元丰二年（1079年），是苏轼最黑暗的岁月。这一年，他调任湖州太守，这已经是他自熙宁三年（1070年）离开京城后第四个任职的地方。此前，他在杭州任满之后，调任密州太守，密州任满后调任徐州太守，徐州任满后再调任湖州太守。
按照惯例，官员调任，都要礼节性地向皇帝上表致谢，内容无非是谢主隆恩之类的客套话。苏轼却不同，用他自己的话说，他对生活的态度是嫉恶如仇，遇有邪恶之事，则“如蝇在食，吐之乃已”，俗话说，祸从口出，苏轼吐得多了，给人留下把柄的机会也就多了，何况还有很多人睁大眼睛盯着他，巴不得从他身上挑出一点材料修理他呢！这一次，苏轼就因为他的臭脾气，给人落下了话柄。他在谢恩表中有这样一句话：
陛下知其生不逢时，难以追陪新进。察其老不生事，或能牧野小民。
苏轼在这里以自己同“新进”相对，说自己不“生事”，就是暗示“新进”人物“生事”。古代文人因为客观环境使然，总是习惯于在谴词造句上表现得十分微妙，而读者也养成一种习惯，本能地寻求字里行间的含义。
六月，监察御史何大正在苏轼的谢恩表中闻到了某种气味，便将其中的“新进”、“生事”等语摘引下来上奏，给苏轼扣上“愚弄朝廷，妄自尊大”的帽子。明明是苏轼在讽刺他们，而他们反说苏轼愚弄朝廷。偷梁换柱正是小人们的惯用伎俩。
关于“新进”、“生事”的出处，还有一段背景。
“新进”一词是苏轼对王安石引荐的新人的贬称，他曾在《上神宗皇帝》书里说王安石“招来新进勇锐之人，以图一切速成之效”，结果是“近来朴拙之人愈少，而巧进之士益多”。后来正是曾拥护过王安石的“巧进之士”吕惠卿把王安石出卖了，使其罢相。
“生事”一词出自司马光写给王安石的一封信中。司马光对王安石变法持反对意见，他曾给王安石写了一封长信，信中指责变法是“生事”，于是，“生事”一词成了攻击变法的习惯用语。
苏轼的谢恩表，在定期出版的廷报全文刊载，他是名士，其手笔照例要引起人们的注意。谢恩表刊出之后，那些“新进”们自然就成了读者心目中的笑柄。
御史中丞李定，是一个睚眦必报的小人。当年因隐瞒母丧，被司马光骂为禽兽不如，苏轼在赠朱寿昌的诗中，也曾影射过他，故对苏轼一直怀恨在心，一直在等待机会进行报复。他从苏轼的谢恩表中闻到了一股味道，立即上表弹劾苏轼，指责苏轼以“谢表”为名，行讥讽朝廷之实，妄自尊大，发泄对新法的不满，要求对苏轼严加查办。
然而，单凭苏轼谢恩表上的一两句话，是不足以扳倒苏轼的。凑巧当时出版了一本名为《元丰续添苏子瞻学士钱塘集》，给御史台的新人提供了收集苏轼犯罪证据的机会。监察御史舒亶经过潜心钻研，找了几首苏轼的诗，断章取义，作为弹劾苏轼的证据。
苏轼因对新法不满而贬杭州，历任密州太守、徐州太守，再到湖州太守，一路上他游山玩水，放情诗酒，消磨着郁郁不得志的烦恼岁月。在这段时期内，他随感而发，创作了很多脍炙人口的诗，诗可以抒情，诗可以言志，苏轼在他的诗中，难免会吐露自己的心声，抒发对王安石推行的新法的不满情绪，进而讥讽朝政。
李定等人将苏轼的这些诗搜集起来，断章取义地作为苏轼攻击朝廷的犯罪证据。
比如咏青苗的两句：
赢得儿童语音好，一年强半在城中。
咏课吏的两句：
读书万卷不读律，致君尧舜终无术。
咏水利的两句：
东海若知明主意，应教斥卤变桑田。
咏盐禁的两句：
岂是闻韶解忘味，迩来三月食无盐。
咏桧树的两句：
根到九泉无曲处，世间惟有蜇龙知。
这些诗句，都是诗人随感而作，并不是真的存有什么大不敬的心思、怨谤君父，且在当时还被传诵一时。然而，李定、舒亶一班小人硬是把这些诗句作为苏轼讥讽朝廷、攻击新法的证据。特别是咏桧树的“根到九泉无曲处，世间惟有蜇龙知”更是说成是影射皇帝，他们说：“皇上如飞龙在天，苏轼却要在九泉下对蜇龙，不臣之心，莫过于此！”
赵顼一时也被谗言所蔽，以为苏轼真个是逆臣。下诏将苏轼就地免职，逮捕押送进京，交御史台审讯。
“乌台”是御史台的别称，《汉书?朱博传》记载，御史府（台）中有许多柏树，常有数千只乌鸦栖息在树上，晨去暮来，号为“朝夕乌”。因此，后人将御史台称为“乌台”。
由于苏轼这次是因诗而获罪的案子，是由几名御史一手制造，后又在御史台狱受审，御史台自汉代以来即别称“乌台”，所以，此案在历史上称为“乌台诗案”。
李定欲置苏轼于死地，他挑选一个名叫皇甫遵的官员到湖州传达圣旨，免去苏轼的官职，再押解入京受审。御史们向皇帝请示，说苏轼在押回京师途中，每天夜晚必须关进监狱里过夜。赵顼没有答应御史的请求，因为自始至终，他并无杀害苏轼之意，案子既然有人控告，他必须依法办事，但他更愿意给苏轼一个解释的机会。
苏轼有一个好友驸马王诜，《元丰续添苏子瞻学士钱塘集》就是他印刷的，当他得知诗集给苏轼惹来大祸的消息后，赶忙派人去给身在南部的苏轼的弟弟苏辙送信，苏辙立即派人告诉苏轼。这可以说是使者之间的一次赛跑。
朝廷使者带两名御史台的衙役和儿子前往湖州拘捕苏轼。在靖江因事耽误了半天行程，结果是苏辙派的使者先到湖州。苏轼知道消息，立即请假，由祖通判代行太守之职。
皇甫遵到达湖州，太守官衙的人慌作一团，不知会有什么事发生。苏轼也不敢出来，他与通判商量，通判说躲避朝廷使者也无济于事，最好还是依礼迎接他，并以正式官阶出现。于是苏轼穿上官衣官靴，面见官差皇甫遵。
两名差官一个手执御史台的公文，一个手提包裹，包裹中的刀剑隐约可见，他们面容冷漠，一言不发，气氛非常紧张。苏轼开口打破僵局，说他知道自己犯下了滔天大罪，必死无疑。请求回家与家人告别，然后随上差赴京伏法。
皇甫遵淡淡地说：“事情还没有严重到如此地步！”
祖通判谦恭地说：“请上差出示公文。”
皇甫遵问明了祖通判的身份后，便命随行衙役将御史台的公文正式移交给祖通判。祖通判打开一看，原来只是一份普通公文，免去苏轼的职务，传唤进京而已，要苏轼立即启程。
皇甫遵同意了苏轼向家人告别的请求。
苏轼归看家人时，全家大哭。苏轼笑着说了一个故事安慰他们：
在宋真宗时代，皇帝要在林泉之间访求真正大儒。有人推荐杨朴出来。杨朴实在不愿意，但是仍然在护卫之下启程前往京师，觐见皇帝。
皇帝问道：“朕听说你会作诗？”
杨朴回答说：“臣不会。”他想掩饰自己的才学，因为他抵死不愿做官。
皇帝又问：“朋友们送你时，赠给你几首诗没有？”
杨朴回答说：“没有，只有拙荆作了一首。”
皇帝又问：“是什么诗，可以告诉我吗？”
于是杨朴把临行时太太作的诗念出来：
更休落魄贪酒杯，且莫猖狂爱咏诗。
今日捉将宫里去，这回断送老头皮。
苏夫人听了这首诗，破涕为笑，心里稍安。是否真的有这个故事，或由苏轼现编借以安慰家人，不得而知。
苏轼辞别家人上路的时候，湖州太守衙门的人都吓得不知所措，个个躲躲闪闪，倒是老百姓都出来看太守启程。后来据苏轼回忆，说皇差逮捕太守犹如捕盗。
有人说苏轼在赴京途中曾想自杀，在扬州渡江时，就有过跳江自尽的念头。他不知道自己要判什么罪，并且担心案子会牵涉到很多朋友，而且还会牵涉到弟弟苏辙，因为苏辙提前给他通风报信。思之再三，他终于打消了自杀的念头，平安地到达京城。
苏轼进京后，被关进了御史台的皇家监狱。
苏轼七月底被拘捕，八月十八日被关进御史台的皇家监狱。
苏轼被关进大牢后，一方面，要随时接受讯问，另一方面，要他自己交待问题。
御史们也没有闲着，他们到处搜集苏轼的犯罪证据。到九月份，从四面八方抄获苏轼寄赠他人的诗词一百多首，在审问时呈阅，受牵连的有三十九人，无论哪首诗，只要有疑问，苏轼都得作出解释。
苏轼对大部分指控都供认不讳，承认在诗中批评新政。
苏轼在受审期间，也有很多人仗义相救。
宰相吴充上表，说陛下以尧舜为榜样，轻视魏武帝曹操。曹操虽然疑心重，但却能容忍祢衡，陛下难道就容不下一个苏轼吗？
同修起居注王安礼也替苏轼解辩，他说，自古以来，宽仁大度的主子是不会以言语来惩罚人的，苏轼是一个满腹经纶的饱学之士，认为自己可以成就一番事业，如今却碌碌如此，不免有些失望和怨愤，吟风咏月，发发牢骚，也是很正常的事情。因为作了几首诗而获罪入狱，甚至杀头，恐怕后世的人会说陛下容不得人才。
王安石与苏轼政见不同，苏轼就是因为反对王安石变法而被贬出京城。当他听说苏轼获罪入狱之后，竟然也上书赵顼，说圣朝不宜诛杀名士。可见，王安石是个君子，只可惜他所重用的人都是一些小人。
苏轼坐牢的时候，曾发生了一件有趣的事情。
苏轼坐牢，他的儿子苏迈每天去给父亲送牢饭。由于父子不能见面，他们暗中约定，平时只送蔬菜和肉食，如果有死刑判决的坏消息就改送鱼，以便早做心理准备。
有一天，苏迈有事，不能前去送饭，便委托一个朋友帮他送牢饭，但他忘了告诉那个朋友与父亲约定的暗号。恰巧那位朋友做了一盘红烧鱼。苏轼一见，大吃一惊，以为自己难逃一死，悲愤之下，写了两首绝命诗给弟弟苏辙：
圣主如天万物春，小臣愚暗自忘身。
百年未满先偿债，十口无归我累人。
是处青山可藏骨，他年夜雨独伤神。
与君世世为兄弟，更结来生未了因。
柏台霜气夜凄凄，风运琅珰月向低。
梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡。
眼中犀角真君子，身后年衣愧老妻。
百岁神游定何处，桐乡知葬浙江西。
苏轼在首诗中说得非常悲惨，说他死了之后，一家十口全赖弟弟照顾，自己的孤魂野鬼独卧荒山听雨泣风号。他表示与苏辙世世为兄弟。并在诗里表示皇恩浩荡，自己受恩已多，无法感恩图报，实在惭愧。又说这次别无所怨，都是自己之过。
苏辙接到哥哥的绝命诗，伏案而泣，悲恸欲绝。他立即向皇帝上书，希望能以自己的官爵赎其兄之罪。
苏轼关押受审的事在朝中闹得沸沸扬扬，宫中的太皇太后曹氏也知道了这件事。
这一天，太皇太后病了，赵顼进宫问安。太皇太后关心地问起了苏轼的事，她问赵顼：
“听说苏轼被诏逮关进牢里，交御史台讯问，苏轼究竟是犯了什么罪案？”
赵顼回答说：“苏轼怨望朝廷，毁谤君父，犯着大不敬的罪名。”
太皇太后惊道：“果然吗？苏轼何至于此呢？有证据吗？”
赵顼回答说：“当然有证据，御史台的御史连上了四道奏折，都是弹劾苏轼的。”
“都是哪些诗句呢？”太皇太后问道。
赵顼将苏轼涉嫌攻击新法的诗句随口背诵了几句。
太皇太后听了，恻然说道：“就这句诗可作证据？就这种无理的证据，就可认定苏轼是大不敬，要将他处死吗？”太皇太后轻轻地咳了几声，接着说，“文人吟诗，都是一时的感触，并非有什么成见；就是有一二句讽刺朝政的地方，也是诗人应有的态度。诗三百篇，其中很多都含有讽刺的意思，人君不能因而嘉奖诗人忠君爱国的苦心，改善一切，反要罗织成罪，处以极刑，这哪里是人君慎狱怜才的道理？”
赵顼见太皇太后有些不高兴，口称御史们弹劾苏轼，他不得不下诏过问此事。
太皇太后说：“当初，苏轼兄弟初入制科，你的祖父仁宗皇帝非常欣赏他们兄弟俩的才学，曾高兴地对我们说：‘朕为子孙得到两个好宰相了！’现在有人指控苏轼，不是忌才，便是挟仇，你做皇帝的，可不能让别人牵着鼻子跑啊！”
太皇太后的话明显带有责备之意，而这几句话，成了太皇太后的遗言。
十月十三日，御史们将案子做了个提要，送呈赵顼御览。恰好此时太皇太后病逝，赵顼要处理太皇太后的丧事，便把苏轼的案子拖延下来。
赵顼对太皇太后很有感情，平常也总是刻意讨太皇太后的欢心，太皇太后对这位孙子皇帝也是疼爱有加，有时赵顼退朝晚了，她就会在宫门口等候，亲自照料他进餐，祖孙俩的关系一直很欢洽。
太皇太后虽然身份显赫，但从不逾越礼法。按惯例，皇家后宫的娘家人，不得进宫拜见，太皇太后有个弟弟叫曹佾，曾任同中书门下平章事，赵顼常请示太皇太后，可不可以带他进宫。太皇太后却说，宗法不可废，曹佾跻身贵显，已经是逾越了，所有国政，不得让他干涉，也不准他进宫。因此，宫内宫外一墙之隔，曹佾从未越过这道墙。
太皇太后病重期间，赵顼禀明太皇太后，带曹佾进宫探望姐姐，交谈几句后，赵顼起身欲退出，好让他们姐弟俩单独说说话。太皇太后却对曹佾说：“这里不是你久留之地，随皇帝去吧！”
赵顼欲劝说太皇太后，让曹佾多呆一会儿。
太皇太后知道他的意思，不等他开口就微笑着说：“去吧！让他进宫已经是破例，不要呆太久，免得朝臣们议论。”
赵顼知道祖母的脾气，只得带着依依不舍的曹佾，一步三回头地离去。
太皇太后在世的最后十几天，赵顼衣不解带，通宵守候，毫无倦容。太皇太后在弥留之际，让宫女从箱子里取出一束封起来的奏章，亲手交给赵顼说：“等我去世以后再拆看，只是让你明白往日的旧事，断不可以此治人之罪，切切记住。”
赵顼含泪收下。曹太皇太后又提笔写“博爱亲民”四个大字，赐予赵顼说：“这四个字，抵得千言万语的遗嘱！”
赵顼连忙跪受，抽泣着说：“儿臣敬遵懿旨！”
太皇太后听后，含笑而逝。
太皇太后去世后，赵顼打开那束奏章一看，是当年仁宗皇帝立英宗皇帝时一些大臣的反对奏章。赵顼对太皇太后保全了他父亲更加感恩戴德，同时也对宫廷矛盾有了更多的认识。他遵太皇太后的遗命，没有治那些大臣的罪。
太皇太后去世后，尊谥慈圣光献。
太皇太后丧事期间，苏轼一直呆在监狱里等候宣判。数年之后，他告诉朋友，说当年在狱中等待案子结果的时候，曾发生了一件很神秘的事情。
苏轼回忆说：“审问完毕之后，一天晚上，暮鼓已然敲过，我正要睡觉，忽然看见一个人走进牢房，一句话也不说，往地上扔下一个小箱子做枕头，躺在地上就睡了。我以为他是个囚犯，不去管他，自己躺下睡了。大概四更时分，我觉得有人推我的头，那个人对我说：‘恭喜！恭喜！’我翻过身子问他是什么意思。他说：‘安心睡，别发愁。’说完，带着箱子又神秘地走了。”
朋友们问这个人到底是谁。
苏轼回忆说：“事情是这样的，我刚受弹劾，舒亶和另外几个人极力劝皇帝杀我，可是皇帝根本无杀我之意，所以暗中派一个太监到狱中去观察。那个太监进了牢房之后，我就睡了，而且鼻息如雷。他回去后向皇帝报告，说我睡得很沉，很安静。皇帝对近臣们说：‘朕知道苏轼于心无愧！’这可能就是后来被宽恕贬谪到黄州的原因。”
太皇太后去世是国丧，遇到国丧，国家总要大赦。所以，依据法律和习俗，苏轼应获赦。那些御史本想借这次诗案，把反对派们一网打尽，如果大赦，他们的心血就会白废。李定奏上一本，对可能合乎赦罪的那些犯人，一律不得赦免。舒亶更进一步奏请，将司马光、范镇、张方平、李常和苏轼的另外五个朋友，一律处死。
赵顼其实很欣赏苏轼的才华，并没有将他处死的意思，只是想借些警告那些反对变法的官员，颇有杀鸡给猴看的政治意味，他已经准备赦免苏轼。
王珪得知皇上要赦免苏轼，再次拿苏轼的“根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知”的两句诗说事。他说：“苏轼这两句诗，显然是不臣的表证，如果不给予严厉的谴责，将来怎么能儆示后人呢？”
赵顼却不以为然，他叫王珪不要吹毛求疵，苏轼这两句诗是咏桧，与他无关。
王珪有些急了，直截了当地说：“苏轼确实有不臣之心，陛下一定要重处他不能放过他啊！”
赵顼有些不高兴了，怫然说道：“你是想使后世的人说朕不能容纳人才吗？”
王珪才吓得不敢再奏了。
舒亶又奏驸马都尉王诜与苏轼交通声气，朋比为奸；司马光、张方平、范镇、陈襄、刘挚等，亦与苏轼隐相联络，同一举动，都非严办不可。
赵顼此时并没有听他们的谗言。
十一月二十九日，圣谕下发，苏轼贬往黄州，充团练副使，但不准擅离该地区，并无权签署公文。这样的结果，李定等人自是大失所望。
受到牵连的人中，三个人的处罚较重。驸马王诜因泄露机密给苏轼，而且时常与他交往，调查时不及时交出苏轼的诗文，被削除一切官爵。其次是王巩，被御史附带处置，发配西北。第三个是苏辙，他曾奏请朝廷赦免兄长，自己愿意纳还一切官位为兄长赎罪，他并没有收到什么严重的毁谤诗，但由于家庭连带关系，仍遭受降职处分，调到高安，任筠州酒监。
张方平与其他大官都是罚红铜三十斤，司马光和范镇及苏轼的十八个别的朋友，都各罚红铜二十斤。
旧年除夕夜，苏轼被释出狱，在狱中度过了四个多月的时间，走出监狱大门，他停下来，用鼻子嗅了嗅空中的新鲜空气，一脸的轻松快乐。他真是积习难改，当天他又写了两首诗。诗里说：“却对酒杯浑似梦，试拈诗笔已如神。”另一首诗是：
平生文字为吾累，此去声名不厌低。
塞上纵归他日马，城东不斗少年鸡。
在这两首诗里，至少有两句，如果由那些御史们审查起来，又犯了对帝王大不敬之罪。
塞翁失马还罢了，因为以失马表示并非噩运，重新寻获也并非是好运。换言之，人总不知道何者为好运，何者为噩运。但是，“少年鸡”则指的是贾昌。贾昌老年时曾告诉他人，说他在少年时曾因斗鸡而获得唐天子的宠爱，任宫廷的弄臣和伶人。这一点仍可引申为指朝廷那些当政的小人，是宫廷中的弄臣和伶人，又是毁谤。
苏轼写完这首诗，掷笔于地，大笑道：“我真是无可救药啊！”