对付黄巾军的主战场有两个，一个是北部的冀州，北中郎将卢植任总指挥，他的对手是张角三兄弟；一个是南部的颖川郡，分别由左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊任总指挥，他们的对手是颖川黄巾军的首领波才。
先说说南部战场。
颖川郡的位置挨近洛阳，波才又是黄巾军中最有谋略的将领，朝廷不敢怠慢，派了皇甫嵩和朱俊共同迎击。黄巾军作战英勇，面对朝廷的两路大军，不急不怕，沉着应对。
皇甫嵩和朱俊虽然没有吃到大败仗，但一举荡平敌人的想法没有实现。尽管有过平叛的经验，这一次他们也不敢再大意，商议之后，他们决定采取稳扎稳打的办法，与黄巾军打持久战和消耗战。
这个决策本来是正确的，因为他们这次出征，队伍是临时组建而成，来不及训练，各部之间和上下之间都还不够熟悉，是一支战斗力还没有完全形成的部队，稳定一下慢慢来，是有必要的。
同时，大将军何进在洛阳正抓紧组建预备队，朝廷的援军以后会陆续投入战场，只要坚持下来，战场敌我力量对比就会发生改变。
波才也看到了这一层，所以他不想长期对抗，而是全力攻击。他选择的主攻目标是朱俊负责的方向，结果朱俊盯不住，吃了败仗。
皇甫嵩分析了形势，认为得找一个坚固的据点屯兵筑寨据守，这样他带兵退到了一个地方，叫长社。
皇甫嵩和朱俊的队伍退到了长社城内，波才随后指挥黄巾军将其层层围住。黄巾军的人数几倍于朝廷的部队，形势十分危险。
皇甫嵩不断向洛阳发出求援信号，这样，新组建的骑兵师共五千余人，在没有经过训练的情况下，即在师长（骑都尉）曹操的率领下投入战场。这时是光和七年（184年）五月，距张角正式起义仅两个多月。
长社是一个小县城，去过北京西南郊宛平城的朋友们可能会有更容易理解这一点，通常这样的城池只有四个门，站在南门楼一眼就能看到北门楼。平时，里面的常住人口至多数千人。依靠这样的城池抵挡黄巾军数万人的进攻谈何容易？皇甫嵩作为经验丰富的将领，一面指挥守城，一面思考如何摆脱困境。
站在长社城墙上，他看到黄巾军的营寨附近都长满树木和草，他们这样做可能是为了宿营的时候更舒服一些，毕竟农历五月的天气已经很热了。
皇甫将军的脸上露出了一丝不易觉察的笑容，波才，看来你只靠自学成才还是嫩了点。皇甫嵩立即布置下来，准备引火之物和大量易燃品。士兵们趁一个刮风的夜里冲出城去，他们个个手持火把和引火的东西，冲到敌营，见到树也烧，见到草也烧，见到营帐也烧。这时候风很大，火势很快起来，黄巾军数十天攻城不下，已经比较疲惫，大部分人都在睡觉，突然火光冲天，喊声四起，营帐里一下子乱了套。
皇甫嵩立即率兵进攻。黄巾军损失惨重，但他们没有完全退却，而是退到长社之外稍远的地方重新扎营。这时，曹操率领的骑兵部队赶到了。
三路人马合在一处，由北中郎将皇甫嵩统一指挥，这次皇甫嵩改变了打法，主动寻求与黄巾军决战。对于黄巾军来说，其实没有更好的办法，打持久战只能对朝廷更有利，也只能选择决战了。
结果，这场决战以朝廷军队大胜结束，波才弃军而走，黄巾军被斩首数万。灵帝下诏封皇甫嵩为都乡侯。
皇甫嵩、朱俊会同南阳郡太守秦颉、骑都尉曹操等人继续追击，不断扩大战果，于宛城斩杀了黄巾军另一个首领张曼成，最后于阳翟和西华再次找到波才和黄巾军首领彭脱率领的主力，取得大胜。
朝廷军队三战全胜，黄巾军被迫退出颖川、南阳等地，京师南部的形势转危为安。在首战中朱俊所部曾经吃了败仗，所以皇甫嵩在上报功劳的时候，特意将后面取得的功劳多分一些给朱俊，灵帝下诏封朱俊为西乡侯，由右中郎将改任镇贼中郎将。
过去虽然都是中郎将，但左在右之上，右中郎实际是左中郎将的副手。朱俊不再担任右中郎将一职，意味着他将脱离皇甫嵩单独行动。果然，朝廷命令二人分兵，皇甫嵩率领所部以及骑都尉曹操所部开住洛阳东部地区兖州刺史部的东郡，在那里黄巾军首领卜巳渐成气候。朱俊仍旧在南阳郡一带平息黄巾军余部。
皇甫嵩、曹操率军到达东郡，击破了东郡黄巾军，生擒卜巳，斩首七千余级。
再来说说北部战事。
卢植到达冀州后，利用自己的名望，大量招募兵马，壮大力量。在这次招募活动中，有两个人不得不提，他们是卢老师的两个学生：公孙瓒和刘备。他俩不是一块儿来的，但都不是只身前来，还带着不少人，其中公孙瓒带的人里，一定有一个叫赵云，刘备带的人里，有两个人分别叫关羽和张飞。
关于他们的故事先按下不讲。先说卢将军的对手张角兄弟，几仗下来，张角兄弟渐渐不支，退到了广宗。卢植在广宗城外修堡垒、挖壕堑、造云梯，准备攻城。正要一举攻下广宗的时候，意外发生了，卢植被解职。
朝廷往前线派来了一个人，名叫左丰，是个宦官，他来的目的说是慰问，实际上是监军，毕竟灵帝刘宏对这些手握重兵的将军们还不完全相信。这个左丰打仗是外行，搞钱却是老手，他依照惯例向卢植暗示给自己行贿，但几天过去了，卢将军那边丝毫不见表示，左丰于是很生气地回去了。
宦官向前线的将领索贿，这是一件很普通的事。打仗得花钱，战争预算的制定和拨付掌握在宦官手里，如果不打点好这帮贪官，什么事都干不成。当年猛如“凉州三明”之一的段深知其厉害，刻意巴结宦官。
但卢植不是段，他本质上是个学士，打从心底里看不起这些宦官。卢植以为，到了现在这种时候，灵帝不应该再偏信这些宦官了。他也不相信宦官们会选择这个时候找事，所以没有理左丰的茬儿，继续做攻城的准备。
但是卢将军错了，坏人做坏事是不分时候的。左丰回去向灵帝报告前线战况，添油加醋说卢植消极怠工，故意不出战，是想邀功。灵帝大怒，给卢植派来了一辆囚车，临阵逮捕主将，押回京师问罪。
接任卢植的人名叫董卓。这厮想必大家都很熟悉了，在这里是第一次说他的事。董卓长期在羌汉杂居的凉州一带长大，先后追随“凉州三明”之中的张奂、皇甫规与羌人作战，因为很会打仗，被提拔为并州刺史、河东郡太守。朝廷下诏调董卓前来冀州，指挥前线作战。灵帝重新设了个东中郎将给他，因为是卢植的职务此刻还没有免除。
说实话，论打仗董卓是那个时代一流的猛人，但此君长期与羌人作战，善长骑兵野战，属于速度型和力量型选手，拉到河网密布的冀州大平原上一试，居然找不到感觉。他多次想找张角的主力决战，但总也找不着。灵帝等急了，因为左丰告诉他的是，董卓只需一顿饭的功夫就能拿下张角。卢植怯战，怎么换了个够狠的角色，一样没有效果？
这反而救了卢植一命。他被押到京师本来要受到严惩，但由于董卓军事上的失败，从反面印证了当初他稳扎稳打策略的正确，于是他仅受到免官的处罚。
董卓眼看拿不下张角，干脆向灵帝上书，说自己无能，然后向天子推荐了一个人代替自己，这个人就是正在东郡一带清剿黄巾军的皇甫嵩。
董卓是皇甫规的老部下，自己学艺不精，只好把老首长的侄子请出来。这样皇甫嵩就接替董卓指挥对张角的战斗。
这一年对皇甫嵩来说实在是个人事业的颠峰，而且他运气也好得不行。接替董卓以后，还没等他拉开阵式，这场战斗就结束了。因为对方的主帅、太平道大贤良师、黄巾军天公将军张角不幸病故。
张角突然去世给黄巾军造成了巨大的打击，他两个弟弟张梁、张宝继续统领黄巾军主力。在皇甫嵩指挥下，朝廷军队在广宗这个地方取得了决战的胜利，张梁、张宝先后被杀。张角虽然死了，皇甫嵩仍然撬开棺材，戮尸、斩首，将张氏三兄弟的人头传送京师。
到这一年底，朝廷军队在各个方向都传来捷报，各种战利品以及砍下来的人头不断运到洛阳。灵帝下诏将乱军的人头集中起来，上面盖上土，居然像小山那样高，被称为“京观”。
本次平叛功劳最大的当数皇甫嵩，灵帝下诏封皇甫将军为槐里侯，拜为左将军，由准将升为中将，同时兼任冀州牧。朱俊也升为右将军。
凡参与平乱的都有不同的奖赏，骑兵独立师师长（骑都尉）曹操因为配合皇甫嵩作战有功，被任命为济南国相。
好了，一切太平了，张角兄弟死了，人头带回来了，各地的黄巾军都被镇压下去了，尽管还有一些地方有黄巾余部在活动，但已经成不了气候。灵帝想，该喘口气了，这一年真紧张得要死。
光和七年（184年）十二月，灵帝下诏改元为中平，寓意天下经过一场大乱开始走向安宁和平。
但如果他能未卜先知，他的心情一定会更沉重，因为这才是风暴的开始。