成皋之战董卓集团虽然取胜，但联军的顽强精神让董卓很是吃惊。对于这支军事素质很差的队伍，按照董卓的想法，派凉州铁骑一个冲锋即可搞定，但结果却出乎意料，双方一度杀得难解难分。
成皋之战打消了董卓继续坚守洛阳的念头，他决定即刻迁都。
反对的声音让他始料不及，担任河南尹的老将朱俊、司徒杨彪、太尉黄琬、司空荀爽等齐声反对。为了说服大家，董卓拿出了一本叫《石包谶》的神秘预言书，上面说后汉经历十一世皇帝以后应该迁都。该书被杨彪直接斥责为妖书。董卓说不过他们，只好再玩老把戏，耍起了流氓，喊着要杀人。
司空荀爽一看杨彪他们有危险，赶紧出来打圆场，董卓免除了杨彪、黄琬等人的职务，提拨王允当司徒。王允，那可是一个玩潜伏的高人。
这时皇甫嵩率三万余人驻扎在长安以西的右扶风郡，管理长安的最高行政长官是盖勋，也就是曾在阅兵台上跟灵帝刘宏对过话的那个边防军师长（都尉）。董卓征盖勋为议郎，征皇甫嵩为城门校尉，解除二人的实权。
有人劝皇甫嵩起兵讨伐董卓，被皇甫嵩拒绝。他收拾行李准备就任，结果这一去，一代名将便从此黯然退出军界。
皇甫嵩之所以没有动手，一来因为董卓手里有天子，皇甫嵩认为征他为城门校尉，不是董卓的命令而是天子的命令，反对董卓就等于反对天子；二来自己虽然手里有三万多人，但身处关陇地区，在董卓大军的合围之中，边章、韩遂、马腾等叛军跟董卓有默契，一旦开战，他们将联手对付自己，失败是肯定的。
初平元年（190年）二月十七日，天子下诏正式迁都。
根据记载，董卓临行前在洛阳搞了一次大屠杀活动，把所有富豪集中起来，胡乱安个罪名，集体处死，财产全部没收。普通百姓被强迫迁往长安，不愿意走的也全都处死。
董卓撤到城外的御花园毕圭苑后，纵火将洛阳城焚毁，当时世界上最大的城市洛阳就这样化为废墟。董卓下令在洛阳周围二百里范围内大搞“三光政策”，烧光、抢光、杀光，还命令士兵开棺掘墓，盗取珍宝，邙山一带密集地排列着本朝多位先帝的皇陵和许多贵族的墓地，无一幸免。
以前还有顾忌，不敢太过分，现在要走了，凉州军开始到处烧杀取乐。阳城县（今河南登封）乡民正在举行祭神仪式，凉州军开到，立即大开杀戒，所有男人全部被杀，头颅割下来挂在车上，凉州军载着抢来的妇女，一路敲敲打打，宣称在前线打了胜仗。
在前线被抓住的俘虏情况更惨，凉州军用布涂上油裹在他们身上，然后从脚下点火，活活将他们烧死，围观的人看着取乐。
三月五日，天子一行到达长安。此时，袁术、孙坚开始攻击洛阳，董卓无法脱身，长安的事务都由刚刚提拔为司徒的王允来主持。王允妥善处理了方方面面的关系，对天子给予尽心保护，对董卓曲意逢迎，让董卓很满意，放心地把长安的行政事务都交给了他。
三月十八日，董卓做了一件他早就想做的事：下令将已经转移到长安的袁氏家族所有人全部处死，包括太傅袁隗、太仆卿袁基，无论大小，不分男女，连怀中的婴儿都不放过，一共杀了五十多口。
袁绍、袁术从此对董卓由国恨又添了家仇。
做完这些事，董卓开始全力对付从南面一路杀过来的孙坚。
董卓深知自己这个老同事的厉害，所以在三路大军的安排上，特别重视南面这一路，布置了胡轸、吕布、华雄三员猛将共同对付。
胡轸此时担任陈郡太守，是董卓嫡系中的嫡系，吕布属于并州军，虽然跟董卓以父子相称，但手下的队伍在董卓集团里属于杂牌军，华雄也是董卓手下的一员猛将，担任都督一职，但对他的其他情况所知甚少，他的实际影响力与他后来的名气相比差得多。
南路的力量本来最强，可凉州军和并州军在配合上好像出了问题。胡轸这个人打仗或许有一套，但处理人际关系却不太行，他性格急躁，手下士兵纪律性也差，谁要是作战不利，他就喊着要杀军官，弄得大家很紧张。
他们探听到孙坚的主力到了一个叫阳人聚的地方，立即急行军赶到那里，想把孙坚包围。到达时天色已晚，士兵们还未吃饭，胡轸和吕布产生了分歧，胡轸想休整一夜明天再说，吕布认为应该搞突袭。胡轸无奈，下令攻击，结果人困马乏肚子饿，加上孙坚早有准备，攻击无果。
孙坚采取反击，胡轸、吕布大败。孙坚率部向东北方向运动，想与颖川郡、酸枣县等地的友军会合。董卓安排徐荣、李蒙在梁县附近进行截击，这回大败了孙坚。这是徐荣近几个月内第三次露脸，第一次在黄河两岸大败袁绍和王匡，第二次在成皋大败曹操，第三次在梁县大败孙坚，三次都是全胜。
孙坚很狼狈，只领着程普等几十骑突出重围，徐荣的兵穷追不舍。孙坚头上戴着一个红色头巾，平时看着挺酷，这时候就要命了，红头巾成了一个标志，凉州兵拼命追着打，孙坚手下将领祖茂提醒孙坚，把头巾摘下来给自己戴上，孙坚才得以解围。梁县之战和汴水之战有许多相似之处，对手都是徐荣，联军一方都是大败，曹操危急时有曹洪赠马，孙坚逃命时有祖茂解围。
徐荣的结局有点出人意料。如此战功显赫的将领在凉州集团内部似乎混得并不是太如意，与牛辅、胡轸、李、郭汜等人相比，徐荣始终只是个配角。董卓被杀时徐荣在胡轸手下，李、郭汜杀回长安，王允命令胡轸率徐荣迎战，胡轸暗通李，徐荣不明就里，出战李、郭汜，结果战死。
现在，孙坚好歹逃过了一劫，到颖川郡整顿散兵，与友军豫州刺史孔会合。
他们两个见面的时候应该很尴尬，因为一个是朝廷正式任命的豫州刺史，一个是袁术刚刚“表奏”的豫州刺史。好在也没人在公开场合提起，为了反董大业，孔给了孙坚很大的支持，帮他补充了人马。孙坚重新向阳人聚方向杀了回来。
孙坚再次与胡轸、吕布、华雄在阳人聚交手，别看孙坚打徐荣不行，打胡轸和吕布倒很顺手，不仅取得大胜，还斩杀了华雄（华雄不是关羽所杀）。胡轸和吕布逃回洛阳。
孙坚继续追击，董卓有点扛不住，派人给老同事捎去一封信，希望和解，为表示诚意，还提出两家合亲的请求，遭到孙坚断然拒绝。
董卓派吕布守洛阳，自己则率主力向西撤退，到达渑池一带，做出回师长安的姿态。孙坚向洛阳发起进攻，守城的吕布败走，孙坚由洛阳南门之一的宣阳门攻入城去，将洛阳收复。
洛阳此时已成一片废墟，就连南宫和北宫也荒无人烟，孙坚命令士兵打扫宫殿、太庙的卫生，整理邙山一带被破坏的诸陵，还意外在宫中一口井里发现了传国玉玺。
董卓无心在洛阳一带跟孙坚纠缠，命令主力全部撤向关中。
孙坚本想追赶，但袁术命他火速回军，因为后方不稳，南阳郡有被他人吞并的危险，孙坚只好撤军。