建安七年（202年）袁绍去世，他所担任的大将军一职，理论上也空了出来。袁尚虽然以袁绍的接班人自居，但许县朝廷不可能给这个年轻人发来大将军的任命。
次于大将军的军职是车骑将军，之前献帝任命他的老丈人董承担任该职，董承上任没有几个月，就被发现策划了谋反事件，董承被杀，车骑将军一职也空了出来。
在文官方面，曹操担任司空，并明确司空为三公之首。现任的三公还有司徒赵温，而太尉一职，曾给过袁绍，袁绍改任大将军后按理不会再担任这一职务，但这一职务也没再任命给其他人。曹操曾有意让荀担任三公，指的可能就是太尉，但被荀坚决拒绝了。
所以，到曹操担任冀州牧时，在职务上能与他同列的只有赵温一个人。曹操应该还有一个头衔，这是他初到洛阳迎驾时被授予的：录尚书事。这是一个加官，即兼职，以前说过这个职务很重要，类似于“主持朝廷日常工作”，官职大到三公乃至大将军，如果没有这个加官，权力也大打折扣。
献帝刘协在他位于许县的宫殿里，开始还能看到赵温、荀、孔融、赵歧、杨彪、张俭、陈纪、桓典等人，后来赵歧、陈纪、张俭、桓典等先后去世，对于朝廷里空出来的这些职位，曹操并没有及时补充的打算，所以许县朝廷班子越来越小。
曹操对司空府的建设非常重视，机构逐渐庞大，内设部门不仅涵盖了经济、民政、司法、人事等，还设置了军师、军师祭酒、参司空军事、军谋掾等军职，以服务战争的需要。此时虽然曹操没有再担任大将军或车骑将军，但他的司空府实际上具备了军政合一的职能，成为事实上帝国的最高决策机构。先后不同时期里投奔曹操的主要文士，除荀等极少数人外，都在司空府任职或曾经在司空府任职。
建安九年（204年），曹操攻占邺县，兼任冀州牧。这时，有人建议他恢复古代的九州制（有说操宜复置九州者），原因是在古代九州里，冀州的面积最大，曹操现在担任冀州牧，那样一来势力范围更大，更容易为天下信服（所统既广，则天下易服）。
对于这个建议，曹操有点动心。占领冀州后，他一直在思考如何处理与许县朝廷的关系，如果把大本营还放在许县，将会有许多不便，不管怎么样，刘协都是天下人公认的皇帝，自己作为三公之一，理应履行做臣子的本分，比如按时上朝、有事上报、天子随招随到等等，这又是曹操不可能做到的。
一想起那次南征张绣前，天子的虎贲卫士把冰凉的铁戟架到自己脖子上的情景，曹操就觉得脊背嗖嗖发凉。他已经打定主意跟许县的天子“分开过”了，但那样一来，必须给自己找出一个合理的理由和一个恰当的操作模式。而且，传统概念上的司空府也不掌兵，以司空府来统领天下的军政大权，时间长了也容易被人说三道四。
在这种情况下，有人提出恢复古代九州制的时候，曹操认为这倒是个好主意，可以破解当前的政治难题。冀州在古代九州里面积最大，曹操担任冀州牧，从而可以更好地号令天下。
九州是人们对古代中国的另一个称呼，这其实是它的虚指；它还有一个实指，指的是九个州，即九大行政区。但是，这九大行政区指的都是哪些，一直存在不同的版本。
最早提出九州概念的是《周礼》，但它说得比较含糊，是根据大方位确定的地理概念：东南叫扬州，正南叫荆州，河（指黄河）南叫豫州，正东叫青州，河东叫兖州，正西叫雍州，东北叫幽州，河内叫冀州，正北叫并州。但周朝属于诸侯联邦的形式，九州并不是行政区划。
《吕氏春秋》认为：河、汉之间为豫州，是周天子；两河之间为冀州，是晋国；河、济之间为兖州，是卫国；东方为青州，是齐国；泗上为徐州，是鲁国；东南为扬州，是越国；南方为荆州，是楚国；西方为雍州，是秦国；北方为幽州，是燕国。但在春秋争霸的局势下，这个九州也只是一个说法，不是行政区划。
最通行的“九州说”出自《尚书》里的《禹贡篇》，九州的名字是冀州、兖州、青州、徐州、扬州、荆州、豫州、梁州、雍州。它是用山川河流为界限划出的地理分野，也不是行政区划。
以“州”为单位的行政区划始自汉朝，但已经不是九个州，而有十来个州，陆续增加了幽州、并州、益州、交州等新的州。目前，天下共有十三个州，“梁州”的名字改为“凉州”，未设雍州，增加了一个司隶校尉部，管辖两京地区，被视为一个州。
也就是说，九州制作为行政概念从来没有施行过，现在要恢复它，依据是什么呢？仅仅为了增加冀州的面积，似乎又有点过于兴师动众了。毕竟，行政区划的调整历来都不是一件小事，涉及各方面的技术困难和各派势力的利益冲突，更何况有些地区还不在“曹统区”，能否推行下去都是一个问题。
果然，身在许县的荀听说后，立即写信给曹操，表达不同意见：“现在如果依古制，那么冀州的管辖范围将包括现在的河东郡、冯翊郡、扶风郡、西河以及幽州、并州的全部，这些地方本来人心就不稳，让他们归属冀州，将会使大家更加不自安。如果因此引起叛乱，那么天下大业就不好说了（若一旦生变，天下未可图也）。”
荀建议曹操先平定黄河以北的地区，修复旧都洛阳，之后南下荆州，讨伐刘表、刘璋等不肯朝贡的军阀（责王贡之不入），让天下人都知道这些想法，从而人人自安。等到天下大定之后，再来议古制。
荀的这番表态，让曹操吃了一惊。
其实，曹操坚持恢复九州制的真实原因倒不是增加冀州地盘这么简单，其背后还有玄机，可惜荀没有看到。
九州制是一个地理概念，或者说是一个规划中的行政概念，它是整个古制中的一个组成部分，只有把它与整个古制联系起来看才能洞悉曹操的心理。恢复地理或行政区划上的九州制不是曹操想法的全部，甚至也不是主要部分，借恢复九州制进而恢复已经废除的其它一些政治制度才是要害。
现行政治制度大都因袭于汉初，这一套制度由高祖刘邦初创，经过汉武帝和汉光武帝等君主不断改造，与最初的形制已经有了很大不同。比如目前推行的三公制与最早的丞相制就区别很大，三公分了丞相的权力，有了制衡却丧失了效率，东汉三公又长期被尚书台等内朝官分权，有时竟形同虚设。
在曹操看来，即使高祖刘邦定下的制度有些也值得商榷，比如封爵制度，以前是五等爵制，即公、侯、伯、子、男，刘邦非要来一个白马盟誓，称“非刘氏不得封王”，断了一般人的封王之路，异姓的臣子功劳再高，封到县侯也就到顶了，逼得王莽这样的人只好另立朝廷单干。
曹操想恢复九州制，行政区划调整才是第一步，后面还会陆续推行以恢复古制为重点的政治体制改革，目的是进一步加强自身集权，同时在爵位分封等方面有所突破。
但是，第一步还没有迈出去，便遭到了荀干脆利索的反对。
而且，继荀之后皇家事务部部长（少府）孔融又提出了一个问题：九州制是古制，王畿制也是古制，恢复九州制，王畿制要不要也恢复？
所谓王畿制出自《周礼》：“方千里曰国畿，其外五百里侯畿。”意思是：以首都为中心，方圆千里以内的是“王畿”，方圆五百里之内的是“侯畿”。“畿”的意思是直属管辖区。孔融认为，按照这个制度，以许县为中心，千里之内的地区都应该划入天子直接管辖区里。
这样一来王畿就包括了豫州、兖州和司隶校尉部的大部分地区，也包括冀州、并州、荆州的一部分地区。孔融端出王畿制来，显然是跟九州制对着干，诚心让你弄不成。
孔融最近以来一反初到许县时的良好合作态度，在很多事情上都喜欢跟曹操唱反调。就孔融的这番谈论而言，曹操完全可以不理，也可以追究他的责任，问问他的动机是什么。但现在的问题比较复杂，中间还夹着荀。荀的表态让曹操不能不认真对待，荀不仅是自己事业上的第一功臣，而且在士人中很有号召力，自己手下相当一批官员都来自于荀的推荐。
或许荀没有看出来自己的真实动机，因为仅就行政区划调整本身而言，费那么大的劲确实有点不值当，荀及时提出建议是他一贯责任心强的表现。
但是，也有一种可能是他看到了自己的心思而执意反对，如果是那样就麻烦了。这表明，荀在一些原则性问题上与自己想法出现了分歧，这种分歧将是一个十分危险的信号。
不管是哪一种情况，恢复九州制的提议都不能再进行下去了，曹操下令终止关于恢复九州制的讨论（遂寝九州议），他写信给荀说：“不是先生及时提出反对意见，我要失去的可能更多了（微足下之相难，所失多矣）！”