明教，又称作牟尼教或摩尼教，发源于古代波斯萨珊王朝，为公元三世纪中叶波斯人摩尼所创立。摩尼充分吸收了佛教、基督教、拜火教（琐罗亚斯德教）教义中的因素，主张灵魂从肉体中彻底解脱，因而强调禁欲、食素，同时也包括了佛教的转世说和叙利亚的天使说。教义核心可简单归纳为“二宗三际”：二宗指光明和黑暗；三际指初际中际后际（过去现在未来），现在是黑暗的，未来是光明的，光明的势力必将战胜黑暗的势力，到达明界。摩尼本人则坚称自己是佛祖、琐罗亚斯德和耶稣的继承者，是真主的先知。
明教在唐代传入中国，但并没有得到官方的认可合法普及，唐武宗禁佛的同时也把明教纳入左道旁门加以禁止。到了北宋，赵氏王朝依然不承认明教的合法地位，禁止信奉明教，信奉者一旦被官府发觉，就要被流放，财产全部没收，一半充公，一半奖励告发者，明教只能以地下宗教的形式流传发展。
北宋末，浙江的明教由福建地区传入，在当时的影响很广，仅温州地区就有明教斋堂四十多处。当时的明教布道者对原来的明教教义作了改良，他们不再尊外国神仙摩尼为祖，而是改拜太平道的始祖张角为教祖，同时也拜读佛教的《金刚经》，中国的明教教徒和佛教徒一样不吃肉、不喝酒，提倡素食，不事神佛、祖先，提倡节约，死则简葬，教徒之间提倡团结互助。
相对佛道二教，明教的受众更偏向最底层的劳苦大众，更为反映农民阶层的经济意愿和政治诉求，所以从宋代开始，历代农民起义军都喜欢把它作为宗教旗帜，煽动农民将造反进行到底。
第一个揭起这面旗帜的是方腊。
方腊是睦州青溪（今浙江杭州市淳安县）人，当地人称方十三，家住帮源洞（位于青溪县西北七十公里的山谷中），家境还算良好，有一大片漆园，原来也衣食无忧，但后来因为赵佶派朱勔征花石纲，因帮源洞盛产漆楮竹木，小地主方腊也因此受到造作局的榨取。日子一天比一天难过，信奉明教的方腊便渐渐起了和教友兄弟们反抗朝廷的心思。
政和六年（公元1116年），青溪地区又发生了大水灾，天灾人祸加上宗教压制，睦州地区的农民群众与朝廷的对抗情绪越来越激烈。方腊利用此机会，四处奔走说教，组织队伍准备起义。
宣和二年（公元1120年）七月，方腊的活动被当地的大地主、帮源里正方有常察觉，把方十三抓了起来，准备送官，但方腊还是逃了出来。大鱼漏网后，方有常知道自身难保，举家逃往歙县（今属安徽）七贤村。方腊有仇必报，十月，带领几百教徒去七贤村杀了方有常全家四十余口，然后返回帮源，举行誓师大会，正式开始造反。
方腊起事在睦州等地如星火燎原，一发而不可收拾，短短的几天时间，就有近十万人加入了这个队伍。十一月一日，方腊自称圣公，以方肥为宰相，并设置各级将领官职，“以巾饰为别，自红巾以上凡六等”，并改元永乐，使这支农民队伍有了基本的组织和领导。
得知方腊起义后，青溪知县陈光第一时间向两浙路提点刑狱张苑汇报，张苑也及时向朝廷做了汇报。但消息到了帅哥宰相王黼手头，王宰相认为朝廷现在的主要重心是组织兵力伐辽，并没有将青溪这点芝麻小事放在心上，反而斥责张苑大惊小张皇生事。
张苑没有办法，只有前往睦州与刚刚上任的睦州通判叶居中一起企图招抚方腊，方腊刚起了个好头，当然不可能轻易罢手。
招抚不成，睦州官方只有采取武力镇压。两浙地区最高军事长官（两浙路制置使）陈建派出五千官兵，由兵马都监蔡遵、颜坦率领前往青溪镇压起义军，方腊在队伍无兵甲少器械的情况下，在息坑威坪镇（今淳安县西北新安江北岸）设伏，一口吃掉官府的五千兵马，击毙蔡遵、颜坦，并获取了大量的装备。
初战大捷后，方腊一鼓作气，于十一月二十九日攻克了青溪县城，知县陈光仓皇逃跑。方腊随即率部二万攻打睦州，睦州知州张徽言弃城逃跑，倒是通判叶居中临危不乱，率二千余官兵主动出击方腊，被方腊击退后坚守睦州，但兵力太过于寡弱。方腊率兵强攻，十二月一日，睦州陷落，叶居中被半个月前他还企图招降的方腊砍掉了脑袋。
睦州陷落，附近的县城相继被义军占领。
方腊占领睦州后，目标剑指与睦州相邻的江南东路的重镇歙州（今安徽省徽州），当时的歙州知州是仁宗朝名臣曾公亮之子曾孝蕴。曾孝蕴对方腊起义十分重视，方腊刚在睦州起事，曾孝蕴就在歙州界内积极组织兵力布防，以防方腊来侵。
但此时的朝廷还没有充分认识到方腊起义的严重性，他们认为，同时期的活动中，开封附近的宋江起义对帝国来说更有威胁。于是他们把经验老到的曾孝蕴调到青州去镇压宋江起义，而歙州方面用没什么资历和经验的毛栗代理知州主持歙州全局，同时派东南第三将，有“病关索”（水浒一零八好汉中杨雄的外号）之称的郭师中率兵进驻歙州。
方腊大军很快杀向歙州，“病关索”郭师中率兵出战，被方腊不费吹灰之力斩落马下，而歙州城内则发生了民变，打开城门迎接义军。代理知州毛栗坐在一把手的位置上没两天就被砍了头，歙州及附近属县陷落。
打下歙州后，方腊调头杀向了杭州，于十二月二十九日杀到杭州城下，杭州是东南重镇，有朝廷重兵据守，要吃掉杭州，方腊必须证明他有足够好的牙口。
看到如洪水般的农民起义军涌来，杭州知州赵霆吓得差点尿裤子，撒腿就跑，把守城任务交给了制置使陈建和廉访使（负责监察方面的长官）赵约。
起义军发动猛攻，很快将杭州拿下，方腊入城后杀了制置使陈建和廉访使赵约。
攻占杭州后方腊军兵分两路，一路由大将方七佛率兵六万北上，攻占崇德、秀州（今浙江嘉兴）；另一路由方腊亲自率领，南下攻占婺州（今浙江金华）、衢州（今浙江衢县）、处州等地。
方腊所到之处所向披靡，势如破竹，仅仅用了三个月的时间，方腊便攻占了六州六十余县，队伍扩展到了近百万，这终于惊醒了北宋帝国的高层。方腊起义，已经成为帝国开国以来最大的一次内乱。
和宋江比起来，方腊起事更显得有组织有预谋有战略。在帮源的起事誓师大会上，方腊就作了慷慨激昂的誓师演讲，他指出，现在东南一带的百姓早已经不堪朝廷重负，他一旦起事，各州府的百姓必然会积极响应。他更是大胆判断，以帝国地方官员当下的行政办事效率，至少在半年后才能组织兵力对他们进行有效的镇压，他方腊有半年的时间，就一定能带领兄弟们据有江表，划江而守。
方腊的判断是基本准确的，但是他没有想到的是，朝廷在经过初期的混乱后，竟然在非常短的时间内组织了十五万人的大军南下平乱。
他的对手，是帝国军界第一人——童贯。
宣和二年（公元1120年）十二月二十一日，赵佶任命童贯为并、淮、荆、浙诸路宣抚使，谭稹为制置使，王禀为统制，刘延庆都统诸路兵马，让已经集中到京城准备北伐的陕西六路汉蕃精兵共十五万兵马全部南下，其中辛兴宗、杨惟宗统熙河兵，刘镇统泾原兵，杨可世、赵明统环庆兵，黄迪统鄜延兵，马公直领秦凤兵，冀景统领河东兵，加上东南第一将与第七将地方军，近二十万大军讨伐方腊。
方腊起事之初判定朝廷最少要半年左右才能调度大军来对付他，但世事总有偏差，这些军马当初真不是为他准备的，这是方腊的不幸，其实也是童贯的不幸。
赵佶赋予了童贯全权处理东南军事的大权，赐其御笔，便宜行事。
童贯知道江浙的百姓是为什么而反的，一到江浙，立即使用了皇帝给他的御笔，下手诏，把强征花纲石的罪过全赖在了朱勔父子的头上，并革了朱勔父子的职，同时宣布罢花石纲。
此举虽然不能使方腊放下屠刀回头是岸，但有效地阻止了革命的烈火继续扩散。
而剩下的，则需要在战场上一见高下。
宣和三年正月，童贯命先头部队抢在起义军的前面占领江宁、镇江二镇，避免了方腊军据守长江天险。随后，童家军兵分二路，东路由王禀率领由苏州南下，指向秀州；西路由刘镇率领由宣州南下，指向歙州，童贯率余部殿后。
王禀率军抵秀州，方腊军方七佛部正在攻秀州城，秀州守将王子武率部顽守，王禀杀到，二军里应外合，在秀州城下大败方七佛，歼敌万余，方七佛率二万残部退往杭州。
二月，童贯主力到达杭州，杭州城有方腊的主力军六万余和方七佛的二万余人，双方兵力悬殊并不大。
双方在杭州城下展开一次次激战，方腊军伤亡近二万。二月二十八日，童贯占领杭州，方腊逃向富阳，后逃回家乡帮源，童贯军趁势收复富阳、新城、睦州。
在东线战事节节胜利的同时，西路的刘镇也连传捷报，在三月十三日攻占歙州。
三月底，刘光世又率鄜延兵、张思正率河东兵、姚平仲率泾原兵继续增援。
四月七日，刘光世部占领衡州，歼敌两千三百人，斩首领郑魔王；十七日，刘光世在婺州歼敌四千，复婺州，并占领了方腊最初起事的青溪县。
在各路大军的逼迫下，方腊的活动空间越来越小，最后退缩到老家帮源，想凭借帮源的有利地形（此处山峦众多地形复杂）和政府军打游击战。
但是，一方面，深受农民起义之苦的大小地主们积极为政府军当向导，另一方面，西北军已经习惯在环境更为恶劣的西北和党项人打游击战，在复杂的地形条件下作战反而是他们所长（此后到了北方平原反而不适应），帮源的地形并没有对童贯大军有多大的阻碍。
方腊军退守帮源后，派兵驻守各进山要塞，最初政府军强攻方腊本人亲自把守的北山口，多次强攻都被击退。
眼见战局不利，刘镇的西路军剑走偏锋，转向进攻地势最为险峻的门岭。门岭崖壁峭拔、险径危侧，一夫当关万夫莫开，方腊认为政府军不可能从此突破，仅派了六百名士兵把守。
刘镇偷袭门岭，没有充分准备的六百守兵全部被歼灭，门岭失守，童贯大军进入帮源。
四月二十四日，在帮源，东西两路大军合围，与方腊二十万大军进行了一天的激战，双方伤亡都很大，但最终方腊军败退。政府军占领了帮源，方腊本人带领残部退到帮源东北的岩洞中。
洞战，是政府军面临的新课题，显然不适合大规模部队作战。在休整了一天后，童贯从部队中抽出了一支敢死队，队长是当时级别职务还比较低的韩世忠。
四月二十六日，这支敢死队偷偷潜入了帮源洞中，擒贼先擒王，遂向方腊本人的老巢发动袭击，一举擒俘方腊、方肥等三十六名起义军首领。
擒获方腊又另有一个版本，在《宋史·徽宗本纪》上生擒方腊的是当时的忠州防御使辛兴宗，但在同样的《宋史·韩世忠列传》上说，这是姓辛的抢了韩大元帅的功劳。
其实当时韩世忠不过是一个低级武官，级别上差了辛兴宗四级，当时极可能是西北名将辛兴宗的部下，在辛将军的领导下进行了这次擒贼先擒王的行动，所以两种说法或许并不矛盾。
真实的历史上，方腊的生死和那位在五台山砸寺门、在菜园子里拔杨柳树的鲁智深大和尚八竿子打不上关系。
方腊被押往东京，八月份在东京被处决。
擒俘方腊后，童贯大军继续在江南呆了一段时间，陆续镇压了吕师囊、仇道人、俞道安等各支附和方腊的起义队伍。
虽然方腊起义失败了，但它燃起的这把火对于帝国来说却是非常致命的，它像多米诺骨牌一样，推动着余下情节的发展，导致了帝国后来的非正常死亡。
而同时期的宋江起义与其相比，只能算是小儿科。