（孔子弟子，以善于营财著称），原是货殖家风。”淋漓尽致地揭发了主考官纳贿作弊的行为。下本写天界考试真才，沈子虚遂中状元，并得夫妻团圆，表现了作者的幻想。此剧刚好写成于江南闱发榜后，时人均疑影射科场，每每演出，“观者如堵墙，靡不咋舌骇叹”，“吴中好事者传为美谈”（《钧天乐自记》）。
方猷、钱开宗二人离开江南回京师，路过常州和苏州时，一路都有人随舟唾骂，甚至投掷砖石，吓得二人一路都躲在舱中。来时前呼后拥，无比风光；去时却是藏头缩尾，丝毫不敢抛头露面，可谓对比鲜明。
顺天科场案发后，李振邺等人被处极刑，并株连极广，朝中北方籍大臣刘正宗自然不会放过“荼毒南士”的大好机会。经过一番周密的策划后，顺治十四年（1657）十一月二十五日，工科给事中阴应节（山西洪洞人）上疏参奏说：“江南主考方猷等弊窦多端，发榜后，士子忿其不公，哭文庙、殴帘官，物议沸腾。”为此，他还举出了此事中乘机滋弊、冒滥贤书的典型：少詹事方拱乾的第五子方章钺因与方猷联宗而被取为举人。
方章钺出身海内著名世家桐城（今安徽）方氏。方氏号称“江东华胄第一”，门中数代科第仕履繁盛，声名显赫。方章钺本人也是江南有名的才子，以他的文章才华，不中举才是咄咄怪事。但阴应节有意选中他为箭靶弹劾，其实是将目标对准了方章钺的背后——其在朝为官的父亲方拱乾（时任詹事）和兄长方玄成（后因避康熙名玄烨改名方孝标，时任内弘文院侍读学士）、方亨咸（时任监察御史）、方膏茂几人。
方拱乾，初名策若，字肃之，号坦庵。他少年聪颖，七岁已经“能属诗文”，二十岁时，诗文为世人称许，与同乡姚孙森等五人并称为“六骏”。崇祯元年（1628）中进士，授官庶常。后以翰林身份任东宫（太子）讲官。明朝灭亡后，方拱乾先是被攻入北京的李自成大顺军俘虏，受到酷刑折磨，后以行贿得免。清军入山海关，李自成弃北京退往山西，方拱乾乘乱南归。顺治十一年（1654），因两江总督马国柱等人推荐，方拱乾被清廷起用，初为内翰林秘书院侍讲学士，后升詹事府右少詹事，兼内翰林国史院侍读学士。
清朝初年，桐城方氏享大名者，莫过于方拱乾父子。方拱乾有六个儿子，依次为玄成（顺治六年进士）、亨咸（顺治四年进士）、育盛（顺治十一年中举）、膏茂（举人出身）、章钺、奕箴。他取名有一原则，即所谓的“文头武尾”——第一字以一点一划起笔，第二字以斜钩收尾。其时，方氏父子文名震动天下，长子方玄成更是成为顺治皇帝极为宠信的文学侍从之臣，深遭北方大臣忌恨。而方拱乾早前曾在“南太子案”中得罪过刘正宗，刘正宗恨之入骨，一直要找机会报复。
南明弘光政权建立后，弘光帝朱由崧过着逐酒征歌、荒淫无耻的生活，同时，也生怕有人夺取他的皇位。清顺治二年（1645）年初，南明鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一位叫王之明的少年，结伴而行。晚上就寝时，穆虎发现少年内衣织有龙纹，惊问其身份，少年自称是明皇太子。崇祯太子朱慈烺在李自成退出北京后，散失民间，久无消息。高梦箕虽然难辨真假，但却有心投机，心想万一这少年是真太子，那就是奇货可居。于是，他不但不上报，反而急忙将王之明送往苏州、杭州一带隐蔽。可是世事难料，这王之明经常招摇于众，露出贵倨的样子，引起人们的注意，背后窃窃私议。高梦箕惧怕惹祸上身，不得已密奏朝廷，弘光帝大惊失色，急忙派遣内官持御札宣召。清顺治二年（1645）三月初一日，少年来到南京，被交付锦衣卫冯可宗处看管。第二天，弘光帝面谕群臣道：“有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所。”随令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往审视。刘正宗当时在弘光朝任职，曾担任东宫讲官，熟悉太子模样，一眼就看出是奸人假冒。同样熟识太子的方拱乾也被召来辨认，但他出人意料地保持了沉默，由此引来谣言纷纷，对弘光帝不满的人乘机兴风作浪，散布流言蜚语，刘正宗的信誉也大受影响，由此深恨方拱乾。其实，方拱乾明知太子是假，他刻意沉默，不过是借以表示对弘光政权的不满而已。
顺治皇帝当时正为顺天科场案恼火，接到阴应节的奏疏后，赫然震怒。他立即召来方玄成询问究竟。往昔顺治皇帝对方玄成优渥眷顾，都是亲切地称呼他的号“楼冈”，从不直呼其名，还经常说“方学士面冷，可做吏部尚书”，但此刻却是翻脸无情，声色俱厉。方玄成如实告诉皇帝说：他们方家出自安徽桐城，已历数世，而江南主考官方猷是浙江人，从未同宗，他弟弟方章钺根本不在回避之列。事情显而易见，阴应节是诬奏之词。顺治皇帝这才颜色稍缓，但又口气严厉地告诉方玄成说：“此案既然要从严办理，方章钺亦不能例外。”方玄成深知伴君如伴虎的道理，何况天子正在气头上，因而除了附和外，别的话再不敢多说。
之后，顺治皇帝暗中打听江南闱的情况，结果宫中太监找来《万金记》和《钧天乐》的刊刻本。皇帝看过后，本来还对其中的情节半信半疑，但听说《钧天乐》是尤侗所写后，立即转变了态度。
尤侗，字展成，号西堂，江苏长州人。少时便有神童之誉。后加入吴兆骞主盟的慎交社，遍交江南名士。他的诗写得情真性灵，且在文体上体现出极大的开拓性和创造性，被吴伟业称为“骚坛盟主”。尤侗有一篇写西厢《临去秋波那一转》的时文，深为顺治皇帝赏识。顺治皇帝多次向身边人称赞尤侗，说他是“真才子”，“极善作文字”，还将尤侗极富文采的《讨蚤檄》一文展示给翰林院学士们说：“此奇文也。”
在这样的背景下，顺治皇帝完全相信《钧天乐》中所描述的科场弊端情形是事实。他因而下定了决心，一定要严办。一道上谕颁行江南：“据奏南闱情弊多端，物议沸腾，方猷等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶。方猷、钱开宗并同考试官，俱着革职，并中试举人方章钺，刑部差员役速拿来京，严行详审。本内所参事情及闱中一切弊窦，着郎廷佐（时任两江总督，两江即江南、江西两省）速行严查明白，将人犯拿解刑部。方拱乾着明白回奏。”
方猷、钱开宗当时已经回到北京，立即被革职下狱，等待调查。同考官李上林、商显仁、叶楚槐、钱文灿等人是来自浙江各县的举人以及进士出身的知县，也同时被革职，结果相关县地的衙门为之一空。两江总督郎廷佐接到圣旨后自然不敢怠慢，联同漕运总督亢得时，迅速展开了调查。又听说京城同考官李振邺等人已经掉了脑袋，更加惶恐不安，唯恐祸及己身。在这样的前提下，郎廷佐能查到事实真相还好，查不到事实真相势必要找出几个替罪羊来。
詹事方拱乾无辜受此牵连，倒也没有惊慌，因为他自己很清楚，阴应节的奏疏不过是凭白诬陷之词，因此明白地声辩说：“臣籍安徽，与主考方猷从未同宗，故臣子章钺不在回避之例，有丁亥、己酉、甲午三科齿录可据。”
方拱乾父子作为壮年新进的书生，不仅对党争的残酷性知之不深，对当时的时局也没有清醒的认识。清朝以异族入主中原，对汉人士族十分警惕。多尔衮执政时，对汉人大臣一向采取猜疑、压制的态度。前面提到的南北党争中南方大臣陈名夏、龚鼎孳与北方大臣冯铨争斗，多尔衮公然庇护名声很坏的冯铨，就是因为冯铨是最早剃发留辫的汉人大臣之一，远比陈名夏、龚鼎孳对清朝更为忠心耿耿。
不过，多尔衮死后，顺治皇帝亲政，立即一改多尔衮的政策，对笼络依靠汉人大臣表现出异乎寻常的热情。顺治九年（1652）四月，顺治皇帝在一道谕旨中宣布，为防止诸王公大臣因循怠玩，允许满汉官吏互相参劾对方的玩误之处。次年六月二十七日，他又提出，内三院为机密重地，事务殷繁，应选举贤能之人任职，并特别指明每院应设汉官大学士二员。到顺治十一年（1654），十七名大学士中只有两名满人，其余都是汉人大臣，直接参与了制定政策、发布政令等国家大事的处理。顺治皇帝还突破了汉人大臣不得掌印的陈规。顺治十二年（1655）八月，都察院署承政事固山额真卓罗奉命出征，顺治皇帝即命汉承政龚鼎孳掌管部院印信。之前，部院印务向来由满人大臣掌管，正官公出时，则由次官代理，从未有汉人掌管印信，以致龚鼎孳接到任命后吓得不轻，战战兢兢地上疏恳求撤去这一任命。但顺治皇帝未予接受，坚持要龚鼎孳接管印信。
表面上看起来，自顺治皇帝掌权，汉官的地位显著提高了，但这起初不过是少年皇帝刻意要表现得与他所痛恨的多尔衮不同，之后则是为了统治的需要。在年轻皇帝的骨子里，对汉人大臣的戒备和警惕并未比多尔衮减轻多少。顺治登上皇帝之位并不是必然，而是多方政治势力复杂斗争和相互妥协的结果。他幼年即位后，都是其叔多尔衮在殿堂上发号施令。其母孝庄太后有男人般的雄才大略，为了避免儿子受到多尔衮猜忌，多次教育顺治皇帝要韬光养晦，在这样环境下长大的皇帝，心理压抑，脾气暴躁，性好猜忌，后来一旦掌权，则任性得一发不可收拾。他喜欢汉人服饰，喜欢汉人文学，也大力提拔汉人文士，但这并不代表他就此信任汉人。
举例而言，之前提到过，汉人高官陈名夏被杀的引子是顺治皇帝喜欢明朝衣冠，被杀的原因是南方大臣党争失败。这不过是表面现象。当时，南方战火纷纷，南明李定国正攻打广东，沿海一带的郑成功也蠢蠢欲动，打算联合南明抗清作战。在这样的局势下，陈名夏看到顺治皇帝喜欢明朝衣服后，随口说了句“留头发，复衣冠，天下即太平”，便立即勾起了顺治皇帝深藏于心的警觉，杀机立现。实际上，陈名夏之死是顺治皇帝猜疑汉人大臣的一次公然展露。而在汉人大臣中，因南方陷落较晚，尤其是清军在江南遭到激烈的抵抗，一手炮制了“扬州十日”、“嘉定三屠”等诸多惨剧，深遭江南士民怀恨，因而较之北方大臣，清廷对南方大臣更不放心。这就是为什么在清初多次南北党争中，北方派屹立不倒、南方派多遭惨败的根源。
江南闱案发时，南方尚不稳定，沿海郑成功、张煌言等抗清势力依旧活跃，而江南士子与他们有着盘根错节、千丝万缕的联系。在这样的背景下，无论顺治皇帝之前是何等欣赏方拱乾、方玄成父子的文学才华，只要有更大的利益可图，一时的优遇瞬间就能化作尘土。正因为如此，尽管方拱乾有凭有据作了辩白，但其子方章钺还是立即被刑部逮捕，锁链加身，从江南踏上了前往京师受审的路途。其实到了这个时候，人们应该已经可以看到，无论江南新进举人是不是真的作弊，部分人的结局必将是悲惨的。江南历来为财赋重区，“江南安，天下皆安；江南危，天下皆危”。尤其是清朝初年，天下甫定，皇帝需要严厉惩治，杀一儆百，一是警告那些敢与抗清势力有关联的江南人士，二是警示、驯服所有的汉族士子。刚好，北方大臣刘正宗发动的新一轮荼毒南方士子的党争完全遂了他的心愿。
转眼到了顺治十五年（1658），先是正月十五日顺治皇帝亲自主持顺天闱中举考生复试，取中一百八十二名，只有八人因文理不通被革去举人。正月二十四日，顺治皇帝最宠爱的皇四子病死，出生不足百日，连名字都还没有来得及取。眼见爱妃董鄂妃悲痛欲绝，皇帝的目光一下子变得呆滞了许多。
到了二月，朝廷大员陈之遴等人结交通贿大太监吴良辅（在协助顺治皇帝肃清多尔衮亲党势力的过程中起了重要作用）东窗事发。顺治皇帝鉴于明朝太监擅权亡国的教训，曾设立铁牌，宣称太监如有犯法干政、窃权纳贿、嘱托内外衙门、交结满汉官员、越分擅奏处事、上言官吏贤否者，即行凌迟处死，决不姑贷。陈之遴因此被立即革职，家产籍没，与父母、兄弟、妻子一起被流放盛京，之后死在戍所。而吴良辅作为此案的核心人物，犯了太监干政的大忌，不但受到顺治皇帝庇护，没有被凌迟处死，还恩宠不衰，继续作威作福，后来更是作为心腹代替顺治皇帝出家为僧。由此可见，南方大臣陈之遴的倒台不过是一场有计划的阴谋，既是北方大臣刘正宗等人从中推波助澜，也有顺治皇帝本人的意愿在其中。陈之遴走了，朝廷再没有人能出面为南方士子说话。
就在这个时候，掌河南道御史上官（崇祯十六年进士，山西翼城人。《清史稿》中记为上官铉，实为误作）奏参江南同考官舒城县知县龚勋出考场后曾被考生羞辱，事情可疑。又上奏说：“江南新榜举人，啧有烦言，应照京闱事例，请皇上钦定试期，亲加复试。”顺治皇帝立即批准，打算复试江南举人。但此时参加江南乡试的举子大多已经回乡，于是各府县出动人马，到处拘索，扰攘四方，动静极大，很是费了一番工夫。这些已经金榜题名的江南举子，“师生牵连就逮，或就立械，或于数千里外锒铛提锁”，刚刚还志得意满，转瞬天降横祸，“家业化为灰尘，妻子流离”。
这批命运多舛的举子中，就有之前提到的江南才子吴兆骞。他跟方章钺一样，参加了顺治十四年丁酉科江南闱乡试，并顺利中举。本来江南闱发榜后，满城风雨，关于主考官通同作弊的谣言满天飞，一些考生还趁机闹事，但吴兆骞本人自负才高，兼之顺利登榜，也没有太把这些流言当回事。倒是他的好友尤侗愤愤不平，写了一出《钧天乐》的杂剧，影响极大，连远在京城的顺治皇帝都找来《钧天乐》的刊刻本认认真真地读了。后来方章钺被刑部派员役逮往京师，吴兆骞一度忧心忡忡，但那也是出于对朋友的关切，完全没有想到自己也会卷入其中。因而，当如狼似虎的官差来逮捕他时，虽是复试的名义，他却不由得不惶惶然了。
由于顺治皇帝要亲自复试，江南举人都要被押往京师，吴兆骞也在被押送北上之列。此时正是初春季节，草长莺飞，尤其对从未到过北方的吴兆骞来说，是难得的经历。可惜，在刀棍之下，前途未卜，再美的风景也无心欣赏。半路上，他写了一首诗：“自许文章堪报主，哪知罗网已摧肝。冤如精卫悲难尽，哀比啼鹃血未干。”语调委屈凄楚，怅恨报主无门。正是因为这首诗，吴兆骞的人格后来受到了怀疑。
江南举子到达京师时，两江总督郎廷佐的调查结果也出来了，一共举报了八名举子“显有情弊”，其中包括方章钺在内，不过并没有吴兆骞。顺治皇帝立即下令逮捕这八人。但有个名叫程度渊（出自著名的安徽徽州歙县槐塘程氏，程氏既是当地望族，也是富甲一方的盐商）的举子在逃，大概是确实有作弊事实，情知不妙，已经抢先逃走。
三月，顺治皇帝照顺天闱的例子，亲自复试了江南举人。这次地点不是太和门，而是瀛台，顺治皇帝亲出的考题就叫《瀛台赋》。瀛台位于西苑中海之中，明朝时称南台，清朝顺治时因其三面临水，如海中仙岛，改称瀛台。此处波光荡漾，垂柳依依，风光迷人。然而，参加复试的举子却一个个失魂落魄、战战兢兢。也难怪如此，复试的环境极好，复试的氛围却极度压抑。清人李延年在《鹤微录》中描述说：“试官罗列侦视，堂下列武士，锒铛而外，黄铜夹棍，腰市之刀，悉森布焉。”而每名举子身边还各有两名护军监视，持刀相向，如临大敌。这哪里是复试的样子，分明是要兴师问罪，是以与试的举人无不吓得“栗栗危惧”。
瀛台复试结果，武进举人吴鸣珂成绩优异，被取为第一名（解元），准予参加当年的会试；汪溥勋等七十四人通过考试，仍准做举人，但不得参与本科会试；史继佚等二十四名，也算通过考试，准做举人，但“罚停会试两科”，要到六年以后才能再次参加会试；方域等十四人因文理不通被革去举人功名。本来诗名已经传遍京城的吴兆骞则再次声震京师，这次不是因为他的才华，而是因为他竟然在瀛台复试中交了一张白卷。
关于惊才绝艳的江南名士吴兆骞为何会交白卷，时人说法颇多。有人说吴兆骞恃才傲物，不满清廷所为，不愿意在刀棍威逼下为文，故意如此。还有人说吴兆骞并没有那份傲骨，他其实是真的被吓倒了，所谓“书生胆小当前破”，刀枪环顾下，惊魂不定，“战栗不能握笔”。但无论如何，一张白卷，令吴兆骞被认定当初乡试时有请托作弊的嫌疑，迅即“享受”到与方章钺等八名被举报有作弊行为的举子同等待遇，被逮捕下狱，交给刑部审讯。
江南举人复试告一段落后，顺治皇帝于四月了结了顺天科场案，将四十名已经判了死刑的案犯改为流徙尚阳堡。传说顺治皇帝此举有为重病中的爱妃董鄂氏祈福的意思。
关于董鄂妃的身世来历，有许多说法：有人说她就是秦淮名妓董小宛，被掳进宫，为掩人耳目，冒称为董鄂氏；而其夫江南名士冒襄为免杀身之祸，不得不诡称董小宛已经病死。也有人说她本是旗人，为顺治皇帝之弟襄亲王博穆博果尔的福晋。
不论真实情况如何，姿容绝代的董鄂氏自入宫后便宠冠后宫，顺治皇帝的五位蒙古后妃全部失宠，这当然引起了孝庄太后的警惕。孝庄太后出身蒙古王族，满蒙联姻素来是清朝加强与蒙古关系的关键纽带，顺治皇帝的第一位皇后便是政治联盟的产物，为孝庄太后的亲侄女（蒙古科尔沁卓礼克图亲王吴克善女）。但结婚仅两年，顺治皇帝便不顾母亲面子上难堪，以夫妻二人志意不协调为由，坚持将皇后降为静妃，改居侧宫。此谕旨下后，北方大臣核心人物冯铨和南方大臣首脑陈名夏难得地采取了相同的口径，相继上疏，表示皇后“母仪天下”，关系甚重，不能轻易废弃，恳请顺治皇帝深思详虑，慎重行动。他们还举例说：汉光武帝、宋仁宗、明宣宗虽然都是贤主，但均因废掉皇后而受到批评。结果，顺治皇帝接到奏疏后勃然大怒，声言自己此举是废掉无能之人，严厉斥责上疏大臣不关心国家政务，反在无益之处沽名钓誉，“甚属不合”。尽管有孝庄太后和蒙古王族的支持，诸大臣还是未能说服顺治皇帝，他的任性、偏激、妄为由此可见一斑。
顺治皇帝是清朝入关后第一位统治中原的皇帝，他幼年即位，受到母亲孝庄太后的严格管教，而朝政大权长期为其叔摄政王多尔衮把持。顺治皇帝成了摆设不说，还不得不有意纵情于嬉戏游乐，以为韬晦之计，避免受到多尔衮的猜忌。在这样险恶政治环境下长大的顺治皇帝，心理极为扭曲压抑。多尔衮病死后，他终于取得了大权，立即表现出暴躁刻薄的性格，开始恣意妄为，完全凭自己的意志决定许多事情，全然不为大臣的意见所左右。
如同其他八旗亲贵一样，顺治皇帝自小形成了纵情声色的恶习，好色淫纵，即使在结婚之后，“人们仍听得到他在道德方面的过失”（传教士汤若望）。不过，自遇到董鄂氏后，顺治皇帝突然起了惊人的变化，恶劣脾性大为收敛。他仰慕汉族文化，而五位蒙古后妃均目不识丁，彼此自然没有什么共同语言。董鄂氏却“不用金玉，诵《四书》及《易》”，又精通书法，与顺治皇帝志趣相投。顺治十三年（1656）八月二十五日，顺治皇帝力排众议，册封新入宫的董鄂氏为贤妃。当年九月二十八日，即晋为皇贵妃。才一个月的功夫，董鄂氏便由妃子升为地位仅次于皇后的皇贵妃，升迁速度之快，史所罕见。不仅如此，当年十二月初六，顺治皇帝还特意为董鄂氏举行了隆重的册妃典礼，并下诏大赦天下。终清一朝，这是唯一一次因册立皇贵妃而大赦天下的例子。
董鄂妃温婉贤淑，对政治并无兴趣，但由于皇帝对她的宠爱，她的一举一动给清初政局带来了巨大的影响。尤其是当她生下皇四子后，顺治皇帝更将她们母子捧到了天上，并一心要立皇四子为太子。倘若真是如此，董鄂妃之子将来为皇帝，董鄂妃将来就是皇太后，势必对满蒙贵族间的政治关系构成威胁。孝庄太后从长远的利益着想，决意置董鄂妃于死地，但以她的老谋深算，自然不会明目张胆地下手。她有意在董鄂妃刚刚生产之时，宣称“圣体违和”，养疴于南海子，并要后妃们随身伺候。董鄂妃不敢悖旨，被迫拖着极度虚弱的身子前往南海子，没日没夜地侍奉太后的寝食，经过一番折腾，健康状况急剧下降，很快就“形销骨立”。不久，董鄂妃的儿子早殇，不少野史记载说这名尚不足百日的皇子是被毒死的。皇四子之死对董鄂妃的打击是致命的，她很快就倒下了，从此缠绵于病榻。
正因为董鄂妃的病情以及后宫复杂的矛盾，导致顺治皇帝在顺天科场案结案后没有立即追究江南科场案。皇帝没有心情，刑部自然也没有太当回事，有意迁延观望。
至于江南闱科场案的相关案犯，两名主、副考官方猷、钱开宗自然脱不了干系。尤其是二人在离开京师前，顺治皇帝亲自召见叮嘱，还弄出了这样满城风雨的事，死刑肯定是避免不了的。另外包括方章钺在内的七名举人（程度渊在逃），有两江总督郎廷佐的调查报告，当然也是难逃处罚。剩下比较难办的是吴兆骞，他被逮捕下狱是因为在瀛台复试时交了白卷，按理该与另外十四个文理不通的考生一样，革去举人功名完事，不必再单独立案审讯。然而他当场交了白卷，大大激怒了更年轻也更气盛的顺治皇帝，要深究之前南京乡试时有没有通弊嫌疑。问题是这位吴兆骞是名满天下的才子，任谁都不会怀疑他会靠作弊中举。最初，人人都以为吴兆骞最多不过被除名，最后还是无罪释放，但偏偏有好事之徒在这个时候踩了他一脚。
之前曾经提到过江南有慎交社和同声社门户恩怨之争，主持慎交社的吴兆骞曾与同声社重要成员王长发有隙，王长发见吴兆骞被逮，趁机落井下石，挟嫌诬告。这就是后来吴兆骞父吴晋锡所说的“不意仇人一纸谤书，遂使天下才人，忽罹奇祸，投荒万里，骨肉分离”（《归来草堂尺牍》），以及吴兆骞子吴桭臣所称的“讵知变起萧墙，以风影之谈，横被诬陷，致使家门倾覆，颠沛流离”（《宁古塔纪略》）。当时得宠的北方大臣刘正宗“与慎交水火”（《清诗纪事》），也趁机在其中兴风作浪。不过，尽管有王长发的告状，有刘正宗的暗中支持，刑部审到最后，结论还是“审无情弊”，于是将吴兆骞与之前被告有通弊的七名举人关在一起，打算最后革除功名了事。
顺治十五年（1658）十一月，距离江南乡试作弊案案发一年后，刑部将审实的结果上报顺治皇帝，奏请将正主考方猷斩首，副主考钱开宗处以绞刑，同考官叶楚槐等人流配尚阳堡，被告八名举人并吴兆骞革去举人功名。处置结果是比照之前的顺天闱科场案。
不料，在顺天闱案中还网开一面的顺治皇帝看到结果后大发雷霆，不但下旨将主考和副主考立即正法，而且将该场乡试所有同考官共十八人（其中卢铸鼎已死）均处绞刑，妻子家产抄没入官。已经死去的同考官卢铸鼎也没有放过，其妻子家产也籍没入官。同时将方章钺、吴兆骞等八人革去举人，责打四十大板后，流徙宁古塔，不但家产俱籍没，父母、兄弟、妻子也令流徙宁古塔。
对于在逃的举人程度渊，顺治皇帝也不能容忍有漏网之鱼，责成两江总督郎廷佐和漕运总督亢得时尽快抓捕程度渊，倘若抓不到，郎廷佐和亢得时二人就有受贿作弊、有意买放的嫌疑，必须受罚。此谕一下，郎廷佐、亢得时后悔不该报上在逃的程度渊之名，但事已至此，只得出动兵马，全力缉捕了。程度渊后来被抓获，也一样被流放。
顺治皇帝突然一反常态，如此苛刻严厉，这其中自然有深刻的背景。其时，抗清势力郑成功在厦门大练水军，活动频繁，隐隐有北上之意。而江南不少反清志士闻风而动，大有里应外合之势。这还只是外忧。其内，红颜知己董鄂妃一病不起，尽管顺治皇帝多方抚慰，承诺一旦董鄂妃再生一子，一定立其为太子，但董鄂妃的病情还是一日一日地沉重。而最令顺治皇帝烦躁的还是宫中四处充满了幸灾乐祸且不怀好意的目光，包括他的母亲孝庄太后在内。在内外交困的处境下，内心虚弱的顺治皇帝决意大开杀戒，拿江南科考案来立威。不仅相关案犯受到了严厉处罚，刑部尚书图海、白元谦，侍郎吴喇禅、杜立德等人也被顺治皇帝迁怒，被认为审理江南科考案玩忽职守，冠以“谳狱疏忽”的罪名，予以革职或降级的处分。
至此，这桩轰动一时的江南科场案，在涉及南北党争、江南社事之争、清廷有意打压江南士子兼之宫廷内部争斗的复杂背景下，最终以许多人的家破人亡落下了帷幕。
但丁酉科场案还没有就此结束，南北闱科考案案发后，弹劾考官成了时髦之举。刑科给事中朱绍凤弹劾河南正、副主考黄、丁澎用墨笔填改考生笔迹，违反了考场规定，礼部也发现山东同考官袁英等人违犯成例而提出纠举，另有举报陕西考官唐赓尧批改试卷时也有违法行为。对这些官员，顺治皇帝只是给以了革职的处理，没有牵连其家属，更足以说明其在江南科场案中大举屠刀，是刻意针对江南士子。
顺治十六年（1659）闰三月初三，吴兆骞、方章钺以及方章钺的父亲方拱乾、兄长方玄成等一干人被同时押送起行，踏上了前往流放地宁古塔的艰难历程。
宁古塔比之前顺天科考案犯的流放地尚阳堡更远。尚阳堡（一作上阳堡）在今辽宁开原县东四十里，满语称为台尼堪（“尼堪”是满人对汉人的称谓）。宁古塔在今黑龙江宁安县内，清初其地尚未开化，行人皆视为畏途。罪犯徙居尚阳堡，犹有屋宇可居，至者尚得活命。而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即被虎狼所食，或被野人所吃，得生者甚少。当时，只有谋逆大罪中的相关人犯才流徙宁古塔。可以说，被判流放宁古塔，就相当于被判了死刑。正因为如此，江南士林魁首吴伟业听说吴兆骞被流放宁古塔后，自知再无相见之日，写下了一首堪称绝唱的《悲歌赠吴季子》：人生千里与万里，黯然魂销别而已；君独何为至于此？山非山兮水非水，生非生兮死非死！十三学经并学史，生在江南长纨绮，辞赋翩翩众莫比，白璧青蝇见排觚。一朝束缚去，上书难自理，绝塞千山断行李，送吏泪不止。流人复何倚！彼尚愁不归，我行定已矣！七月龙沙雪花起，橐驼腰垂马没耳，白骨皑皑经战垒。黑河无船渡者几？前忧猛虎后苍兕，土穴偷生若蝼蚁。大鱼如山不见尾，张譬为风沫为雨，日月倒行入海底，白昼相逢半人鬼。噫嘻乎悲哉！生男聪明慎勿喜，仓颉夜哭良有以，受患只从读书始！君不见，吴季子。
吴季子即吴兆骞。吴伟业为人谨小慎微，一向很少出言过激，但此诗不但对吴兆骞寄予了深切的同情，还饱含悲愤之情，寓意极深——可以说，吴伟业已经看清了清廷大兴科场案的真正用意。
按照顺治皇帝的谕旨，吴兆骞的父母、兄弟、妻子都该受到牵连，被一同流放。但朝中尚有不少人同情吴兆骞的遭遇，设法为他开脱，因而他的父母和两个哥哥都得以留在关内，其妻葛采真也被允许暂缓出关。这也算不幸中的大幸了。而方章钺一家数十口人（方章钺出塞时，幼弟方奕箴因年少免于出塞，三哥方育盛与四哥方膏茂则于次年夏始抵宁古塔）均受到牵连，一同被流放。
吴兆骞因“审无情弊”遭此大罪，可谓“前无古人，后无来者”。平白遭此大祸的他心情奇差，这可以从他《出关》一诗中窥出一斑：边楼回首削嶙峋，筚篥喧喧驿骑尘。
敢望余生还故国，独怜多难累衰亲。
云阴不散黄龙雪，柳色初开紫塞春。
姜女石前频驻马，傍关犹是汉家人。
清兵入关后，对它的“龙兴之地”辽东地区（今东北）实行了特殊的保护政策——“封禁”，即以山海关为限，严禁关内人出关进入辽东。这种“封禁”政策大约持续了二百年左右。但自清廷定鼎于北京后，大部分丁壮人口都跟随八旗官兵移驻京师，造成了关外地区人烟稀少，土地大量荒芜，因而被流配到关外的人生活都十分艰苦。一行人三月出发，当年七月十一日才抵达极北苦寒之地宁古塔。有种说法，此地即为昔日宋徽宗、宋钦宗被囚禁的五国城。这里没有房屋庐舍，当地人都是掘地为屋居住。且天气极为严寒，寒风如刀，一直要到五月，地面才解冻可锄，须立即种下蔬菜，六七月便要采食，不然一到白露即枯，到寒露时节，根都要烂腐。
刚到宁古塔之时，吴兆骞身无分文，生活异常艰辛。他经常独坐柴门，用斧子敲击冰块，然后用冰水煮稗子而食。幸好得到难友方拱乾的关照，“解衣推食，得免饥寒”。吴兆骞由此与方拱乾父子成为患难之交，经常“商榷图史，酬唱诗歌”，“谈诗论史，每至夜分”。这些所谓的流人写下了大量诗歌，成为黑龙江地区最早的诗集之一。
就在吴兆骞、方章钺被押往宁古塔之时，南方时局发生了重大变化。顺治十六年（1659）六月，郑成功称招讨大元帅，率十七万水路大军在崇明岛登陆，开始北伐。一路上清兵不堪一击，望风瓦解。在内地反清志士的引导和帮助下，郑成功军很快攻破瓜州，并攻克了长江的重要门户镇江及其所属诸县。六月二十六日，郑成功部前锋已至南京。七月十二日，郑成功亲自率领十余万大军，连营八十三处，将南京团团围困。
消息传到北京，顺治皇帝吓得六神无主，打算退位逃回关外，外厉内荏的本性暴露无遗。被母亲孝庄太后指着鼻子一番痛骂后，歇斯底里的顺治皇帝一怒之下拔剑砍碎御座，下令要御驾亲征。孝庄太后急忙派众大臣谏阻，顺治皇帝这才没有再闹。
十分可惜的是，郑成功围住南京后，自以为破城只在旦夕，没有积极进取，而是释戈开宴，纵情娱乐，致使战机延误，战事拖延了一月之久。而困守南京的两江总督郎廷佐一面假意向郑成功表示要投降，暗中却积极备战。七月二十三日，郑军将士上下张乐歌舞，饮酒卸甲，为郑成功庆祝生日。郎廷佐趁机派军出击，大败郑军。郑军溃退，郑成功立脚不稳，仓促退出长江，返回厦门。
郑成功败出江南后，江南士民再一次受到清廷的荼毒。清廷出动人马，在扬州、镇江、苏州、绍兴等地大肆逮捕曾经拥护和支持郑成功的人，数千人受到了牵连。这就是清初历史上十分有名的“通海案”。被逮捕的江南士绅，情节严重的被斩首，如清苏松常镇提督马进宝曾多次与郑成功私通信息，被处死。又如浙江慈溪儒士魏耕在郑成功退出江南、张煌言孤军无援而陷入仓皇失措时，亲到张煌言军中劝其再接再厉、不要气馁，也被清廷杀害。情节轻的，也被发配宁古塔为流人。
可叹的是，正是这些流人一手创建的“流人文化”代表了清朝的关东文化。宁古塔是清朝入关前后黑龙江一带的政治和经济中心，但文化贫乏落后，到顺治十二年（1655）时，此地依然汉人稀少，也很少能看到书籍。后来清廷大量发配汉人到此为奴，流人带来了大量书籍和中原文化，一度沉寂而荒凉的宁古塔变得活跃起来。在流人中，文学成就最高的公推为吴兆骞。他的《秋笳集》、《归来草堂尺牍》等，在流人文化中占有主要地位。
流人还留下了大量珍贵文献。吴兆骞到宁古塔不久，便与方拱乾联袂同游“东京城”（渤海国上京龙泉府遗址）。吴兆骞曾写《天东小纪》一文，方拱乾则写有《游东京旧址》等诗，记述宁古塔风物、古迹以及所闻所见，成为宝贵的史料。方拱乾后来根据其在宁古塔的见闻，写成《宁古塔志》（又名《绝域纪略》）一书。其中分流传、天时、土地、宫室、树畜、风俗、饮食等部分，是黑龙江第一部风物志。
顺治十七年（1660）八月十九日，正值清廷在江南大兴“海狱”之时，董鄂妃病死。顺治皇帝痛不欲生，开始沉迷于释道。当年九月，他请僧人茆溪森为其净发，决心披缁山林。孝庄太后屡劝不止，以烧死茆溪森为威胁，才迫使顺治皇帝打消了出家的念头。一场闹剧就此收场。但顺治皇帝出家之心依然不死，又改派亲信太监吴良辅代替自己出家。三个月后，顺治十八年（1661）正月初七，顺治皇帝因染上天花病死于养心殿。因事出突然，民间多怀疑皇帝并没有死，而是到五台山出了家。时年八岁的皇三子玄烨即位，是为康熙皇帝，并颁诏大赦天下。大赦令下后，被流放的盐商之子程度渊由于在京师认捐钟鼓楼，获准返回了江南。方拱乾也设法筹集了一笔钱，认修京师前门城楼工程，于是一家人就此赎归赦还。
不过，方家人的悲惨命运并没有就此结束，继方拱乾举家流放后，其孙与曾孙两代又因文字之祸再次被流放宁古塔。方氏赦归后，方拱乾长子方玄成曾到云南、贵州游历，刚好遇到吴三桂反清，因拒绝接受吴三桂所授官职，被黔抚曹申吉拘留。方玄成假装癫狂发疯，才找机会逃掉。返回江南后，追记在滇黔所见所闻，撰成《滇黔纪闻》一书，内记南明诸多史事。后来方玄成同乡——著名学者戴名世著《南山集》一书，书中关于南明永历朝事多引自《滇黔纪闻》。康熙五十年（1711），左都御史赵申乔弹劾翰林院编修戴名世妄窃文名，恃才放荡，私刻文集，肆口游谈，倒置是非，语多狂悖。康熙皇帝下令有司严查审明，结果发现《南山集》中用了南明年号，清廷由此大兴文字狱。戴名世被斩首；方玄成当时已死，也被开棺戮尸，方孝标之子方登峰并其妻、子方式济一齐发配卜奎（今黑龙江齐齐哈尔）；为《南山集》作序的方苞等人免予治罪，入旗；出钱刊刻《南山集》的龙云锷、方正玉也被流放。方式济所著《龙沙纪略》一书，后被收入《四库全书》，是《方舆书》中很有名的一本著作。方式济的儿子方观承每年都徒步出关探望父亲、祖父，因此而亲历山川险要，饱阅人情世故，后来竟然因为阅历官至直隶总督，成为乾隆一朝不经科第、不由军功而官至封疆大吏的极少数汉人之一。方家人走后，吴兆骞的生活更加孤苦艰难。他感慨自己的身世，写下“寄羁臣之幽愤，写逐客之飘零”之句，由此更加思念江南的故乡，殊不知江南已经今非昔比，物是人非。鳌拜等顾命大臣崇尚武治，对江南士民的态度较之顺治皇帝更为激烈。
先是顺治十八年（1661）春，庄廷私著明史案发。庄廷，浙江乌程（今湖州市）南浔镇人，出身一个巨富而知书的家庭。入清以后，庄廷趁明天启朝大学士朱国桢一门败落之际，以银千两将朱国桢生前所撰明史稿本购得，并广聘名士，增补天启、崇祯两朝史事，辑成《明史辑略》，未及刻印，庄廷就于顺治十二年病故。其父庄允城费时五年，于顺治十七年冬将书刻成，刊行于世。由于书中有诋毁贬斥清朝的文字，如称清太祖为建州都督，直呼努尔哈赤；再如自天命至崇德皆不书其年号，相反，于南明隆武、永历则大书特书等等，因而书刊行后，不断有好事之徒前来恐吓，借以勒索钱财。当时归安县知县吴之荣罢官居家，欲通过索诈而偿还八万两赃款以复官。事情不成后，他便指使前任浙江粮道李廷枢向湖州知府陈永命告发此事。不料，陈永命早已接受了庄允城数千金的贿赂，拒不审理。吴之荣恼羞成怒下，将购得的初刊本呈交法司。清廷得悉消息后，遂兴大狱。凡刊刻、参校、藏书、售书者，以及失职之官吏，均株连治罪。此案牵连极广，直至康熙二年（1663）才最后了结。
一波未平，一波又起。顺治十八年（1661）六月初三日，江南“奏销案”起。清军南下时，在江南遭到过激烈的抵抗，是以对江南之地征收的赋税格外重，以苏州、松江等府为最。即使是鱼米之乡，也经不起苛捐杂税的反复折腾，因此往往是旧赋未清，而新赋已近。仅两江总督郎廷佐上任后，在校阅赋籍时，发现江南自顺治八年至十三年积欠钱粮已经多达四百余万。但清朝廷因战事频仍，财政窘急，多次严颁催征积欠之令。江宁巡抚朱国治为了逃避责任，造了一份名册，上面列着苏州、松江、常州、镇江四府和溧阳县绅钤之“抗粮”不交者一万三千五百余人，衙役人等二百五十四名，要求朝廷按名单严提究拟。清朝廷看到名册后，批示道：“绅钤抗粮，殊为可恶。”经刑部察议后，决定现任官降二级调用，士绅黜革，衙役照章治罪。于是，四府一县之士绅被黜籍者达万余人，被逮者也有三千人，得免者寥寥无几。整个江南为之震动。顺治十六年（1659）的进士第三名（探花）叶方霭，仅因欠银一厘即被黜免，因此民间有“探花不值一文钱”的说法。
叶方霭，江苏苏州昆山人，与吴兆骞同科中举。之后也被押到北京参加了瀛台复试，不过他顺利通过了考试。但久居关外的吴兆骞并不知道这些。他久戍思归，也渴望能够像方家人一样用钱赎归，但一来赎归要等机会，二来他被流放前，家产已经全被抄没，彻底破产，要筹到巨金，实在是难事。幸好到了康熙二年（1663），他的妻子葛采真和妹妹吴文柔从苏州千里迢迢赶到关外探亲，带来极大的安慰。葛采真来时“携来二三婢仆，并小有资斧”，吴兆骞的生活这才稍有改善。次年，葛采真生下一子，取名吴桭臣。有了自己的孩子后，吴兆骞得到了启示，他开始了授徒生涯，专教那些流人子弟读书写字，并与后来发配到宁古塔的张缙彦等人结成“七子之会”，吟诗作对，互相唱和，穷困愁苦的生活“亦饶有佳况”。
顺治十七年（1660），工部侍郎张缙彦刊刻了《无声戏》一书，其中“不死英雄”一句，被清廷认为是煽惑人心、交结党类。张缙彦由此被革职，籍没家产，流徙宁古塔。吴兆骞在宁古塔的名气越来越大，不少当地少数民族子弟也赶来向他求学。当地人懂得了读书的好处后，开始以文人为贵，对流放的监生、生员统称为“官人”；见到流人，凡骑马者必下马，行路的则滚道边，不荷戈的老人则匐伏在地，等流人过去才起身行走，表现出相当的尊重。
康熙十三年（1674）秋，清巴海将军聘请吴兆骞为书记兼教席（家庭教师），负责教其两子读书。吴兆骞虽是奴隶身份，巴海却“待师之礼甚隆，馆金三十两”，且“每赠裘御寒”。他还跟当地满人官员副都统安珠湖，参领萨布素、穆参领、阿佐领等都交上了朋友。
朝鲜节度使李云龙曾经因兵事路过宁古塔，听说吴兆骞的才名后，请他代写《高丽王京赋》。吴兆骞欣然执笔，数千言一挥而就。李云龙大为震撼，回国后四处传扬吴兆骞的才华，因而“其国颇以汉槎（吴兆骞）为重”。
但吴兆骞依旧一如往昔地思念故乡，他无力自救，只能在冰天雪地的宁古塔空自徘徊感叹。但并不是所有的人都忘记了他，他的生死之交顾贞观就是其中一个。最为难得的是，顾贞观时时刻刻都没有放弃将老友救出生天的计划，并为之付诸行动，费尽心思。
顾贞观本是个风流倜傥、热衷交游的名士，但江南科场案发后不久，他即辞亲远游，来到京师北京。他非常清楚，要想将吴兆骞救出来，只有在京城结交攀附权贵。康熙元年（1662），顾贞观以一句“落叶满天声似雨，关卿何事不成眠”的诗名满京城，得尚书龚鼎孳和大学士魏裔介引荐，任内阁中书舍人，后掌国史馆典籍。为了营救吴兆骞，顾贞观遍求满朝权贵，并得到了翰林院编修徐乾学（顾炎武外甥）和宋德宜等人的大力相助。但前面提过清廷对待江南士子态度素来严峻激烈，单凭这些人的力量，还是不足以营救吴兆骞。
康熙十五年（1676），顾贞观刻意到权相明珠家课馆，终于与明珠之子纳兰性德相识，成为至交好友。顾贞观恳请纳兰性德为援救吴兆骞出一援手。尽管纳兰性德也很仰慕吴兆骞的才气，但他深知吴兆骞被流徙一事不仅仅是有作弊嫌疑那么简单，还涉及朝廷党争和清廷对江南士子的打击等诸多背景，其中之复杂，远非顾贞观所能想象，而他素来“不干预政事”，因此没有答应。
当时，顾贞观寓居在北京的千佛寺，大雪纷飞之时，他突然想到了远在天边的吴兆骞，不知道好友平安否？感慨之下，他挥笔写下了二首《金缕曲》：金缕曲（其一）
季子平安否？便归来、平生万事，那堪回首！
行路悠悠谁慰藉？母老家贫子幼。记不起、从前杯酒。
魑魅搏人应见惯，总输他覆雨翻云手。冰与雪、周旋久。
泪痕莫滴牛衣透。数天涯、依然骨肉，几家能够？
比似红颜多命薄，更不如今还有。只绝塞、苦寒难受。
廿载包胥承一诺，盼乌头马角终相救。置此札、兄怀袖。
金缕曲（其二）
我亦飘零久。十年来、深恩负尽，死生师友。
宿昔齐名非忝窃，试看杜陵消瘦，曾不减、夜郎潺愁。
薄命长辞知己别，问人生到此凄凉否？千万恨、为君剖。
兄生辛未吾丁丑，共此时、冰霜摧折，早衰蒲柳。
辞赋从今须少作，留取心魂相守。但愿得、河清人寿。
归日急翻行戍稿，把空名料理传身后。言不尽、频观首。
文采风流，尤其词中饱含深情，感人肺腑。纳兰性德读了这两首词后，大为感动，当场声泪俱下，破例说：“古来怀念朋友、抒写友情的诗文中，以李陵与苏武的《河梁生别诗》和向秀怀念亡友嵇康的《思旧赋》最为真挚深切。你的这两首词情真意切，丝毫不让前贤，可与古人鼎足而三。我答应你，一定鼎力营救吴兆骞，并当成我自己的事一样办，但你要给我十年的时间。”
纳兰性德之父明珠当时权倾朝野，他本人又在康熙皇帝身边当侍卫，深得宠幸，但一开口竟然是以十年为期限，可见营救吴兆骞绝非易事。顾贞观则认为十年时间太长，说：“人寿能有几何，十年太长，请以五年为期。”
纳兰性德稍作思考后，还是慨然允诺，并和了一首《金缕曲》送给顾贞观，以表明自己营救吴兆骞当义不容辞：“绝塞生还吴季子，算眼前外皆闲事。”顾贞观也很为纳兰性德的仗义感动，后来在写给吴兆骞的信中称赞其为人“知己之感，令人洒泪，此岂汉人中所可得者”。
于是纳兰性德出面，求父亲明珠出力。明珠开始没有表态，让纳兰性德次日邀请顾贞观到内斋来。第二天，顾贞观如约来到。明珠有意斟了一大杯酒，对顾贞观说：“吴素负才名，又与先生莫逆，老夫愿一效绵薄。但先生素不饮酒，今日能为君友饮乎？”（《清稗类钞义侠类》）顾贞观毫不犹豫，端起酒杯一饮而尽。明珠又说：“先生南人，不肯效吾旗俗请安。今日更能为君友请安者，老夫必有以报命。”顾贞观立即上前下跪请安，不稍逡巡。明珠这样饱经世故的老官僚都被顾贞观的朋友之义深深打动了，动容说：“老夫聊相戏耳，不图先生血性热肠一至于此，请放怀以待。”
尽管有了明珠的权势，却还是困难重重。康熙十七年（1678）正月，康熙皇帝派遣使臣正黄旗都统、内大臣武默讷和一等侍卫对秦为使臣，前往长白山致祭。纳兰性德抢先派人将消息告知吴兆骞，并作下了周密的安排。吴兆骞写下了数千言的《长白山赋》，通过武默讷和对秦献给了康熙皇帝。此赋“词极瑰丽”，且铺张扬厉，对长白山极尽渲染。长白山素来被视为清朝的发祥之地，年青的康熙皇帝读到此赋后，大加赞赏，马上询问作者的情况，得知吴兆骞的情由后，当即就有赦免之意。然而，又有“尼之者”从中阻挠，未能成功。皇帝有意赦免，照样有“尼之者”，由此可见当初江南科场案涉及的背景是何等复杂。
在这样的情况下，纳兰性德与顾贞观商议后，决定走方拱乾赎归的老路，筹集资金，为吴兆骞认修内务府工程，醵金赎吴。当时措赎金最踊跃者为徐乾学。愿意为吴兆骞捐钱者不在少数，辇下名流都以不参与为憾。经过各方奔走，多方斡旋，吴兆骞最终以纳二千金被赎归。
康熙二十年（1681）七月，还乡诏书终于下到吴兆骞手中，纳兰性德终于实现了五年为期的承诺。此时，吴兆骞在宁古塔已经度过了二十多个春秋。
当年九月二十日，吴兆骞从宁古塔起程，十一月回到京师，与顾贞观等好友相见后，“执手痛哭，真如再生”。吴兆骞回到北京当日，许多人写诗纪念。益都冯相国有诗道：“吴郎才调胜诸昆，多难方知狱吏尊。”可惜此时吴伟业已去世十年，山东诗人王士禛叹息说：“太息梅村今宿草，不留老眼待君还。”
吴兆骞回到京师后，留在明珠府邸中，为纳兰性德之弟揆叙、揆芳授读，以报答纳兰性德相救之恩。尽管在关外多年，吴兆骞孤傲放诞之性情不改，不久因小事与顾贞观有些嫌隙，顾贞观也不作辩解。明珠知道后，特意将吴兆骞叫到内斋。只见内斋左楹上写着：“顾某为吴某饮酒处。”右楹写着曰：“顾某为吴某屈膝处。”吴兆骞得知情由后大为惭愧，找到顾贞观，声泪俱下地说：“生死肉骨之恩，而以口舌之争辜之，兆骞非人类矣。”二人友谊从此更加亲密。
不久后，吴兆骞返回阔别近三十年的苏州故里，离开时还是黑发青年，回来时已经是白首老翁，怎能不叫人感慨！其时，吴父、吴兄均已经去世，只有老母李氏尚在。吴兆骞即构屋三楹，读书其中。友人汪退谷题其居为“归来草堂”。
长期在关外生活，吴兆骞已不适应江南的水土气候，他一回到故乡，就大病数月，手足肿痛，腹疾时发，苦于下泄。后来不得不到京师治病，最后病死于京师旅邸中，时年五十四岁。因家境贫困潦倒，后事由纳兰性德代为料理。
至此，江南丁酉科场案中最传奇的人物吴兆骞最终以凄凉的结局谢世。江南丁酉科场案的最后一点余声也终于结束，但其影响却远远不止于顺治、康熙两朝。