在帝国的临时首都长安，朝廷大权一直由李、郭汜、樊稠组成的“三人小组”共同掌握。王允被杀、吕布外逃后，这里仍然是凉州军阀的天下。
凉州军阀是个大概念，如果细分，除了他们几个人之外，已被朝廷收编并正式任命为征西将军马腾和镇西将军韩遂也应该属于这一阵营。过去，他们曾经互为敌手，现在大家都有朝廷的正式任命，也分不清你黑还是我白了。征西将军马腾驻扎在董卓曾经苦心经营的坞（今陕西眉县），镇西将军韩遂驻扎在金城（今甘肃兰州）。兴平元年（194年）初，马腾与“三人小组”发生矛盾，动起手来。
据《后汉书》说，马腾当时到长安公干，率部移住到了长安东郊的灞桥。马腾因为有私事想走一下主持朝廷工作的李的后门，结果李不理，马腾觉得很丢面子，于是翻脸（腾私有求于，不获而怒）。
其实这背后还隐藏着玄机，马腾此行不是普通的出差，而是有预谋的。马腾秘密策划了一场政变活动，参与的人有侍中马宇、右中郎将刘范、前凉州刺史种劭、中郎将杜禀等。刘范是刘焉的儿子，被留在长安作人质，他的弟弟刘璋刚被派回益州给老爸传话不要搞分裂活动。种劭是名人之后，他的爷爷种嵩、父亲种拂都位至三公。这是一场由几个高干子弟和年轻军官策划的政变，马腾是真正的幕后推手。
李没给马腾面子，马腾便以此为由要与“三人小组”翻脸。眼看矛盾升级，朝廷希望息事宁人，于是动员韩遂前来调解。韩遂堂而皇之离开金城进入关中，到了之后就公开与马腾站在一起。
不仅如此，刘范出现在政变者名单上说明情况更不一般。据《英雄记》等书记载，刘范不是以个人名义参与的，而是代表了刘焉。兴平元年（194年）二月，马腾、韩遂的联军已经进军到长安以西五十里的平乐观，这时马宇等人的计谋败露，马宇、种劭等逃了出来，带着一部分政变武装退守到槐里（今陕西兴平）。李命令郭汜、樊稠以及自己的侄子李利等人率兵与马腾交战。失去内应的马腾不敢在长安周围久留，向凉州撤退。郭汜、樊稠进攻槐里，马宇、种劭等参与政变的人被杀。《英雄记》还说，造成政变计谋外泄的人是刘范。事情败露后，他先逃到了马腾的军营，之后又逃到了槐里，这两个地方在不同的方向，刘范此去可能是向槐里的政变武装传达马腾的命令。
刘范同时还向刘焉求救，刘焉派遣校尉孙肇率领五千蜀兵前来助战。这一来一往肯定需要很多时间，孙肇还未到，槐里即被攻破，刘范跟马宇等人一同被杀，刘焉留在长安的另一个儿子刘诞随后也被杀。
事后，“三人小组”既恨马腾和韩遂，又害怕他们卷土重来，于是以献帝刘协的名义，赦免了此次叛乱参与人的罪过，重新任命马腾为安狄将军，任命韩遂为安降将军，此事暂告一段落。
在这次行动中，李的侄子李利有点摆谱，不太听郭汜、樊稠的招呼，让郭汜和樊稠很看不惯。“三人小组”虽说共同执政，但李常以首席领导人自居，早就让他们心生不满。现在更不能接受李的侄子在他们面前耀武扬威。
郭汜还有点涵养，没有吱声。樊稠却忍不住，教训李利道：“现在天下人提起你老叔都恨不得杀了他，你这条狗还仗什么人势？难道我不敢杀你吗？”
李与郭汜、樊稠之间的矛盾有扩大的趋势。韩遂这个老江湖在退回凉州的路上，顺手又玩了一次漂亮的离间计，让他们的矛盾一下子爆发了。
据《九州春秋》记载，马腾、韩遂失败后，樊稠一直追杀他们到陈仓（今陕西宝鸡），韩遂派人给樊稠送了一封密信，说你我都是同一个州（凉州）的人，咱们又没有什么个人恩怨，虽然有一点小小的不和，但大方面的利益还是一致的，以后难免还要打交道，天下改朝换代的事谁能说得准，干嘛不留条后路？
樊稠想一想也是，就命令士兵撤退。樊稠还应邀与韩遂在战场上相见，他们各自催马来到阵前，靠得很近，别人只能看到他们言谈甚欢，却听不清说什么，他们一起说了很久才完事（却骑前接马，交臂相加）。
李利恰巧也在现场，亲眼目睹了这一场面，回来后即向叔父李打了小报告。李怀疑樊稠与韩遂勾结，于是通知樊稠来开军事会议，樊稠一到，当场被诛杀，“三人小组”正式解散。
事实一再证明，在乱世中权力是不能分享的，尤其是最高权力。那时候没有长老院，没有议会，唯一可行的权力模式是强人统治，失去董卓的凉州集团，最缺少的就是万众归一的强人。只是樊稠死得挺冤，要密谋什么事，有当着几万名将士面的吗？但是，这种事往往又容易让人相信。韩遂的这招给另外一个人留下了深刻印象，此人就是贾诩，没准当时就在现场。
十六年后，曹操领兵西征潼关，面对马超与韩遂的联军，曹操问计于贾诩，贾诩微微一笑，只说了四个字：“离而间之。”曹操会意，于是两军阵前同样上演了这一出，约韩遂拉家常，“交马与移时”。事后马超果然起了疑心。
曹操的这一招并不新鲜，发明人原来是韩遂自己。
其实，李未尝没有想过这是敌人的一计，但他与樊稠之间的矛盾由来已久，加上樊稠打仗勇猛，爱护部下，很有威望，让李早就心存不满，一场火拼已在所难免。现在正好有一个借口，在宁可信其有不可信其无和宁可错杀也不能漏网思想的指导下，李还是下决心把樊稠干掉了。他干这件事之前一定没有跟郭汜商量。郭汜素来跟樊稠关系不错，樊稠被杀，郭汜立刻有了兔死狐悲之感。李、郭汜二人表面相安无事，但私底下都在做着刀兵相见的准备。
兴平元年（194年）到兴平二年（195年）间全国范围内的大饥荒也波及到关中地区，为了筹集军粮，凉州兵在三辅一带又杀又抢，弄得民不聊生，人口急剧下降，物资严重匮乏。
据《献帝记》一书记载，献帝的宫人以及文武百官就连穿衣都成了问题，献帝想从御库里调一些布来给大家做制服，李不同意，说宫人们已经有衣服了，干嘛还要再做？献帝无奈，只好自力更生，他下令卖掉了一百多匹马，又让大司农卿想办法弄了些绢绸，准备给大家做衣服。
李听到了，说他们家正缺这些东西呢，就把钱和绢绸给截了。贾诩听说后，劝说李不要这样，李根本不听。
《后汉书》还记载了李干的一件荒唐事，他差点纳当今天子的嫂子、已故少帝刘辩的爱妻