建安十七年（212年）十月，大约在董昭提出恢复五等爵制的同时，曹操决定从东线发动一次对孙权的远征，如果不算上一次援救合肥，赤壁之战后曹操先后发动过三次亲征孙权的军事行动，分别在建安十七年（212年）、建安十九年（214年）和建安二十年（215年），今年算是第一次。
在曹操生命中的最后一个十年，他仍然经常领兵出征，主要战场有两处：东线的合肥、濡须口，西线的关中、汉中。奇怪的是，曹操在西线接连得手，先是打败了马超、韩遂，平定了关中，进而平定了陇右，以后又远征汉中，收降了张鲁，但是在东线作战他却屡屡无功而返，只能望长江而叹。
有人认为这是对手不同，马超、韩遂、张鲁这些人不能与孙权相提并论。这也许是个理由，但还有另一点不容忽视，曹操先败于赤壁，后来又多次止步于长江边上，与曹军善于平原和山地作战，而不擅长水战有关。直到后来，曹丕称帝后这种局面仍未改观，数十年中，长江成了曹军无法逾越的天险。
参加本次远征的部队仍然先在谯县集结，曹操对这次亲征寄予厚望，特地请献帝派尚书令荀代表朝廷到谯县来慰问。天子派大臣到前线劳军也是惯例，但由实际上主持朝廷日常工作的荀亲自前来，是以前没有过的。包括荀本人在内，许多人都注意到了这个细节，感觉将有什么事发生。果然，曹操随后就以献帝的名义发布诏令，改任荀为光禄大夫，不再担任尚书令一职，以侍中、光禄大夫的名义代表天子（持节）继续留在军中，并担任曹操的军事顾问（参丞相军事）。
这一任命非同小可，光禄大夫的品秩是“比二千石”，品秩二千石可以看作正部长级，“比二千石”略低于二千石，可以视为副部长级。荀担任了十多年的尚书令一职，品秩只有一千石，算是个司局级，看起来他升官了，可尚书台是朝廷的秘书局和机要局，实际权力要大得多，远远超过了一般部长，尤其在当前的局势下，尚书令处理朝廷日常工作，是曹操在许县的代言人。
在士人们的心目中，荀就是他们的领袖，当个部长都屈才，就连曹操都认为荀的地位应该更高，一度曾经想让他担任三公之一的太尉，被荀本人拒绝了。
现在，再笨的人都明白，荀的尚书令变成了光禄大夫决不是升官，而意味着他失宠了。并且，曹操让荀参与丞相府军事，这样就把荀变成了自己直接的下级。
荀郁闷至极，于是病了。
不过，也参加了此次远征的曹丕后来在《典论自序》里记录有荀来军中慰问的事，从当时的情况看荀的精神状态挺好。
曹丕写道，他随同大军驻扎在曲蠡（今河南临颍）时，荀曾来军中慰问，他们还有过闲谈。当时荀兴致颇高，他对曹丕说：“听说你能左右开弓射箭，这实在不简单（闻君善左右射，此实难能）。”
曹丕说：“您还没见过我在马上昂首大呼，俯视马蹄、仰射月支的时候吧？”
荀笑道：“那是呀（乃尔）。”曹丕说：“箭靶放在固定的地方，即使百发百中，也没有什么了不起的（的有常所，虽每发辄中，非至妙也）。如果在平原上立马疾驰，脚下是丰美的草地，追逐野兽，射杀飞禽，箭不虚发，射中猎物又能洞穿它，这才算高妙。”
所在部队的参谋长（军祭酒）张京也在坐，回头看着荀拍手称好。
从上面这段记述里似乎看不出荀心事重重，反而觉得让他来军中慰问他也挺高兴。
不过，曲蠡这个地方还在许县附近，荀这时还没有到谯县，尚不知曹操把自己留下不让走，所以曹丕写他的职务时还说是“尚书令”。荀或许想这只是一次简单的慰问活动，结束后即可返回许县。
当然还有一种可能，那就是曹丕故意这样写的。荀死后关于他的死因问题有种种猜测，曹丕在《典论》这篇谈论文艺和哲学问题的学术著作中专门把跟荀闲谈这样的事也写进来，多少有点刻意之嫌。曹丕也许想告诉大家，荀确实是生病死的，关于他死因的种种传闻都不可靠。
曹操很快率大军推进到长江边上的濡须口一带，此时荀因病留在了寿春，在这里他的健康状况迅速恶化，最终病逝于寿春，这一年他正好五十岁。
《三国志》说荀的死因主要是有病，心情郁闷也是原因之一（以忧薨），但《魏氏春秋》一书却认为他是自杀。据《魏氏春秋》记载，曹操这时赠给荀一些吃的东西，荀打开后发现里面是空的，荀感到这是曹操在暗示自己什么，于是喝毒药自杀了（太祖馈食，发之乃空器也，於是饮药而卒）。
《别传》也暗示荀是自杀的，称荀临死前，曾把与自己有关的重要文件都烧了，因此他曾经提出过的许多奇策密谋都不为人所知（自为尚书令，常以书陈事，临薨，皆焚毁之，故奇策密谋不得尽闻也）。
《献帝春秋》却另有新解，它认为荀之死与即将被暴光的伏皇后事件有关，通常认为这件事是一年多以后才被发现的，但《献帝春秋》认为曹操早就知情，并且荀也牵扯其中。
董承和董贵人被杀后，伏皇后写了一封言辞激烈的信给自己的父亲伏完，让伏完联络一些人除掉曹操。伏完找到了荀，荀看完后觉得事情很严重，他没有作任何表示，但也没有向曹操报告（完得书以示，恶之，久隐而不言）。
伏完联络的人里还有自己的妻弟樊普，樊普害怕事后被诛连，就把这封信交给了曹操。曹操心里有了防备，但没有立即挑明。荀后来感觉事情泄露了，担心曹操追究，就想办法给自己解套。当时曹操刚把自己的三个女儿送到宫中，成为献帝的贵人，荀于是主动跑到邺县，劝曹操另立自己的女儿为皇后。
曹操有点吃惊：“现在朝廷有伏皇后，我的女儿能配给皇上，只是因为我那一点微不足道的功劳而已，怎能有更进一步的奢望（吾女何得以配上，吾以微功见录，位为宰相，岂复赖女宠乎）？”
荀说：“伏皇没有儿子，性情凶险恶毒，以前还给她父亲写信，说了些大逆不道的话，因此应该废掉她（后无子，性又凶邪，往常与父书，言辞丑恶，可因此废也）。”
曹操说：“这件事以前怎么没听你说过？”荀假装惊讶地说：“我前面向您报告过了呀（昔已尝为公言也）。”荀想打个马虎眼混过去，哪成想曹操很认真，说：“这难道是小事吗，我怎会忘记？”荀装着又想了想说：“确实没有报告过，可能是当初您在官渡与袁绍相拒时，不想打扰您，所以没有说。”
如果曹操明白了荀是在为自己圆场，应该装个糊涂就过去了，但曹操并不想给荀这个面子，他继续追问：“官渡之战以后为什么不报告（官渡事后何以不言）？”问得荀无言以对，只有不停地检讨自己（无对，谢阙而已）。
《献帝春秋》认为，这才是曹操与荀二人关系的转折点，此后曹操心里对荀产生了严重不满，只是表面上包容他而已（太祖以此恨，而外含容之，故世莫得知）。
《献帝春秋》进一步认为，董昭提出授予曹操魏公的建议，荀表示反对，荀想当面向曹操陈述，正好这时让他到军前慰问，慰问活动结束后，是荀自己要求留下来的，目的是找机会跟曹操当面谈谈（及赍玺书犒军，饮飨礼毕，留请间）。
曹操知道荀要谈什么事，就是不给他机会，最后荀在抑郁中死于寿春。
《献帝春秋》的记载与前面几部史书不同，对后世影响却很大。但是，这个记载的真实性值得怀疑。如果按照此说，在伏皇后事件没有公开之前荀主动找曹操谈过这件事，荀等于成了告密者，这恐怕不符合荀一向做事的风格。荀如果只求自保，他也就不会在关键问题上一次次惹怒曹操了。
尽管荀的死因扑朔迷离，但正值壮年的他在没有任何征兆的情况下死于军中，又是在是否恢复五等爵制争论的关键时刻，不能不引起朝野内外甚至民间的广泛猜测和议论。
当时社会上什么传闻都有，其中有一种认为曹操逼荀杀伏皇后，荀不干，于是自杀。这种议论由从寿春逃到江东的人告诉了孙权，孙权深信不疑，他以告示（露布）的形式广泛宣传。刘备知道后也说：“曹操这个老贼不死，看来祸乱就结束不了（老贼不死，祸乱不已）！”
客观地说，曹操这时虽然不喜欢荀，但还不至于杀他或者逼他自杀。荀跟随曹操二十多年，做出了巨大贡献，他对荀也是充分信任和尊重的。尽管近年来荀对曹操的态度有了微妙的变化，但那都集中在如何对待汉室这个问题上，观点虽然不同，但曹操深信荀不是董承和伏完，他不会谋反。
在曹操眼里，荀一直是一个士人，有自己的政治理想，不容易让他改变，但也不用过于防范他，因为他没有太大的威胁，所以曹操不会在即将与孙权展开大战的前夕把具有很大影响力的荀杀掉，这完全不符合曹操的利益。
荀之死可能是巧合，精神压力的增大影响到荀的健康，刚好在这个敏感时刻病逝，这是完全可能的。当然也有可能是自杀，感到前途悲观，不想过言不由衷的生活，同时害怕给家人、朋友带来灾难，巨大压力下的荀用自杀的手段一了百了，也是有可能的。
但是，在官方发布的通告里不会说他是自杀，只会说他因病去世。曹操以天子的名义追赠荀为敬侯，以表达对他的敬意，爵位由荀的长子、同时也是自己的女婿荀恽继承。
荀恽娶的是曹操的女儿阳安公主，后来他担任过虎贲中郎将。在曹丕与曹植争夺继承权的斗争中，他因为站在曹植的一边而被曹丕忌恨，此后逐渐不得志，死得比较早。
荀还有其他几个儿子，荀俣后来担任过御史中丞，荀诜任过级别不太高的军职，荀较为有名，是个学者，到晋朝时做过大官。还有一个荀粲，是曹洪的女婿，崇尚道教，是玄学早期的倡导者，他与妻子很恩爱，二十九岁时因妻子去世悲痛而死。
荀对曹魏的作用，不亚于诸葛亮在蜀汉。他不仅有杰出的才能，在曹操早期的事业开拓中屡立奇功，本人更是在士人中有很高的号召力，一大批汝颖士人正是在他的影响下才加入曹魏阵营的。
但他名义上的地位一直不高，一方面缘于他为人谦逊，一再辞让封爵和官位，另一方面是晚年与曹操在政治立场上产生了分歧，作为汉室忠诚的拥护者，他事实上成了最大的“保皇派”，对于曹操试图突破朝廷体制甚至取而代之的做法，他表示不满和反对。
苏东坡是一流的文学家和书法家，同时也是一流的历史学家，他在《东坡志林》一书中对荀内心的矛盾作过深入分析。他说：“汉末大乱，豪杰并起。荀文若是圣人之徒，开始认为非曹操不能平定海内，故而辅佐他。之所以替曹操出谋划策，他认为这些也是汉家之事，荀文若怎么能教曹操造反呢？以仁义救天下，天下既平，该有的自然会有，到不得已的时候再接受，不该来的就不拿，这是周文王的做法，也是荀文若所认为的。但是曹操却要加九锡，荀文若以死反对他，所以我说荀文若是圣人之徒，他的才华似张良，而品德似伯夷。”
荀死时有两项职务：部长级的侍中和副部长级的光禄大夫，直到五十多年后的咸熙二年（265年），他才被追授为太尉。
也是在这一年，曹魏最后一任皇帝曹奂被司马炎赶下台，曹魏帝国从形式上完全终结了。